Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07701
• Subject: NM_001144825.2
• Aligned Length: 1342
• Identities: 1208
• Gaps: 131

Alignment

Query    1  ATGGAAGCGAGCTTTGTCCAGACCACCATGGCTCTGGGGCTGTCCTCCAAGAAAGCGTCCTCTCGCAACGTGGC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGAAGCGAGCTTTGTCCAGACCACCATGGCTCTGGGGCTGTCCTCCAAGAAAGCGTCCTCTCGCAACGTGGC  74

Query   75  TGTGGAGCGTAAGAACCTGATCACCGTGTGCAGGTTCTCTGTGAAAACGCTGCTGGAGAAGTACACAGCGGAGC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGTGGAGCGTAAGAACCTGATCACCGTGTGCAGGTTCTCTGTGAAAACGCTGCTGGAGAAGTACACAGCGGAGC  148

Query  149  CCATCGATGACTCATCGGAGGAGTTTGTCAATTTTGCAGCCATTTTAGAGCAGATCCTCAGCCACCGCTTCAAA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CCATCGATGACTCATCGGAGGAGTTTGTCAATTTTGCAGCCATTTTAGAGCAGATCCTCAGCCACCGCTTCAAA  222

Query  223  GCCTGTGCCCCAGCAGGTCCAGTGAGCTGGTTCAGCTCAGACGGGCAGCGGGGCTTTTGGGACTATATCCGGCT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GCCTGTGCCCCAGCAGGTCCAGTGAGCTGGTTCAGCTCAGACGGGCAGCGGGGCTTTTGGGACTATATCCGGCT  296

Query  297  GGCCTGCAGCAAAGTGCCCAACAACTGTGTGAGCAGCATCGAGAACATGGAGAACATCAGCACAGCCCGGGCCA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GGCCTGCAGCAAAGTGCCCAACAACTGTGTGAGCAGCATCGAGAACATGGAGAACATCAGCACAGCCCGGGCCA  370

Query  371  AGGGCCGGGCATGGATCCGGGTGGCACTGATGGAGAAGCGCATGTCAGAATACATCACCACGGCTCTGCGTGAC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AGGGCCGGGCATGGATCCGGGTGGCACTGATGGAGAAGCGCATGTCAGAATACATCACCACGGCTCTGCGTGAC  444

Query  445  ACCCGGACCACCAGACGGTTCTATGACTCTGGAGCCATCATGCTGCGGGATGAAGCCACCATCCTCACCGGAAT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ACCCGGACCACCAGACGGTTCTATGACTCTGGAGCCATCATGCTGCGGGATGAAGCCACCATCCTCACCGGAAT  518

Query  519  GCTGATCGGACTGAGCGCCATCGACTTCAGCTTCTGTCTAAAGGGGGAAGTCCTGGACGGGAAGACCCCCGTGG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GCTGATCGGACTGAGCGCCATCGACTTCAGCTTCTGTCTAAAGGGGGAAGTCCTGGACGGGAAGACCCCCGTGG  592

Query  593  TCATCGATTACACGCCCTACCTAAAGTTCACGCAGAGCTACGACTACCTGACGGACGAGGAGGAGCGGCACAGC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TCATCGATTACACGCCCTACCTAAAGTTCACGCAGAGCTACGACTACCTGACGGACGAGGAGGAGCGGCACAGC  666

Query  667  GCCGAGAGCAGCACGAGCGAGGACAACTCGCCCGAGCACCCGTACCTCCCGCTCGTCACCGACGAGGACAGCTG  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct  667  GCCGAGAGCAGCACGAGCGAGGACAACTCGCCCGAGCACCCGTACCTCCCGCTCGTCACCGATGAGGACAGCTG  740

Query  741  GTACAGCAAGTGGCACAAGATGGAGCAGAAGTTCCGCATCGTCTACGCGCAGAAGGGCTACCTGGAGGAGCTGG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GTACAGCAAGTGGCACAAGATGGAGCAGAAGTTCCGCATCGTCTACGCGCAGAAGGGCTACCTGGAGGAGCTGG  814

Query  815  TGCGTCTGCGCGAGTCGCAGCTGAAGGACCTGGAGGCGGAGAACCGGCGGCTTCAGCTGCAGCTGGAGGAGGCG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TGCGTCTGCGCGAGTCGCAGCTGAAGGACCTGGAGGCGGAGAACCGGCGGCTTCAGCTGCAGCTGGAGGAGGCG  888

Query  889  GCGGCGCAGAACCAGCGCGAGAAACGGGAGCTGGAAGGCGTGATCCTGGAGCTGCAGGAGCAGCTGACAGGTCT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GCGGCGCAGAACCAGCGCGAGAAACGGGAGCTGGAAGGCGTGATCCTGGAGCTGCAGGAGCAGCTGACAGGTCT  962

Query  963  GATCCCCAGTGACCACGCCCCTCTGGCCCAGGGTTCCAAGGAGCTCACTACACCCCTGGTCAATCAATGGCCCT  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GATCCCCAGTGACCACGCCCCTCTGGCCCAGGGTTCCAAGGAGCTCACTACACCCCTGGTCAATCAATGGCCCT  1036

Query 1037  CACTGGGAACGCTTAATGGGGCCGAGGGCGCCAGCAACTCCAAGCTCTACCGGAGACACAGCTTCATGAGCACG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CACTGGGAACGCTTAATGGGGCCGAGGGCGCCAGCAACTCCAAGCTCTACCGGAGACACAGCTTCATGAGCACG  1110

Query 1111  GAGCCGCTGTCAGCTGAAGCCAGTCTGAGCTCGGACTCCCAGCGCCTGGGAGAGGGCACGCGGGACGAGGAGCC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GAGCCGCTGTCAGCTGAAGCCAGTCTGAGCTCGGACTCCCAGCGCCTGGGAGAGGGCACGCGGGACGAGGAGCC  1184

Query 1185  CTGGGGTCCCATC-GGAAGCTCAGAGCCAA--------AT----------------------------------  1215
            ||||||||||||| |||||    ||.||.|        ||                                  
Sbjct 1185  CTGGGGTCCCATCGGGAAG----GACCCCACGCCCTCCATGCTGGGCCTCTGCGGCTCCCTGGCCTCCATTCCC  1254

Query 1216  --------------------------------------------------------------------------  1215
                                                                                      
Sbjct 1255  AGCTGCAAGTCCCTGGCGAGCTTCAAATCCAACGAGTGCCTGGTGAGCGACAGTCCCGAGGGCAGCCCAGCACT  1328

Query 1216  ----------  1215
                      
Sbjct 1329  GAGCCCCAGC  1338