Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07792
• Subject: NM_001161522.1
• Aligned Length: 1779
• Identities: 1514
• Gaps: 264

Alignment

Query    1  ATGGAGACGCCGCCGCTGCCTCCCGCATGCACAAAGCAGGGTCATCAGAAGCCTCTCGATTCAAAAGATGATAA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TACCGAAAAACACTGCCCAGTGACAGTGAATCCTTGGCATATGAAGAAAGCTTTCAAAGTCATGAACGAATTAA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  GAAGTCAAAATTTGCTGTGCGATGTCACAATTGTGGCAGAAGACATGGAAATTTCTGCTCATAGAGTGGTGCTG  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  GCCGCCTGTAGTCCTTATTTTCATGCCATGTTTACAGGTGAGATGAGTGAGAGCCGAGCAAAGAGAGTTAGAAT  296
                                                      ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ------------------------------------------ATGAGTGAGAGCCGAGCAAAGAGAGTTAGAAT  32

Query  297  AAAAGAGGTAGATGGCTGGACCCTGAGGATGCTAATTGATTATGTTTACACTGCAGAAATTCAGGTTACAGAAG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   33  AAAAGAGGTAGATGGCTGGACCCTGAGGATGCTAATTGATTATGTTTACACTGCAGAAATTCAGGTTACAGAAG  106

Query  371  AAAATGTACAGGTACTTCTCCCAGCAGCTGGTCTCTTACAGTTACAGGATGTGAAGAAGACTTGTTGTGAATTT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  107  AAAATGTACAGGTACTTCTCCCAGCAGCTGGTCTCTTACAGTTACAGGATGTGAAGAAGACTTGTTGTGAATTT  180

Query  445  TTGGAATCCCAGCTTCACCCTGTCAACTGCTTAGGAATCCGGGCTTTTGCTGATATGCATGCATGTACCGACCT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  181  TTGGAATCCCAGCTTCACCCTGTCAACTGCTTAGGAATCCGGGCTTTTGCTGATATGCATGCATGTACCGACCT  254

Query  519  TCTGAACAAGGCCAACACCTATGCAGAGCAACATTTTGCAGATGTTGTACTTAGTGAAGAATTTCTCAATCTTG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  255  TCTGAACAAGGCCAACACCTATGCAGAGCAACATTTTGCAGATGTTGTACTTAGTGAAGAATTTCTCAATCTTG  328

Query  593  GCATCGAACAAGTGTGCAGCTTAATCTCAAGTGACAAACTTACCATTTCTTCAGAAGAGAAGGTATTTGAAGCA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  329  GCATCGAACAAGTGTGCAGCTTAATCTCAAGTGACAAACTTACCATTTCTTCAGAAGAGAAGGTATTTGAAGCA  402

Query  667  GTAATAGCATGGGTGAACCATGACAAGGATGTGAGGCAAGAGTTTATGGCCCGACTGATGGAACATGTACGGTT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  403  GTAATAGCATGGGTGAACCATGACAAGGATGTGAGGCAAGAGTTTATGGCCCGACTGATGGAACATGTACGGTT  476

Query  741  ACCTTTGCTTCCTCGGGAATATTTAGTTCAGAGGGTTGAAGAGGAAGCATTGGTCAAGAATAGCAGTGCTTGCA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  477  ACCTTTGCTTCCTCGGGAATATTTAGTTCAGAGGGTTGAAGAGGAAGCATTGGTCAAGAATAGCAGTGCTTGCA  550

Query  815  AAGATTACCTCATTGAAGCAATGAAGTACCATTTGCTGCCAACAGAGCAGCGTATATTAATGAAGAGTGTCCGG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  551  AAGATTACCTCATTGAAGCAATGAAGTACCATTTGCTGCCAACAGAGCAGCGTATATTAATGAAGAGTGTCCGG  624

Query  889  ACCCGGCTGAGGACACCCATGAACCTTCCCAAATTGATGGTGGTGGTTGGGGGCCAAGCACCAAAGGCTATCCG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  625  ACCCGGCTGAGGACACCCATGAACCTTCCCAAATTGATGGTGGTGGTTGGGGGCCAAGCACCAAAGGCTATCCG  698

Query  963  GAGTGTGGAATGCTATGACTTTAAAGAAGAAAGGTGGCACCAAGTAGCAGAGTTGCCTTCCGGGAGGTGCAGGG  1036
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct  699  GAGTGTGGAATGCTATGACTTTAAAGAAGAAAGGTGGCACCAAGTAGCAGAGTTGCCTTCCAGGAGGTGCAGGG  772

Query 1037  CAGGCATGGTCTACATGGCTGGACTTGTTTTTGCTGTTGGTGGCTTTAATGGCTCATTAAGAGTTCGCACTGTA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  773  CAGGCATGGTCTACATGGCTGGACTTGTTTTTGCTGTTGGTGGCTTTAATGGCTCATTAAGAGTTCGCACTGTA  846

Query 1111  GATTCCTACGACCCTGTGAAGGACCAGTGGACCAGCGTTGCTAACATGAGAGACCGGAGAAGCACTTTGGGAGC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  847  GATTCCTACGACCCTGTGAAGGACCAGTGGACCAGCGTTGCTAACATGAGAGACCGGAGAAGCACTTTGGGAGC  920

Query 1185  TGCTGTGTTAAATGGATTATTATACGCTGTGGGAGGCTTTGATGGGAGTACAGGTTTGTCATCTGTGGAAGCAT  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  921  TGCTGTGTTAAATGGATTATTATACGCTGTGGGAGGCTTTGATGGGAGTACAGGTTTGTCATCTGTGGAAGCAT  994

Query 1259  ACAACATAAAGTCTAATGAGTGGTTTCATGTAGCTCCCATGAATACAAGGAGGAGCAGTGTTGGTGTGGGTGTT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  995  ACAACATAAAGTCTAATGAGTGGTTTCATGTAGCTCCCATGAATACAAGGAGGAGCAGTGTTGGTGTGGGTGTT  1068

Query 1333  GTTGGAGGTTTGCTCTATGCTGTAGGAGGTTATGATGGAGCATCACGTCAGTGTCTTAGCACAGTAGAATGCTA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1069  GTTGGAGGTTTGCTCTATGCTGTAGGAGGTTATGATGGAGCATCACGTCAGTGTCTTAGCACAGTAGAATGCTA  1142

Query 1407  TAATGCTACAACAAATGAGTGGACCTATATAGCAGAAATGAGCACCAGGCGGAGTGGAGCAGGTGTTGGTGTGT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1143  TAATGCTACAACAAATGAGTGGACCTATATAGCAGAAATGAGCACCAGGCGGAGTGGAGCAGGTGTTGGTGTGT  1216

Query 1481  TAAACAATTTATTGTATGCTGTAGGAGGTCATGATGGCCCTTTAGTACGAAAAAGTGTTGAAGTATATGATCCC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1217  TAAACAATTTATTGTATGCTGTAGGAGGTCATGATGGCCCTTTAGTACGAAAAAGTGTTGAAGTATATGATCCC  1290

Query 1555  ACCACTAACGCATGGAGACAGGTTGCAGATATGAACATGTGCAGAAGAAATGCAGGAGTTTGTGCAGTTAATGG  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1291  ACCACTAACGCATGGAGACAGGTTGCAGATATGAACATGTGCAGAAGAAATGCAGGAGTTTGTGCAGTTAATGG  1364

Query 1629  TCTGTTATATGTTGTTGGAGGGGATGATGGTTCCTGTAACTTGGCGTCAGTAGAATATTATAACCCAACAACCG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1365  TCTGTTATATGTTGTTGGAGGGGATGATGGTTCCTGTAACTTGGCGTCAGTAGAATATTATAACCCAACAACCG  1438

Query 1703  ATAAATGGACAGTTGTGTCATCGTGTATGAGCACAGGGAGAAGTTATGCAGGGGTCACAGTTATTGATAAACCA  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439  ATAAATGGACAGTTGTGTCATCGTGTATGAGCACAGGGAGAAGTTATGCAGGGGTCACAGTTATTGATAAACCA  1512

Query 1777  TTA  1779
            |||
Sbjct 1513  TTA  1515