Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_05915
• Subject: XR_001737397.1
• Aligned Length: 2070
• Identities: 1531
• Gaps: 538

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AGCTATTTGCTCTTGGGGACAGAAGCTGACAGTGGCACTCACAGCACAGGCTTGTTATGGGTCTAGCAGCCTCT  74

Query    1  --------------------------ATGAAGAATTCCAGGACATGGGCTTGGAGGGCGCCGGTGGAGCTATTT  48
                                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GTGGCATCTCCTGTCACATTGGGAAAATGAAGAATTCCAGGACATGGGCTTGGAGGGCGCCGGTGGAGCTATTT  148

Query   49  CTTCTCTGTGCTGCCCTGGGCTGTCTCAGTTTGCCTGGCTCCAGAGGTGAAAGGCCACATTCCTTTGGGTCAAA  122
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CTTCTCTGTGCTGCCCTGGGCTGTCTCAGTTTGCCTGGCTCCAGAGGTGAAAGGCCACATTCCTTTGGGTCAAA  222

Query  123  TGCAGTCAACAAGAGCTTTGCTAAGAGCAGACAGATGCGGAGTGTGGATGTTACCCTGATGCCCATTGATTGTG  196
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TGCAGTCAACAAGAGCTTTGCTAAGAGCAGACAGATGCGGAGTGTGGATGTTACCCTGATGCCCATTGATTGTG  296

Query  197  AGCTGTCTAGTTGGTCCTCTTGGACCACATGTGACCCCTGTCAGAAGAAAAGGTACAGGTATGCCTACTTGCTC  270
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AGCTGTCTAGTTGGTCCTCTTGGACCACATGTGACCCCTGTCAGAAGAAAAGGTACAGGTATGCCTACTTGCTC  370

Query  271  CAGCCCTCTCAGTTCCATGGGGAACCGTGCAACTTCTCTGACAAGGAAGTCGAAGACTGTGTTACCAACAGACC  344
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CAGCCCTCTCAGTTCCATGGGGAACCGTGCAACTTCTCTGACAAGGAAGTCGAAGACTGTGTTACCAACAGACC  444

Query  345  ATGCAGAAGTCAAGTGCGATGTGAAGGCTTTGTGTGTGCACAGACAGGAAGGTGTGTAAACCGCAGACTTCTTT  418
            ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ATGCGGAAGTCAAGTGCGATGTGAAGGCTTTGTGTGTGCACAGACAGGAAGGTGTGTAAACCGCAGACTTCTTT  518

Query  419  GCAATGGGGACAATGACTGTGGAGACCAGTCAGATGAAGCAAACTGTAGAAGGATTTATAAAAAATGTCAGCAT  492
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GCAATGGGGACAATGACTGTGGAGACCAGTCAGATGAAGCAAACTGTAGAAGGATTTATAAAAAATGTCAGCAT  592

Query  493  GAAATGGACCAATACTGGGGAATTGGCAGTCTGGCCAGTGGGATAAATTTGTTCACAAACAGTTTTGAGGGCCC  566
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GAAATGGACCAATACTGGGGAATTGGCAGTCTGGCCAGTGGGATAAATTTGTTCACAAACAGTTTTGAGGGCCC  666

Query  567  AGTTCTTGATCACAGGTATTATGCAGGTGGATGCTCCCCGCATTACATCCTGAACACGAGGTTTAGGAAGCCCT  640
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AGTTCTTGATCACAGGTATTATGCAGGTGGATGCTCCCCGCATTACATCCTGAACACGAGGTTTAGGAAGCCCT  740

Query  641  ACAATGTGGAAAGCTACACGCCACAGACCCAAGGCAAATACGAATTCATATTAAAAGAGTATGAATCATACTCA  714
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  ACAATGTGGAAAGCTACACGCCACAGACCCAAGGCAAATACGAATTCATATTAAAAGAGTATGAATCATACTCA  814

Query  715  GATTTTGAACGCAATGTCACAGAGAAAATGGCAAGCAAGTCTGGTTTCAGTTTTGGTTTTAAAATACCTGGAAT  788
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GATTTTGAACGCAATGTCACAGAGAAAATGGCAAGCAAGTCTGGTTTCAGTTTTGGTTTTAAAATACCTGGAAT  888

Query  789  ATTTGAACTTGGCATCAGTAGTCAAAGTGATCGAGGCAAACACTATATTAGGAGAACCAAACGATTCTCTCATA  862
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  ATTTGAACTTGGCATCAGTAGTCAAAGTGATCGAGGCAAACACTATATTAGGAGAACCAAACGATTCTCTCATA  962

Query  863  CTAAAAGCGTATTTCTGCATGCACGCTCTGACCTTGAAGTAGCACATTACAAGCTGAAACCCAGAAGCCTCATG  936
            ||                                                                        
Sbjct  963  CT------------------------------------------------------------------------  964

Query  937  CTCCATTACGAGTTCCTTCAGAGAGTTAAGCGGCTGCCCCTGGAGTACAGCTACGGGGAATACAGAGATCTCTT  1010
                                                                                      
Sbjct  965  --------------------------------------------------------------------------  964

Query 1011  CCGTGATTTTGGGACCCACTACATCACAGAGGCTGTGCTTGGGGGCATTTATGAATACACCCTCGTTATGAACA  1084
                                                                                      
Sbjct  965  --------------------------------------------------------------------------  964

Query 1085  AAGAGGCCATGGAGAGAGGAGATTATACTCTTAACAACGTCCATGCCTGTGCCAAAAATGATTTTAAAATTGGT  1158
                                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  965  ---------------------ATTATACTCTTAACAACGTCCATGCCTGTGCCAAAAATGATTTTAAAATTGGT  1017

Query 1159  GGTGCCATTGAAGAGGTCTACGTCAGTCTGGGTGTGTCTGTAGGCAAATGCAGAGGTATTCTGAATGAAATAAA  1232
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018  GGTGCCATTGAAGAGGTCTACGTCAGTCTGGGTGTGTCTGTAGGCAAATGCAGAGGTATTCTGAATGAAATAAA  1091

Query 1233  AGACAGAAACAAGAGGGACACCATGGTGGAGGACTTGGTGGTCCTGGTACGAGGAGGGGCAAGTGAGCACATCA  1306
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1092  AGACAGAAACAAGAGGGACACCATGGTGGAGGACTTGGTGGTCCTGGTACGAGGAGGGGCAAGTGAGCACATCA  1165

Query 1307  CCACCCTGGCATACCAGGAGCTGCCGACGGCGGACCTGATGCAGGAGTGGGGAGACGCTGTGCAGTACAACCCA  1380
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166  CCACCCTGGCATACCAGGAGCTGCCGACGGCGGACCTGATGCAGGAGTGGGGAGACGCTGTGCAGTACAACCCA  1239

Query 1381  GCCATCATCAAAGTTAAGGTGGAGCCTCTGTATGAACTAGTGACAGCCACAGATTTTGCCTATTCCAGCACAGT  1454
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1240  GCCATCATCAAAGTTAAGGTGGAGCCTCTGTATGAACTAGTGACAGCCACAGATTTTGCCTATTCCAGCACAGT  1313

Query 1455  GAGGCAGAACATGAAGCAGGCACTGGAGGAGTTCCAGAAGGAAGTTAGTTCCTGCCACTGTGCTCCCTGCCAAG  1528
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314  GAGGCAGAACATGAAGCAGGCACTGGAGGAGTTCCAGAAGGAAGTTAGTTCCTGCCACTGTGCTCCCTGCCAAG  1387

Query 1529  GAAATGGAGTCCCTGTCCTGAAAGGATCACGCTGTGACTGCATCTGTCCTGTTGGATCCCAAGGCCTAGCCTGT  1602
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1388  GAAATGGAGTCCCTGTCCTGAAAGGATCACGCTGTGACTGCATCTGTCCTGTTGGATCCCAAGGCCTAGCCTGT  1461

Query 1603  GAGGTCTCCTATCGGAAGAATACCCCCATTGATGGGAAGTGGAATTGCTGGTCAAATTGGTCTTCATGCTCTGG  1676
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1462  GAGGTCTCCTATCGGAAGAATACCCCCATTGATGGGAAGTGGAATTGCTGGTCAAATTGGTCTTCATGCTCTGG  1535

Query 1677  AAGACGTAAGACAAGACAAAGGCAGTGTAACAATCCACCTCCTCAAAATGGGGGTAGCCCCTGTTCAGGCCCTG  1750
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1536  AAGACGTAAGACAAGACAAAGGCAGTGTAACAATCCACCTCCTCAAAATGGGGGTAGCCCCTGTTCAGGCCCTG  1609

Query 1751  CTTCAGAAACACTTGACTGCTCC---------------------------------------------------  1773
            |||||||||||||||||||||||                                                   
Sbjct 1610  CTTCAGAAACACTTGACTGCTCCTAGCAGATGATACAGCAGTGGGCTACATACAATGAGAGCCCTGAGCCCTCA  1683

Query 1774  --------------------------------------------------------------------------  1773
                                                                                      
Sbjct 1684  AGAACTCATGCCAGCTCAGCCCTACACCAGTTTCCACCTGGAGTTCATGCAAGGGCAAAAGGCAGTGCCATGCA  1757

Query 1774  ------------------------------------------------------------------------  1773
                                                                                    
Sbjct 1758  AGCTGTTTAAAATAAAGATGTTACCTTGTAAAATGCAAGTTGATTTAAATAAATACTGAGTTAAAGGCTTAA  1829