Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07395
• Subject: XR_934602.3
• Aligned Length: 3441
• Identities: 2820
• Gaps: 620

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  GCAGGCGTTTCCTCGGCGTGGGGCGGAAGCACGATCTCCGGCAGCGGCCTGGGAACTCTTAGCTGAGCAGGCGA  74

Query    1  -------ATGGATACCGACTTATATGATGAGTTTGGGAATTATATTGGACCAGAGCTTGATTCTGATGAAGATG  67
                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GAGCATCATGGATACCGACTTATATGATGAGTTTGGGAATTATATTGGACCAGAGCTTGATTCTGATGAAGATG  148

Query   68  ATGATGAATTGGGTAGAGAGACCAAAGATCTTGATGAGATGGATGATGATGACGACGACGATGACGTAGGAGAT  141
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ATGATGAATTGGGTAGAGAGACCAAAGATCTTGATGAGATGGATGATGATGACGACGACGATGACGTAGGAGAT  222

Query  142  CATGACGATGACCACCCTGGGATGGAGGTGGTGCTGCATGAGGACAAGAAGTACTACCCAACAGCCGAGGAGGT  215
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CATGACGATGACCACCCTGGGATGGAGGTGGTGCTGCATGAGGACAAGAAGTACTACCCAACAGCCGAGGAGGT  296

Query  216  GTATGGTCCTGAGGTGGAGACCATAGTTCAAGAGGAAGACACTCAGCCTCTCACAGAACCCATTATTAAGCCAG  289
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GTATGGTCCTGAGGTGGAGACCATAGTTCAAGAGGAAGACACTCAGCCTCTCACAGAACCCATTATTAAGCCAG  370

Query  290  TGAAAACCAAGAAATTCACTCTGATGGAGCAGACATTACCTGTTACGGTGTATGAGATGGATTTCTTGGCGGAT  363
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TGAAAACCAAGAAATTCACTCTGATGGAGCAGACATTACCTGTTACGGTGTATGAGATGGATTTCTTGGCGGAT  444

Query  364  CTGATGGATAACTCAGAGCTCATCAGAAATGTGACCCTTTGTGGACATCTCCACCATGGCAAGACATGTTTTGT  437
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CTGATGGATAACTCAGAGCTCATCAGAAATGTGACCCTTTGTGGACATCTCCACCATGGCAAGACATGTTTTGT  518

Query  438  GGATTGTTTAATTGAACAGACTCACCCGGAAATCAGAAAGCGCTATGACCAAGATCTGTGCTATACTGACATCC  511
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GGATTGTTTAATTGAACAGACTCACCCGGAAATCAGAAAGCGCTATGACCAAGATCTGTGCTATACTGACATCC  592

Query  512  TCTTCACAGAGCAAGAGAGAGGTGTAGGCATCAAAAGCACTCCTGTGACAGTGGTCTTGCCAGACACCAAAGGA  585
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TCTTCACAGAGCAAGAGAGAGGTGTAGGCATCAAAAGCACTCCTGTGACAGTGGTCTTGCCAGACACCAAAGGA  666

Query  586  AAATCTTATCTCTTCAATATCATGGACACTCCAGGACATGTGAATTTCTCTGATGAGGTCACAGCTGGCTTGCG  659
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AAATCTTATCTCTTCAATATCATGGACACTCCAGGACATGTGAATTTCTCTGATGAGGTCACAGCTGGCTTGCG  740

Query  660  CATCTCAGATGGAGTGGTCCTTTTCATTGATGCTGCTGAGGGGGTGATGCTGAACACAGAGCGGCTGATCAAGC  733
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CATCTCAGATGGAGTGGTCCTTTTCATTGATGCTGCTGAGGGGGTGATGCTGAACACAGAGCGGCTGATCAAGC  814

Query  734  ATGCGGTGCAGGAGAGGCTGGCAGTCACTGTGTGCATCAACAAGATTGACCGGCTGATCCTGGAGCTGAAGCTG  807
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  ATGCGGTGCAGGAGAGGCTGGCAGTCACTGTGTGCATCAACAAGATTGACCGGCTGATCCTGGAGCTGAAGCTG  888

Query  808  CCTCCAACTGATGCTTATTACAAGCTGCGCCACATTGTGGATGAGGTCAATGGATTAATAAGCATGTATTCCAC  881
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CCTCCAACTGATGCTTATTACAAGCTGCGCCACATTGTGGATGAGGTCAATGGATTAATAAGCATGTATTCCAC  962

Query  882  TGATGAGAACCTGATCCTTTCCCCACTCCTGGGTAACGTCTGCTTCTCCAGCTCCCAGTACAGCATCTGCTTCA  955
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TGATGAGAACCTGATCCTTTCCCCACTCCTGGGTAACGTCTGCTTCTCCAGCTCCCAGTACAGCATCTGCTTCA  1036

Query  956  CGCTGGTCTCCTTTGCCAAGATCTATGCCGACACCTTTGGTGACATTAATTACCAAGAATTTGCTAAAAGACTC  1029
            ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CGCTGGGCTCCTTTGCCAAGATCTATGCCGACACCTTTGGTGACATTAATTACCAAGAATTTGCTAAAAGACTC  1110

Query 1030  TGGGGTGACATCTACTTCAACCCTAAGACGCGAAAGTTCACCAAAAAGGCCCCAACTAGCAGCTCCCAGAGAAG  1103
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TGGGGTGACATCTACTTCAACCCTAAGACGCGAAAGTTCACCAAAAAGGCCCCAACTAGCAGCTCCCAGAGAAG  1184

Query 1104  TTTCGTGGAGTTTATCTTGGAGCCTCTTTATAAGATCCTCGCCCAGGTTGTAGGTGACGTGGACACCAGCCTCC  1177
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TTTCGTGGAGTTTATCTTGGAGCCTCTTTATAAGATCCTCGCCCAGGTTGTAGGTGACGTGGACACCAGCCTCC  1258

Query 1178  CACGGACCCTAGACGAGCTTGGCATCCACCTGACGAAGGAGGAGCTGAAGCTGAACATCCGCCCCTTGCTCAGG  1251
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CACGGACCCTAGACGAGCTTGGCATCCACCTGACGAAGGAGGAGCTGAAGCTGAACATCCGCCCCTTGCTCAGG  1332

Query 1252  CTGGTCTGCAAAAAGTTCTTTGGCGAGTTCACAGGCTTTGTGGACATGTGTGTGCAGCATATCCCTTCTCCAAA  1325
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CTGGTCTGCAAAAAGTTCTTTGGCGAGTTCACAGGCTTTGTGGACATGTGTGTGCAGCATATCCCTTCTCCAAA  1406

Query 1326  GGTGGGCGCCAAGCCCAAGATTGAGCACACCTACACCGGTGGTGTGGACTCCGACCTCGGCGAGGCTATGAGTG  1399
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GGTGGGCGCCAAGCCCAAGATTGAGCACACCTACACCGGTGGTGTGGACTCCGACCTCGGCGAGGCTATGAGTG  1480

Query 1400  ACTGTGACCCTGATGGCCCCCTGATGTGCCACACTACTAAGATGTACAGCACAGATGATGGAGTCCAGTTTCAC  1473
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  ACTGTGACCCTGATGGCCCCCTGATGTGCCACACTACTAAGATGTACAGCACAGATGATGGAGTCCAGTTTCAC  1554

Query 1474  GCCTTTGGCCGGGTGCTGAGTGGCACCATTCATGCTGGGCAGCCTGTGAAGGTACTGGGGGAGAACTACACCCT  1547
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GCCTTTGGCCGGGTGCTGAGTGGCACCATTCATGCTGGGCAGCCTGTGAAGGTACTGGGGGAGAACTACACCCT  1628

Query 1548  GGAGGATGAGGAAGACTCCCAGATATGCACCGTGGGCCGCCTTTGGATCTCTGTGGCCAGGTACCACATCGAGG  1621
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GGAGGATGAGGAAGACTCCCAGATATGCACCGTGGGCCGCCTTTGGATCTCTGTGGCCAGGTACCACATCGAGG  1702

Query 1622  TGAACCGTGTTCCTGCTGGCAACTGGGTTCTGATTGAAGGTGTTGATCAACCAATTGTGAAGACAGCAACCATA  1695
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  TGAACCGTGTTCCTGCTGGCAACTGGGTTCTGATTGAAGGTGTTGATCAACCAATTGTGAAGACAGCAACCATA  1776

Query 1696  ACCGAACCCCGAGGCAATGAGGAGGCTCAGATTTTCCGACCCTTGAAGTTCAATACCACATCTGTTATCAAGAT  1769
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  ACCGAACCCCGAGGCAATGAGGAGGCTCAGATTTTCCGACCCTTGAAGTTCAATACCACATCTGTTATCAAGAT  1850

Query 1770  TGCTGTGGAGCCAGTCAACCCCTCAGAGCTGCCCAAGATGCTTGATGGCCTGCGCAAGGTCAACAAGAGCTATC  1843
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  TGCTGTGGAGCCAGTCAACCCCTCAGAGCTGCCCAAGATGCTTGATGGCCTGCGCAAGGTCAACAAGAGCTATC  1924

Query 1844  CATCCCTCACCACCAAGGTGGAGGAGTCTGGCGAGCATGTGATCCTGGGCACTGGGGAGCTCTACCTGGACTGT  1917
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  CATCCCTCACCACCAAGGTGGAGGAGTCTGGCGAGCATGTGATCCTGGGCACTGGGGAGCTCTACCTGGACTGT  1998

Query 1918  GTGATGCATGATTTGCGGAAGATGTACTCAGAGATAGACATCAAGGTGGCTGACCCAGTTGTCACGTTTTGTGA  1991
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  GTGATGCATGATTTGCGGAAGATGTACTCAGAGATAGACATCAAGGTGGCTGACCCAGTTGTCACGTTTTGTGA  2072

Query 1992  GACGGTGGTGGAAACATCCTCCCTCAAGTGCTTTGCTGAAACGCCTAATAAGAAGAACAAGATCACCATGATTG  2065
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  GACGGTGGTGGAAACATCCTCCCTCAAGTGCTTTGCTGAAACGCCTAATAAGAAGAACAAGATCACCATGATTG  2146

Query 2066  CTGAGCCTCTTGAGAAGGGCCTGGCAGAGGACATAGAGAATGAGGTGGTCCAGATTACGTGGAACAGGAAGAAG  2139
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  CTGAGCCTCTTGAGAAGGGCCTGGCAGAGGACATAGAGAATGAGGTGGTCCAGATTACGTGGAACAGGAAGAAG  2220

Query 2140  CTGGGAGAGTTCTTCCAGACCAAGTACGATTGGGATCTGCTGGCTGCCCGTTCCATCTGGGCTTTTGGCCCTGA  2213
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  CTGGGAGAGTTCTTCCAGACCAAGTACGATTGGGATCTGCTGGCTGCCCGTTCCATCTGGGCTTTTGGCCCTGA  2294

Query 2214  TGCGACTGGCCCCAACATTCTGGTGGATGATACTCTGCCCTCTGAGGTGGACAAGGCTCTTCTTGGTTCAGTGA  2287
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  TGCGACTGGCCCCAACATTCTGGTGGATGATACTCTGCCCTCTGAGGTGGACAAGGCTCTTCTTGGTTCAGTGA  2368

Query 2288  AGGACAGCATCGTTCAAGGTTTCCAGTGGGGAACCAGGGAGGGCCCCCTCTGTGATGAATTGATTCGGAATGTC  2361
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  AGGACAGCATCGTTCAAGGTTTCCAGTGGGGAACCAGGGAGGGCCCCCTCTGTGATGAATTGATTCGGAATGTC  2442

Query 2362  AAGTTTAAGATCCTGGATGCGGTGGTTGCCCAGGAGCCCCTGCACCGGGGCGGGGGCCAGATCATCCCCACAGC  2435
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  AAGTTTAAGATCCTGGATGCGGTGGTTGCCCAGGAGCCCCTGCACCGGGGCGGGGGCCAGATCATCCCCACAGC  2516

Query 2436  CAGGAGAGTCGTCTACTCTGCCTTCCTCATGGCTACTCCTCGTCTGATGGAGCCTTACTACTTTGTAGAGGTCC  2509
            ||||||||||||||||||||||||||||||                                            
Sbjct 2517  CAGGAGAGTCGTCTACTCTGCCTTCCTCAT--------------------------------------------  2546

Query 2510  AGGCCCCTGCAGATTGCGTCTCTGCAGTTTATACCGTCCTGGCCAGGCGCAGGGGGCACGTGACTCAGGATGCA  2583
                                                               |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2547  ---------------------------------------------------GGGGGCACGTGACTCAGGATGCA  2569

Query 2584  CCCATCCCAGGCTCCCCTCTGTACACCATCAAAGCTTTTATCCCGGCCATCGACTCTTTTGGCTTTGAGACTGA  2657
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2570  CCCATCCCAGGCTCCCCTCTGTACACCATCAAAGCTTTTATCCCGGCCATCGACTCTTTTGGCTTTGAGACTGA  2643

Query 2658  TCTCCGGACTCACACCCAGGGACAAGCCTTTTCTCTGTCTGTCTTCCACCACTGGCAGATTGTGCCTGGTGATC  2731
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2644  TCTCCGGACTCACACCCAGGGACAAGCCTTTTCTCTGTCTGTCTTCCACCACTGGCAGATTGTGCCTGGTGATC  2717

Query 2732  CCCTGGACAAGAGCATTGTCATCCGCCCCTTGGAGCCACAGCCAGCTCCTCACCTGGCCCGGGAATTCATGATC  2805
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2718  CCCTGGACAAGAGCATTGTCATCCGCCCCTTGGAGCCACAGCCAGCTCCTCACCTGGCCCGGGAATTCATGATC  2791

Query 2806  AAAACCCGCCGTAGGAAGGGCCTCAGTGAAGATGTGAGCATCAGCAAATTCTTCGATGATCCTATGTTGCTGGA  2879
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2792  AAAACCCGCCGTAGGAAGGGCCTCAGTGAAGATGTGAGCATCAGCAAATTCTTCGATGATCCTATGTTGCTGGA  2865

Query 2880  ACTTGCCAAACAGGATGTTGTGCTCAATTACCCCATG-------------------------------------  2916
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                     
Sbjct 2866  ACTTGCCAAACAGGATGTTGTGCTCAATTACCCCATGTGAGTGCGTGGACTCCTGGGAGCTCCTGCTCCCTACA  2939

Query 2917  --------------------------------------------------------------------------  2916
                                                                                      
Sbjct 2940  GTGGGCTGCAACTCCTGTACTTGAAGCTGAGACCTCATATGACGTGGCCTTCGTGTTGTCAGAGAGTGTCTGGA  3013

Query 2917  --------------------------------------------------------------------------  2916
                                                                                      
Sbjct 3014  AGCTGCTGTTGCCATCTTGAACAACTCACCAACCTCCAACCCAGAGCCCCAGTGAGAGAGGAGCATTTGGCCTC  3087

Query 2917  --------------------------------------------------------------------------  2916
                                                                                      
Sbjct 3088  CTGCTTCCTTCTGTGGCCTCTGCCGGGCTCCATTCCCAAGGAAAAGAGAGGAGCTTGGGCTCACAGAAAGAGAA  3161

Query 2917  --------------------------------------------------------------------------  2916
                                                                                      
Sbjct 3162  GGGGATGAAACCCCAAGGGGCCCTATCTTTGGGATTTACATGGAATTTTATTTTCTACAAGTTTGACCTTAGCC  3235

Query 2917  --------------------------------------------------------------------------  2916
                                                                                      
Sbjct 3236  ATGGTTTGCAAGTGAACAGAACATTCTGACCTCTGTCTTGCTCTGCTCCTTTCATCCTCGTCTCCCCTGCCCCG  3309

Query 2917  -------------------------------------  2916
                                                 
Sbjct 3310  TCTGGTGCTTACATTCTGAATATATGTCATCTCCCAA  3346