Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_07162
- Subject:
- NM_001260488.1
- Aligned Length:
- 1884
- Identities:
- 1415
- Gaps:
- 270
Alignment
Query 1 ATGATTTCACCTTCACTTGAACTGCTTCATTCAG-GACTCTGCAAATTCCCTGAAGTAGAAGGAAAAATGACCA 73
||||| || || || .|||||.|.|.||.|.| .||
Sbjct 1 ATGAT--------------AA-----------AGAGA---AGCAAAGTACTTGTATT----------CTG---- 32
Query 74 CATTCAAA----------GAGGCAGTGACATTCAAGGATGTGGCTGTGGTCTTCACTGAGGAGGAGCTGGGGCT 137
|||||| |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 33 --TTCAAAGATTATGGAGGAGGCAGTGACCTTCAAGGATGTGGCTGTGGTCTTCACTGAGGAGGAGCTGGGGCT 104
Query 138 GCTGGACCCTGCCCAGAGGAAGCTGTACCGAGATGTGATGCTAGAGAACTTCAGGAACCTGCTCTCAGTAGGGA 211
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||.
Sbjct 105 GCTGGACCCTGCCCAGAGGAAGCTGTACCGAGATGTGATGCTGGAGAACTTCAGGAACCTGCTCTCAGTGGGGC 178
Query 212 ATCAACCATTCCACCAAGATACTTTCCACTT-CTTAGGGAAGGAAAAGTTTTGGAAGATGAAGACAACAAGCCA 284
|||||||.||||||||||||||||.|||||| ||.|||||| |||||||||||||.||||..||||.|||.|||
Sbjct 179 ATCAACCGTTCCACCAAGATACTTGCCACTTCCTAAGGGAA-GAAAAGTTTTGGATGATGGGGACAGCAACCCA 251
Query 285 AAGAGAAGGGAATTCAGGAGGCAAGATCCAAATTGAGATGGAGACTGTTCCAGAAGCAGGACCACATGAAGAGT 358
||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 252 AAGAGAAGGGAATTCAGGAGGCAAGATCCAAACTGAGTTGGAGTCTGTTCCAGAAGCAGGAGCACATGAAGAGT 325
Query 359 GGTCCTGTCAGCAAATATGGGAACAAATTGCAAGTGACCTAACCAGGTCTCAAAACTCCATAAGGAACAGCTCT 432
|||||||.||||||||.||||||||||||||||..|||.|||||||||||||..||||.||.|..||.|.||||
Sbjct 326 GGTCCTGCCAGCAAATCTGGGAACAAATTGCAAAAGACTTAACCAGGTCTCAGGACTCTATCATAAATAACTCT 399
Query 433 CAGTTCTTCAAAGAAGGTGATGTCCCCTGCCAGATTGAGGCAAGACTATCTATAAGTCACGTGCA--ACAGAAA 504
||||||||..||.|.|||||||||||||.||||.||||.|||.|||||.|.|.||.||| |.|| |||||||
Sbjct 400 CAGTTCTTTGAAAATGGTGATGTCCCCTCCCAGGTTGAAGCAGGACTACCCACAATTCA--TACAGGACAGAAA 471
Query 505 CCTTACC---GTTGTAATGAA-TGTAAACAGTCCATCAGTGATGTTTCTGTCTTTGATCTTCATCAACAATCAC 574
||||.|| ||.| ||| ||||||||||||.|||||||||||.|..||||||||||||.|||.||.|.|.
Sbjct 472 CCTTCCCAGGGTGG----GAAGTGTAAACAGTCCTTCAGTGATGTTCCCATCTTTGATCTTCCTCAGCAGTTAT 541
Query 575 ACTCAGGAGAGAAATCTCATACATGTGGTGAGTGTGGAAAAAGCTTCTGTTACAGCCCAGCCCTTCATATTCAT 648
||||||.||||||.|||.|||||||||.||||||||||||||||.|||||||||.|.||||.||||||.|||||
Sbjct 542 ACTCAGAAGAGAAGTCTTATACATGTGATGAGTGTGGAAAAAGCATCTGTTACATCTCAGCTCTTCATGTTCAT 615
Query 649 CAGAGAGTCCATATGGGAGAAAAATGCTATAAGTGTGATGTGTGTGGTAAGGAATTTAATCAGAGCTCACATCT 722
|||||||||||..|||||||.|||..||.||.|||||||||||||||.||||||||||.|||.|||||||||||
Sbjct 616 CAGAGAGTCCACGTGGGAGAGAAACTCTTTATGTGTGATGTGTGTGGCAAGGAATTTAGTCAAAGCTCACATCT 689
Query 723 GCAAACTCATCAGAGAGTCCATACTGGAGAGAAACCATTCAAACGTGGGCAATGTGGGAAAGGCTTCCATAGTA 796
|||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.|||.|||||||||||||||.|||..|.|||
Sbjct 690 GCAAACTCATCAGAGAGTCCACACTGGAGAGAAACCATTCAAATGTGAGCAATGTGGGAAAGGTTTCAGTCGTA 763
Query 797 GATCAGCACTTAATGTTCATTGCAAATTGCACACAGGAGAGAAACCTTATAATTGTGAGGAATGTGGGAAAGCC 870
||||||||||||||||||||.|.|||||.||||||||||||||||||||.|.||||||||.|||||||||.|||
Sbjct 764 GATCAGCACTTAATGTTCATCGTAAATTACACACAGGAGAGAAACCTTACATTTGTGAGGCATGTGGGAAGGCC 837
Query 871 TTCATTCATGATTCACAGCTTCAGGAACATCAGAGAATCCATACTGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGATATATG 944
||||||||||||||.||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 838 TTCATTCATGATTCCCAGCTTAAGGAACATAAGAGAATCCATACTGGGGAGAAACCATTCAAATGTGATATATG 911
Query 945 TGGTAAGAGCTTCCGTGTTAGATCAAGACTTAATAGGCATTCCATGGTTCACACAGGAGAAAAACCATTCAGAT 1018
||||||||.||||..|.||||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct 912 TGGTAAGACCTTCTATTTTAGGTCAAGACTTAAGAGCCATTCCATGGTTCACACAGGAGAAAAACCATTTAGGT 985
Query 1019 GTGATACATGTGGCAAGAACTTTCGTCAGAGATCAGCACTTAATAGTCATTCCATGGTCCACATAGAAGAGAAG 1092
||||||||||||..||||.|||||.|||||||||||||||||||||.||||.|||||||||||.||.||||||.
Sbjct 986 GTGATACATGTGATAAGAGCTTTCATCAGAGATCAGCACTTAATAGGCATTGCATGGTCCACACAGGAGAGAAA 1059
Query 1093 CCATACAAATGTGAGCAATGTGGAAAAGGCTTCATTTGTAGGCGAGATTTTTGTAAGCATCAGATGGTCCACAC 1166
||.||||.|||||||||.||||||||||||||.|||.||||||.||||||||.||||||||||.||||||||||
Sbjct 1060 CCGTACAGATGTGAGCAGTGTGGAAAAGGCTTTATTGGTAGGCTAGATTTTTATAAGCATCAGGTGGTCCACAC 1133
Query 1167 AGGAGAGAAACCATATAATTGTAAAGAATGTGGGAAGACCTTCAGATGGTCCTCATGTCTTTTGAACCATCAGC 1240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1134 AGGAGAGAAACCATATAATTGTAAAGAATGTGGGAAGAGCTTCAGATGGTCCTCATGCCTTTTGAACCATCAGC 1207
Query 1241 AAGTCCACAGTGGACAAAAATCCTTCAAATGTGAAGAATGTGGGAAGGGATTTTATACAAATTCACGACGATCT 1314
.|||||||||||||.|||||..|||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.||..|||
Sbjct 1208 GAGTCCACAGTGGAGAAAAAAGCTTCAAATGTGAAGAATGTGGAAAGGGATTTTATACAAATTCACAACTGTCT 1281
Query 1315 TCCCATCAGAGATCCCACAATGGAGAAAAGCCATATAACTGTGAGGAGTGTGGTAAGGACTATAAAAGGAGGTT 1388
|||||||||||||||||||.|||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||.||||...|..|.|||
Sbjct 1282 TCCCATCAGAGATCCCACAGTGGTGAAAAGCCATATAAATGTGAGGAGTGTGGGAAGGGCTATGTTACTAAGTT 1355
Query 1389 GGATCTTGAGTTTCACCAGAGGGTCCACACGGGTGAGAGACCCTATAATTGTAAGGAATGTGGCAAGAGCTTTG 1462
..|||||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||.||||.
Sbjct 1356 TAATCTTGACTTGCACCAGAGGGTCCACACGGGAGAGAGACCTTATAATTGTAAGGAATGTGGGAAGAACTTTA 1429
Query 1463 GCTGGGCCTCCTGTCTTTTGAAACATCAGAGACTCCACAGTGGGGAAAAACCTTTCAAATGTGAAGAGTGTGGA 1536
||.|||||||..||.|||||||.|||.|||||||||||.|...|.|||||||.|||||||||||.||.||||||
Sbjct 1430 GCCGGGCCTCAAGTATTTTGAATCATAAGAGACTCCACTGCCAGAAAAAACCATTCAAATGTGAGGACTGTGGA 1503
Query 1537 AAGAGATTTACTCAGAGTACACA--ACTTCATTC--------CCATCAGACATGCCATACTGGAGAAAAGCTAT 1600
|||||..|| ||||||| | |||.| |||.|.||.|..|.|||.|||.|||||.|.||
Sbjct 1504 AAGAGGCTT-------GTACACAGGA---CATACCGTAAAGACCAGCCGAGAGACTATAGTGGGGAAAACCCAT 1567
Query 1601 ACAAATGTGAGCAGTGTGAGAAGGGGTACAACAGTAAATTTAATCTTGACATGCACCAGAGGGTCCACAGGGGA 1674
.||||||||||.|.||||.||...|.|||||.||....||.|||||.||
Sbjct 1568 CCAAATGTGAGGATTGTGGGAGACGCTACAAGAGGCGCTTGAATCTGGA------------------------- 1616
Query 1675 GAGCGACCCTATAATTGTAAGGAATGTGGAAAGAGCTTTGGCTGGGCTTCATGTCTTT-----TGAAACATCAG 1743
||||.||.|| |||| |.||| |||.|||
Sbjct 1617 ---------TATACTTTTA-----------------------------TCAT-TATTTCTAAATGACACA---- 1647
Query 1744 AGACTCCACAGTGGAGAAAAGCCATTGAAATCTGGAGTGTGGGAAGAGATCTACTCAGAATTCACAGCTTCATT 1817
Sbjct 1648 -------------------------------------------------------------------------- 1647
Query 1818 TACATCAGTAAGTCTATGTGGGAGAAAAGCCATA 1851
Sbjct 1648 ---------------------------------- 1647