Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_05978
- Subject:
- NM_001349562.2
- Aligned Length:
- 2370
- Identities:
- 1696
- Gaps:
- 669
Alignment
Query 1 ATGAAAATTACTTGCACATCTTGCATCTGTCCAGTCCTAGTGTGTCTCTGTTTTGTGCAGAGGTGTTATGGAAC 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 TGCTCACCACAGCTCCATCAAGGTGATGAGAAACCAAACCAAACACATTGAAGGTGAAACCGAAGTCCATCATC 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 GTCCCAAAAGGGGATGGGTATGGAATCAGTTCTTTGTTTTAGAAGAACATATGGGACCAGATCCTCAGTATGTT 222
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 223 GGAAAGCTGCACTCCAATTCTGACAAAGGTGATGGATCTGTCAAGTACATCCTTACTGGAGAGGGTGCTGGGAC 296
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 297 TATATTTATCATTGACGATACCACGGGTGATATCCACTCAACAAAAAGCCTAGACAGAGAGCAGAAGACCCACT 370
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 371 ATGTGCTTCATGCTCAAGCTATTGATAGACGTACAAACAAACCTCTTGAGCCTGAATCCGAGTTCATCATCAAA 444
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 445 GTGCAAGACATCAATGACAACGCTCCAAAATTCACAGATGGACCATACATTGTTACTGTGCCTGAAATGTCAGA 518
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 519 TATGGGTACCTCTGTTCTACAGGTGACAGCTACTGATGCAGATGACCCTACCTATGGAAACAGCGCTCGGGTGG 592
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 593 TTTACAGCATTCTCCAGGGACAACCCTACTTCTCCGTCGACCCTAAAACAGGAGTTATTAGAACGGCCTTACAT 666
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 667 AACATGGACGGAGAAGCCAGAGAACATTACTCCGTAGTCATTCAAGCCAAAGACATGGCTGGGCAAGTTGGAGG 740
||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ---ATGGACAGAGAAGCCAGAGAACATTACTCCGTAGTCATTCAAGCCAAAGACATGGCTGGGCAAGTTGGAGG 71
Query 741 GCTTTCAGGATCTACAACAGTCAACATCACCTTAACCGATGTCAATGACAACACACCACGCTTTCCTCAAAAAC 814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 72 GCTTTCAGGATCTACAACAGTCAACATCACCTTAACCGATGTCAATGACAACCCACCACGCTTTCCTCAAAAAC 145
Query 815 ACTATCAGCTATATGTTCCTGAGTCAGCTCAAGTTGGTTCAGCTGTTGGGAAAATCAAGGCAAATGATGCTGAC 888
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 146 ACTATCAGCTATATGTTCCTGAGTCAGCTCAAGTTGGTTCAGCTGTTGGGAAAATCAAGGCAAATGATGCTGAC 219
Query 889 ACTGGCTCAAATGCTGACATGACCTACTCCATCATAAATGGTGATGGCATGGGAATATTCTCAATCTCCACTGA 962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 220 ACTGGCTCAAATGCTGACATGACCTACTCCATCATAAATGGTGATGGCATGGGAATATTCTCAATCTCCACTGA 293
Query 963 CAAAGAGACCAGAGAAGGAATCCTTTCTTTAAAGAAGCCACTGAACTATGAGAAAAAGAAGTCATATACCCTCA 1036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 294 CAAAGAGACCAGAGAAGGAATCCTTTCTTTAAAGAAGCCACTGAACTATGAGAAAAAGAAGTCATATACCCTCA 367
Query 1037 ACATAGAAGGAGCAAATACACATCTTGATTTTCGCTTTTCTCACTTGGGTCCTTTTAAAGATGCTACTATGCTG 1110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 368 ACATAGAAGGAGCAAATACACATCTTGATTTTCGCTTTTCTCACTTGGGTCCTTTTAAAGATGCTACTATGCTG 441
Query 1111 AAGATCATTGTTGGGGATGTAGATGAACCACCACTATTTTCCATGCCTTCCTACCTCATGGAAGTCTACGAAAA 1184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 442 AAGATCATTGTTGGGGATGTAGATGAACCACCACTATTTTCCATGCCTTCCTACCTCATGGAAGTCTACGAAAA 515
Query 1185 TGCCAAGATTGGGACCGTCGTTGGTACAGTTTTGGCACAAGATCCTGACAGTATTAACAGCTTAGTAAGATACT 1258
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 516 TGCCAAGATTGGGACCGTCGTTGGTACAGTTTTGGCACAAGATCCTGACAGTACTAACAGCTTAGTAAGATACT 589
Query 1259 TCATCAACTACAATGTTGAAGACGACAGATTTTTCAACATTGATGCCAATACTGGGACCATTAGGACTACAAAG 1332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 590 TCATCAACTACAATGTTGAAGACGACAGATTTTTCAACATTGATGCCAATACTGGGACCATTAGGACTACAAAG 663
Query 1333 GTTCTCGACAGAGAAGAAACTCCATGGTACAACATCACAGTCACTGCTTCAGAAATTGATAATCCTGATTTGCT 1406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 664 GTTCTCGACAGAGAAGAAACTCCATGGTACAACATCACAGTCACTGCTTCAGAAATTGATAATCCTGATTTGCT 737
Query 1407 GAGCCATGTCACAGTGGGTATTAGAGTTCTGGATGTCAATGACAATCCACCCGAACTTGCCAGGGAATATGATA 1480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 738 GAGCCATGTCACAGTGGGTATTAGAGTTCTGGATGTCAATGACAATCCACCCGAACTTGCCAGGGAATATGATA 811
Query 1481 TTATTGTATGTGAAAATTCTAAGCCTGGCCAGGTTATTCATACCATCAGTGCCACTGATAAAGATGATTTTGCC 1554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 812 TTATTGTATGTGAAAATTCTAAGCCTGGCCAGGTTATTCATACCATCAGTGCCACTGATAAAGATGATTTTGCC 885
Query 1555 AATGGACCAAGGTTTAACTTCTTTCTTGATGAGCGCCTGCCTGTAAATCCAAACTTCACTCTGAAGGACAATGA 1628
||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 886 AATGGACCAAGGTTTAACTTCTTTCTTGATGAACGCCTGCCTGTAAATCCAAACTTCACTCTGAAGGACAATGA 959
Query 1629 AGATAACACAGCCAGCATTCTGACAAGGCGGAGGAGATTTAGTCGAACTGTTCAGGATGTGTATTATCTGCCCA 1702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 AGATAACACAGCCAGCATTCTGACAAGGCGGAGGAGATTTAGTCGAACTGTTCAGGATGTGTATTATCTGCCCA 1033
Query 1703 TTATGATCTCTGATGGTGGAATCCCCTCTCTCAGCAGCAGCAGCACCCTCACCATCAGGGTTTGTGCATGCGAG 1776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1034 TTATGATCTCTGATGGTGGAATCCCCTCTCTCAGCAGCAGCAGCACCCTCACCATCAGGGTTTGTGCATGCGAG 1107
Query 1777 AGAGATGGGCGTGTGCGGACCTGCCATGCAGAAGCCTTCCTGTCCTCGGCTGGTTTGAGTACAGGAGCCTTAAT 1850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1108 AGAGATGGGCGTGTGCGGACCTGCCATGCAGAAGCCTTCCTGTCCTCGGCTGGTTTGAGTACAGGAGCCTTAAT 1181
Query 1851 CGCTATTCTTCTCTGTGTTCTCATTCTCCTGGCAATTGTGGTACTTTTTATCACCCTGAGGCGCAGCAAAAAAG 1924
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1182 CGCTATTCTTCTCTGTGTTCTCATTCTCCTGGCAATTGTGGTACTTTTTATCACCCTGAGGCGCAGCAAAAAAG 1255
Query 1925 AGCCCTTGATCATTTCAGAAGAGGATGTACGGGAGAACGTGGTCACCTATGATGATGAAGGAGGCGGAGAGGAA 1998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 AGCCCTTGATCATTTCAGAAGAGGATGTACGGGAGAACGTGGTCACCTATGATGATGAAGGAGGCGGAGAGGAA 1329
Query 1999 GACACAGGGGCCTTTGACATCACAGCCTTGAGGAATCCTTCTGCTGCTGAGGAGCTCAAGTACCGGAGGGATAT 2072
|||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1330 GACACAGAGGCCTTTGACATCACAGCCTTGAGGAATCCTTCTGCTGCTGAGGAGCTCAAGTACCGGAGGGATAT 1403
Query 2073 CAGACCTGAAGTGAAGCTCACTCCCAGACACCAGACATCATCCACCCTGGAAAGCATAGATGTTCAGGAATTTA 2146
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1404 CAGACCTGAAGTGAAGCTCACTCCCAGACACCAGACATCATCCACCCTGGAAAGCATAGATGTTCAGGAATTTA 1477
Query 2147 TTAAGCAAAGACTGGCAGAAGCAGACCTAGACCCTAGCGTTCCCCCTTATGACTCTCTTCAGACTTATGCCTAT 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1478 TTAAGCAAAGACTGGCAGAAGCAGACCTAGACCCTAGCGTTCCCCCTTATGACTCTCTTCAGACTTATGCCTAT 1551
Query 2221 GAGGGTCAGAGATCAGAAGCTGGGTCTATCAGCTCGCTGGATTCAGCAACGACACAATCAGACCAGGATTATCA 2294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 GAGGGTCAGAGATCAGAAGCTGGGTCTATCAGCTCGCTGGATTCAGCAACGACACAATCAGACCAGGATTATCA 1625
Query 2295 CTACCTTGGAGACTGGGGACCCGAGTTTAAAAAGTTAGCTGAACTCTATGGAGAAATAGAATCTGAAAGAACAA 2368
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1626 CTACCTTGGAGACTGGGGACCCGAGTTTAAAAAGTTAGCTGAACTCTATGGAGAAATAGAATCTGAAAGAACAA 1699
Query 2369 CT 2370
||
Sbjct 1700 CT 1701