Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07340
• Subject: XR_001743734.2
• Aligned Length: 2239
• Identities: 1454
• Gaps: 784

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  GTAGTGCTCCTGCTTCCTGGCCGAGGGCGGGCGAGCGGAGCCTGCTTTCGCAGCGATCGCGAGCGTGTGGCGAT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  TGCTTCTGTCTGTTATTTAGATATGGAAGCTGAGGGGATGCACAGAGGCAGCCAGAACCTAGGTCAGGGTCTCG  148

Query    1  ----------------------------------ATGGGGGAGCCCGGCTTCTTCGTCACAGGAGACCGCGCCG  40
                                              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CTCGGTGCTGACCGCCCCCGGGGTCGAGTAGGCGATGGGGGAGCCCGGCTTCTTCGTCACAGGAGACCGCGCCG  222

Query   41  GTGGCCGGAGCTGGTGCCTGCGGCGGGTGGGGATGAGCGCCGGGTGGCTGCTGCTGGAAGATGGGTGCGAGGTG  114
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GTGGCCGGAGCTGGTGCCTGCGGCGGGTGGGGATGAGCGCCGGGTGGCTGCTGCTGGAAGATGGGTGCGAGGTG  296

Query  115  ACTGTAGGACGAGGATTTGGTGTCACATACCAACTGGTATCAAAAATCTGCCCCCTGATGATTTCTCGAAACCA  188
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  ACTGTAGGACGAGGATTTGGTGTCACATACCAACTGGTATCAAAAATCTGCCCCCTGATGATTTCTCGAAACCA  370

Query  189  CTGTGTTTTGAAGCAGAATCCTGAGGGCCAATGGACAATTATGGACAACAAGAGTCTAAATGGTGTTTGGCTGA  262
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CTGTGTTTTGAAGCAGAATCCTGAGGGCCAATGGACAATTATGGACAACAAGAGTCTAAATGGTGTTTGGCTGA  444

Query  263  ACAGAGCGCGTCTGGAACCTTTAAGGGTCTATTCCATTCATCAGGGAGACTACATCCAACTTGGAGTGCCTCTG  336
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ACAGAGCGCGTCTGGAACCTTTAAGGGTCTATTCCATTCATCAGGGAGACTACATCCAACTTGGAGTGCCTCTG  518

Query  337  GAAAATAAGGAGAATGCGGAGTATGAATATGAAGTTACTGAAGAAGACTGGGAGACAATATATCCTTGTCTTTC  410
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GAAAATAAGGAGAATGCGGAGTATGAATATGAAGTTACTGAAGAAGACTGGGAGACAATATATCCTTGTCTTTC  592

Query  411  CCCAAAGAATGACCAAATGATAGAAAAAAATAAGGAATTGAGAACTAAAAGGAAATTCAGTTTGGATGAATTAG  484
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CCCAAAGAATGACCAAATGATAGAAAAAAATAAGGAATTGAGAACTAAAAGGAAATTCAGTTTGGATGAATTAG  666

Query  485  CAGGTCCTGGAGCTGAAGGCCCCTCAAATTTGAAATCCAAAATAAATAAAGTGTCTTGTGAATCTGGTCAGCCA  558
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CAGGTCCTGGAGCTGAAGGCCCCTCAAATTTGAAATCCAAAATAAATAAAGTGTCTTGTGAATCTGGTCAGCCA  740

Query  559  GTGAAATCACAGGGGAAAGGTGAAGTGGCCAGTACACCCTCTGACAATTTGGATCCTAAGTTGACTGCCCTTGA  632
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GTGAAATCACAGGGGAAAGGTGAAGTGGCCAGTACACCCTCTGACAATTTGGATCCTAAGTTGACTGCCCTTGA  814

Query  633  GCCAAGTAAGACCACAGGGGCTCCCATTTACCCTGGCTTCCCCAAAGTCACAGAGGTTCATCATGAGCAGAAAG  706
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GCCAAGTAAGACCACAGGGGCTCCCATTTACCCTGGCTTCCCCAAAGTCACAGAGGTTCATCATGAGCAGAAAG  888

Query  707  CCTCAAACTCTTCAGCATCTCAGAGAAGCTTACAGATGTTTAAGGTGACCATGTCCAGGATTCTGAGGCTCAAA  780
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CCTCAAACTCTTCAGCATCTCAGAGAAGCTTACAGATGTTTAAGGTGACCATGTCCAGGATTCTGAGGCTCAAA  962

Query  781  ATACAGATGCAGGAAAAACATGAAGCCGTTATGAATGTGAAAAAGCAGACCCAAAAGGGGAACTCAAAGAAAGT  854
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  ATACAGATGCAGGAAAAACATGAAGCCGTTATGAATGTGAAAAAGCAGACCCAAAAGGGGAACTCAAAGAAAGT  1036

Query  855  TGTGCAAATGGAGCAGGAACTTCAGGACTTACAGTCCCAGCTGTGTGCAGAGCAGGCTCAGCAGCAGGCAAGAG  928
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TGTGCAAATGGAGCAGGAACTTCAGGACTTACAGTCCCAGCTGTGTGCAGAGCAGGCTCAGCAGCAGGCAAGAG  1110

Query  929  TGGAGCAACTAGAGAAGACTTTCCAGGAAGAGGAACAGCATCTTC-----------------------------  973
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                             
Sbjct 1111  TGGAGCAACTAGAGAAGACTTTCCAGGAAGAGGAACAGCATCTTCAGCCAGCATGTGATGGGACAGATGCACCA  1184

Query  974  --------------------------------------------------------------------------  973
                                                                                      
Sbjct 1185  TGACTGCATTGTTGGGTTGAATGATAAACCACCTTCCACAGTGCCTATAGTAGGAAGGTAAAATAATGACTGTC  1258

Query  974  ------------AGGGTTTGGAGATAGCCCAAGGAGAAAAGGACCTGAAGCAACAGCTGGCCCAGGCTCTGCAG  1035
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TTAGCTGTATAAAGGGTTTGGAGATAGCCCAAGGAGAAAAGGACCTGAAGCAACAGCTGGCCCAGGCTCTGCAG  1332

Query 1036  GAGCATTGGGCTCTAATGGAAGAGCTAAATCGCAGCAAGAAGGACTTTGAAGCAATCATTCAAGCCAAGAACAA  1109
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GAGCATTGGGCTCTAATGGAAGAGCTAAATCGCAGCAAGAAGGACTTTGAAGCAATCATTCAAGCCAAGAACAA  1406

Query 1110  AGAATTAGAGCAGACCAAGGAAGAGAAGGAGAAGATGCAAGCACAGAAGGAAGAAGTTCTTAGCCACATGAATG  1183
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  AGAATTAGAGCAGACCAAGGAAGAGAAGGAGAAGATGCAAGCACAGAAGGAAGAAGTTCTTAGCCACATGAATG  1480

Query 1184  ATGTGCTAGAGAATGAGCTCCAATGTATTATTTGTTCAGAATACTTCATTGAGGCTGTCACCTTGAACTGTGCC  1257
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  ATGTGCTAGAGAATGAGCTCCAATGTATTATTTGTTCAGAATACTTCATTGAGGCTGTCACCTTGAACTGTGCC  1554

Query 1258  CACAGTTTCTGCTCCTACTGTATCAATGAATGGATGAAGCGGAAGATAGAATGCCCCATTTGTCGGAAGGACAT  1331
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CACAGTTTCTGCTCCTACTGTATCAATGAATGGATGAAGCGGAAGATAGAATGCCCCATTTGTCGGAAGGACAT  1628

Query 1332  TAAGTCCAAAACATACTCTTTGGTTCTGGACAATTGCATTAATAAGATGGTAAATAATCTGAGCTCAGAAGTGA  1405
            ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  TAAGTCCAAAACGTACTCTTTGGTTCTGGACAATTGCATTAATAAGATGGTAAATAATCTGAGCTCAGAAGTGA  1702

Query 1406  AAGAACGACGAATTGTTCTCATTAGGGAACGAAAAGCAAAGAGATTGTTC------------------------  1455
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                        
Sbjct 1703  AAGAACGACGAATTGTTCTCATTAGGGAACGAAAAGCAAAGAGATTGTTCTGAAGACCGTGCTCTAAGGGCATT  1776

Query 1456  --------------------------------------------------------------------------  1455
                                                                                      
Sbjct 1777  TGAAAGACTGCCAGGTAGTGCGAGCCTGAGATGGTCTGGAGGATTCTCTCTAGCCGTGACTCCGCTGCTCTGAA  1850

Query 1456  --------------------------------------------------------------------------  1455
                                                                                      
Sbjct 1851  GGTCAACTGAGAAGTCTTGTGGGACAGAGACTTGAGTTAGGAAGCCCTCAGTCACTTGCCTTCCACGGTGGCCA  1924

Query 1456  --------------------------------------------------------------------------  1455
                                                                                      
Sbjct 1925  GCCCTGCTGCCATCATTGGCTGAAGCACCACCAGGATTCACGGCACCCAACTGCTTCAGGGTACTTCGTAGACT  1998

Query 1456  --------------------------------------------------------------------------  1455
                                                                                      
Sbjct 1999  CTGCCTCACTACATGTCGAAAGAGTTATTTGAGTTCTCTTCTGTTTTTTTTTAATTTGTTGTTGTTGTTACTGT  2072

Query 1456  --------------------------------------------------------------------------  1455
                                                                                      
Sbjct 2073  TTTGATACCTCGGAAACACCTCCGTTGACAGTTGTTTTGGATAGGTTGGGTGTACCCCATGGCTGCCTCTGAAG  2146

Query 1456  --------------------------------------------------------------------------  1455
                                                                                      
Sbjct 2147  GCAGTGTCTATTTTGAGAGGATGGCTTACCTCTTCTTTGTGAAAATACTATCTCATTTCCTGGAAATAAAATGT  2220

Query 1456  -------------------  1455
                               
Sbjct 2221  AAAACCTGTCAGTTGCTCA  2239