Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07353
• Subject: NM_001164170.1
• Aligned Length: 1716
• Identities: 1577
• Gaps: 21

Alignment

Query    1  ATGGCGGATTTCGAAGATTTGAGGAATATGGTTTCTAGTTTTAGGGTTTCTGAACTACAAGTATTACTAGGCTT  74
                                 |.||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||.|||||.|||||
Sbjct    1  ---------------------ATGAATATGGTTTCTAGTTTTAGGGTTTCTGAGTTACAAGTGTTACTGGGCTT  53

Query   75  TGCTGGACGGAATAAAAGTGGACGCAAGCATGACCTCCTGATGAGGGCGCTGCATTTATTGAAGAGCGGCTGCA  148
            |||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||.|||||||
Sbjct   54  TGCTGGACGGAATAAAAGTGGGCGCAAGCATGACCTCCTGATGAGGGCGTTGCATTTATTGAAGAGTGGCTGCA  127

Query  149  GCCCTGCGGTTCAGATTAAAATCCGAGAATTGTATAGACGCCGATATCCACGAACTCTTGAAGGACTTTCTGAT  222
            ||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||||.||||
Sbjct  128  GCCCTGCGGTTCAGATTAAAATTCGAGAATTATATAGACGCCGATACCCACGGACACTTGAAGGACTTTGTGAT  201

Query  223  TTATCCACAATCAAATCATCGGTTTTCAGTTTGGATGGTGGCTCATCACCTGTAGAACCTGACTTGGCCGTGGC  296
            .|.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.||||||||||.|||||||||||||||.|.|||||
Sbjct  202  CTTTCCACAATCAAATCATCGGTTTTCAGCTTGGATGGTAGCTCATCACCCGTAGAACCTGACTTGCCTGTGGC  275

Query  297  TGGAATCCACTCGTTGCCTTCCACTTCAGTTACACCTCACTCACCATCCTCTCCTGTTGGTTCTGTGCTGCTTC  370
            |||.|||||||||||||||||.||||||.||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||.|||||.|
Sbjct  276  TGGGATCCACTCGTTGCCTTCGACTTCAATTACACCTCATTCACCGTCATCTCCTGTTGGTTCTGTACTGCTGC  349

Query  371  AAGATACTAAGCCCACATTTGAGATGCAGCAGCCATCTCCCCCAATTCCTCCTGTCCATCCTGATGTGCAGTTA  444
            ||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  350  AAGACACTAAGCCCACCTTTGAGATGCAGCAGCCGTCTCCGCCCATTCCTCCTGTCCATCCTGATGTGCAGTTA  423

Query  445  AAAAATCTGCCCTTTTATGATGTCCTTGATGTTCTCATCAAGCCCACGAGTTTAGTTCAAAGCAGTATTCAGCG  518
            |||||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  424  AAAAACCTGCCTTTCTATGATGTCCTTGATGTTCTCATCAAGCCCACGAGTTTAGTTCAAAGCAGTATTCAGCG  497

Query  519  ATTTCAAGAGAAGTTTTTTATTTTTGCTTTGACACCTCAACAAGTTAGAGAGATATGCATATCCAGGGATTTTT  592
            .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||.||.|||||.||||
Sbjct  498  GTTTCAAGAGAAGTTTTTTATTTTTGCTTTGACACCTCAGCAAGTTAGAGAAATATGTATTTCAAGGGACTTTT  571

Query  593  TGCCAGGTGGTAGGAGAGATTATACAGTCCAAGTTCAGTTGAGACTTTGCCTGGCAGAGACAAGTTGCCCTCAA  666
            ||||.|||||.||||||||.||.|||||||||||.|||.||.||||||||.||||||||||.||||||||||||
Sbjct  572  TGCCGGGTGGCAGGAGAGACTACACAGTCCAAGTCCAGCTGCGACTTTGCTTGGCAGAGACCAGTTGCCCTCAA  645

Query  667  GAAGATAACTATCCAAATAGTCTATGTATAAAAGTAAATGGGAAGCTATTTCCTTTGCCTGGCTATGCACCACC  740
            ||||||||||||||.||||||.|.|||||||||||.||||||||.||.||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct  646  GAAGATAACTATCCCAATAGTTTGTGTATAAAAGTCAATGGGAAACTCTTTCCTTTGCCTGGCTATGCGCCACC  719

Query  741  GCCTAAAAATGGGATTGAACAGAAGCGCCCTGGACGCCCCTTGAATATTACATCTTTAGTTAGGTTATCTTCAG  814
            .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||||.||||||||||||||.|||||||
Sbjct  720  ACCTAAAAATGGGATTGAACAGAAGCGCCCTGGACGCCCCCTGAACATTACGTCTTTAGTTAGGTTGTCTTCAG  793

Query  815  CTGTGCCAAACCAAATTTCCATTTCTTGGGCATCAGAAATTGGGAAGAATTACTCTATGTCTGTATATCTTGTA  888
            ||||||||||.||.|||||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||
Sbjct  794  CTGTGCCAAATCAGATTTCTATTTCTTGGGCATCTGAAATTGGAAAGAATTACTCCATGTCTGTGTATCTTGTA  867

Query  889  CGGCAGCTTACATCAGCCATGTTATTACAGAGATTAAAAATGAAAGGTATTAGAAACCCTGATCATTCCAGAGC  962
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  868  CGACAGCTTACATCAGCCATGTTATTACAGAGATTAAAAATGAAAGGTATTAGAAATCCTGATCATTCCAGAGC  941

Query  963  ACTAATTAAAGAAAAACTTACTGCAGATCCTGATAGTGAAATTGCTACAACTAGCCTTCGGGTATCCTTGATGT  1036
            |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||
Sbjct  942  ACTAATTAAAGAAAAACTTACTGCAGACCCTGATAGTGAAATTGCTACAACTAGTCTTCGAGTGTCCTTGATGT  1015

Query 1037  GCCCTTTAGGAAAAATGAGGCTGACAATCCCATGCCGTGCAGTGACTTGTACACATCTGCAGTGTTTTGATGCT  1110
            |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 1016  GCCCTTTAGGAAAAATGAGGCTGACAATCCCGTGCCGTGCAGTGACTTGTACACATCTGCAGTGCTTTGATGCT  1089

Query 1111  GCCCTCTATCTACAAATGAATGAGAAAAAGCCCACCTGGATTTGTCCTGTGTGTGACAAAAAAGCTGCCTATGA  1184
            |||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1090  GCCCTCTATCTTCAGATGAATGAGAAAAAGCCCACCTGGATCTGTCCTGTTTGTGACAAAAAGGCTGCCTATGA  1163

Query 1185  AAGTCTAATATTAGATGGGCTTTTTATGGAAATTCTCAATGACTGTTCTGATGTAGATGAGATCAAATTCCAAG  1258
            .|||||.|||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|
Sbjct 1164  GAGTCTGATACTAGATGGGCTTTTTATGGAAATTCTCAATGACTGTTCTGATGTGGATGAGATCAAATTCCAGG  1237

Query 1259  AAGATGGTTCTTGGTGTCCAATGAGACCGAAGAAAGAAGCTATGAAAGTATCCAGCCAACCGTGTACAAAAATA  1332
            |||||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||||||||||||.|||||||.||.|||||||||.||
Sbjct 1238  AAGATGGTTCTTGGTGTCCCATGAGACCTAAAAAAGAAGCTATGAAAGTAACCAGCCAGCCCTGTACAAAAGTA  1311

Query 1333  GAAAGTTCAAGCGTCCTCAGTAAGCCTTGTTCAGTGACTGTAGCCAGTGAGGCAAGCAAGAAGAAAGTAGATGT  1406
            |||||||||||.|||.|.|||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||..|||||||
Sbjct 1312  GAAAGTTCAAGTGTCTTTAGTAAACCTTGTTCAGTGACTGTAGCCAGTGATGCAAGCAAGAAGAAGATAGATGT  1385

Query 1407  TATTGATCTTACAATAGAAAGCTCTTCTGACGAAGAGGAAGACCCTCCTGCCAAAAGGAAATGCATCTTTATGT  1480
            |||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1386  TATTGATCTAACAATAGAGAGCTCTTCTGATGAAGAGGAAGACCCTCCCGCCAAAAGGAAATGCATCTTTATGT  1459

Query 1481  CAGAAACACAAAGCAGCCCAACCAAAGGGGTTCTCATGTATCAGCCATCTTCTGTAAGGGTGCCCAGTGTGACT  1554
            ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1460  CAGAAACACAAAGCAGTCCAACCAAAGGGGTTCTCATGTATCAGCCATCTTCTGTAAGGGTGCCCAGTGTGACT  1533

Query 1555  TCGGTTGATCCTGCTGCTATTCCGCCTTCATTAACAGACTACTCAGTACCATTCCACCATACGCCAATATCAAG  1628
            ||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.|.|||||
Sbjct 1534  TCAGTTGATCCTGCTGCTATTCCACCTTCATTAACAGACTACTCAGTACCATTCCACCACACGCCAGTGTCAAG  1607

Query 1629  CATGTCATCAGATTTGCCAGGAGAACAAAGAAGAAATGATATTAATAATGAACTGAAGCTTGGAACATCTTCTG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||.||.||||||||.|||||||||
Sbjct 1608  CATGTCATCAGATTTGCCAGGAGAACAAAGAAGAAATGATATTAATAACGAAGTGCAGCTTGGAGCATCTTCTG  1681

Query 1703  ATACTGTGCAACAG  1716
            ||||||||||||||
Sbjct 1682  ATACTGTGCAACAG  1695