Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07568
• Subject: XM_017020315.1
• Aligned Length: 3276
• Identities: 2616
• Gaps: 657

Alignment

Query    1  ATGATGGATTCTCCGAAGATTGGAAATGGTTTGCCAGTGATTGGACCAGGGACTGATATAGGGATATCTTCACT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CCACATGGTGGGGTATTTGGGAAAAAATTTTGATTCAGCTAAAGTTCCATCAGATGAGTATTGCCCTGCTTGTA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  GAGAGAAGGGAAAGTTAAAAGCCTTAAAGACTTACCGAATTAGTTTTCAAGAATCTATCTTTTTGTGTGAGGAT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  CTGCAGTGCATCTATCCTTTGGGCTCTAAATCACTTAATAACCTAATTTCTCCTGATTTGGAAGAATGTCACAC  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  TCCACATAAGCCTCAGAAAAGGAAGAGCTTAGAAAGCAGCTATAAGGATTCACTTCTTTTAGCAAATTCCAAAA  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  AGACTAGAAATTATATTGCTATTGACGGTGGAAAAGTTTTGAACAGCAAACATAATGGAGAAGTATATGACGAA  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  ACCTCGTCAAACTTACCTGATAGTAGTGGTCAACAGAATCCAATTAGGACAGCTGATTCCTTGGAGCGGAATGA  518
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  519  GATTTTGGAAGCTGATACTGTTGACATGGCTACTACAAAAGATCCTGCTACAGTTGATGTCTCTGGAACTGGCA  592
                                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  -------------------------ATGGCTACTACAAAAGATCCTGCTACAGTTGATGTCTCTGGAACTGGCA  49

Query  593  GACCTTCCCCTCAAAATGAAGGATGTACATCTAAGCTGGAAATGCCACTGGAGAGCAAATGTACATCATTTCCC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   50  GACCTTCCCCTCAAAATGAAGGATGTACATCTAAACTGGAAATGCCACTGGAGAGCAAATGTACATCATTTCCC  123

Query  667  CAGGCTTTATGTGTCCAGTGGAAAAATGCTTATGCTCTCTGTTGGTTAGACTGTATCCTGTCAGCTTTGGTGCA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  124  CAGGCTTTATGTGTCCAGTGGAAAAATGCTTATGCTCTCTGTTGGTTAGACTGTATCCTGTCAGCTTTGGTGCA  197

Query  741  CTCGGAAGAGTTAAAGAACACCGTGACTGGACTGTGCTCGAAGGAGGAATCTATATTCTGGCGGTTGCTTACAA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  198  CTCGGAAGAGTTAAAGAACACCGTGACTGGACTGTGCTCGAAGGAGGAATCTATATTCTGGCGGTTGCTTACAA  271

Query  815  AATATAATCAAGCAAATACACTTCTATATACCAGTCAATTGAGTGGTGTTAAAGATGGAGATTGTAAAAAACTT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                      
Sbjct  272  AATATAATCAAGCAAATACACTTCTATATACCAGTCAATTGAGTGGTGTTAA----------------------  323

Query  889  ACCTCAGAAATATTTGCAGAGATAGAGACCTGTCTGAATGAAGTTAGAGATGAAATTTTTATTAGCCTTCAGCC  962
                                                                                      
Sbjct  324  --------------------------------------------------------------------------  323

Query  963  CCAGCTTAGATGCACATTAGGTGATATGGAAAGCCCTGTGTTTGCATTTCCCCTGCTCTTAAAACTAGAAACCC  1036
                              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  324  ------------------AGGTGATATGGAAAGCCCTGTGTTTGCATTTCCCCTGCTCTTAAAACTAGAAACCC  379

Query 1037  ACATTGAAAAGCTCTTCCTATATTCTTTTTCTTGGGACTTTGAATGTTCGCAGTGTGGACACCAATATCAAAAC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  380  ACATTGAAAAGCTCTTCCTATATTCTTTTTCTTGGGACTTTGAATGTTCGCAGTGTGGACACCAATATCAAAAC  453

Query 1111  AGGCATATGAAGAGTCTGGTCACCTTTACAAATGTCATCCCTGAGTGGCACCCACTTAATGCTGCCCATTTTGG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  454  AGGCATATGAAGAGTCTGGTCACCTTTACAAATGTCATCCCTGAGTGGCACCCACTTAATGCTGCCCATTTTGG  527

Query 1185  TCCATGTAACAATTGCAACAGTAAATCACAAATAAGAAAAATGGTATTAGAAAAAGTATCTCCCATATTCATGT  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  528  TCCATGTAACAATTGCAACAGTAAATCACAAATAAGAAAAATGGTATTAGAAAAAGTATCTCCCATATTCATGT  601

Query 1259  TGCACTTTGTAGAAGGCTTACCACAGAATGACTTGCAGCACTATGCATTTCATTTTGAAGGCTGTCTTTATCAG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  602  TGCACTTTGTAGAAGGCTTACCACAGAATGACTTGCAGCACTATGCATTTCATTTTGAAGGCTGTCTTTATCAG  675

Query 1333  ATAACTTCTGTAATTCAGTATCGAGCAAATAATCATTTTATAACATGGATTTTAGATGCTGATGGAAGTTGGCT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  676  ATAACTTCTGTAATTCAGTATCGAGCAAATAATCATTTTATAACATGGATTTTAGATGCTGATGGAAGTTGGCT  749

Query 1407  GGAATGTGATGACTTAAAAGGCCCATGTTCTGAAAGGCACAAGAAATTTGAAGTTCCTGCTTCAGAGATACATA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  750  GGAATGTGATGACTTAAAAGGCCCATGTTCTGAAAGGCACAAGAAATTTGAAGTTCCTGCTTCAGAGATACATA  823

Query 1481  TTGTTATTTGGGAAAGAAAAATATCCCAAGTGACAGATAAAGAAGCTGCCTGCCTTCCACTTAAAAAGACTAAT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  824  TTGTTATTTGGGAAAGAAAAATATCCCAAGTGACAGATAAAGAAGCTGCCTGCCTTCCACTTAAAAAGACTAAT  897

Query 1555  GACCAACACGCTCTCAGTAATGAGAAACCAGTATCTTCAACATCGTGTTCTGTGGGTGATGCTGCCTCAGCTGA  1628
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  898  GACCAACACGCTCTCAGTAATGAGAAACCAGTATCTTTAACATCGTGTTCTGTGGGTGATGCTGCCTCAGCTGA  971

Query 1629  AACAGCCTCAGTAACTCACCCTAAAGATATATCAGTTGCCCCTCGTACTCTTTCACAGGACACAGCTGTAACTC  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  972  AACAGCCTCAGTAACTCACCCTAAAGATATATCAGTTGCCCCTCGTACTCTTTCACAGGACACAGCTGTAACTC  1045

Query 1703  ATGGAGATCATTTACTTTCAGGTCCAAAAGGTTTGGTTGACAATATTTTACCTCTGACACTTGAAGAAACTATC  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1046  ATGGAGATCATTTACTTTCAGGTCCAAAAGGTTTGGTTGACAATATTTTACCTCTGACACTTGAAGAAACTATC  1119

Query 1777  CAGAAAACAGCCTCAGTTTCACAGTTAAATTCTGAAGCTTTCCTGTTAGAAAATAAACCTGTAGCAGAAAATAC  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1120  CAGAAAACAGCCTCAGTTTCACAGTTAAATTCTGAAGCTTTCCTGTTAGAAAATAAACCTGTAGCAGAAAATAC  1193

Query 1851  AGGAATTCTCAAAACCAATACTTTGCTATCACAAGAATCACTAATGGCTTCTTCAGTATCAGCTCCATGTAATG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1194  AGGAATTCTCAAAACCAATACTTTGCTATCACAAGAATCACTAATGGCTTCTTCAGTATCAGCTCCATGTAATG  1267

Query 1925  AAAAGCTTATTCAAGACCAATTTGTGGACATAAGTTTTCCATCCCAAGTTGTAAATACAAACATGCAGTCAGTA  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1268  AAAAGCTTATTCAAGACCAATTTGTGGACATAAGTTTTCCATCCCAAGTTGTAAATACAAACATGCAGTCAGTA  1341

Query 1999  CAGCTGAATACAGAAGATACTGTAAATACTAAATCTGTGAATAATACTGATGCTACTGGTCTTATACAGGGAGT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1342  CAGCTGAATACAGAAGATACTGTAAATACTAAATCTGTGAATAATACTGATGCTACTGGTCTTATACAGGGAGT  1415

Query 2073  GAAGTCAGTAGAAATTGAGAAGGACGCTCAGTTAAAACAATTCCTTACACCAAAAACTGAACAATTAAAACCAG  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1416  GAAGTCAGTAGAAATTGAGAAGGACGCTCAGTTAAAACAATTCCTTACACCAAAAACTGAACAATTAAAACCAG  1489

Query 2147  AACGTGTCACATCTCAGGTATCTAATTTGAAGAAAAAAGAAACTACAGCAGATTCTCAAACCACAACATCTAAG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1490  AACGTGTCACATCTCAGGTATCTAATTTGAAGAAAAAAGAAACTACAGCAGATTCTCAAACCACAACATCTAAG  1563

Query 2221  TCATTACAGAATCAGTCTCTGAAAGAAAATCAGAAGAAGCCATTTGTGGGAAGTTGGGTTAAAGGCTTAATAAG  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1564  TCATTACAGAATCAGTCTCTGAAAGAAAATCAGAAGAAGCCATTTGTGGGAAGTTGGGTTAAAGGCTTAATAAG  1637

Query 2295  CAGGGGTGCTTCTTTTATGCCACTCTGTGTTTCAGCTCATAATAGAAACACTATAACTGATTTACAACCTTCAG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1638  CAGGGGTGCTTCTTTTATGCCACTCTGTGTTTCAGCTCATAATAGAAACACTATAACTGATTTACAACCTTCAG  1711

Query 2369  TTAAAGGGGTAAATAATTTTGGTGGCTTTAAAACTAAAGGTATAAACCAGAAGGCCAGCCACGTATCCAAGAAA  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1712  TTAAAGGGGTAAATAATTTTGGTGGCTTTAAAACTAAAGGTATAAACCAGAAGGCCAGCCACGTATCCAAGAAA  1785

Query 2443  GCTCGTAAGAGTGCAAGTAAGCCTCCTCCCATCAGTAAGCCACCAGCAGGCCCTCCATCGTCTAATGGCACAGC  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1786  GCTCGTAAGAGTGCAAGTAAGCCTCCTCCCATCAGTAAGCCACCAGCAGGCCCTCCATCGTCTAATGGCACAGC  1859

Query 2517  TGCCCACCCACATGCTCATGCTGCTTCAGAAGTTTTGGAAAAGTCTGGAAGCACCTCATGTGGAGCTCAACTCA  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860  TGCCCACCCACATGCTCATGCTGCTTCAGAAGTTTTGGAAAAGTCTGGAAGCACCTCATGTGGAGCTCAACTCA  1933

Query 2591  ACCACAGTTCTTATGGGAATGGTATTTCTTCAGCAAACCATGAAGACTTGGTGGAAGGTCAGATTCATAAACTT  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1934  ACCACAGTTCTTATGGGAATGGTATTTCTTCAGCAAACCATGAAGACTTGGTGGAAGGTCAGATTCATAAACTT  2007

Query 2665  CGTCTAAAACTTCGTAAAAAGCTAAAGGCAGAAAAGAAGAAATTAGCTGCTCTTATGTCTTCCCCGCAAAGCAG  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2008  CGTCTAAAACTTCGTAAAAAGCTAAAGGCAGAAAAGAAGAAATTAGCTGCTCTTATGTCTTCCCCGCAAAGCAG  2081

Query 2739  AACAGTTCGAAGTGAAAATCTAGAACAGGTGCCCCAGGATGGGTCTCCAAATGATTGTGAATCAATAGAGGACT  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2082  AACAGTTCGAAGTGAAAATCTAGAACAGGTGCCCCAGGATGGGTCTCCAAATGATTGTGAATCAATAGAGGACT  2155

Query 2813  TGTTAAATGAGCTACCATATCCAATTGATATTGCCAATGAGTCTGCATGCACCACTGTTCCTGGTGTTTCCCTG  2886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156  TGTTAAATGAGCTACCATATCCAATTGATATTGCCAGTGAGTCTGCATGCACCACTGTTCCTGGTGTTTCCCTG  2229

Query 2887  TACAGTAGTCAAACTCATGAAGAAATTTTAGCGGAATTATTGTCTCCTACACCTGTTTCAACAGAGCTGTCAGA  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2230  TACAGTAGTCAAACTCATGAAGAAATTTTAGCGGAATTATTGTCTCCTACACCTGTTTCAACAGAGCTGTCAGA  2303

Query 2961  AAATGGGGAAGGTGACTTTAGGTATTTGGGAATGGGAGATAGTCATATCCCACCACCAGTACCAAGTGAATTCA  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2304  AAATGGGGAAGGTGACTTTAGGTATTTGGGAATGGGAGATAGTCATATCCCACCACCAGTACCAAGTGAATTCA  2377

Query 3035  ATGATGTTTCCCAGAACACACATCTGAGACAGGACCATAATTATTGTAGCCCCACCAAGAAAAATCCATGTGAA  3108
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2378  ATGATGTTTCCCAGAACACACATCTGAGACAGGACCATAATTATTGTAGCCCCACCAAGAAAAATCCATGTGAA  2451

Query 3109  GTTCAGCCAGACTCTCTGACAAATAATGCCTGCGTTAGAACATTAAACTTGGAGAGTCCGATGAAGACTGATAT  3182
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2452  GTTCAGCCAGACTCTCTGACAAATAATGCCTGCGTTAGAACATTAAACTTGGAGAGTCCGATGAAGACTGATAT  2525

Query 3183  TTTCGATGAGTTTTTTTCCTCCTCAGCATTAAATGCTTTAGCAAATGACACATTAGACCTACCTCATTTCGATG  3256
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2526  TTTCGATGAGTTTTTTTCCTCCTCAGCATTAAATGCTTTAGCAAATGACACATTAGACCTACCTCATTTCGATG  2599

Query 3257  AATATCTGTTTGAGAATTAT  3276
            ||||||||||||||||||||
Sbjct 2600  AATATCTGTTTGAGAATTAT  2619