Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07340
• Subject: XR_427853.3
• Aligned Length: 1960
• Identities: 1401
• Gaps: 514

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  GTAGTGCTCCTGCTTCCTGGCCGAGGGCGGGCGAGCGGAGCCTGCTTTCGCAGCGATCGCGAGCGTGTGGCGAT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  TGCTTCTGTCTGTTATTTAGATATGGAAGCTGAGGGGATGCACAGAGGCAGCCAGAACCTAGGTCAGGGTCTCG  148

Query    1  ----------------------------------ATGGGGGAGCCCGGCTTCTTCGTCACAGGAGACCGCGCCG  40
                                              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CTCGGTGCTGACCGCCCCCGGGGTCGAGTAGGCGATGGGGGAGCCCGGCTTCTTCGTCACAGGAGACCGCGCCG  222

Query   41  GTGGCCGGAGCTGGTGCCTGCGGCGGGTGGGGATGAGCGCCGGGTGGCTGCTGCTGGAAGATGGGTGCGAGGTG  114
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GTGGCCGGAGCTGGTGCCTGCGGCGGGTGGGGATGAGCGCCGGGTGGCTGCTGCTGGAAGATGGGTGCGAGGTG  296

Query  115  ACTGTAGGACGAGGATTTGGTGTCACATACCAACTGGTATCAAAAATCTGCCCCCTGATGATTTCTCGAAACCA  188
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  ACTGTAGGACGAGGATTTGGTGTCACATACCAACTGGTATCAAAAATCTGCCCCCTGATGATTTCTCGAAACCA  370

Query  189  CTGTGTTTTGAAGCAGAATCCTGAGGGCCAATGGACAATTATGGACAACAAGAGTCTAAATGGTGTTTGGCTGA  262
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CTGTGTTTTGAAGCAGAATCCTGAGGGCCAATGGACAATTATGGACAACAAGAGTCTAAATGGTGTTTGGCTGA  444

Query  263  ACAGAGCGCGTCTGGAACCTTTAAGGGTCTATTCCATTCATCAGGGAGACTACATCCAACTTGGAGTGCCTCTG  336
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ACAGAGCGCGTCTGGAACCTTTAAGGGTCTATTCCATTCATCAGGGAGACTACATCCAACTTGGAGTGCCTCTG  518

Query  337  GAAAATAAGGAGAATGCGGAGTATGAATATGAAGTTACTGAAGAAGACTGGGAGACAATATATCCTTGTCTTTC  410
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GAAAATAAGGAGAATGCGGAGTATGAATATGAAGTTACTGAAGAAGACTGGGAGACAATATATCCTTGTCTTTC  592

Query  411  CCCAAAGAATGACCAAATGATAGAAAAAAATAAGGAATTGAGAACTAAAAGGAAATTCAGTTTGGATGAATTAG  484
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CCCAAAGAATGACCAAATGATAGAAAAAAATAAGGAATTGAGAACTAAAAGGAAATTCAGTTTGGATGAATTAG  666

Query  485  CAGGTCCTGGAGCTGAAGGCCCCTCAAATTTGAAATCCAAAATAAATAAAGTGTCTTGTGAATCTGGTCAGCCA  558
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CAGGTCCTGGAGCTGAAGGCCCCTCAAATTTGAAATCCAAAATAAATAAAGTGTCTTGTGAATCTGGTCAGCCA  740

Query  559  GTGAAATCACAGGGGAAAGGTGAAGTGGCCAGTACACCCTCTGACAATTTGGATCCTAAGTTGACTGCCCTTGA  632
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GTGAAATCACAGGGGAAAGGTGAAGTGGCCAGTACACCCTCTGACAATTTGGATCCTAAGTTGACTGCCCTTGA  814

Query  633  GCCAAGTAAGACCACAGGGGCTCCCATTTACCCTGGCTTCCCCAAAGTCACAGAGGTTCATCATGAGCAGAAAG  706
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GCCAAGTAAGACCACAGGGGCTCCCATTTACCCTGGCTTCCCCAAAGTCACAGAGGTTCATCATGAGCAGAAAG  888

Query  707  CCTCAAACTCTTCAGCATCTCAGAGAAGCTTACAGATGTTTAAGGTGACCATGTCCAGGATTCTGAGGCTCAAA  780
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CCTCAAACTCTTCAGCATCTCAGAGAAGCTTACAGATGTTTAAGGTGACCATGTCCAGGATTCTGAGGCTCAAA  962

Query  781  ATACAGATGCAGGAAAAACATGAAGCCGTTATGAATGTGAAAAAGCAGACCCAAAAGGGGAACTCAAAGAAAGT  854
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  ATACAGATGCAGGAAAAACATGAAGCCGTTATGAATGTGAAAAAGCAGACCCAAAAGGGGAACTCAAAGAAAGT  1036

Query  855  TGTGCAAATGGAGCAGGAACTTCAGGACTTACAGTCCCAGCTGTGTGCAGAGCAGGCTCAGCAGCAGGCAAGAG  928
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TGTGCAAATGGAGCAGGAACTTCAGGACTTACAGTCCCAGCTGTGTGCAGAGCAGGCTCAGCAGCAGGCAAGAG  1110

Query  929  TGGAGCAACTAGAGAAGACTTTCCAGGAAGAGGAACAGCATCTTCAGGGTTTGGAGATAGCCCAAGGAGAAAAG  1002
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TGGAGCAACTAGAGAAGACTTTCCAGGAAGAGGAACAGCATCTTCAGGGTTTGGAGATAGCCCAAGGAGAAAAG  1184

Query 1003  GACCTGAAGCAACAGCTGGCCCAGGCTCTGCAGGAGCATTGGGCTCTAATGGAAGAGCTAAATCGCAGCAAGAA  1076
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GACCTGAAGCAACAGCTGGCCCAGGCTCTGCAGGAGCATTGGGCTCTAATGGAAGAGCTAAATCGCAGCAAGAA  1258

Query 1077  GGACTTTGAAGCAATCATTCAAGCCAAGAACAAAGAATTAGAGCAGACCAA-----------------------  1127
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                       
Sbjct 1259  GGACTTTGAAGCAATCATTCAAGCCAAGAACAAAGAATTAGAGCAGACCAAGGTACTGGAAAGAAGATGGAAGT  1332

Query 1128  ---------GGAAGAGAAGGAGAAGATGCAAGCACAGAAGGAAGAAGTTCTTAGCCACATGAATGATGTGCTAG  1192
                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TTAGAATTTGGAAGAGAAGGAGAAGATGCAAGCACAGAAGGAAGAAGTTCTTAGCCACATGAATGATGTGCTAG  1406

Query 1193  AGAATGAGCTCCAATGTATTATTTGTTCAGAATACTTCATTGAG------------------------GCT---  1239
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                        |||   
Sbjct 1407  AGAATGAGCTCCAATGTATTATTTGTTCAGAATACTTCATTGAGCAAAGAGATTGTTCTGAAGACCGTGCTCTA  1480

Query 1240  --GTCACCTTGA---ACT--------GTGC---CCACAGTT--TCTG-------CTC-CTA-------------  1274
              |.|| .||||   |||        ||||   ||..||.|  ||||       ||| |||             
Sbjct 1481  AGGGCA-TTTGAAAGACTGCCAGGTAGTGCGAGCCTGAGATGGTCTGGAGGATTCTCTCTAGCCGTGACTCCGC  1553

Query 1275  ----CTGTA--TCAA-TGAATGGATGAAG------CGGA----------AGATAGAATGCC-------------  1312
                |||.|  |||| |||      ||||      .|||          ||.|||.|.|||             
Sbjct 1554  TGCTCTGAAGGTCAACTGA------GAAGTCTTGTGGGACAGAGACTTGAGTTAGGAAGCCCTCAGTCACTTGC  1621

Query 1313  ------------------------CCAT--TTGTCGGAAGGAC-------ATT---------------------  1332
                                    ||||  |||.|.||||.||       |||                     
Sbjct 1622  CTTCCACGGTGGCCAGCCCTGCTGCCATCATTGGCTGAAGCACCACCAGGATTCACGGCACCCAACTGCTTCAG  1695

Query 1333  ---------------------------AAGTCCAAA-ACATA--------CTCT--------------------  1350
                                       |.|||.||| |..||        ||||                    
Sbjct 1696  GGTACTTCGTAGACTCTGCCTCACTACATGTCGAAAGAGTTATTTGAGTTCTCTTCTGTTTTTTTTTAATTTGT  1769

Query 1351  -----TTGGTTCTG---------------------------GACAATTGCATT-AATAAGATG---GTAAATAA  1388
                 |||.|.|||                           ||||.|||..|| .|||.|.||   |||....|
Sbjct 1770  TGTTGTTGTTACTGTTTTGATACCTCGGAAACACCTCCGTTGACAGTTGTTTTGGATAGGTTGGGTGTACCCCA  1843

Query 1389  T--CTGAGCTCAGAAG-------------TGAAAGAACGACGAA--------TTGT----------TCTCATT-  1428
            |  ||| .|||.||||             |||.||.|.|.|..|        ||||          ||||||| 
Sbjct 1844  TGGCTG-CCTCTGAAGGCAGTGTCTATTTTGAGAGGATGGCTTACCTCTTCTTTGTGAAAATACTATCTCATTT  1916

Query 1429  --AGGGAACGAAAAGCAAA------GAGATTGTTC-  1455
              .||.||..|||.|.|||      .|| |||.|| 
Sbjct 1917  CCTGGAAATAAAATGTAAAACCTGTCAG-TTGCTCA  1951