Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07648
• Subject: NM_001190855.1
• Aligned Length: 1922
• Identities: 1245
• Gaps: 478

Alignment

Query    1  ATGAGCAACTACAGTGTGTCACTGGTTGGCCCAGCTCCTTGGGGTTTCCGGCTGCAGGGCGGTAAGGATTTCAA  74
            |||||||||||||||||||||.||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||.||.|||||||||||
Sbjct    1  ATGAGCAACTACAGTGTGTCATTGGTCGGCCCAGCTCCTTGGGGTTTCCGGCTCCAAGGTGGCAAGGATTTCAA  74

Query   75  CATGCCTCTGACAATCTCTAGTCTAAAAGATGGCGGCAAGGCAGCCCAGGCAAATGTAAGAATAGGCGATGTGG  148
            ||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||.|.||||||.||||.||||||||.||.||||
Sbjct   75  CATGCCTCTGACAATCTCTAGTCTGAAGGATGGTGGCAAGGCATCTCAGGCACATGTCAGAATAGGGGACGTGG  148

Query  149  TTCTCAGCATTGATGGAATAAATGCACAAGGAATGACTCATCTTGAAGCCCAGAATAAGATTAAGGGTTGTACA  222
            ||||||||||.|||||.||.|.||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||.||||||.
Sbjct  149  TTCTCAGCATCGATGGGATCAGTGCACAGGGAATGACGCATCTTGAAGCCCAGAACAAGATTAAGGCTTGTACG  222

Query  223  GGCTCTTTGAATATGACTCTGCAAAGAGCATCTGCTGCACCCAAGCCTGAGCCGGTTCCTGTTCAAAAGGGAGA  296
            |||||.||||||||||||||.||||||||.||.||||||.|||||..||||||||||                 
Sbjct  223  GGCTCCTTGAATATGACTCTACAAAGAGCTTCAGCTGCAGCCAAGAGTGAGCCGGTT-----------------  279

Query  297  ACCTAAAGAAGTAGTTAAACCTGTGCCCATTACATCTCCTGCTGTGTCCAAAGTCACTTCCACAAACAACATGG  370
                                                |||      |||||                        
Sbjct  280  ------------------------------------TCC------GTCCA------------------------  287

Query  371  CCTACAATAAGGCACCACGGCCTTTTGGTTCTGTGTCTTCACCAAAAGTCACATCCATCCCATCACCATCGTCT  444
                                                                                      
Sbjct  288  --------------------------------------------------------------------------  287

Query  445  GCCTTCACCCCAGCCCATGCGACCACCTCATCACATGCTTCCCCTTCACCCGTGGCTGCCGTCACTCCTCCCCT  518
                                                                                      
Sbjct  288  --------------------------------------------------------------------------  287

Query  519  GTTCGCTGCATCTGGACTGCATGCTAATGCCAATCTTAGTGCTGACCAGTCTCCATCTGCACTGAGCGCTGGTA  592
                                                                                      
Sbjct  288  --------------------------------------------------------------------------  287

Query  593  AAACTGCAGTTAATGTCCCACGGCAGCCCACAGTCACCAGCGTGTGTTCCGAGACTTCTCAGGAGCTAGCAGAG  666
                                  |.|||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||
Sbjct  288  ----------------------GAAGCCCACAGTCACCAGCGTGTGTTCCGAGTCTGCTCAGGAGCTAGCAGAG  339

Query  667  GGACAGAGAAGAGGATCCCAGGGTGACAGTAAACAGCAAAATGGCCCACCAAGAAAACACATTGTGGAGCGCTA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct  340  GGACAGAGAAGAGGATCCCAGGGTGACATTAAGCAGCAAAATGGCCCACCAAGAAAACACATTGTGGAGCGCAA  413

Query  741  TACAGAGTTTTATCATGTACCCACTCACAGTGATGCCAGCAAGAAGAGACTGATTGAGGATACTGAAGACTGGC  814
            .||.|||||||||||..||||||||||||||||||||||||||||..|.|||||||||||.|||||.|||||||
Sbjct  414  CACGGAGTTTTATCACATACCCACTCACAGTGATGCCAGCAAGAAACGGCTGATTGAGGACACTGAGGACTGGC  487

Query  815  GTCCAAGGACTGGAACAACTCAGTCTCGCTCTTTCCGAATCCTTGCCCAGATCACTGGGACTGAACATTTGAAA  888
            |.||..||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||.|||.|
Sbjct  488  GCCCCCGGACTGGAACGACTCAGTCTCGTTCTTTCCGGATCCTTGCCCAGATCACTGGGACTGAGCATCTGACA  561

Query  889  GAATCTGAAGCCGATAATACAAAGAAGGCAAA------------------------------------------  920
            |||||||||...||.|||||.|||||||||||                                          
Sbjct  562  GAATCTGAAAATGACAATACGAAGAAGGCAAAGCTCTTCGGCCCTGAAAACTCCCAGTCTCTTCTGGATGCACT  635

Query  921  --------------------------TAACTCT-----------------------------------------  927
                                      ||.||||                                         
Sbjct  636  GTGCATCAGCACTGTCCCCAAGCCTCTAGCTCTTTCCTGTCTTCAGTCCTCTGAGGAGTCGAGTGGCTCTGTCC  709

Query  928  -----------------------CAGGAGCCTTCTCCGCAGTTGGCTTCCTCGGTAGCTTCCACACGGAGCATG  978
                                   |||||||||||||.|||...|||.||.||.|.||||||..|.|.||||..|
Sbjct  710  ACGTTAAGAAGAGCAGTAGCACCCAGGAGCCTTCTCAGCAACCGGCGTCATCTGGAGCTTCACCTCTGAGCGCG  783

Query  979  CCCGAGAGCCTGGACAGCCCAACCTCTGGCAGACCAGGGGTTACCAGCCTCACAACTGCAGCTGCCTTCAAGCC  1052
            .|.|||.|||..||.||||||...||..||||.||...|||..|..|||||....|.||.|||||.||||||||
Sbjct  784  TCTGAGGGCCCCGAGAGCCCAGGTTCCAGCAGGCCCTCGGTGGCTGGCCTCCGCTCCGCTGCTGCTTTCAAGCC  857

Query 1053  TGTAGGATCCACTGGCGTCATCAAGTCACCAAGCTGGCAACGGCCAAACCAAGGAGTACCTTCCACTGGAAGAA  1126
            ||||||||||||..|||   ||||||||||.||||||||.||.||||||||||.||.||||||.|||||.||||
Sbjct  858  TGTAGGATCCACCAGCG---TCAAGTCACCTAGCTGGCAGCGTCCAAACCAAGCAGCACCTTCTACTGGGAGAA  928

Query 1127  TCTCAAACAGCGCTGCTTACTCAGGATCAGTGGCACCAGCCAACTCAG-CTTTGGGACAAACCCAGCCAAGTGA  1199
            |.|||||||..||...||..|||||..|||.|||             | ||.||||.|...|||||||||||||
Sbjct  929  TTTCAAACAATGCACGTTCTTCAGGTACAGGGGC-------------GTCTGTGGGGCCTCCCCAGCCAAGTGA  989

Query 1200  CCAGGACACTTTAGTGCAAAGAGCTGAGCACATTCCAGCAGGGAAACGAACTCCGATGTGCGCCCATTGTAACC  1273
            |||.|||||..|.|||||.|||||.||.|||||||||||.||.||.||.||.||.|||||.|||||.||.||||
Sbjct  990  CCAAGACACACTTGTGCAGAGAGCGGAACACATTCCAGCGGGCAAGCGGACCCCCATGTGTGCCCACTGCAACC  1063

Query 1274  AGGTCATCAGAGGACC-ATTCTTAGTGGCACTGGGGAAATCTTGGCACCCAGAAGAATTCAACTGCGCTCACTG  1346
            |.||.|||||.||||| .||||| |||||.||||||||.||.|||||.|||||||||||.|||||.|||||.||
Sbjct 1064  AAGTTATCAGGGGACCTTTTCTT-GTGGCTCTGGGGAAGTCCTGGCATCCAGAAGAATTTAACTGTGCTCATTG  1136

Query 1347  CAAAAATACAATGGCCTACATTGGATTTGTAGAGGAGAAAGGAGCCCTGTATTGTGAGCTGTGCTATGAGAAAT  1420
            ||||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||.|||||||||||.|
Sbjct 1137  CAAAAACACAATGGCCTACATAGGCTTTGTAGAGGAGAAGGGAGCACTGTACTGTGAGCTATGCTATGAGAAGT  1210

Query 1421  TCTTTGCCCCTGAATGTGGTCGATGCCAAAGGAAGATCCTTGGAGAAGTCATCAATGCGTTGAAACAAACTTGG  1494
            |||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||.|||
Sbjct 1211  TCTTTGCTCCTGAATGTGGCCGGTGCCAAAGGAAGATCCTTGGAGAAGTCATCAATGCTTTGAAGCAGACCTGG  1284

Query 1495  CATGTTTCCTGTTTTGTGTGTGTAGCCTGTGGAAAGCCCATTCGGAACAATGTTTTTCACTTGGAGGATGGTGA  1568
            |||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||.||||||||.||||||||.|||||.||
Sbjct 1285  CATGTGTCCTGTTTTGTGTGTGTGGCCTGTGGAAAACCCATTCGTAATAATGTTTTCCACTTGGAAGATGGCGA  1358

Query 1569  ACCCTACTGTGAGACTGATTATTATGCCCTCTTTGGTACTATATGCCATGGATGTGAATTTCCCATAGAAGCTG  1642
            .||||||||||||||.||.||.||.|||||.|||||.||.|||||.|.||||||||||||.||||||||.||||
Sbjct 1359  GCCCTACTGTGAGACAGACTACTACGCCCTTTTTGGAACAATATGTCGTGGATGTGAATTCCCCATAGAGGCTG  1432

Query 1643  GTGACATGTTCCTGGAAGCTCTGGGCTACACCTGGCATGACACTTGCTTTGTATGCTCAGTGTGTTGTGAAAGT  1716
            |||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||
Sbjct 1433  GTGACATGTTCCTGGAAGCTCTGGGATACACTTGGCATGATACTTGCTTTGTGTGCTCTGTGTGTTGTGAAAGT  1506

Query 1717  TTGGAAGGTCAGACCTTTTTCTCCAAGAAGGACAAGCCCCTGTGTAAGAAACATGCTCATTCTGTGAATTTT  1788
            ||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1507  TTGGAAGGGCAGACATTTTTCTCCAAGAAGGACAAGCCACTTTGCAAAAAACATGCTCATTCTGTGAATTTT  1578