Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07497
• Subject: NM_001168376.1
• Aligned Length: 3216
• Identities: 3079
• Gaps: 135

Alignment

Query    1  ATGGCGCCCCCCACAGGTGTGCTCTCTTCATTGCTGCTGCTGGTGACAATTGCAGGTTGTGCCCGTAAGCAGTG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CAGCGAGGGGAGGACATATTCCAATGCAGTCATTTCACCTAACTTGGAAACCACCAGAATCATGCGGGTGTCTC  148
                                                                         |||||||||||||
Sbjct    1  -------------------------------------------------------------ATGCGGGTGTCTC  13

Query  149  ACACCTTCCCTGTCGTAGACTGCACGGCCGCTTGCTGTGACCTGTCCAGCTGTGACCTGGCCTGGTGGTTCGAG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   14  ACACCTTCCCTGTCGTAGACTGCACGGCCGCTTGCTGTGACCTGTCCAGCTGTGACCTGGCCTGGTGGTTCGAG  87

Query  223  GGCCGCTGCTACCTGGTGAGCTGCCCCCACAAAGAGAACTGTGAGCCCAAGAAGATGGGCCCCATCAGGTCTTA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   88  GGCCGCTGCTACCTGGTGAGCTGCCCCCACAAAGAGAACTGTGAGCCCAAGAAGATGGGCCCCATCAGGTCTTA  161

Query  297  TCTCACTTTTGTGCTCCGGCCTGTTCAGAGGCCTGCACAGCTGCTGGACTATGGGGACATGATGCTGAACAGGG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  162  TCTCACTTTTGTGCTCCGGCCTGTTCAGAGGCCTGCACAGCTGCTGGACTATGGGGACATGATGCTGAACAGGG  235

Query  371  GCTCCCCCTCGGGGATCTGGGGGGACTCACCTGAGGATATCAGAAAGGACTTGCCCTTTCTAGGCAAAGATTGG  444
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct  236  GCTCCCCCTCGGGGATCTGGGGGGACTCACCTGAGGATATCAGAAAGGACTTGACCTTTCTAGGCAAAGATTGG  309

Query  445  GGCCTAGAGGAGATGTCTGAGTACTCAGATGACTACCGGGAGCTGGAGAAGGACCTCTTGCAACCCAGTGGCAA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  310  GGCCTAGAGGAGATGTCTGAGTACTCAGATGACTACCGGGAGCTGGAGAAGGACCTCTTGCAACCCAGTGGCAA  383

Query  519  GCAGGAGCCCAGAGGGAGTGCCGAGTACACGGACTGGGGCCTACTGCCGGGCAGCGAGGGGGCCTTCAACTCCT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  384  GCAGGAGCCCAGAGGGAGTGCCGAGTACACGGACTGGGGCCTACTGCCGGGCAGCGAGGGGGCCTTCAACTCCT  457

Query  593  CTGTTGGAGACAGTCCTGCGGTGCCAGCGGAGACGCAGCAGGACCCTGAGCTCCATTACCTGAATGAGTCGGCT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  458  CTGTTGGAGACAGTCCTGCGGTGCCAGCGGAGACGCAGCAGGACCCTGAGCTCCATTACCTGAATGAGTCGGCT  531

Query  667  TCAACCCCTGCCCCAAAACTCCCTGAGAGAAGTGTGTTGCTTCCCTTGCCGACTACTCCATCTTCAGGAGAGGT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  532  TCAACCCCTGCCCCAAAACTCCCTGAGAGAAGTGTGTTGCTTCCCTTGCCGACTACTCCATCTTCAGGAGAGGT  605

Query  741  GTTGGAGAAAGAAAAGGCTTCTCAGCTCCAGGAACAATCCAGCAACAGCTCTGGAAAAGAGGTTCTAATGCCTT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  606  GTTGGAGAAAGAAAAGGCTTCTCAGCTCCAGGAACAATCCAGCAACAGCTCTGGAAAAGAGGTTCTAATGCCTT  679

Query  815  CCCATAGTCTTCCTCCGGCAAGCCTGGAGCTCAGCTCAGTCACCGTGGAGAAAAGCCCAGTGCTCACAGTCACC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  680  CCCATAGTCTTCCTCCGGCAAGCCTGGAGCTCAGCTCAGTCACCGTGGAGAAAAGCCCAGTGCTCACAGTCACC  753

Query  889  CCGGGGAGTACAGAGCACAGCATCCCAACACCTCCCACTAGCGCAGCCCCCTCTGAGTCCACCCCATCTGAGCT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  754  CCGGGGAGTACAGAGCACAGCATCCCAACACCTCCCACTAGCGCAGCCCCCTCTGAGTCCACCCCATCTGAGCT  827

Query  963  ACCCATATCTCCTACCACTGCTCCCAGGACAGTGAAAGAACTTACGGTATCGGCTGGAGATAACCTAATTATAA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  828  ACCCATATCTCCTACCACTGCTCCCAGGACAGTGAAAGAACTTACGGTATCGGCTGGAGATAACCTAATTATAA  901

Query 1037  CTTTACCCGACAATGAAGTTGAACTGAAGGCCTTTGTTGCGCCAGCGCCACCTGTAGAAACAACCTACAACTAT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  902  CTTTACCCGACAATGAAGTTGAACTGAAGGCCTTTGTTGCGCCAGCGCCACCTGTAGAAACAACCTACAACTAT  975

Query 1111  GAATGGAATTTAATAAGCCACCCCACAGACTACCAAGGTGAAATAAAACAAGGACACAAGCAAACTCTTAACCT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  976  GAATGGAATTTAATAAGCCACCCCACAGACTACCAAGGTGAAATAAAACAAGGACACAAGCAAACTCTTAACCT  1049

Query 1185  CTCTCAATTGTCCGTCGGACTTTATGTCTTCAAAGTCACTGTTTCTAGTGAAAACGCCTTTGGAGAAGGATTTG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1050  CTCTCAATTGTCCGTCGGACTTTATGTCTTCAAAGTCACTGTTTCTAGTGAAAACGCCTTTGGAGAAGGATTTG  1123

Query 1259  TCAATGTCACTGTTAAGCCTGCCAGAAGAGTCAACCTGCCACCTGTAGCAGTTGTTTCTCCCCAACTGCAAGAG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1124  TCAATGTCACTGTTAAGCCTGCCAGAAGAGTCAACCTGCCACCTGTAGCAGTTGTTTCTCCCCAACTGCAAGAG  1197

Query 1333  CTCACTTTGCCTTTGACGTCAGCCCTCATTGATGGCAGCCAAAGTACAGATGATACTGAAATAGTGAGTTATCA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198  CTCACTTTGCCTTTGACGTCAGCCCTCATTGATGGCAGCCAAAGTACAGATGATACTGAAATAGTGAGTTATCA  1271

Query 1407  TTGGGAAGAAATAAACGGGCCCTTCATAGAAGAGAAGACTTCAGTTGACTCTCCCGTCTTACGCTTGTCTAACC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1272  TTGGGAAGAAATAAACGGGCCCTTCATAGAAGAGAAGACTTCAGTTGACTCTCCCGTCTTACGCTTGTCTAACC  1345

Query 1481  TTGATCCTGGTAACTATAGTTTCAGGTTGACTGTTACAGACTCGGACGGAGCCACTAACTCTACAACTGCAGCC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1346  TTGATCCTGGTAACTATAGTTTCAGGTTGACTGTTACAGACTCGGACGGAGCCACTAACTCTACAACTGCAGCC  1419

Query 1555  CTAATAGTGAACAATGCTGTGGACTACCCACCAGTTGCTAATGCAGGACCAAATCACACCATAACTTTGCCCCA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1420  CTAATAGTGAACAATGCTGTGGACTACCCACCAGTTGCTAATGCAGGACCAAATCACACCATAACTTTGCCCCA  1493

Query 1629  AAACTCCATCACTTTGAATGGAAACCAGAGCAGTGACGATCACCAGATTGTCCTCTATGAGTGGTCCCTGGGTC  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494  AAACTCCATCACTTTGAATGGAAACCAGAGCAGTGACGATCACCAGATTGTCCTCTATGAGTGGTCCCTGGGTC  1567

Query 1703  CTGGGAGTGAGGGCAAACATGTGGTCATGCAGGGAGTACAGACGCCATACCTTCATTTATCTGCAATGCAGGAA  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1568  CTGGGAGTGAGGGCAAACATGTGGTCATGCAGGGAGTACAGACGCCATACCTTCATTTATCTGCAATGCAGGAA  1641

Query 1777  GGAGATTATACATTTCAGCTGAAGGTGACAGATTCTTCAAGGCAACAGTCTACTGCTGTGGTGACTGTGATTGT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1642  GGAGATTATACATTTCAGCTGAAGGTGACAGATTCTTCAAGGCAACAGTCTACTGCTGTGGTGACTGTGATTGT  1715

Query 1851  CCAGCCTGAAAACAATAGACCTCCAGTGGCTGTGGCCGGCCCTGATAAAGAGCTGATCTTCCCAGTGGAAAGTG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1716  CCAGCCTGAAAACAATAGACCTCCAGTGGCTGTGGCCGGCCCTGATAAAGAGCTGATCTTCCCAGTGGAAAGTG  1789

Query 1925  CTACCCTGGATGGGAGCAGCAGCAGCGATGACCACGGCATTGTCTTCTACCACTGGGAGCACGTCAGAGGCCCC  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1790  CTACCCTGGATGGGAGCAGCAGCAGCGATGACCACGGCATTGTCTTCTACCACTGGGAGCACGTCAGAGGCCCC  1863

Query 1999  AGTGCAGTGGAGATGGAAAATATTGACAAAGCAATAGCCACTGTGACTGGTCTCCAGGTGGGGACCTACCACTT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1864  AGTGCAGTGGAGATGGAAAATATTGACAAAGCAATAGCCACTGTGACTGGTCTCCAGGTGGGGACCTACCACTT  1937

Query 2073  CCGTTTGACAGTGAAAGACCAGCAGGGACTGAGCAGCACGTCCACCCTCACTGTGGCTGTGAAGAAGGAAAATA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1938  CCGTTTGACAGTGAAAGACCAGCAGGGACTGAGCAGCACGTCCACCCTCACTGTGGCTGTGAAGAAGGAAAATA  2011

Query 2147  ATAGTCCTCCCAGAGCCCGGGCTGGTGGCAGACATGTTCTTGTGCTTCCCAATAATTCCATTACTTTGGATGGT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2012  ATAGTCCTCCCAGAGCCCGGGCTGGTGGCAGACATGTTCTTGTGCTTCCCAATAATTCCATTACTTTGGATGGT  2085

Query 2221  TCAAGGTCTACTGATGACCAAAGAATTGTGTCCTATCTGTGGATCCGGGATGGCCAGAGTCCAGCAGCTGGAGA  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2086  TCAAGGTCTACTGATGACCAAAGAATTGTGTCCTATCTGTGGATCCGGGATGGCCAGAGTCCAGCAGCTGGAGA  2159

Query 2295  TGTCATCGATGGCTCTGACCACAGTGTGGCTCTGCAGCTTACGAATCTGGTGGAGGGGGTGTACACTTTCCACT  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160  TGTCATCGATGGCTCTGACCACAGTGTGGCTCTGCAGCTTACGAATCTGGTGGAGGGGGTGTACACTTTCCACT  2233

Query 2369  TGCGAGTCACCGACAGTCAGGGGGCCTCGGACACAGACACTGCCACTGTGGAAGTGCAGCCAGACCCTAGGAAG  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2234  TGCGAGTCACCGACAGTCAGGGGGCCTCGGACACAGACACTGCCACTGTGGAAGTGCAGCCAGACCCTAGGAAG  2307

Query 2443  AGTGGCCTGGTGGAGCTGACCCTGCAGGTTGGTGTTGGGCAGCTGACAGAGCAGCGGAAGGACACCCTTGTGAG  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2308  AGTGGCCTGGTGGAGCTGACCCTGCAGGTTGGTGTTGGGCAGCTGACAGAGCAGCGGAAGGACACCCTTGTGAG  2381

Query 2517  GCAGCTGGCTGTGCTGCTGAACGTGCTGGACTCGGACATTAAGGTCCAGAAGATTCGGGCCCACTCGGATCTCA  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2382  GCAGCTGGCTGTGCTGCTGAACGTGCTGGACTCGGACATTAAGGTCCAGAAGATTCGGGCCCACTCGGATCTCA  2455

Query 2591  GCACCGTGATTGTGTTTTATGTACAGAACAGGCCGCCTTTCAAGGTTCTCAAAGCTGCTGAAGTGGCCCGAAAT  2664
            |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456  GCACCGTGATTGTGTTTTATGTACAGAGCAGGCCGCCTTTCAAGGTTCTCAAAGCTGCTGAAGTGGCCCGAAAT  2529

Query 2665  CTGCACATGCGGCTCTCAAAGGAGAAGGCTGACTTCTTGCTTTTCAAGGTCTTGAGGGTTGATACAGCAGGTTG  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2530  CTGCACATGCGGCTCTCAAAGGAGAAGGCTGACTTCTTGCTTTTCAAGGTCTTGAGGGTTGATACAGCAGGTTG  2603

Query 2739  CCTTCTGAAGTGTTCTGGCCATGGTCACTGCGACCCCCTCACAAAGCGCTGCATTTGCTCTCACTTATGGATGG  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2604  CCTTCTGAAGTGTTCTGGCCATGGTCACTGCGACCCCCTCACAAAGCGCTGCATTTGCTCTCACTTATGGATGG  2677

Query 2813  AGAACCTTATACAGCGTTATATCTGGGATGGAGAGAGCAACTGTGAGTGGAGTATATTCTATGTGACAGTGTTG  2886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2678  AGAACCTTATACAGCGTTATATCTGGGATGGAGAGAGCAACTGTGAGTGGAGTATATTCTATGTGACAGTGTTG  2751

Query 2887  GCTTTTACTCTTATTGTGCTAACAGGAGGTTTCACTTGGCTTTGCATCTGCTGCTGCAAAAGACAAAAAAGGAC  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2752  GCTTTTACTCTTATTGTGCTAACAGGAGGTTTCACTTGGCTTTGCATCTGCTGCTGCAAAAGACAAAAAAGGAC  2825

Query 2961  TAAAATCAGGAAAAAAACAAAGTACACCATCCTGGATAACATGGATGAACAGGAAAGAATGGAACTGAGGCCCA  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2826  TAAAATCAGGAAAAAAACAAAGTACACCATCCTGGATAACATGGATGAACAGGAAAGAATGGAACTGAGGCCCA  2899

Query 3035  AATATGGTATCAAGCACCGAAGCACAGAGCACAACTCCAGCCTGATGGTATCCGAGTCTGAGTTTGACAGTGAC  3108
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2900  AATATGGTATCAAGCACCGAAGCACAGAGCACAACTCCAGCCTGATGGTATCCGAGTCTGAGTTTGACAGTGAC  2973

Query 3109  CAGGACACAATCTTCAGCCGAGAAAAGATGGAGAGAGGGAATCCAAAGGTTTCCATGAATGGTTCCATCAGAAA  3182
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2974  CAGGACACAATCTTCAGCCGAGAAAAGATGGAGAGAGGGAATCCAAAGGTTTCCATGAATGGTTCCATCAGAAA  3047

Query 3183  TGGAGCTTCCTTCAGTTATTGCTCAAAGGACAGA  3216
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3048  TGGAGCTTCCTTCAGTTATTGCTCAAAGGACAGA  3081