Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_06103
- Subject:
- NM_004014.2
- Aligned Length:
- 2928
- Identities:
- 1834
- Gaps:
- 1083
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGTTACACAGGAAGACATACCATGTAAAGGACCTCCAAGGTGAAATTGAAGCTCACACAGATGTTTATCACAA 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 CCTGGATGAAAACAGCCAAAAAATCCTGAGATCCCTGGAAGGTTCCGATGATGCAGTCCTGTTACAAAGACGTT 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 TGGATAACATGAACTTCAAGTGGAGTGAACTTCGGAAAAAGTCTCTCAACATTAGGTCCCATTTGGAAGCCAGT 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 TCTGACCAGTGGAAGCGTCTGCACCTTTCTCTGCAGGAACTTCTGGTGTGGCTACAGCTGAAAGATGATGAATT 296
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 297 AAGCCGGCAGGCACCTATTGGAGGCGACTTTCCAGCAGTTCAGAAGCAGAACGATGTACATAGGGCCTTCAAGA 370
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 371 GGGAATTGAAAACTAAAGAACCTGTAATCATGAGTACTCTTGAGACTGTACGAATATTTCTGACAGAGCAGCCT 444
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 445 TTGGAAGGACTAGAGAAACTCTACCAGGAGCCCAGAGAGCTGCCTCCTGAGGAGAGAGCCCAGAATGTCACTCG 518
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 519 GCTTCTACGAAAGCAGGCTGAGGAGGTCAATACTGAGTGGGAAAAATTGAACCTGCACTCCGCTGACTGGCAGA 592
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 593 GAAAAATAGATGAGACCCTTGAAAGACTCCAGGAACTTCAAGAGGCCACGGATGAGCTGGACCTCAAGCTGCGC 666
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 667 CAAGCTGAGGTGATCAAGGGATCCTGGCAGCCCGTGGGCGATCTCCTCATTGACTCTCTCCAAGATCACCTCGA 740
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 741 GAAAGTCAAGGCACTTCGAGGAGAAATTGCGCCTCTGAAAGAGAACGTGAGCCACGTCAATGACCTTGCTCGCC 814
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 815 AGCTTACCACTTTGGGCATTCAGCTCTCACCGTATAACCTCAGCACTCTGGAAGACCTGAACACCAGATGGAAG 888
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 889 CTTCTGCAGGTGGCCGTCGAGGACCGAGTCAGGCAGCTGCATGAAGCCCACAGGGACTTTGGTCCAGCATCTCA 962
Query 1 -----------------------------------ATGAGGG-----------AACA----GC---------TC 15
| |||.| |||| || ||
Sbjct 963 GCACTTTCTTTCCACGTCTGTCCAGGGTCCCTGGGA-GAGAGCCATCTCGCCAAACAAAGTGCCCTACTATATC 1035
Query 16 AAAGGCCACGAGACTCAAACAACTTGCTGGGACCATCCCAAAATGACAGAGCTCTACCAGTCTTTAGCTGACCT 89
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1036 AA---CCACGAGACTCAAACAACTTGCTGGGACCATCCCAAAATGACAGAGCTCTACCAGTCTTTAGCTGACCT 1106
Query 90 GAATAATGTCAGATTCTCAGCTTATAGGACTGCCATGAAACTCCGAAGACTGCAGAAGGCCCTTTGCTTGGATC 163
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1107 GAATAATGTCAGATTCTCAGCTTATAGGACTGCCATGAAACTCCGAAGACTGCAGAAGGCCCTTTGCTTGGATC 1180
Query 164 TCTTGAGCCTGTCAGCTGCATGTGATGCCTTGGACCAGCACAACCTCAAGCAAAATGACCAGCCCATGGATATC 237
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1181 TCTTGAGCCTGTCAGCTGCATGTGATGCCTTGGACCAGCACAACCTCAAGCAAAATGACCAGCCCATGGATATC 1254
Query 238 CTGCAGATTATTAATTGTTTGACCACTATTTATGACCGCCTGGAGCAAGAGCACAACAATTTGGTCAACGTCCC 311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 CTGCAGATTATTAATTGTTTGACCACTATTTATGACCGCCTGGAGCAAGAGCACAACAATTTGGTCAACGTCCC 1328
Query 312 TCTCTGCGTGGATATGTGTCTGAACTGGCTGCTGAATGTTTATGATACGGGACGAACAGGGAGGATCCGTGTCC 385
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1329 TCTCTGCGTGGATATGTGTCTGAACTGGCTGCTGAATGTTTATGATACGGGACGAACAGGGAGGATCCGTGTCC 1402
Query 386 TGTCTTTTAAAACTGGCATCATTTCCCTGTGTAAAGCACATTTGGAAGACAAGTACAGATACCTTTTCAAGCAA 459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1403 TGTCTTTTAAAACTGGCATCATTTCCCTGTGTAAAGCACATTTGGAAGACAAGTACAGATACCTTTTCAAGCAA 1476
Query 460 GTGGCAAGTTCAACAGGATTTTGTGACCAGCGCAGGCTGGGCCTCCTTCTGCATGATTCTATCCAAATTCCAAG 533
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1477 GTGGCAAGTTCAACAGGATTTTGTGACCAGCGCAGGCTGGGCCTCCTTCTGCATGATTCTATCCAAATTCCAAG 1550
Query 534 ACAGTTGGGTGAAGTTGCATCCTTTGGGGGCAGTAACATTGAGCCAAGTGTCCGGAGCTGCTTCCAATTTGCTA 607
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1551 ACAGTTGGGTGAAGTTGCATCCTTTGGGGGCAGTAACATTGAGCCAAGTGTCCGGAGCTGCTTCCAATTTGCTA 1624
Query 608 ATAATAAGCCAGAGATCGAAGCGGCCCTCTTCCTAGACTGGATGAGACTGGAACCCCAGTCCATGGTGTGGCTG 681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1625 ATAATAAGCCAGAGATCGAAGCGGCCCTCTTCCTAGACTGGATGAGACTGGAACCCCAGTCCATGGTGTGGCTG 1698
Query 682 CCCGTCCTGCACAGAGTGGCTGCTGCAGAAACTGCCAAGCATCAGGCCAAATGTAACATCTGCAAAGAGTGTCC 755
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1699 CCCGTCCTGCACAGAGTGGCTGCTGCAGAAACTGCCAAGCATCAGGCCAAATGTAACATCTGCAAAGAGTGTCC 1772
Query 756 AATCATTGGATTTAGGTACAGGAGTCTAAAGCACTTTAATTATGACATCTGCCAAAGCTGCTTTTTTTCTGGTC 829
||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1773 AATCATTGGATTCAGGTACAGGAGTCTAAAGCACTTTAATTATGACATCTGCCAAAGCTGCTTTTTTTCTGGTC 1846
Query 830 GAGTTGCAAAAGGCCATAAAATGCACTATCCCATGGTGGAATATTGCACTCCGACTACATCAGGAGAAGATGTT 903
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1847 GAGTTGCAAAAGGCCATAAAATGCACTATCCCATGGTGGAATATTGCACTCCGACTACATCAGGAGAAGATGTT 1920
Query 904 CGAGACTTTGCCAAGGTACTAAAAAACAAATTTCGAACCAAAAGGTATTTTGCGAAGCATCCCCGAATGGGCTA 977
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 CGAGACTTTGCCAAGGTACTAAAAAACAAATTTCGAACCAAAAGGTATTTTGCGAAGCATCCCCGAATGGGCTA 1994
Query 978 CCTGCCAGTGCAGACTGTCTTAGAGGGGGACAACATGGAAACTCCCGTTACTCTGATCAACTTCTGGCCAGTAG 1051
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1995 CCTGCCAGTGCAGACTGTCTTAGAGGGGGACAACATGGAAACTCCCGTTACTCTGATCAACTTCTGGCCAGTAG 2068
Query 1052 ATTCTGCGCCTGCCTCGTCCCCTCAGCTTTCACACGATGATACTCATTCACGCATTGAACATTATGCTAGCAGG 1125
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2069 ATTCTGCGCCTGCCTCGTCCCCTCAGCTTTCACACGATGATACTCATTCACGCATTGAACATTATGCTAGCAGG 2142
Query 1126 CTAGCAGAAATGGAAAACAGCAATGGATCTTATCTAAATGATAGCATCTCTCCTAATGAGAGCATAGATGATGA 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2143 CTAGCAGAAATGGAAAACAGCAATGGATCTTATCTAAATGATAGCATCTCTCCTAATGAGAGCATAGATGATGA 2216
Query 1200 ACATTTGTTAATCCAGCATTACTGCCAAAGTTTGAACCAGGACTCCCCCCTGAGCCAGCCTCGTAGTCCTGCCC 1273
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 ACATTTGTTAATCCAGCATTACTGCCAAAGTTTGAACCAGGACTCCCCCCTGAGCCAGCCTCGTAGTCCTGCCC 2290
Query 1274 AGATCTTGATTTCCTTAGAGAGTGAGGAAAGAGGGGAGCTAGAGAGAATCCTAGCAGATCTTGAGGAAGAAAAC 1347
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2291 AGATCTTGATTTCCTTAGAGAGTGAGGAAAGAGGGGAGCTAGAGAGAATCCTAGCAGATCTTGAGGAAGAAAAC 2364
Query 1348 AGGAATCTGCAAGCAGAATATGACCGTCTAAAGCAGCAGCACGAACATAAAGGCCTGTCCCCACTGCCGTCCCC 1421
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2365 AGGAATCTGCAAGCAGAATATGACCGTCTAAAGCAGCAGCACGAACATAAAGGCCTGTCCCCACTGCCGTCCCC 2438
Query 1422 TCCTGAAATGATGCCCACCTCTCCCCAGAGTCCCCGGGATGCTGAGCTCATTGCTGAGGCCAAGCTACTGCGTC 1495
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2439 TCCTGAAATGATGCCCACCTCTCCCCAGAGTCCCCGGGATGCTGAGCTCATTGCTGAGGCCAAGCTACTGCGTC 2512
Query 1496 AACACAAAGGCCGCCTGGAAGCCAGGATGCAAATCCTGGAAGACCACAATAAACAGCTGGAGTCACAGTTACAC 1569
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2513 AACACAAAGGCCGCCTGGAAGCCAGGATGCAAATCCTGGAAGACCACAATAAACAGCTGGAGTCACAGTTACAC 2586
Query 1570 AGGCTAAGGCAGCTGCTGGAGCAACCCCAGGCAGAGGCCAAAGTGAATGGCACAACGGTGTCCTCTCCTTCTAC 1643
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2587 AGGCTAAGGCAGCTGCTGGAGCAACCCCAGGCAGAGGCCAAAGTGAATGGCACAACGGTGTCCTCTCCTTCTAC 2660
Query 1644 CTCTCTACAGAGGTCCGACAGCAGTCAGCCTATGCTGCTCCGAGTGGTTGGCAGTCAAACTTCGGACTCCATGG 1717
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2661 CTCTCTACAGAGGTCCGACAGCAGTCAGCCTATGCTGCTCCGAGTGGTTGGCAGTCAAACTTCGGACTCCATGG 2734
Query 1718 GTGAGGAAGATCTTCTCAGTCCTCCCCAGGACACAAGCACAGGGTTAGAGGAGGTGATGGAGCAACTCAACAAC 1791
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2735 GTGAGGAAGATCTTCTCAGTCCTCCCCAGGACACAAGCACAGGGTTAGAGGAGGTGATGGAGCAACTCAACAAC 2808
Query 1792 TCCTTCCCTAGTTCAAGAGGACACAATGTAGGAAGTCTTTTCCACATGGCAGATGATTTGGGCAGAGCGATGGA 1865
||||||||||||||||||||| ||.|| |.|.|.||| |.|||.|
Sbjct 2809 TCCTTCCCTAGTTCAAGAGGA--------AGAAA------TACCCCTGG--------------AAAGCCA---- 2850
Query 1866 GTCCTTAGTATCAGTCATGACAGATGAAGAAGGAGCAGAA-- 1905
||||.|||.|| ||.||
Sbjct 2851 ----------------ATGAGAGAGGA--------CACAATG 2868
