Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_05740
• Subject: XR_873759.3
• Aligned Length: 1609
• Identities: 1073
• Gaps: 424

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  GAATTTTGGCGGCGCACTCAGACTGCCGGTACTTCCGGTGAGGGTCGTCTCGTCGAGGCTGGTGGGTCTACGCG  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  AGGAGACCTGCGGGGTCCTGAGGCTGTGGAGGGCTGGAGTGAGGCGGACAGGAGAAGAAGCCTGGAGCTGAGGA  148

Query    1  --------------------------------------ATGGATGAAGAACCTGAAAGAACTAAGCGATGGGAA  36
                                                  |||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||
Sbjct  149  CCGAGAGTTGAATAAGCATATATATCATTATAAGCACCATGGATGAAGAACCTGAGAGAACCAAGCGGTGGGAA  222

Query   37  GGAGGCTATGAAAGAACATGGGAGATTCTTAAAGAAGATGAATCTGGATCACTTAAAGCTACAATAGAAGACAT  110
            |||||||||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct  223  GGAGGCTATGAGAGAACCTGGGAAATTCTTAAAGAAGATGAAACTGGATCACTTAAAGCTACAATAGAAGATAT  296

Query  111  TCTATTCAAGGCAAAGAGAAAAAGAGTATTTGAGCACCATGGACAAGTTCGACTTGGAATGATGCGCCACCTTT  184
            |||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|
Sbjct  297  TCTCTTCAAGGCAAAGAGGAAAAGAGTGTTTGAGCACCATGGACAAGTCCGACTTGGAATGATGCGCCACCTGT  370

Query  185  ATGTGGTAGTAGATGGATCAAGAACAATGGAAGACCAAGATTTAAAGCCTAATAGACTGACGTGTACTTTAAAG  258
            |||||||.||.||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||
Sbjct  371  ATGTGGTGGTGGATGGATCGAGAACAATGGAAGATCAGGATTTAAAGCCCAATAGACTGACTTGCACTTTAAAG  444

Query  259  TTGTTGGAATACTTTGTAGAGGAATATTTTGATCAAAATCCTATTAGTCAGATTGGAATAATTGTAACTAAGAG  332
            |||.||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TTGCTGGAATACTTTGTAGAAGAATATTTTGATCAAAACCCTATCAGTCAGATTGGAATAATTGTAACTAAGAG  518

Query  333  TAAAAGAGCTGAAAAATTGACTGAACTTTCAGGAAACCCAAGAAAACATATAACGTCTTTGAAGGAAGCTGTGG  406
            ||||||||||||||||.||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||.|||||||.|
Sbjct  519  TAAAAGAGCTGAAAAACTGACTGAACTCTCAGGAAACCCAAGGAAACATATAACATCTTTGAAGAAAGCTGTAG  592

Query  407  ATATGACCTGCCATGGAGAGCCATCTCTTTATAATTCCCTAAGCATGGCTATGCAGACTCTAAAACACATGCCT  480
            |||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||.|||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct  593  ATATGACCTGCCATGGAGAACCATCGCTCTATAATTCCTTAAGCATGGCTATGCAGACCCTAAAACACATGCCT  666

Query  481  GGACATACAAGTCGAGAAGTACTAATCATCTTTAGCAGCCTTACAACTTGCGATCCATCTAATATTTATGATTT  554
            ||||||||||||.|||||||.||.||||||||.||||||||.||.||.||.|||||||||||||||||.|||.|
Sbjct  667  GGACATACAAGTAGAGAAGTGCTCATCATCTTCAGCAGCCTCACCACCTGTGATCCATCTAATATTTACGATCT  740

Query  555  AATCAAGACCCTAAAGGCAGCTAAAATTAGAGTATCTGTTATTGGATTGTCTGCAGAAGTTCGCGTTTGCACTG  628
            .|||||||||||.|||.||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||.|||||.|||||.||||
Sbjct  741  CATCAAGACCCTGAAGACAGCTAAAATTAGAGTGTCTGTTATTGGATTATCTGCGGAGGTTCGAGTTTGTACTG  814

Query  629  TACTTGCTCGTGAAACTGGTG-------------------------------------GCACGTACCATGTTAT  665
            |||||||||||||||||||||                                     ||||.|||||||||||
Sbjct  815  TACTTGCTCGTGAAACTGGTGGTATATATCTGCTATCTTCAATAATTATAATTACTGTGCACATACCATGTTAT  888

Query  666  TTTAGATGAAAGCCATTACAAAGAGTTGCTCACACATCATCTTAGTCCTCCTCCTGCTAGCTCAAGTTCTGAAT  739
            .||||||||||.|||||||||.||||||.|..||||||||.|.||.||.||||||||.||||||||.||.||.|
Sbjct  889  CTTAGATGAAACCCATTACAAGGAGTTGTTGGCACATCATGTGAGCCCCCCTCCTGCCAGCTCAAGCTCCGAGT  962

Query  740  GCTCACTTATTCGTATGGGATTTCCTCAGCACACCATTGCTTCTTTATCTGACCAGGATGCAAAACCCTCTTTC  813
            |||||||.|||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||.|||
Sbjct  963  GCTCACTCATTCGCATGGGATTCCCTCAGCATACCATTGCTTCTTTGTCTGATCAGGATGCAAAACCATCCTTC  1036

Query  814  AGCATGGCGCATTTGGATGGCAA---TACTGAGCCAGGGCTTACATTAGGAGGCTATTTCTGCCCACAGTGTCG  884
            ||||||||||||||||||..|||   .||||||||||||||||||.|.||||||||.||||||||||||||.||
Sbjct 1037  AGCATGGCGCATTTGGATAACAACAGCACTGAGCCAGGGCTTACACTGGGAGGCTACTTCTGCCCACAGTGCCG  1110

Query  885  GGCAAAGTACTGTGAGCTACCTGTTGAATGTAAAATCTGTGGTCTTACTTTGGTGTCTGCTCCCCACTTGGCAC  958
            .|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.||.||||||.
Sbjct 1111  AGCAAAGTACTGCGAGCTTCCTGTTGAATGTAAAATATGTGGTCTTACTTTGGTGTCTGCACCTCATTTGGCAA  1184

Query  959  GGTCTTACCATCATTTGTTTCCTTTGGATGCTTTTCAAGAAATTCCCCTAGAAGAATATAATGGAGAAAGATTT  1032
            |.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||.||||||||.|||
Sbjct 1185  GATCTTACCATCATTTATTTCCTTTGGATGCTTTTCAAGAAATTTCCCTAGAAGAATATAAAGGAGAAAGGTTT  1258

Query 1033  TGTTATGGATGTCAGGGGGAATTGAAAGACCAACATGTTTATGTTTGTGCTGTGTGCCAAAATGTTTTCTGTGT  1106
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||..|.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct 1259  TGTTATGGATGTCAGGGGGAATTGAAAGACCAACATGTCTATGTTTGCACAGTGTGCCAAAATGTTTTTTGTGT  1332

Query 1107  GGACTGTGATGTTTTTGTTCATGATTCTCTACACTGTTGCCCTGGCTGTATTCATAAGATTCCAGCTCCTTCAG  1180
            ||||||||||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.||||||||||||||||||||.|||.|||||||||
Sbjct 1333  GGACTGTGATGTCTTTGTTCATGACTCTCTCCATTGTTGTCCTGGCTGTATTCATAAGATCCCAACTCCTTCAG  1406

Query 1181  ----------GTGTT-----------------------------------------------------------  1185
                      .||.|                                                           
Sbjct 1407  CGCATCATGACTGATCAGCTAGCTGAAAACAAACTGCTGAACTAAAGAAGTTTTCTCCTTAGTGGATGAAGATG  1480

Query 1186  --------------------------------------------------------------------------  1185
                                                                                      
Sbjct 1481  GAGATGGCAATGGGAACATGAACTTGGCCCTCCCATATGGTCACTGAAAAACCCCAACAAGCCAATTCAGGATA  1554

Query 1186  -------------------------------------------------------  1185
                                                                   
Sbjct 1555  TCCCAGAATCTTTACTCTGATGGAAAAAAAGAAGAAAGAAGAAAGAAAAAAAGAA  1609