Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07841
• Subject: NM_001164213.2
• Aligned Length: 2297
• Identities: 2058
• Gaps: 217

Alignment

Query    1  ATGGCGACGCCGGGAAGCGAACCCCAACCTTTCGTCCCGGCCCTTTCGGTAGCTACTCTGCACCCACTTCATCA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCGACGCCGGGAAGCGAACCCCAACCTTTCGTCCCGGCCCTTTCGGTAGCTACTCTGCACCCACTTCATCA  74

Query   75  TCCCCACCACCACCACCACCACCATCAGCACCACGGAGGAACCGGCGCCCCCGGCGGGGCGGGTGGTGGCGGCG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TCCCCACCACCACCACCACCACCATCAGCACCACGGAGGAACCGGCGCCCCCGGCGGGGCGGGTGGTGGCGGCG  148

Query  149  GTGGCAGCGGGGGCTTCAACCTGCCCTTGAACCGGGGTCTGGAGCGCGCGCTTGAGGAGGCGGCCAACTCCGGG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GTGGCAGCGGGGGCTTCAACCTGCCCTTGAACCGGGGTCTGGAGCGCGCGCTTGAGGAGGCGGCCAACTCCGGG  222

Query  223  GGGCTGAACCTGAGCGCCAGGAAATTGAAGGAATTTCCCCGTACCGCAGCCCCCGGGCATGACCTCTCGGACAC  296
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct  223  GGGCTGAACCTGAGCGCCAGGAAATTGAAGGAATTTCCCCGTACCGCAGCCCCCGGGCACGACCTCTCGGACAC  296

Query  297  GGTGCAGGCAGACTTATCTAAAAACAGACTGGTTGAAGTTCCAATGGAATTGTGCCATTTTGTATCACTGGAAA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GGTGCAGGCAGACTTATCTAAAAACAGACTGGTTGAAGTTCCAATGGAATTGTGCCATTTTGTATCACTGGAAA  370

Query  371  TTCTTAATCTGTATCACAACTGTATCAGAGTCATTCCTGAGGCCATCGTTAATCTGCAGATGCTGACTTACCTG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TTCTTAATCTGTATCACAACTGTATCAGAGTCATTCCTGAGGCCATCGTTAATCTGCAGATGCTGACTTACCTG  444

Query  445  AACTTGAGTCGAAATCAGCTGTCCGCCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGGTCTGCCTCTCAAAGTCTTAATCGCAAG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AACTTGAGTCGAAATCAGCTGTCCGCCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGGTCTGCCTCTCAAAGTCTTAATCGCAAG  518

Query  519  TAACAACAAACTTGGATCATTACCAGAAGAGATAGGTCAGCTCAAACAGTTAATGGAGCTGGATGTCAGCTGCA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TAACAACAAACTTGGATCATTACCAGAAGAGATAGGTCAGCTCAAACAGTTAATGGAGCTGGATGTCAGCTGCA  592

Query  593  ACGAGATCACAGCGTTGCCCCAGCAGATAGGTCAGTTGAAATCTCTACGAGAACTGAATGTCAGAAGAAATTAC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ACGAGATCACAGCGTTGCCCCAGCAGATAGGTCAGTTGAAATCTCTACGAGAACTGAATGTCAGAAGAAATTAC  666

Query  667  CTTAAAGTTTTACCACAAGAACTAGTAGATCTTCCCTTGGTAAAGTTTGACTTTTCCTGCAACAAAGTGCTCGT  740
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CTTAAAGTTTTACCACAAGAACTAGTAGATCTTTCCTTGGTAAAGTTTGACTTTTCCTGCAACAAAGTGCTCGT  740

Query  741  GATTCCAATTTGTTTTAGAGAGATGAAGCAGCTGCAAGTGTTACTACTTGAGAATAACCCTCTGCAGTCTCCTC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GATTCCAATTTGTTTTAGAGAGATGAAGCAGCTGCAAGTGTTACTACTTGAGAATAACCCTCTGCAGTCTCCTC  814

Query  815  CAGCACAGATTTGCACAAAGGGCAAAGTTCACATATTTAAGTATCTGAGCATACAAGCATGCCAGATTAAGACA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CAGCACAGATTTGCACAAAGGGCAAAGTTCACATATTTAAGTATCTGAGCATACAAGCATGCCAGATTAAGACA  888

Query  889  GCTGACTCCCTTTATCTCCACACCATGGAGAGGCCACATTTACACCAGCACGTGGAAGATGGCAAGAAGGATTC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GCTGACTCCCTTTATCTCCACACCATGGAGAGGCCACATTTACACCAGCACGTGGAAGATGGCAAGAAGGATTC  962

Query  963  TGATTCGGGAGTTGGAAGTGATAATGGAGATAAGCGATTATCTGCCACCGAGCCTTCTGACGAAGACACTGTTA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TGATTCGGGAGTTGGAAGTGATAATGGAGATAAGCGATTATCTGCCACCGAGCCTTCTGACGAAGACACTGTTA  1036

Query 1037  GCCTCAATGTGCCAATGTCAAACATCATGGAAGAAGAACAGATCATCAAGGAGGACTCGTGCCATCGCCTTAGC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GCCTCAATGTGCCAATGTCAAACATCATGGAAGAAGAACAGATCATCAAGGAGGACTCGTGCCATCGCCTTAGC  1110

Query 1111  CCCGTTAAAGGGGAATTTCATCAGGAATTTCAACCGGAGCCTTCCCTTTTGGGTGACAGCACCAACTCAGGAGA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CCCGTTAAAGGGGAATTTCATCAGGAATTTCAACCGGAGCCTTCCCTTTTGGGTGACAGCACCAACTCAGGAGA  1184

Query 1185  AGAAAGAGACCAGTTTACTGATAGAGCAGATGGTCTCCATTCGGAATTTATGAACTATAAGGCAAGGGCAGAAG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  AGAAAGAGACCAGTTTACTGATAGAGCAGATGGTCTCCATTCGGAATTTATGAACTATAAGGCAAGGGCAGAAG  1258

Query 1259  ACTGTGAAGAGCTGTTACGGATAGAAGAGGATGTGCACTGGCAAACTGAGGGCATAATAAGTTCATCCAAAGAT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ACTGTGAAGAGCTGTTACGGATAGAAGAGGATGTGCACTGGCAAACTGAGGGCATAATAAGTTCATCCAAAGAT  1332

Query 1333  CAGGACATGGATATAGCAATGATCGAGCAGCTGAGAGAAGCAGTAGATTTGCTGCAAGATCCCAATGGATTAAG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CAGGACATGGATATAGCAATGATCGAGCAGCTGAGAGAAGCAGTAGATTTGCTGCAAGATCCCAATGGATTAAG  1406

Query 1407  CACAGATATTACAGAGAGAAGTGTTTTAAACCTATATCCTATGGGATCAGCAGAAGCCTTAGAATTACAAGATT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CACAGATATTACAGAGAGAAGTGTTTTAAACCTATATCCTATGGGATCAGCAGAAGCCTTAGAATTACAAGATT  1480

Query 1481  CTGCACTGAATGGTCAAATACAGCTGGAGACATCTCCGGTGTGTGAGGTGCAAAGTGATCTAACATTACAGAGT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CTGCACTGAATGGTCAAATACAGCTGGAGACATCTCCGGTGTGTGAGGTGCAAAGTGATCTAACATTACAGAGT  1554

Query 1555  AACGGGAGCCAGTATTCTCCAAATGAGATTAGAGAGAACTCCCCTGCAGTCTCTCCTACCACAAACAGCACAGC  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AACGGGAGCCAGTATTCTCCAAATGAGATTAGAGAGAACTCCCCTGCAGTCTCTCCTACCACAAACAGCACAGC  1628

Query 1629  TCCATTTGGCCTGAAGCCTCGATCAGACCCAGCCCTCATTCTTCCTCCTATCTCCTTCAACACACTTACACAGG  1702
            |||||||||||||||||||||||||                                                 
Sbjct 1629  TCCATTTGGCCTGAAGCCTCGATCA-------------------------------------------------  1653

Query 1703  CACAGACATGGGACAGCTCTAGCTACAGTGTTCCATCTGAAGGAGACAGTGACAATGTGTTTCTAAGACCTCAG  1776
                                                                    ||||||||||||||||||
Sbjct 1654  --------------------------------------------------------GTGTTTCTAAGACCTCAG  1671

Query 1777  AGAAATTTGGAATCTATAGACCCGCAGTTTACAATCCGGAGGAAAATGGAGCAGATGAGAGAAGAGAAAGAGCT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1672  AGAAATTTGGAATCTATAGACCCGCAGTTTACAATCCGGAGGAAAATGGAGCAGATGAGAGAAGAGAAAGAGCT  1745

Query 1851  GGTGGAACAACTTCGTGAGAGCATTGAGATGAGATTGAAGGTCAGTCTACACGAAGACCTGGGGGCAGCCCTCA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1746  GGTGGAACAACTTCGTGAGAGCATTGAGATGAGATTGAAGGTCAGTCTACACGAAGACCTGGGGGCAGCCCTCA  1819

Query 1925  TGGATGGTGTCGTCCTCTGCCATCTGGTCAACCACATCCGCCCACGGTCGGTTGCAAGCATCCATGTCCCATCA  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1820  TGGATGGTGTCGTCCTCTGCCATCTGGTCAACCACATCCGCCCACGGTCGGTTGCAAGCATCCATGTCCCATCA  1893

Query 1999  CCAGCGGTTCCCAAACTTAGCATGGCCAAATGCAGAAGAAATGTGGAAAACTTTTTGGAAGCGTGCCGAAAATT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1894  CCAGCGGTTCCCAAACTTAGCATGGCCAAATGCAGAAGAAATGTGGAAAACTTTTTGGAAGCATGCCGAAAATT  1967

Query 2073  AGGAGTACCAGAGGCTGACCTCTGCTCTCCGTGTGACATCCTGCAGTTGGATTTTCGTCACATTCGAAAGACTG  2146
            ||||||||||||||...|.||.|| |||||         ||              |..|||||.|         
Sbjct 1968  AGGAGTACCAGAGGAAAAGCTATG-TCTCC---------CC--------------CACCACATCC---------  2008

Query 2147  TTGACACTCTGCTGGCACTCGGGGAGAAAGCCCCACCACCAACTTCTGCCCTCCGCTCCA---GGGACCTTATA  2217
            ||||                    |||||           ||     |.|||  |.||.|   ||| |.|||  
Sbjct 2009  TTGA--------------------AGAAA-----------AA-----GGCCT--GGTCAAAGTGGG-CATTA--  2041

Query 2218  GGCTTCTGTCTTGTCCATATTC--TCTTTA-TAGTGCTGGTCTATATCAC--TTACCACTGGAATGCTCTGTCC  2286
                          ||  ||||  .|.||| |||         |.|||||  |.||     |||.|||||||.|
Sbjct 2042  --------------CC--ATTCAAGCATTACTAG---------ACATCACCGTAAC-----GAAGGCTCTGTTC  2085

Query 2287  GCA  2289
            .||
Sbjct 2086  ACA  2088