Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_07792
- Subject:
- XR_002959703.1
- Aligned Length:
- 3106
- Identities:
- 1769
- Gaps:
- 1329
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATCTCGTTGGCTGTATCTTCAAAATGTCCAGAACCCAGCCAGTTTTCATCACCTCCACTGCGACTGTCCTCCCT 74
Query 1 --------------------------------------------ATGGAGACGCCGCCGCTGCCT------CCC 24
|| ||..|||.||..|.|.| |||
Sbjct 75 AAGCCACTGTCATTTTTTAGTGAATTATTGTAATATCCTGCTAAAT--AGTTGCCCCCTTTTCATCTTTGACCC 146
Query 25 G-------------------------------------------CATGCACAAAGCAGGGTCATCAGAAGCCTC 55
| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 147 GTGTAGAGTGTTCTCAACCAGCAGCCAAAGTGGTCTTTGGAAAACATGCACAAAGCAGGGTCATCAGAAGCCTC 220
Query 56 TCGATTCAAAAGATGATAATACCGAAAAACACTGCCCAGTGACAGTGAATCCTTGGCATATGAAGAAAGCTTTC 129
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 221 TCGATTCAAAAGATGATAATACCGAAAAACACTGCCCAGTGACAGTGAATCCTTGGCATATGAAGAAAGCTTTC 294
Query 130 AAAGTCATGAACGAATTAAGAAGTCAAAATTTGCTGTGCGATGTCACAATTGTGGCAGAAGACATGGAAATTTC 203
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 295 AAAGTCATGAACGAATTAAGAAGTCAAAATTTGCTGTGCGATGTCACAATTGTGGCAGAAGACATGGAAATTTC 368
Query 204 TGCTCATAGAGTGGTGCTGGCCGCCTGTAGTCCTTATTTTCATGCCATGTTTACAGGTGAGATGAGTGAGAGCC 277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 369 TGCTCATAGAGTGGTGCTGGCCGCCTGTAGTCCTTATTTTCATGCCATGTTTACAGGTGAGATGAGTGAGAGCC 442
Query 278 GAGCAAAGAGAGTTAGAATAAAAGAGGTAGATGGCTGGACCCTGAGGATGCTAATTGATTATGTTTACACTGCA 351
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 443 GAGCAAAGAGAGTTAGAATAAAAGAGGTAGATGGCTGGACCCTGAGGATGCTAATTGATTATGTTTACACTGCA 516
Query 352 GAAATTCAGGTTACAGAAGAAAATGTACAGGTACTTCTCCCAGCAGCTGGTCTCTTACAGTTACAGGATGTGAA 425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 517 GAAATTCAGGTTACAGAAGAAAATGTACAGGTACTTCTCCCAGCAGCTGGTCTCTTACAGTTACAGGATGTGAA 590
Query 426 GAAGACTTGTTGTGAATTTTTGGAATCCCAGCTTCACCCTGTCAACTGCTTAGGAATCCGGGCTTTTGCTGATA 499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 591 GAAGACTTGTTGTGAATTTTTGGAATCCCAGCTTCACCCTGTCAACTGCTTAGGAATCCGGGCTTTTGCTGATA 664
Query 500 TGCATGCATGTACCGACCTTCTGAACAAGGCCAACACCTATGCAGAGCAACATTTTGCAGATGTTGTACTTAGT 573
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 665 TGCATGCATGTACCGACCTTCTGAACAAGGCCAACACCTATGCAGAGCAACATTTTGCAGATGTTGTACTTAGT 738
Query 574 GAAGAATTTCTCAATCTTGGCATCGAACAAGTGTGCAGCTTAATCTCAAGTGACAAACTTACCATTTCTTCAGA 647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 739 GAAGAATTTCTCAATCTTGGCATCGAACAAGTGTGCAGCTTAATCTCAAGTGACAAACTTACCATTTCTTCAGA 812
Query 648 AGAGAAGGTATTTGAAGCAGTAATAGCATGGGTGAACCATGACAAGGATGTGAGGCAAGAGTTTATGGCCCGAC 721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 813 AGAGAAGGTATTTGAAGCAGTAATAGCATGGGTGAACCATGACAAGGATGTGAGGCAAGAGTTTATGGCCCGAC 886
Query 722 TGATGGAACATGTACGGTTACCTTTGCTTCCTCGGGAATATTTAGTTCAGAGGGTTGAAGAGGAAGCATTGGTC 795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 887 TGATGGAACATGTACGGTTACCTTTGCTTCCTCGGGAATATTTAGTTCAGAGGGTTGAAGAGGAAGCATTGGTC 960
Query 796 AAGAATAGCAGTGCTTGCAAAGATTACCTCATTGAAGCAATGAAGTACCATTTGCTGCCAACAGAGCAGCGTAT 869
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AAGAATAGCAGTGCTTGCAAAGATTACCTCATTGAAGCAATGAAGTACCATTTGCTGCCAACAGAGCAGCGTAT 1034
Query 870 ATTAATGAAGAGTGTCCGGACCCGGCTGAGGACACCCATGAACCTTCCCAAATTGATGGTGGTGGTTGGGGGCC 943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1035 ATTAATGAAGAGTGTCCGGACCCGGCTGAGGACACCCATGAACCTTCCCAAATTGATGGTGGTGGTTGGGGGCC 1108
Query 944 AAGCACCAAAGGCTATCCGGAGTGTGGAATGCTATGACTTTAAAGAAGAAAGGTGGCACCAAGTAGCAGAGTTG 1017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1109 AAGCACCAAAGGCTATCCGGAGTGTGGAATGCTATGACTTTAAAGAAGAAAGGTGGCACCAAGTAGCAGAGTTG 1182
Query 1018 CCTTCCGGGAGGTGCAGGGCAGGCATGGTCTACATGGCTGGACTTGTTTTTGCTGTTGGTGGCTTTAATGGCTC 1091
||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1183 CCTTCCAGGAGGTGCAGGGCAGGCATGGTCTACATGGCTGGACTTGTTTTTGCTGTTGGTGGCTTTAATGGCTC 1256
Query 1092 ATTAAGAGTTCGCACTGTAGATTCCTACGACCCTGTGAAGGACCAGTGGACCAGCGTTGCTAACATGAGAGACC 1165
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 ATTAAGAGTTCGCACTGTAGATTCCTACGACCCTGTGAAGGACCAGTGGACCAGCGTTGCTAACATGAGAGACC 1330
Query 1166 GGAGAAGCACTTTGGGAGCTGCTGTGTTAAATGGATTATTATACGCTGTGGGAGGCTTTGATGGGAGTACAGGT 1239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1331 GGAGAAGCACTTTGGGAGCTGCTGTGTTAAATGGATTATTATACGCTGTGGGAGGCTTTGATGGGAGTACAGGT 1404
Query 1240 TTGTCATCTGTGGAAGCATACAACATAAAGTCTAATGAGTGGTTTCATGTAGCTCCCATGAATACAAGGAGGAG 1313
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1405 TTGTCATCTGTGGAAGCATACAACATAAAGTCTAATGAGTGGTTTCATGTAGCTCCCATGAATACAAGGAGGAG 1478
Query 1314 CAGTGTTGGTGTGGGTGTTGTTGGAGGTTTGCTCTATGCTGTAGGAGGTTATGATGGAGCATCACGTCAGTGTC 1387
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1479 CAGTGTTGGTGTGGGTGTTGTTGGAGGTTTGCTCTATGCTGTAGGAGGTTATGATGGAGCATCACGTCAGTGTC 1552
Query 1388 TTAGCACAGTAGAATGCTATAATGCTACAACAAATGAGTGGACCTATATAGCAGAAATGAGCACCAGGCGGAGT 1461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553 TTAGCACAGTAGAATGCTATAATGCTACAACAAATGAGTGGACCTATATAGCAGAAATGAGCACCAGGCGGAGT 1626
Query 1462 GGAGCAGGTGTTGGTGTGTTAAACAATTTATTGTATGCTGTAGGAGGTCATGATGGCCCTTTAGTACGAAAAAG 1535
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1627 GGAGCAGGTGTTGGTGTGTTAAACAATTTATTGTATGCTGTAGGAGGTCATGATGGCCCTTTAGTACGAAAAAG 1700
Query 1536 TGTTGAAGTATATGATCCCACCACTAACGCATGGAGACAGGTTGCAGATATGAACATGTGCAGAAGAAATGCAG 1609
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1701 TGTTGAAGTATATGATCCCACCACTAACGCATGGAGACAGGTTGCAGATATGAACATGTGCAGAAGAAATGCAG 1774
Query 1610 GAGTTTGTGCAGTTAATGGTCTGTTATATGTTGTTGGAGGGGATGATGGTTCCTGTAACTTGGCGTCAGTAGAA 1683
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1775 GAGTTTGTGCAGTTAATGGTCTGTTATATGTTGTTGGAGGGGATGATGGTTCCTGTAACTTGGCGTCAGTAGAA 1848
Query 1684 TATTATAACCCAACAACCGATAAATGGACAGTTGTGTCATCGTGTATGAGCACAGGGAGAAGTTATGCAG---- 1753
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1849 TATTATAACCCAACAACCGATAAATGGACAGTTGTGTCATCGTGTATGAGCACAGGGAGAAGTTATGCAGCCTG 1922
Query 1754 ------------------------------------------------------------GGGTCACAGTTATT 1767
||||||||||||||
Sbjct 1923 CTCAATGTGAAGAGACAAGGATGAAGACCTTGATGATGATCCACTTCCCCTTAATGAATAGGGTCACAGTTATT 1996
Query 1768 GATAAACCATTA-------------------------------------------------------------- 1779
||||||||||||
Sbjct 1997 GATAAACCATTATGAGCCTGAAGGACATTTTCAGCATATTTATACATGAGAAACAGCCTTCAACAAGTATTTGT 2070
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2071 GAAGTGACTGAGAATCTAGCACTTCTCCACTTGTAGCTGCACTTTAAGTCTCAGCAGAAGATACGATCGTCTGC 2144
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2145 CTTTATAGGCCTCAGATACTGAAGATTATTTTTGGTAGAAGCACCGTGTAGGCTTTTTCTGCAATGAGCAGCAG 2218
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2219 CTGACTGAATTTTCATAAGAAACTTGGACTGCAGGACTTAATCTGTAGTCTTTAGACAACAGTTGCTTTCATAA 2292
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2293 AGACTAGTTCTTATCAACCTTGAATGACTACAGATTATTTTGTGAAGGAGGATGAAGTAATGTGTGTTCTTGTA 2366
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2367 AAATTAAATTTTATCTTTATTTCTTCTAAAAATCTGTATACCAGGAACTGAAAATCTTTGAACAGATATTAAAA 2440
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2441 TCTACGTAAGTATACAAACTAGTTGAGGGATACACTGTTTGCTTTTATAAAATAACTTTGATTACATGAATATA 2514
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2515 ATAAATTATGTGCATATAAATGTGTGTCTATATGCTTTCCTTTAAATATGTTTGAAAAGATGTTTGAAACTTGA 2588
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2589 TTATACTATTTATAATTGGCACAGTACTTTGAATTATGCCAGTACTACATTGTAAAACAGAGTTGTATTTTTTG 2662
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2663 ATATTTAACAATGCTTAACACTTTAAATGCCACTTCTGAGGAATGGACCTGGTGTAACACACTTGAATATGTGT 2736
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2737 GATGCCAAACTTTTTAAAATACAATATAAATTATGCTTATTTATTATTTTCTTTAGTTTAATCTTGGTCATGTT 2810
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2811 TTGGTGTGTATTTTTAATTTTTTTCTTAAATTAACACTTTGGCATGAACATTACTGCAGGTTTTTGATGAATAT 2884
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2885 AATGAATGTATGGAATTCAATTGAATTTGCATGGTCTTCGGAATTTTTTCTGTGTGTATAAATTTAGCTGCTAT 2958
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2959 TAACAGAAGAGAGAACTTTCTGTGAGTAGCCATGTGTGTTGATCAGATACAGTTTTTCTGAGATCTTCAATTAA 3032
Query 1780 ------------------------------------------------------------------------ 1779
Sbjct 3033 TCTCACTTTAAAAATGACCAAAACATGTCTTTCTTGAATTAACTTTGAATAAAAGTTTGTATATTATTTGTT 3104