Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07469
• Subject: NM_001159603.1
• Aligned Length: 3558
• Identities: 3342
• Gaps: 0

Alignment

Query    1  ATGAGCGTTGCATGTGTCTTGAAGAGAAAAGCAGTGCTTTGGCAGGACTCTTTCAGCCCCCACCTGAAACATCA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAGCGTTGCATGTGTCTTGAAGAGAAAAGCAGTGCTTTGGCAGGACTCTTTCAGCCCCCACCTGAAACATCA  74

Query   75  CCCTCAAGAACCAGCTAATCCCAACATGCCTGTTGTTTTGACATCTGGAACAGGGTCGCAAGCGCAGCCACAAC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct   75  CCCTCAAGAACCAGCTAATCCCAACATGCCTGTTGTTTTGACATCTGGAACAGGGTCGCAAGCGCAGCCACAGC  148

Query  149  CAGCTGCAAATCAGGCTCTTGCAGCTGGGACTCACTCCAGCCCTGTCCCAGGATCTATAGGAGTTGCAGGCCGT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  149  CAGCTGCAAATCAGGCTCTTGCAGCTGGAACACACTCCAGCCCTGTCCCAGGATCCATAGGAGTTGCAGGCCGT  222

Query  223  TCCCAGGACGACGCTATGGTGGACTACTTCTTTCAGAGGCAGCATGGTGAGCAGCTTGGGGGAGGAGGAAGTGG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TCCCAGGACGACGCTATGGTGGACTACTTCTTTCAGAGGCAGCATGGTGAGCAGCTTGGGGGAGGAGGAAGTGG  296

Query  297  AGGAGGCGGCTATAATAATAGCAAACATCGATGGCCTACTGGGGATAACATTCATGCAGAACATCAGGTGCGTT  370
            .||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.|
Sbjct  297  TGGAGGCGGCTATAATACTAGCAAACATCGATGGCCTACAGGGGATAACATTCATGCAGAACACCAGGTACGCT  370

Query  371  CCATGGATGAACTGAATCATGATTTTCAAGCACTTGCTCTGGAGGGAAGAGCGATGGGAGAGCAGCTCTTGCCA  444
            |.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||.|||||||||||||||
Sbjct  371  CTATGGATGAATTGAATCATGATTTTCAAGCACTTGCTCTGGAAGGGAGAGCTATGGGCGAGCAGCTCTTGCCA  444

Query  445  GGTAAAAAGTTTTGGGAAACAGATGAATCCAGCAAAGATGGACCAAAAGGAATATTCCTGGGTGATCAATGGCG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GGTAAAAAGTTTTGGGAAACAGATGAATCCAGCAAAGATGGACCAAAAGGAATATTCCTGGGTGATCAATGGCG  518

Query  519  AGACAGTGCCTGGGGAACATCAGATCATTCAGTTTCCCAGCCAATCATGGTGCAGAGAAGACCTGGTCAGAGTT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AGACAGTGCCTGGGGAACATCAGATCATTCAGTTTCCCAGCCAATCATGGTGCAGAGAAGACCTGGTCAGAGTT  592

Query  593  TCCATGTGAACAGTGAGGTCAATTCTGTACTGTCCCCACGATCGGAGAGTGGGGGACTAGGCGTTAGCATGGTG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TCCATGTGAACAGTGAGGTCAATTCTGTACTGTCCCCACGGTCGGAGAGTGGGGGACTAGGCGTTAGCATGGTG  666

Query  667  GAGTATGTGTTGAGCTCATCCCCGGGCGATTCCTGTCTAAGAAAAGGAGGATTTGGCCCAAGGGATGCAGACAG  740
            |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GAGTATGTGTTGAGCTCATCCCCGGGCGACTCCTGTCTAAGAAAAGGAGGATTTGGCCCAAGGGATGCAGACAG  740

Query  741  TGATGAAAACGACAAAGGTGAAAAGAAGAACAAGGGTACGTTTGATGGAGATAAGCTAGGAGATTTGAAGGAGG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TGATGAAAACGACAAAGGTGAAAAGAAGAACAAGGGTACGTTTGATGGAGATAAGCTAGGAGATTTGAAGGAGG  814

Query  815  AGGGTGATGTGATGGACAAGACCAATGGTTTACCAGTGCAGAATGGGATTGATGCAGACGTCAAAGATTTTAGC  888
            ||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AGGGAGATGTGATGGACAAGACCAATGGTTTGCCAGTGCAGAATGGGATTGATGCAGACGTCAAAGATTTTAGC  888

Query  889  CGTACCCCTGGTAATTGCCAGAACTCTGCTAATGAAGTGGATCTTCTGGGTCCAAACCAGAATGGTTCTGAGGG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CGTACCCCTGGTAATTGCCAGAACTCTGCTAATGAAGTGGATCTTCTGGGTCCAAACCAGAATGGTTCTGAGGG  962

Query  963  CTTAGCCCAGCTGACCAGCACCAATGGTGCCAAGCCTGTGGAGGATTTCTCCAACATGGAGTCCCAGAGTGTCC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CTTAGCCCAGCTGACCAGCACCAATGGTGCCAAGCCTGTGGAGGATTTCTCCAACATGGAGTCCCAGAGTGTCC  1036

Query 1037  CCTTGGACCCCATGGAACATGTGGGCATGGAGCCTCTTCAGTTTGATTATTCAGGCACGCAGGTACCTGTGGAC  1110
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CCTTGGACCCCATGGAACATGTGGGCATGGAGCCTCTGCAGTTTGATTATTCAGGCACGCAGGTACCTGTGGAC  1110

Query 1111  TCAGCAGCAGCAACTGTGGGACTTTTTGACTACAATTCTCAACAACAGCTGTTCCAAAGACCTAATGCGCTTGC  1184
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 1111  TCTGCAGCAGCAACTGTGGGACTTTTTGACTACAATTCTCAACAACAGCTATTCCAAAGACCCAATGCACTTGC  1184

Query 1185  TGTCCAGCAGTTGACAGCTGCTCAGCAGCAGCAGTATGCACTGGCAGCTGCTCATCAGCCGCACATCGGTTTAG  1258
            |||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||.||.|||||.|||||||||||||
Sbjct 1185  TGTTCAGCAGTTGACAGCTGCCCAGCAGCAGCAGTATGCACTTGCAGCAGCCCACCAGCCTCACATCGGTTTAG  1258

Query 1259  CTCCCGCTGCGTTTGTCCCCAATCCATACATCATCAGCGCTGCTCCCCCAGGGACGGACCCCTACACAGCTGGA  1332
            ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CTCCCGCTGCGTTTGTCCCCAACCCATACATCATCAGCGCTGCTCCCCCAGGGACGGACCCCTACACAGCTGGA  1332

Query 1333  TTGGCTGCAGCAGCGACACTAGGCCCAGCTGTGGTCCCTCACCAGTATTATGGAGTTACTCCCTGGGGAGTCTA  1406
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.|||||.|||||
Sbjct 1333  TTGGCTGCAGCAGCGACACTCGGCCCAGCTGTGGTCCCTCACCAATATTATGGAGTCACGCCATGGGGTGTCTA  1406

Query 1407  CCCTGCCAGTCTTTTCCAGCAGCAAGCTGCCGCTGCCGCTGCAGCAACTAATTCAGCTAATCAACAGACCACCC  1480
            ||||||||||||.|||||||||||.||.||.||.||.||.|||||.||.||.||.||||.|||.||||.|.|.|
Sbjct 1407  CCCTGCCAGTCTCTTCCAGCAGCAGGCAGCTGCAGCTGCAGCAGCTACAAACTCTGCTACTCAGCAGAGCGCTC  1480

Query 1481  CACAGGCTCAGCAAGGACAGCAGCAGGTTCTCCGTGGAGGAGCCAGCCAACGTCCTTTGACCCCAAACCAGAAC  1554
            |.|||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1481  CGCAGGCCCAGCAGGGACAGCAGCAGGTTCTTCGTGGAGGAGCTAGCCAACGTCCTTTGACCCCAAATCAGAAC  1554

Query 1555  CAGCAGGGACAGCAAACGGATCCCCTTGTGGCAGCTGCAGCAGTGAATTCTGCCCTTGCATTTGGACAAGGTCT  1628
            |||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||..|
Sbjct 1555  CAGCAGGGACAACAAACAGATCCCCTTGTAGCAGCTGCAGCAGTGAATTCTGCTCTTGCCTTTGGACAAGGATT  1628

Query 1629  GGCAGCAGGCATGCCAGGTTATCCGGTGTTGGCTCCTGCTGCTTACTATGACCAAACTGGTGCCCTTGTAGTGA  1702
            |||.|||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1629  GGCTGCAGGTATGCCAGGTTATCCAGTCTTGGCACCTGCTGCTTACTATGACCAAACTGGTGCCCTTGTGGTGA  1702

Query 1703  ATGCAGGCGCGAGAAATGGTCTTGGAGCTCCTGTTCGACTTGTAGCTCCTGCCCCAGTCATCATTAGTTCCTCA  1776
            |||||||.||.||||||||.||.||||||||.||.||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1703  ATGCAGGGGCAAGAAATGGCCTCGGAGCTCCAGTCCGGCTTGTTGCTCCAGCCCCAGTCATCATTAGCTCCTCA  1776

Query 1777  GCTGCACAAGCAGCTGTTGCAGCAGCCGCAGCTTCAGCAAATGGAGCAGCTGGTGGTCTTGCTGGAACAACAAA  1850
            |||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 1777  GCTGCACAAGCAGCTGTTGCAGCGGCTGCAGCGTCAGCAAACGGAGCAGCTGGTGGTCTTGCCGGAACTACAAA  1850

Query 1851  TGGACCATTTCGCCCTTTAGGAACACAGCAGCCTCAGCCCCAGCCCCAGCAGCAGCCCAATAACAACCTGGCAT  1924
            ||||||||||||.||||||||.||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||||.||||||.|||||.|
Sbjct 1851  TGGACCATTTCGACCTTTAGGCACCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCCTCAGCAGCAGCCCAGTAACAATCTGGCTT  1924

Query 1925  CCAGTTCTTTCTACGGCAACAACTCTCTGAACAGCAATTCACAGAGCAGCTCCCTCTTCTCCCAGGGCTCTGCC  1998
            ||||.||||||||.||||||||||||||||.|||.||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.
Sbjct 1925  CCAGCTCTTTCTATGGCAACAACTCTCTGAGCAGTAACTCCCAGAGCAGCTCCCTCTTCTCTCAGGGCTCTGCA  1998

Query 1999  CAGCCTGCCAACACATCCTTGGGATTCGGAAGTAGCAGTTCTCTCGGCGCCACCCTGGGATCCGCCCTTGGAGG  2072
            ||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.||.||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1999  CAGCCTGCCAACACGTCCTTGGGATTCGGAAGCAGCAGTTCCCTTGGTGCCACCCTGGGATCGGCCCTTGGAGG  2072

Query 2073  GTTTGGAACAGCAGTTGCAAACTCCAACACTGGCAGTGGCTCCCGCCGTGACTCCCTGACTGGCAGCAGTGACC  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  GTTTGGAACAGCAGTTGCAAACTCCAACACTGGCAGTGGCTCCCGCCGTGACTCCCTGACTGGCAGCAGTGACC  2146

Query 2147  TTTATAAGAGGACATCGAGCAGCTTGACCCCCATTGGACACAGTTTTTATAACGGCCTTAGCTTTTCCTCCTCT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||.||||||||||
Sbjct 2147  TTTATAAGAGGACATCGAGCAGCTTGGCCCCCATTGGACACAGTTTTTATAGCAGCCTTAGCTATTCCTCCTCT  2220

Query 2221  CCTGGACCCGTGGGCATGCCTCTCCCTAGTCAGGGACCAGGACATTCACAGACACCACCTCCTTCCCTCTCTTC  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  CCTGGACCCGTGGGCATGCCTCTCCCTAGTCAGGGACCAGGACATTCACAGACACCACCTCCTTCCCTCTCTTC  2294

Query 2295  ACATGGATCCTCTTCAAGCTTAAACCTGGGAGGACTCACGAACGGCAGTGGAAGATACATCTCTGCTGCTCCAG  2368
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 2295  ACATGGATCCTCTTCAAGCTTAAACCTGGGAGGACTCACAAACGGCAGTGGAAGATACATCTCTGCTGCTCCCG  2368

Query 2369  GCGCTGAAGCCAAGTACCGCAGTGCAAGCAGCGCCTCCAGCCTCTTCAGCCCGAGCAGCACTCTTTTCTCTTCC  2442
            |.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||.|||||.||||||
Sbjct 2369  GTGCCGAAGCCAAGTACCGCAGTGCAAGCAGTGCCTCCAGCCTTTTCAGCCCCAGCAGCACCCTTTTTTCTTCC  2442

Query 2443  TCTCGTTTGCGATATGGAATGTCTGATGTCATGCCTTCTGGCAGGAGCAGGCTTTTGGAAGATTTTCGAAACAA  2516
            |||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||.|||||||||||||||||||
Sbjct 2443  TCTCGTTTGCGATATGGAATGTCTGATGTTATGCCCTCTGGCAGGAGCAGACTTCTGGAAGATTTTCGAAACAA  2516

Query 2517  CCGGTACCCCAATTTACAACTGCGGGAGATTGCTGGACATATAATGGAATTTTCCCAAGACCAGCATGGGTCCA  2590
            |||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|
Sbjct 2517  CCGGTACCCTAATTTACAACTGCGGGAGATTGCTGGGCATATAATGGAATTTTCTCAAGACCAGCATGGCTCTA  2590

Query 2591  GATTCATTCAGCTGAAACTGGAGCGTGCCACACCAGCTGAGCGCCAGCTTGTCTTCAATGAAATCCTCCAGGCT  2664
            |||||||||||||||||||.||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  GATTCATTCAGCTGAAACTAGAGCGTGCCACAGCAGCTGAGCGCCAGCTTGTCTTCAATGAAATCCTCCAGGCT  2664

Query 2665  GCCTACCAACTCATGGTGGATGTGTTTGGTAATTACGTCATTCAGAAGTTCTTTGAATTTGGCAGTCTTGAACA  2738
            ||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||.||||||
Sbjct 2665  GCGTACCAACTTATGGTGGATGTGTTTGGAAATTACGTCATTCAGAAGTTTTTTGAATTTGGCAGTCATGAACA  2738

Query 2739  GAAGCTGGCTTTGGCAGAACGGATTCGAGGCCACGTCCTGTCATTGGCACTACAGATGTATGGCTGCCGTGTTA  2812
            ||||||||||.||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||.||||||||.||.|
Sbjct 2739  GAAGCTGGCTCTGGCTGAACGGATTCGAGGCCATGTCCTATCATTGGCACTGCAGATGTACGGCTGCCGAGTCA  2812

Query 2813  TCCAGAAAGCTCTTGAGTTTATTCCTTCAGACCAGCAGAATGAGATGGTTCGGGAACTAGATGGCCATGTCTTG  2886
            |||||||||||.|.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||.||
Sbjct 2813  TCCAGAAAGCTTTGGAGTTTATTCCCTCAGACCAGCAGAACGAGATGGTGCGGGAGCTAGATGGCCATGTCCTG  2886

Query 2887  AAGTGTGTGAAAGATCAGAATGGCAATCACGTGGTTCAGAAATGCATTGAATGTGTACAGCCCCAGTCTTTGCA  2960
            ||||||||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  AAGTGTGTGAAAGACCAGAACGGCAACCATGTGGTTCAGAAGTGCATTGAGTGTGTACAGCCCCAGTCTTTGCA  2960

Query 2961  ATTTATCATCGATGCGTTTAAGGGACAGGTATTTGCCTTATCCACACATCCTTATGGCTGCCGAGTGATTCAGA  3034
            .||||||||||||||.||.|||||.|||||.|||||.||.||.||.||.||.||.|||||..|.|||||.||||
Sbjct 2961  GTTTATCATCGATGCATTCAAGGGGCAGGTGTTTGCTTTGTCTACGCACCCGTACGGCTGTAGGGTGATCCAGA  3034

Query 3035  GAATCCTGGAGCACTGTCTCCCTGACCAGACACTCCCTATTTTAGAGGAGCTTCACCAGCACACAGAGCAGCTT  3108
            |.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||..|.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  GGATCCTAGAGCACTGTCTCCCTGACCAGACCCTCCCCATCCTGGAGGAGCTTCACCAGCACACAGAGCAGCTT  3108

Query 3109  GTACAGGATCAATATGGAAATTATGTAATCCAACATGTACTGGAGCACGGTCGTCCTGAGGATAAAAGCAAAAT  3182
            ||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  GTGCAGGATCAGTATGGAAATTATGTAATCCAACATGTACTGGAGCATGGTCGTCCTGAGGATAAAAGCAAAAT  3182

Query 3183  TGTAGCAGAAATCCGAGGCAATGTACTTGTATTGAGTCAGCACAAATTTGCAAGCAATGTTGTGGAGAAGTGTG  3256
            |||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183  TGTAGCAGAGATCCGAGGCAATGTACTTGTATTGAGTCAGCACAAGTTTGCAAGCAATGTTGTGGAGAAGTGTG  3256

Query 3257  TTACTCACGCCTCACGTACGGAGCGCGCTGTGCTCATCGATGAGGTGTGCACCATGAACGACGGTCCCCACAGT  3330
            |||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257  TTACTCACGCCTCACGTACAGAGCGTGCTGTGCTCATTGATGAGGTGTGCACCATGAACGACGGTCCCCACAGT  3330

Query 3331  GCCTTATACACCATGATGAAGGACCAGTATGCCAACTACGTGGTCCAGAAGATGATTGACGTGGCGGAGCCAGG  3404
            |||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.|||||.|||||.||
Sbjct 3331  GCCTTATACACCATGATGAAGGATCAGTATGCTAACTATGTGGTCCAGAAGATGATCGATGTGGCTGAGCCGGG  3404

Query 3405  CCAGCGGAAGATCGTCATGCATAAGATCCGGCCCCACATCGCAACTCTTCGTAAGTACACCTATGGCAAGCACA  3478
            .|||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||.||.||.|||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405  TCAGCGGAAGATTGTCATGCACAAGATCCGGCCACACATTGCGACGCTTCGAAAGTACACCTATGGCAAGCACA  3478

Query 3479  TTCTGGCCAAGCTGGAGAAGTACTACATGAAGAACGGTGTTGACTTAGGGCCCATCTGTGGCCCCCCTAATGGT  3552
            |.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||.||||||||.|||||.||||||||||||
Sbjct 3479  TCCTGGCCAAGCTCGAGAAGTACTACATGAAGAATGGCGTGGACTTGGGGCCCATTTGTGGTCCCCCTAATGGT  3552

Query 3553  ATCATC  3558
            ||||||
Sbjct 3553  ATCATC  3558