Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07497
• Subject: NM_001350404.2
• Aligned Length: 3218
• Identities: 3187
• Gaps: 22

Alignment

Query    1  ATGGCGCCCCCCACAGGTGTGCTCTCTTCATTGCTGCTGCTG--GTGACAATTGCAGGTTGTGCCCGTAAGCAG  72
            ||||.||      .||         |||||.||..||  |.|  |||||.|   ||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGGGC------GAG---------CTTCAGTGTCGC--CAGCAGTGACCA---CAGGTTGTGCCCGTAAGCAG  54

Query   73  TGCAGCGAGGGGAGGACATATTCCAATGCAGTCATTTCACCTAACTTGGAAACCACCAGAATCATGCGGGTGTC  146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   55  TGCAGCGAGGGGAGGACATATTCCAATGCAGTCATTTCACCTAACTTGGAAACCACCAGAATCATGCGGGTGTC  128

Query  147  TCACACCTTCCCTGTCGTAGACTGCACGGCCGCTTGCTGTGACCTGTCCAGCTGTGACCTGGCCTGGTGGTTCG  220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  129  TCACACCTTCCCTGTCGTAGACTGCACGGCCGCTTGCTGTGACCTGTCCAGCTGTGACCTGGCCTGGTGGTTCG  202

Query  221  AGGGCCGCTGCTACCTGGTGAGCTGCCCCCACAAAGAGAACTGTGAGCCCAAGAAGATGGGCCCCATCAGGTCT  294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  203  AGGGCCGCTGCTACCTGGTGAGCTGCCCCCACAAAGAGAACTGTGAGCCCAAGAAGATGGGCCCCATCAGGTCT  276

Query  295  TATCTCACTTTTGTGCTCCGGCCTGTTCAGAGGCCTGCACAGCTGCTGGACTATGGGGACATGATGCTGAACAG  368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  277  TATCTCACTTTTGTGCTCCGGCCTGTTCAGAGGCCTGCACAGCTGCTGGACTATGGGGACATGATGCTGAACAG  350

Query  369  GGGCTCCCCCTCGGGGATCTGGGGGGACTCACCTGAGGATATCAGAAAGGACTTGCCCTTTCTAGGCAAAGATT  442
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  351  GGGCTCCCCCTCGGGGATCTGGGGGGACTCACCTGAGGATATCAGAAAGGACTTGACCTTTCTAGGCAAAGATT  424

Query  443  GGGGCCTAGAGGAGATGTCTGAGTACTCAGATGACTACCGGGAGCTGGAGAAGGACCTCTTGCAACCCAGTGGC  516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  425  GGGGCCTAGAGGAGATGTCTGAGTACTCAGATGACTACCGGGAGCTGGAGAAGGACCTCTTGCAACCCAGTGGC  498

Query  517  AAGCAGGAGCCCAGAGGGAGTGCCGAGTACACGGACTGGGGCCTACTGCCGGGCAGCGAGGGGGCCTTCAACTC  590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  499  AAGCAGGAGCCCAGAGGGAGTGCCGAGTACACGGACTGGGGCCTACTGCCGGGCAGCGAGGGGGCCTTCAACTC  572

Query  591  CTCTGTTGGAGACAGTCCTGCGGTGCCAGCGGAGACGCAGCAGGACCCTGAGCTCCATTACCTGAATGAGTCGG  664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  573  CTCTGTTGGAGACAGTCCTGCGGTGCCAGCGGAGACGCAGCAGGACCCTGAGCTCCATTACCTGAATGAGTCGG  646

Query  665  CTTCAACCCCTGCCCCAAAACTCCCTGAGAGAAGTGTGTTGCTTCCCTTGCCGACTACTCCATCTTCAGGAGAG  738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  647  CTTCAACCCCTGCCCCAAAACTCCCTGAGAGAAGTGTGTTGCTTCCCTTGCCGACTACTCCATCTTCAGGAGAG  720

Query  739  GTGTTGGAGAAAGAAAAGGCTTCTCAGCTCCAGGAACAATCCAGCAACAGCTCTGGAAAAGAGGTTCTAATGCC  812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  721  GTGTTGGAGAAAGAAAAGGCTTCTCAGCTCCAGGAACAATCCAGCAACAGCTCTGGAAAAGAGGTTCTAATGCC  794

Query  813  TTCCCATAGTCTTCCTCCGGCAAGCCTGGAGCTCAGCTCAGTCACCGTGGAGAAAAGCCCAGTGCTCACAGTCA  886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  795  TTCCCATAGTCTTCCTCCGGCAAGCCTGGAGCTCAGCTCAGTCACCGTGGAGAAAAGCCCAGTGCTCACAGTCA  868

Query  887  CCCCGGGGAGTACAGAGCACAGCATCCCAACACCTCCCACTAGCGCAGCCCCCTCTGAGTCCACCCCATCTGAG  960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  869  CCCCGGGGAGTACAGAGCACAGCATCCCAACACCTCCCACTAGCGCAGCCCCCTCTGAGTCCACCCCATCTGAG  942

Query  961  CTACCCATATCTCCTACCACTGCTCCCAGGACAGTGAAAGAACTTACGGTATCGGCTGGAGATAACCTAATTAT  1034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  943  CTACCCATATCTCCTACCACTGCTCCCAGGACAGTGAAAGAACTTACGGTATCGGCTGGAGATAACCTAATTAT  1016

Query 1035  AACTTTACCCGACAATGAAGTTGAACTGAAGGCCTTTGTTGCGCCAGCGCCACCTGTAGAAACAACCTACAACT  1108
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017  AACTTTACCCGACAATGAAGTTGAACTGAAGGCCTTTGTTGCGCCAGCGCCACCTGTAGAAACAACCTACAACT  1090

Query 1109  ATGAATGGAATTTAATAAGCCACCCCACAGACTACCAAGGTGAAATAAAACAAGGACACAAGCAAACTCTTAAC  1182
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1091  ATGAATGGAATTTAATAAGCCACCCCACAGACTACCAAGGTGAAATAAAACAAGGACACAAGCAAACTCTTAAC  1164

Query 1183  CTCTCTCAATTGTCCGTCGGACTTTATGTCTTCAAAGTCACTGTTTCTAGTGAAAACGCCTTTGGAGAAGGATT  1256
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1165  CTCTCTCAATTGTCCGTCGGACTTTATGTCTTCAAAGTCACTGTTTCTAGTGAAAACGCCTTTGGAGAAGGATT  1238

Query 1257  TGTCAATGTCACTGTTAAGCCTGCCAGAAGAGTCAACCTGCCACCTGTAGCAGTTGTTTCTCCCCAACTGCAAG  1330
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1239  TGTCAATGTCACTGTTAAGCCTGCCAGAAGAGTCAACCTGCCACCTGTAGCAGTTGTTTCTCCCCAACTGCAAG  1312

Query 1331  AGCTCACTTTGCCTTTGACGTCAGCCCTCATTGATGGCAGCCAAAGTACAGATGATACTGAAATAGTGAGTTAT  1404
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313  AGCTCACTTTGCCTTTGACGTCAGCCCTCATTGATGGCAGCCAAAGTACAGATGATACTGAAATAGTGAGTTAT  1386

Query 1405  CATTGGGAAGAAATAAACGGGCCCTTCATAGAAGAGAAGACTTCAGTTGACTCTCCCGTCTTACGCTTGTCTAA  1478
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1387  CATTGGGAAGAAATAAACGGGCCCTTCATAGAAGAGAAGACTTCAGTTGACTCTCCCGTCTTACGCTTGTCTAA  1460

Query 1479  CCTTGATCCTGGTAACTATAGTTTCAGGTTGACTGTTACAGACTCGGACGGAGCCACTAACTCTACAACTGCAG  1552
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1461  CCTTGATCCTGGTAACTATAGTTTCAGGTTGACTGTTACAGACTCGGACGGAGCCACTAACTCTACAACTGCAG  1534

Query 1553  CCCTAATAGTGAACAATGCTGTGGACTACCCACCAGTTGCTAATGCAGGACCAAATCACACCATAACTTTGCCC  1626
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1535  CCCTAATAGTGAACAATGCTGTGGACTACCCACCAGTTGCTAATGCAGGACCAAATCACACCATAACTTTGCCC  1608

Query 1627  CAAAACTCCATCACTTTGAATGGAAACCAGAGCAGTGACGATCACCAGATTGTCCTCTATGAGTGGTCCCTGGG  1700
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1609  CAAAACTCCATCACTTTGAATGGAAACCAGAGCAGTGACGATCACCAGATTGTCCTCTATGAGTGGTCCCTGGG  1682

Query 1701  TCCTGGGAGTGAGGGCAAACATGTGGTCATGCAGGGAGTACAGACGCCATACCTTCATTTATCTGCAATGCAGG  1774
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1683  TCCTGGGAGTGAGGGCAAACATGTGGTCATGCAGGGAGTACAGACGCCATACCTTCATTTATCTGCAATGCAGG  1756

Query 1775  AAGGAGATTATACATTTCAGCTGAAGGTGACAGATTCTTCAAGGCAACAGTCTACTGCTGTGGTGACTGTGATT  1848
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1757  AAGGAGATTATACATTTCAGCTGAAGGTGACAGATTCTTCAAGGCAACAGTCTACTGCTGTGGTGACTGTGATT  1830

Query 1849  GTCCAGCCTGAAAACAATAGACCTCCAGTGGCTGTGGCCGGCCCTGATAAAGAGCTGATCTTCCCAGTGGAAAG  1922
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1831  GTCCAGCCTGAAAACAATAGACCTCCAGTGGCTGTGGCCGGCCCTGATAAAGAGCTGATCTTCCCAGTGGAAAG  1904

Query 1923  TGCTACCCTGGATGGGAGCAGCAGCAGCGATGACCACGGCATTGTCTTCTACCACTGGGAGCACGTCAGAGGCC  1996
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1905  TGCTACCCTGGATGGGAGCAGCAGCAGCGATGACCACGGCATTGTCTTCTACCACTGGGAGCACGTCAGAGGCC  1978

Query 1997  CCAGTGCAGTGGAGATGGAAAATATTGACAAAGCAATAGCCACTGTGACTGGTCTCCAGGTGGGGACCTACCAC  2070
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979  CCAGTGCAGTGGAGATGGAAAATATTGACAAAGCAATAGCCACTGTGACTGGTCTCCAGGTGGGGACCTACCAC  2052

Query 2071  TTCCGTTTGACAGTGAAAGACCAGCAGGGACTGAGCAGCACGTCCACCCTCACTGTGGCTGTGAAGAAGGAAAA  2144
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2053  TTCCGTTTGACAGTGAAAGACCAGCAGGGACTGAGCAGCACGTCCACCCTCACTGTGGCTGTGAAGAAGGAAAA  2126

Query 2145  TAATAGTCCTCCCAGAGCCCGGGCTGGTGGCAGACATGTTCTTGTGCTTCCCAATAATTCCATTACTTTGGATG  2218
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2127  TAATAGTCCTCCCAGAGCCCGGGCTGGTGGCAGACATGTTCTTGTGCTTCCCAATAATTCCATTACTTTGGATG  2200

Query 2219  GTTCAAGGTCTACTGATGACCAAAGAATTGTGTCCTATCTGTGGATCCGGGATGGCCAGAGTCCAGCAGCTGGA  2292
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2201  GTTCAAGGTCTACTGATGACCAAAGAATTGTGTCCTATCTGTGGATCCGGGATGGCCAGAGTCCAGCAGCTGGA  2274

Query 2293  GATGTCATCGATGGCTCTGACCACAGTGTGGCTCTGCAGCTTACGAATCTGGTGGAGGGGGTGTACACTTTCCA  2366
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275  GATGTCATCGATGGCTCTGACCACAGTGTGGCTCTGCAGCTTACGAATCTGGTGGAGGGGGTGTACACTTTCCA  2348

Query 2367  CTTGCGAGTCACCGACAGTCAGGGGGCCTCGGACACAGACACTGCCACTGTGGAAGTGCAGCCAGACCCTAGGA  2440
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2349  CTTGCGAGTCACCGACAGTCAGGGGGCCTCGGACACAGACACTGCCACTGTGGAAGTGCAGCCAGACCCTAGGA  2422

Query 2441  AGAGTGGCCTGGTGGAGCTGACCCTGCAGGTTGGTGTTGGGCAGCTGACAGAGCAGCGGAAGGACACCCTTGTG  2514
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2423  AGAGTGGCCTGGTGGAGCTGACCCTGCAGGTTGGTGTTGGGCAGCTGACAGAGCAGCGGAAGGACACCCTTGTG  2496

Query 2515  AGGCAGCTGGCTGTGCTGCTGAACGTGCTGGACTCGGACATTAAGGTCCAGAAGATTCGGGCCCACTCGGATCT  2588
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2497  AGGCAGCTGGCTGTGCTGCTGAACGTGCTGGACTCGGACATTAAGGTCCAGAAGATTCGGGCCCACTCGGATCT  2570

Query 2589  CAGCACCGTGATTGTGTTTTATGTACAGAACAGGCCGCCTTTCAAGGTTCTCAAAGCTGCTGAAGTGGCCCGAA  2662
            |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2571  CAGCACCGTGATTGTGTTTTATGTACAGAGCAGGCCGCCTTTCAAGGTTCTCAAAGCTGCTGAAGTGGCCCGAA  2644

Query 2663  ATCTGCACATGCGGCTCTCAAAGGAGAAGGCTGACTTCTTGCTTTTCAAGGTCTTGAGGGTTGATACAGCAGGT  2736
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2645  ATCTGCACATGCGGCTCTCAAAGGAGAAGGCTGACTTCTTGCTTTTCAAGGTCTTGAGGGTTGATACAGCAGGT  2718

Query 2737  TGCCTTCTGAAGTGTTCTGGCCATGGTCACTGCGACCCCCTCACAAAGCGCTGCATTTGCTCTCACTTATGGAT  2810
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2719  TGCCTTCTGAAGTGTTCTGGCCATGGTCACTGCGACCCCCTCACAAAGCGCTGCATTTGCTCTCACTTATGGAT  2792

Query 2811  GGAGAACCTTATACAGCGTTATATCTGGGATGGAGAGAGCAACTGTGAGTGGAGTATATTCTATGTGACAGTGT  2884
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2793  GGAGAACCTTATACAGCGTTATATCTGGGATGGAGAGAGCAACTGTGAGTGGAGTATATTCTATGTGACAGTGT  2866

Query 2885  TGGCTTTTACTCTTATTGTGCTAACAGGAGGTTTCACTTGGCTTTGCATCTGCTGCTGCAAAAGACAAAAAAGG  2958
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2867  TGGCTTTTACTCTTATTGTGCTAACAGGAGGTTTCACTTGGCTTTGCATCTGCTGCTGCAAAAGACAAAAAAGG  2940

Query 2959  ACTAAAATCAGGAAAAAAACAAAGTACACCATCCTGGATAACATGGATGAACAGGAAAGAATGGAACTGAGGCC  3032
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2941  ACTAAAATCAGGAAAAAAACAAAGTACACCATCCTGGATAACATGGATGAACAGGAAAGAATGGAACTGAGGCC  3014

Query 3033  CAAATATGGTATCAAGCACCGAAGCACAGAGCACAACTCCAGCCTGATGGTATCCGAGTCTGAGTTTGACAGTG  3106
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3015  CAAATATGGTATCAAGCACCGAAGCACAGAGCACAACTCCAGCCTGATGGTATCCGAGTCTGAGTTTGACAGTG  3088

Query 3107  ACCAGGACACAATCTTCAGCCGAGAAAAGATGGAGAGAGGGAATCCAAAGGTTTCCATGAATGGTTCCATCAGA  3180
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3089  ACCAGGACACAATCTTCAGCCGAGAAAAGATGGAGAGAGGGAATCCAAAGGTTTCCATGAATGGTTCCATCAGA  3162

Query 3181  AATGGAGCTTCCTTCAGTTATTGCTCAAAGGACAGA  3216
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3163  AATGGAGCTTCCTTCAGTTATTGCTCAAAGGACAGA  3198