Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07831
• Subject: NM_001037221.2
• Aligned Length: 2157
• Identities: 1708
• Gaps: 294

Alignment

Query    1  ---ATGTTTCGCGACCAGGTCGGGGTGCTGGCGGGCTGGTTTAAGGGCTGGAACGAGTGCGAGCAGACTGTTGC  71
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGATGTTTCGCGACCAGGTCGGGGTGCTGGCGGGCTGGTTTAAGGGCTGGAACGAGTGCGAGCAGACTGTTGC  74

Query   72  GCTGCTGTCGCTGCTCAAGCGCGTGAGCCAGACCCAGGCCCGCTTCCTCCAGCTCTGCCTGGAGCACTCGCTGG  145
            .|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  ACTGCTGTCGCTGCTCAAGCGCGTAAGCCAGACCCAGGCCCGCTTCCTTCAGCTCTGCCTGGAGCACTCGCTGG  148

Query  146  CCGACTGCGCCGAGCTGCACGTCCTCGAACGCGAGGCCAACAGCCCCGGAATCATTAACCAATGGCAACAGGAA  219
            |||||||||||||||||||||||||.|||.|.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CCGACTGCGCCGAGCTGCACGTCCTGGAAGGAGAGGCCAACAGCCCGGGAATCATTAACCAATGGCAACAGGAA  222

Query  220  TCCAAGGATAAAGTGATTTCCCTCCTGTTAACTCATCTGCCTTTGTTGAAGCCAGGAAACCTCGACGCGAAAGT  293
            |||||||||||||||||||||||.|||.|||||||.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct  223  TCCAAGGATAAAGTGATTTCCCTTCTGCTAACTCACCTGCCTTTGCTGAAGCCAGGAAACCTCGACGCGAAAGC  296

Query  294  AGAATATATGAAACTGCTGCCCAAAATCCTGGCTCACTCTATTGAACACAACCAGCACATTGAGGAGAGCAGGC  367
            |||.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AGAGTATATGAAACTGCTGCCCAAGATCCTGGCACACTCTATCGAACACAACCAGCACATTGAGGAGAGCAGGC  370

Query  368  AGCTGCTGTCCTATGCTTTGATACATCCAGCCACTTCGTTAGAAGACCGTAGTGCTTTAGCCATGTGGCTGAAT  441
            ||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||||||||.||.||..|||||||||||||||||
Sbjct  371  AGCTGCTGTCCTATGCTTTGATCCACCCAGCCACTTCCTTGGAAGACCGCAGCGCACTAGCCATGTGGCTGAAT  444

Query  442  CACTTGGAGGACCGCACGTCGACCAGCTTTGGTGGCCAGAACCGAGGCCGCTCAGACTCTGTGGATTATGGACA  515
            |||||||||||||||||.||.||||||||||||.|||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CACTTGGAGGACCGCACATCCACCAGCTTTGGTAGCCAGAACCGAGGCCGCTCGGACTCTGTGGATTATGGACA  518

Query  516  GACACACTACTATCACCAAAGACAGAACTCTGATGACAAGCTCAATGGGTGGCAGAACTCTCGGGATTCTGGGA  589
            |||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GACGCATTACTATCACCAAAGACAGAACTCTGACGATAAGCTCAATGGCTGGCAGAACTCTCGGGATTCTGGGA  592

Query  590  TTTGCATCAATGCCTCCAACTGGCAGGACAAAAGCATGGGGTGTGAGAATGGCCATGTGCCCCTCTACTCCTCC  663
            |||||||||.|||||||||||||||||||||.|||.||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  593  TTTGCATCAGTGCCTCCAACTGGCAGGACAAGAGCCTGGGCTGTGAGAATGGCCATGTGCCCCTCTACTCTTCC  666

Query  664  TCATCTGTCCCCACCACAATCAATACGATTGGAACCAGCACAAGTAC---------------------------  710
            ||.||||||||..||||||||||.||||||||||||.||.||||.||                           
Sbjct  667  TCGTCTGTCCCTGCCACAATCAACACGATTGGAACCGGCGCAAGCACGATTCTCTCAGGCCAGGCACACCACAG  740

Query  711  --------------------------------------------------------------------------  710
                                                                                      
Sbjct  741  CCCTTTGAAACGATCTGTGTCCCTTACCCCACCCATGAATGTGCCAAACCAGCCTCTAGGACATGGATGGATGT  814

Query  711  --------------------------------------------------------------------------  710
                                                                                      
Sbjct  815  CTCATGAGGACTTACGAGCTAGAGGACCTCAGTGCCTCCCATCCGATCATGCCCCCCTGTCTCCACAAAGCAGT  888

Query  711  --------------------------------------------------------------------------  710
                                                                                      
Sbjct  889  GTAGCCTCTTCAGGAAGTGGTGGGAGTGAACACTTAGAAGATCAGACCACTGCTCGTAACACATTCCAAGAAGA  962

Query  711  ---------------AAATGTTCCAGCCTGGCTGAAAAGCCTCCGCCTGCACAAATATGCCGCGCTTTTCTCCC  769
                           |.||||||||||.|||.|.||||||||||||||||||||.||.||.|||||.|||||.|
Sbjct  963  AGGTAGTGGTATGAAAGATGTTCCAGCTTGGTTAAAAAGCCTCCGCCTGCACAAGTACGCTGCGCTCTTCTCGC  1036

Query  770  AGATGACCTATGAGGAGATGATGGCCCTCACCGAGTGCCAGCTGGAGGCGCAGAATGTTACCAAAGGTGCAAGA  843
            |||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||.||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1037  AGATGACTTATGAGGAAATGATGGCCCTCACTGAGTGTCAACTGGAGGCTCAGAATGTTACCAAAGGCGCAAGA  1110

Query  844  CACAAAATTGTCATCAGTATTCAGAAGCTCAAAGAAAGACAAAATCTCCTGAAGTCTTTGGAAAGGGACATCAT  917
            |||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CACAAAATTGTAATCAGTATTCAGAAGCTCAAAGAAAGACAGAACCTCCTGAAGTCTTTGGAAAGGGACATCAT  1184

Query  918  CGAGGGGGGCAGCCTGCGCATCCCGCTCCAGGAACTGCACCAGATGATCCTGACTCCGATCAAGGCCTACAGCT  991
            |||.||||||||||||||||.|||.||||||||.||.||.||||||||||||||.||.||||||||||||||||
Sbjct 1185  CGAAGGGGGCAGCCTGCGCACCCCCCTCCAGGAGCTACATCAGATGATCCTGACACCCATCAAGGCCTACAGCT  1258

Query  992  CCCCGAGCACCACCCCCGAGGCTCGCCGCCGGGAGCCCCAGGCCCCGCGTCAGCCCTCACTGATGGGCCCCGAG  1065
            |.||.||.||||||||.||||..|||.||||||                  ||||||||||||||      |||
Sbjct 1259  CTCCCAGTACCACCCCTGAGGTGCGCTGCCGGG------------------AGCCCTCACTGATG------GAG  1308

Query 1066  AGCCAGAGCCCCGACTGCAAAGATGGGGCCGCAGC---CACTGGCGCCACGGCCACCCCCTCGGCCGGGGCCAG  1136
            ||||..|||||.|||||||||||..|.||.|||||   |||..|||||||.||||...||||.|||||.|||||
Sbjct 1309  AGCCCAAGCCCTGACTGCAAAGACAGCGCTGCAGCAGTCACCAGCGCCACAGCCAGTGCCTCAGCCGGTGCCAG  1382

Query 1137  CGGGGGGCTCCAGCCGCACCAGCTGAGCAGCTGCGATGGGGAGCTGGCCGTCGCCCCCCTGCCAGAGGGGGACC  1210
            |||.||.||.||.||.|.||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.|||||.||||||||||
Sbjct 1383  CGGTGGACTGCAACCACCCCAGCTGAGCAGCTGCGACGGAGAGCTGGCTGTCGCCCCTCTGCCGGAGGGGGACC  1456

Query 1211  TCCCCGGGCAGTTCACACGCGTCATGGGGAAAGTGTGCACACAGCTCTTGGTCTCCAGACCTGATGAGGAAAAT  1284
            ||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||
Sbjct 1457  TCCCGGGGCAGTTCACCCGAGTCATGGGGAAAGTGTGCACACAGCTCTTGGTCTCCAGACCCGATGAAGAAAAT  1530

Query 1285  ATAAGTTCCTATTTACAGCTCATAGACAAGTGTCTAATTCATGAGGCATTTACAGAGACACAGAAAAAAAGATT  1358
            |||||.||||||.||||||||.|||||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1531  ATAAGCTCCTATCTACAGCTCTTAGACAAGTGTCTTGTTCATGAGGCATTTACAGAGACACAGAAAAAAAGATT  1604

Query 1359  GTTGTCATGGAAACAGCAGGTGCAGAAGCTCTTTCGGTCTTTCCCTCGGAAAACCCTTCTAGACATATCAGGAT  1432
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1605  GTTGTCATGGAAACAGCAGGTGCAGAAGCTCTTTCGGTCTTTCCCTCGGAAAACCCTTCTAGACATATCAGGAT  1678

Query 1433  ATCGACAGCAAAGAAATCGAGGCTTTGGGCAATCCAACTCCCTCCCGACGGCTGGCTCTGTGGGCGGTGGCATG  1506
            |||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||.||..|||||||||||.|.||||||
Sbjct 1679  ATCGACAGCAAAGAAATCGTGGCTTTGGGCAGTCCAACTCCCTCCCAACAGCCAGCTCTGTGGGCAGCGGCATG  1752

Query 1507  GGCAGACGGAACCCGCGCCAGTACCAGATCCCCTCTCGGAACGTCCCTTCCGCCCGCCTGGGCCTCTTGGGCAC  1580
            ||||||||||||||.||.||||||||||||.|.||||||||.|||||||||||||||||.||.|||.|||||||
Sbjct 1753  GGCAGACGGAACCCACGACAGTACCAGATCGCATCTCGGAATGTCCCTTCCGCCCGCCTTGGTCTCCTGGGCAC  1826

Query 1581  CAGTGGATTCGTCAGCTCCAACCAGCGCAACACCACAGCTACCCCCACCATCATGAAACAAGGAAGACAGAACC  1654
            |||||||||.||||||||||||||||||.|||||.|.||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1827  CAGTGGATTTGTCAGCTCCAACCAGCGCCACACCGCTGCCAACCCCACCATCATGAAACAAGGAAGACAGAACC  1900

Query 1655  TGTGGTTTGCCAACCCCGGGGGCAGCAATAGCATGCCAAGCCGCACCCACAGCTCAGTCCAGAGGACCCGCTCG  1728
            |.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||.||||||||||
Sbjct 1901  TCTGGTTTGCCAACCCTGGGGGCAGCAACAGCATGCCCAGCCGCACCCACAGCTCCGTCCAGAAGACCCGCTCG  1974

Query 1729  CTGCCCGTGCACACTTCCCCACAGAACATGCTGATGTTCCAGCAGCCAGAATTCCAGCTTCCCGTGACCGAACC  1802
            |||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||.|||||
Sbjct 1975  CTGCCCGTGCATACTTCCCCACAAAACATGCTGATGTTCCAGCAACCAGAATTTCAGCTTCCTGTGACTGAACC  2048

Query 1803  TGACATCAACAACAGGCTGGAGTCGTTGTGCCTCAGTATGACCGAACACGCCCTGGGAGACGGGGTTGACCGGA  1876
            ||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||.||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2049  TGACATCAACAATAGGCTGGAGTCCTTGTGCCTCAGTATGACGGAGCATGCCCTGGGAGACGGGGTTGACCGGA  2122

Query 1877  CCTCCACCATC  1887
            |||||||.|||
Sbjct 2123  CCTCCACAATC  2133