Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07403
• Subject: NM_001252074.2
• Aligned Length: 1709
• Identities: 1190
• Gaps: 421

Alignment

Query    1  ATGCACCTGAGAATCCACGCGAGACGGAGCCCTCCTCGCCGGCCGGCCTGGACGCTTGGGATCTGGTTCCTGTT  74
            ||||||||||||||||||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||.||
Sbjct    1  ATGCACCTGAGAATCCACCCAAGACGGAGCCCTCCTCGCCGGCCGGCCTGGACGCTTGGGATCTGGTCCCTCTT  74

Query   75  CTGGGGATGTATCGTCAGCTCTGTATGGAGTTCTTCTAATGTAGCTTCCTCCTCCTCCACCTCTTCCTCGCCGG  148
            ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||      ||||||||.||||||||||.||||
Sbjct   75  CTGGGGATGTATCGTCAGCTCTGTGTGGAGTTCTTCTAATGTAG------CCTCCTCCTCCTCTTCCTCTCCGG  142

Query  149  GGTCTCACTCTCAGCACGAGCACCATTTCCATGGCAGCAAGCATCACTCAGTGCCTATTTCTATCTATCGTTCC  222
            |.||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  143  GATCTCACTCTCAGCAGGAACACCATTTCCACGGCAGCAAGCACCACTCTGTGCCTATTTCTATCTATCGCTCC  216

Query  223  CCTGTTTCCCTTCGAGGAGGACACGCTGGCGCTACGTACATCTTTGGGAAAAGTGGTGGGCTTATCCTCTACAC  296
            ||||||||||||||||||||.||||||||.||.||.|||||||||||||||||.|||||.||.||||||||.||
Sbjct  217  CCTGTTTCCCTTCGAGGAGGGCACGCTGGTGCAACATACATCTTTGGGAAAAGCGGTGGCCTCATCCTCTATAC  290

Query  297  CTGGCCAGCCAATGACAGGCCCAGCACGCGGTCTGACCGCCTTGCCGTGGGCTTCAGCACCACTGTGAAGGATG  370
            |||||||||.||||||||.||||||||.||.||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct  291  CTGGCCAGCAAATGACAGACCCAGCACACGCTCTGACCGTCTCGCCGTGGGCTTCAGCACTACTGTGAAGGATG  364

Query  371  GCATCTTGGTCCGCATCGACAGTGCTCCAGGACTTGGTGACTTCCTCCAGCTTCACATAGAACAGGGGAAAATT  444
            |.|||||.||.|||||.|||||.||.||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct  365  GTATCTTAGTACGCATTGACAGCGCCCCTGGACTTGGCGACTTCCTCCAGCTTCACATAGAACAAGGGAAAATT  438

Query  445  GGAGTTGTCTTCAACATTGGCACAGTTGACATCTCCATCAAAGAGGAGAGAACCCCTGTAAATGACGGCAAATA  518
            ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||.||||||||
Sbjct  439  GGAGTTGTCTTCAATATTGGCACAGTTGACATCTCCATCAAAGAAGAGAGAACTCCTGTCAATGATGGCAAATA  512

Query  519  CCATGTGGTACGCTTCACCAGGAACGGCGGCAACGCCACCCTGCAGGTGGACAACTGGCCAGTGAATGAACATT  592
            |||.||.||.||||||||||||||.||.||.||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct  513  CCACGTTGTGCGCTTCACCAGGAATGGGGGAAATGCTACACTTCAGGTGGACAACTGGCCAGTGAATGAGCACT  586

Query  593  ATCCTAC-------------------------------------------------------------------  599
            |||||||                                                                   
Sbjct  587  ATCCTACAGGCAACACTGATAATGAACGCCTCCAAATGGTAAAACAGAAAATCCCCTTCAAATATAACCGGCCC  660

Query  600  -----------------------AGGCCGGCAGTTAACCATCTTCAACACTCAGGCGCAAATAGCCATTGGTGG  650
                                   ||||||||||.||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.||
Sbjct  661  GTAGAGGAGTGGCTGCAGGAAAAAGGCCGGCAGCTAACCATCTTCAACACCCAGGCGCAAATAGCCATCGGAGG  734

Query  651  AAAGGACAAAGGACGCCTCTTCCAAGGCCAACTCTCTGGGCTCTATTATGATGGTTTGAAAGTACTGAACATGG  724
            |||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  735  AAAGGACAAAGGACGTCTCTTCCAAGGTCAACTCTCTGGGCTCTATTATGATGGTTTGAAAGTACTGAACATGG  808

Query  725  CGGCTGAGAACAACCCCAATATTAAAATCAATGGAAGTGTTCGGCTGGTTGGAGAAGTCCCATCAATTTTGGGA  798
            |.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||.|.|..|||
Sbjct  809  CAGCTGAGAACAACCCTAATATTAAAATCAATGGAAGTGTCCGGCTAGTGGGAGAAGTCCCATCAGTCTCAGGA  882

Query  799  ACAACACAGACGACCTCCATGCCACCAGAAATGTCTACTACTGTCATGGAAACCACTACTACAATGGCGACTAC  872
            |||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||.||.||.|||||.||.||
Sbjct  883  ACAACACAGACAACGTCCATGCCACCTGAAATGTCTACCACCGTCATGGAAACCACCACCACCATGGCTACGAC  956

Query  873  CACAACCCGTAAGAATCGCTCTACAGCCAGCATTCAGCCAACATCAGATGATCTTGTTTCATCTGCTGAATGTT  946
            |||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  957  CACCACCCGAAAGAACCGCTCTACAGCCAGCATTCAGCCCACGTCAGATGATCTTGTTTCATCTGCTGAATGTT  1030

Query  947  CAAGTGATGATGAAGACTTTGTTGAATGTGAGCCGAGTACAGGTAGGT--------------------------  994
            ||||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||||||||||                          
Sbjct 1031  CAAGTGATGATGAAGACTTTGTCGAATGTGAACCAAGTACAGGTAGGTCAGATAAGAGTCTTTCCACTTCAATC  1104

Query  995  --------------------------------------------------------------------------  994
                                                                                      
Sbjct 1105  TTCGAAGGTGGCTACAAAGCACATGCGCCCAAGTGGGAATCCAAGGACTTTAGACCTAACAAAGTCTCGGAAAC  1178

Query  995  --------------------------------------------------------------------------  994
                                                                                      
Sbjct 1179  TAGTAGAACTACAACCACCTCTTTGTCCCCTGAGCTGATCCGCTTCACAGCGTCCTCCTCGTCTGGGATGGTGC  1252

Query  995  --------------------------------------------------------------------------  994
                                                                                      
Sbjct 1253  CCAAATTGCCAGCTGGCAAAATGAATAACCGTGATCTCAAACCCCAGCCTGATATAGTCTTGCTTCCGTTGCCC  1326

Query  995  -------------------------------------------------------------------------C  995
                                                                                     |
Sbjct 1327  ACTGCCTATGAGCTAGACAGCACCAAACTGAAGAGCCCACTAATTACTTCCCCCATGTTCCGTAATGTGCCCAC  1400

Query  996  AGCAAACCCCACGGAGCCGGGAATCAGACGGGTTCCGGGGGCCTCAGAGGTGATCCGGGAGTCGAGCAGCACAA  1069
            ||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||
Sbjct 1401  AGCAAACCCCACGGAGCCAGGAATCAGACGGGTTCCGGGGGCCTCAGAGGTGATCCGGGAGTCCAGCAGTACAA  1474

Query 1070  CAGGGATGGTCGTCGGCATTGTGGCTGCTGCCGCCCTCTGCATCTTGATCCTCCTGTACGCCATGTACAAGTAC  1143
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1475  CAGGGATGGTCGTCGGCATTGTGGCTGCTGCCGCCCTCTGCATCTTGATCCTCCTGTACGCCATGTACAAGTAC  1548

Query 1144  AGGAACAGGGACGAGGGGTCCTATCAAGTGGACGAGACGCGGAACTACATCAGCAACTCCGCCCAGAGCAACGG  1217
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1549  AGGAACAGGGACGAGGGGTCCTATCAAGTGGACGAGACGAGGAACTACATCAGCAACTCGGCCCAGAGCAACGG  1622

Query 1218  CACGCTCATGAAGGAGAAGCAGCAG--AGCTCGAAGAGCGGCCACAAGAAACAGAAAAACAAGGACAGGGAGCA  1289
            |||||||||||||||||||||  ||  |||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||.||||.|
Sbjct 1623  CACGCTCATGAAGGAGAAGCA--AGCCAGCTCCAAGAGCGGCCATAAGAAACAGAAAAACAAGGACAAGGAGTA  1694

Query 1290  TTACGTG  1296
            |||.|||
Sbjct 1695  TTATGTG  1701