Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07353
• Subject: NM_001354034.2
• Aligned Length: 1868
• Identities: 1697
• Gaps: 154

Alignment

Query    1  ATGGCGGATTTCGAAGATTTGAGGAATATGGTTTCTAGTTTTAGGGTTTCTGAACTACAAGTATTACTAGGCTT  74
            |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCGGATTTCGAAGAGTTGAGGAATATGGTTTCTAGTTTTAGGGTTTCTGAACTACAAGTATTACTAGGCTT  74

Query   75  TGCTGGACGGAATAAAAGTGGACGCAAGCATGACCTCCTGATGAGGGCGCTGCATTTATTGAAGAGCGGCTGCA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGCTGGACGGAATAAAAGTGGACGCAAGCATGACCTCCTGATGAGGGCGCTGCATTTATTGAAGAGCGGCTGCA  148

Query  149  GCCCTGCGGTTCAGATTAAAATCCGAGAATTGTATAGACGCCGATATCCACGAACTCTTGAAGGACTTTCTGAT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GCCCTGCGGTTCAGATTAAAATCCGAGAATTGTATAGACGCCGATATCCACGAACTCTTGAAGGACTTTCTGAT  222

Query  223  TTATCCACAATCAAATCATCGGTTTTCAGTTTGGATGGTGGCTCATCACCTGTAGAACCTGACTTGGCCGTGGC  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TTATCCACAATCAAATCATCGGTTTTCAGTTTGGATGGTGGCTCATCACCTGTAGAACCTGACTTGGCCGTGGC  296

Query  297  TGGAATCCACTCGTTGCCTTCCACTTCAGTTACACCTCACTCACCATCCTCTCCTGTTGGTTCTGTGCTGCTTC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TGGAATCCACTCGTTGCCTTCCACTTCAGTTACACCTCACTCACCATCCTCTCCTGTTGGTTCTGTGCTGCTTC  370

Query  371  AAGATACTAAGCCCACATTTGAGATGCAGCAGCCATCTCCCCCAATTCCTCCTGTCCATCCTGATGTGCAGTTA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AAGATACTAAGCCCACATTTGAGATGCAGCAGCCATCTCCCCCAATTCCTCCTGTCCATCCTGATGTGCAGTTA  444

Query  445  AAAAATCTGCCCTTTTATGATGTCCTTGATGTTCTCATCAAGCCCACGAGTTTAGTTCAAAGCAGTATTCAGCG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AAAAATCTGCCCTTTTATGATGTCCTTGATGTTCTCATCAAGCCCACGAGTTTAGTTCAAAGCAGTATTCAGCG  518

Query  519  ATTTCAAGAGAAGTTTTTTATTTTTGCTTTGACACCTCAACAAGTTAGAGAGATATGCATATCCAGGGATTTTT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  ATTTCAAGAGAAGTTTTTTATTTTTGCTTTGACACCTCAACAAGTTAGAGAGATATGCATATCCAGGGATTTTT  592

Query  593  TGCCAGGTGGTAGGAGAGATTATACAGTCCAAGTTCAGTTGAGACTTTGCCTGGCAGAGACAAGTTGCCCTCAA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TGCCAGGTGGTAGGAGAGATTATACAGTCCAAGTTCAGTTGAGACTTTGCCTGGCAGAGACAAGTTGCCCTCAA  666

Query  667  GAAGATAACTATCCAAATAGTCTATGTATAAAAGTAAATGGGAAGCTATTTCCTTTGCCTGGCTATGCACCACC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GAAGATAACTATCCAAATAGTCTATGTATAAAAGTAAATGGGAAGCTATTTCCTTTGCCTGGCTATGCACCACC  740

Query  741  GCCTAAAAATGGGATTGAACAGAAGCGCCCTGGACGCCCCTTGAATATTACATCTTTAGTTAGGTTATCTTCAG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GCCTAAAAATGGGATTGAACAGAAGCGCCCTGGACGCCCCTTGAATATTACATCTTTAGTTAGGTTATCTTCAG  814

Query  815  CTGTGCCAAACCAAATTTCCATTTCTTGGGCATCAGAAATTGGGAAGAATTACTCTATGTCTGTATATCTTGTA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CTGTGCCAAACCAAATTTCCATTTCTTGGGCATCAGAAATTGGGAAGAATTACTCTATGTCTGTATATCTTGTA  888

Query  889  CGGCAGCTTACATCAGCCATGTTATTACAGAGATTAAAAATGAAAGGTATTAGAAACCCTGATCATTCCAGAGC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CGGCAGCTTACATCAGCCATGTTATTACAGAGATTAAAAATGAAAGGTATTAGAAACCCTGATCATTCCAGAGC  962

Query  963  ACTAATTAAAGAAAAACTTACTGCAGATCCTGATAGTGAAATTGCTACAACTAGCCTTCGGGTATCCTTGATGT  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  ACTAATTAAAGAAAAACTTACTGCAGATCCTGATAGTGAAATTGCTACAACTAGCCTTCGGGTATCCTTGATGT  1036

Query 1037  GCCCTTTAGGAAAAATGAGGCTGACAATCCCATGCCGTGCAGTGACTTGTACACATCTGCAGTGTTTTGATGCT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GCCCTTTAGGAAAAATGAGGCTGACAATCCCATGCCGTGCAGTGACTTGTACACATCTGCAGTGTTTTGATGCT  1110

Query 1111  GCCCTCTATCTACAAATGAATGAGAAAAAGCCCACCTGGATTTGTCCTGTGTGTGACAAAAAAGCTGCCTATGA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GCCCTCTATCTACAAATGAATGAGAAAAAGCCCACCTGGATTTGTCCTGTGTGTGACAAAAAAGCTGCCTATGA  1184

Query 1185  AAGTCTAATATTAGATGGGCTTTTTATGGAAATTCTCAATGACTGTTCTGATGTAGATGAGATCAAATTCCAAG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  AAGTCTAATATTAGATGGGCTTTTTATGGAAATTCTCAATGACTGTTCTGATGTAGATGAGATCAAATTCCAAG  1258

Query 1259  AAGATGGTTCTTGGTGTCCAATGAGACCGAAGAAAGAAGCTATGAAAGTATCCAGCCAACCGTGTACAAAAATA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AAGATGGTTCTTGGTGTCCAATGAGACCGAAGAAAGAAGCTATGAAAGTATCCAGCCAACCGTGTACAAAAATA  1332

Query 1333  GAAAGTTCAAGCGTCCTCAGTAAGCCTTGTTCAGTGACTGTAGCCAGTGAGGCAAGCAAGAAGAAAGTAGATGT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GAAAGTTCAAGCGTCCTCAGTAAGCCTTGTTCAGTGACTGTAGCCAGTGAGGCAAGCAAGAAGAAAGTAGATGT  1406

Query 1407  TATTGATCTTACAATAGAAAGCTCTTCTGACGAAGAGGAAGACCCTCCTGCCAAAAGGAAATGCATCTTTATGT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TATTGATCTTACAATAGAAAGCTCTTCTGACGAAGAGGAAGACCCTCCTGCCAAAAGGAAATGCATCTTTATGT  1480

Query 1481  CAGAAACACAAAGCAGCCCAACCAAAGGGGTTCTCATGTATCAGCCATCTTCTGTAAGGGTGCCCAGTGTGACT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CAGAAACACAAAGCAGCCCAACCAAAGGGGTTCTCATGTATCAGCCATCTTCTGTAAGGGTGCCCAGTGTGACT  1554

Query 1555  TCGGTTGATCCTGCTGCTATTCCGCCTTCATTAACAGACTACTCAGTACCATTCCACCATACGCCAATATCAAG  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  TCGGTTGATCCTGCTGCTATTCCGCCTTCATTAACAGACTACTCAGTACCATTCCACCATACGCCAATATCAAG  1628

Query 1629  CATGTCATCAGATTTGCCAGG------------------------AG----AACAAAGAAGAAATG-------A  1667
            |||||||||||||||||||||                        ||    ..|..||.||.|.||       |
Sbjct 1629  CATGTCATCAGATTTGCCAGGTTTGGATTTTCTTTCCCTTATTCCAGTTGATCCCCAGCAGTACTGTCCTCCTA  1702

Query 1668  TATT----AATA-------------ATGAACTG-AAGCTTGGAACATCT-TC-----------------TGA--  1703
            |.||    .|||             .|.|||.| ||||  .|.||.||| ||                 |||  
Sbjct 1703  TGTTTTTGGATAGTCTCACCTCACCCTTAACAGCAAGC--AGTACGTCTGTCACCACCACCAGCTCCCATGAAA  1774

Query 1704  ----TAC---TGT-----------GCAACAG-------------------------------------------  1716
                |||   |||           |||.|||                                           
Sbjct 1775  GCAGTACTCATGTTAGTTCATCCAGCAGCAGGAGTGAGACAGGGGTCATAACCAGCAGTGGAAGTAACATTCCT  1848

Query 1717  ------------------  1716
                              
Sbjct 1849  GACATCATCTCATTGGAC  1866