Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_07902
- Subject:
- XR_387174.3
- Aligned Length:
- 3358
- Identities:
- 2309
- Gaps:
- 693
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 GACCTGGCCAGAGAGTTATCGCGAGAGCAGCGAAGGCCTGGGGCAGGTTGGGGGCGTTCCCTGGAGCAGTAGAG 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 GTGGAGGTCGCTGAGGGGTACGATTTGGCTGTGGTTTTTGAGGGTTGAAGGGAACCCTCCCGACATCTTTCACC 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 GCCCTGGGTCCTGCCTTCGTTCTGAGGAGGTCCCGTTCCCAAGACTGGGCCTGAGCCGGATAGTTCTCAGTGAC 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 TCCTGTAAAAAGGTCGTCTTACCCCACAAAGAAATCATGACCCACAAGTTGAGAACTGCTGACTTAGAAGGACA 296
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 297 TTCTCCATCCTTATGATAGTTAATTCTTCAGACCAGGAAGAATAAGATATGTCCATAATTCTTATCTTTCATAT 370
Query 1 ----------------------------------------------------------------------ATGC 4
||||
Sbjct 371 TTTCAAGATCAAGGTCATTATTTGTATCAAATACTGCTTCAACTTCTCTTGCAGGTAGCCCAGTGTGGATATGC 444
Query 5 TGCTGTTCTTTACTTTGGGATTGCTTATACATTTTGTGTTCTTCGCCTCCATCTTTGACATTTATTTTACATCT 78
|||||||.|||.||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 TGCTGTTTTTTGCTTTGGGATTGCTTATCCATTTTGTGTTCTTCGCTTCCATCTTTGACATTTATTTTACATCT 518
Query 79 CCTTTGGTTCATGGAATGACTCCTCAGTTTACACCATTGCCTCCTCCAGCGAGAAGATTAGTGTTGTTTGTTGC 152
|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.|.||||||||||.|.||||||||
Sbjct 519 CCTTTGGTTCATGGAATGACTCCCCAGTTTACACCTTTGCCTCCTCCAGCAAAAAGATTAGTGCTATTTGTTGC 592
Query 153 TGATGGCCTTCGAGCAGATGCACTTTACGAATTAGATGAAAATGGAAACTCTAGAGCACCGTTTATTAGGAATA 226
|||||||||..||||||||.|.|||||.||||||||||||.||||||||||.||||||||.||.|||||||||.
Sbjct 593 TGATGGCCTGAGAGCAGATACTCTTTATGAATTAGATGAAGATGGAAACTCCAGAGCACCTTTCATTAGGAATG 666
Query 227 TCATAATGCATGAAGGCAGCTGGGGCATATCTCATACACGTGTGCCAACAGAATCTCGGCCAGGTCATGTAGCT 300
|.|||||||||||||||||||||||..|||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.
Sbjct 667 TTATAATGCATGAAGGCAGCTGGGGAGTATCTCACACACGTGTGCCAACAGAATCTCGGCCTGGCCATGTAGCC 740
Query 301 CTGATAGCTGGGTTTTATGAAGATGTCAGTGCAGTTGCCAAAGGATGGAAGGAAAATCCTGTAGAGTTTGATTC 374
.||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||
Sbjct 741 TTGATAGCTGGATTTTATGAGGATGTCAGTGCAGTTGCCAAAGGATGGAAAGAAAATCCTGTAGAATTTGACTC 814
Query 375 TCTTTTTAATGAAAGTAAATACACATGGAGCTGGGGAAGCCCAGATATCCTGCCTATGTTTGCCAAAGGTGCTA 448
|||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||.||.|||||||||.||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 815 TCTTTTTAATGAAAGCAAGTACACGTGGAGCTGGGGGAGTCCAGATATCTTGCCCATGTTTGCCAAAGGTGCTA 888
Query 449 GTGGAGACCACGTTTATACATATAGTTATGATGCTAAAAGAGAGGATTTTGGTGCTCAAGATGCAACAAAACTG 522
||||.|||||.||.||||||||||||||.||||||.|||||||.|||||||||||.||.|||||.|||||||||
Sbjct 889 GTGGTGACCATGTCTATACATATAGTTACGATGCTCAAAGAGAAGATTTTGGTGCCCACGATGCCACAAAACTG 962
Query 523 GATACGTGGGTTTTTGATAATGTTAAGGACTTCTTTCATCATGCCAGAAACAACCAGTCTTTGTTTTCTAAAAT 596
||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.||..|||.|||||||||||.||||||||..|.|||.|
Sbjct 963 GATACGTGGGTTTTTGATAAAGTTAAGGACTTCTTTGATGCTGCAAGAAACAACCAATCTTTGTTCACAAAAGT 1036
Query 597 AAATGAAGAGAAAATAGTTTTTTTCTTACATTTATTAGGAATAGATACAAACGGACATGCTCATCGACCATCCT 670
|||||||||.|||.||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1037 AAATGAAGAAAAAGTAGTTTTTTTCTTACATTTATTGGGAATAGATACAAATGGACATGCTCATCGACCATCGT 1110
Query 671 CGAGAGACTACAAGGACAATATTAAAAAAGTTGATGATGGAGTTAAAGAAATCGTGTCTATGTTTAACCATTTC 744
|.||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||.||.||.||.|||||.
Sbjct 1111 CAAGGGAATATAAGGACAATATTAAAAAAGTTGATGATGGAGTGAAGGAAATCGTATCAATTTTCAAGCATTTT 1184
Query 745 TATGGAAATGATGGGAAAACAACATTTATCTTTACCTCTGACCATGGAATGACAGACTGGGGTTCCCATGGGGC 818
||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 TATGGAGATGATGGGAAAACAGCATTTATCTTTACCTCTGACCATGGAATGACAGACTGGGGTTCCCATGGGGC 1258
Query 819 TGGTCATCCTTCAGAGACTTTAACTCCTTTAGTCACTTGGGGAGCTGGAATCAAGTATCCCCAAAGAGTATCAG 892
|||||||||.|||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.|.|||.||||..|||||||
Sbjct 1259 TGGTCATCCGTCAGAGACTTTAACTCCGTTCGTTACTTGGGGAGCTGGAATCAAATTTCCTCAAAATGTATCAG 1332
Query 893 CTCAGCAATTTGATGATGCATTTTTGAAAGAGTGGAGATTGGAGAATTGGAAGAGGCTAGATGTCAATCAGGCT 966
|||||||||.||||||||..|||||.|||||.|||||||||||.||.|||||.|||..||||||||||||||||
Sbjct 1333 CTCAGCAATATGATGATGAGTTTTTAAAAGAATGGAGATTGGAAAACTGGAAAAGGAGAGATGTCAATCAGGCT 1406
Query 967 GATATTGCACCATTGATGACTTCCCTTATTGGAGTTCCCTTTCCTCTTAACTCAGTGGGAATCCTTCCTGTGGA 1040
|||||||||||..|||||.|.||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||.||||||||||.
Sbjct 1407 GATATTGCACCTCTGATGGCATCCCTTATTGGAGTCCCCTTTCCTCTTAATTCGGTGGGAATACTTCCTGTGGG 1480
Query 1041 TTATCTTAACAACACTGATCTCTTCAAAGCAGAGAGCATGTTTACAAATGCAGTACAGATTCTTGAACAGTTCA 1114
|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 TTATCTTAACAACACTGGTCTCTTCAAAGCAGAGAGCATGTTTACCAATGCAGTACAGATTCTTGAACAGTTCA 1554
Query 1115 AGGTGAAAATGACTCAGAAGAAAGAAGTTACTTTACCATTTTTGTTTACACCATTTAAACTGCTTTCTGATTCC 1188
|||||||||||||||||||.|||||||..||||||||.||||||||||||||||||||..|||||||||||||.
Sbjct 1555 AGGTGAAAATGACTCAGAAAAAAGAAGCCACTTTACCGTTTTTGTTTACACCATTTAAGTTGCTTTCTGATTCT 1628
Query 1189 AAACAGTTCAACATTTTAAGAAAAGCAAGATCTTATATAAAACACAG-AAAGTTTGATGAAGTGGTCTCCCTTT 1261
.||||..|..|||||||||||||||||||||||||.|||||||| || |||.|||||||||||.||.|||||.|
Sbjct 1629 CAACAACTGGACATTTTAAGAAAAGCAAGATCTTACATAAAACA-AGAAAAATTTGATGAAGTAGTGTCCCTCT 1701
Query 1262 GCAAGGAGCTAATTCATCTTGCATTGAAAGGATTGTCCTATTATCACACATATGACAGATTCTTTTTGGGCGTC 1335
|..|||||||.|||.|.||.||..|||.||||||||||||||||||.||.|||||||||.|.|||.|||||.||
Sbjct 1702 GTGAGGAGCTGATTGACCTCGCCCTGAGAGGATTGTCCTATTATCATACTTATGACAGACTGTTTCTGGGCATC 1775
Query 1336 AATGTTGTTATTGGTTTTGTGGGATGGATATCTTATGCCTCTTTGTTGATCATCAAGTCTCATTCCAACCTTAT 1409
|||||||...|||||||||||||||||||.||||||.|.||||||||.|||||||||||.|||||.|| |||
Sbjct 1776 AATGTTGCAGTTGGTTTTGTGGGATGGATGTCTTATACTTCTTTGTTAATCATCAAGTCGCATTCTAA---TAT 1846
Query 1410 ---AAAAGGTGTTAGTAAAGAAGTGAAGAAACCAAGCCATCTCCTGCCTTGTAGTTTTGTAGCTATTGGCATTT 1480
||||||...|||.||.||||..|||||.|||..|..||||||||.||.|||.||..||||||.|||..|.|
Sbjct 1847 CCCAAAAGGCACTAGGAAGGAAGGTAAGAAGCCACACTGTCTCCTGCTTTATAGCTTCATAGCTACTGGTGTCT 1920
Query 1481 TAGTAGCATTTTTTCTGCTGATTCAAGCCTGTCCCTGGACATATTATGTATATGGTTTGTTGCCACTGCCAATA 1554
|||||||||..||.|||.||||.|||||||||||||||||.||.|||||.||..|.|||.|||||.||||.|||
Sbjct 1921 TAGTAGCATGCTTCCTGATGATCCAAGCCTGTCCCTGGACTTACTATGTGTACTGCTTGCTGCCAGTGCCTATA 1994
Query 1555 TGGTATGCGGTTCTAAGAGAATTTCAAGTTATTCAGGACCTTGTTGTATCAGTGTTGACCTATCCTCTGAGCCA 1628
||||||||.||||||||||||..|.||||||||||.|||||.||||.||||.|.|||||.|.|||||.||||||
Sbjct 1995 TGGTATGCAGTTCTAAGAGAACATGAAGTTATTCAAGACCTGGTTGAATCACTATTGACTTTTCCTCGGAGCCA 2068
Query 1629 TTTTGTTGGGTACCTGTTAGCCTTTACCCTGGGAATTGAAGTATTAGTTCTCAGTTTTTTCTACCGCTATATGC 1702
||||||||..|||.||.|.|.|||||||.||||.|||||||||.|.||.||||||||.|||||||||||.|||.
Sbjct 2069 TTTTGTTGCCTACTTGCTTGTCTTTACCTTGGGTATTGAAGTACTGGTGCTCAGTTTCTTCTACCGCTACATGT 2142
Query 1703 TTACCGCTGGACTTACTGCCTTTGCAGCTTGGCCATTTCTCACTCGGCTGTGGACTCGAGCAAAGATGACCTCA 1776
|.||.||.|||||.|.||..|||||||..|||||.||||||||||.|||||||||.|||||||||||.||||..
Sbjct 2143 TGACAGCGGGACTGATTGTGTTTGCAGGCTGGCCGTTTCTCACTCAGCTGTGGACCCGAGCAAAGATCACCTTC 2216
Query 1777 CTGAGTTGGACTTTCTTCTCTTTGCTCCTGGCAGTGTTCCCACTGATGCCGGTTGTAGGTCGAAAGCCAGACAT 1850
|||||||||.||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.||.|||.||||||||.||.|
Sbjct 2217 CTGAGTTGGGCTTTCTTCTCTTTGCTTCTGGCAGTGTTCCCACTGATGCCTGTCGTGGGTAGAAAGCCAAACCT 2290
Query 1851 CTCTCTAGTGATGGGTGCAGGCTTGCTGGTTCTTCTGTTATCCCTGTGTGTTGTAACATCTCTCATGAAAAGAA 1924
.||||||||.||||||||.||.||.||||||||||||.|.||.|||..||||||||||.|||||...|||||||
Sbjct 2291 TTCTCTAGTAATGGGTGCTGGATTCCTGGTTCTTCTGCTGTCGCTGGCTGTTGTAACAACTCTCGGAAAAAGAA 2364
Query 1925 AAGATAGCTTTATAAAGGAAGAGCTATTGGTACATCTGTTACAGGTGCTGAGCACAGTGCTCTCCATGTATGTT 1998
|...||..||..||||||..|||||.|||||||.||||||||||.|||||||.|||||||||||.||||||||.
Sbjct 2365 ACATTAAATTGGTAAAGGGCGAGCTGTTGGTACTTCTGTTACAGATGCTGAGTACAGTGCTCTCTATGTATGTG 2438
Query 1999 GTGTATAGCACTCAGAGTAGTCTACTCAGGAAGCAAGGACTGCCTCTCATGAATCAAATTATTAGCTGGGCAAC 2072
|||||||||||.||....|||||..|.|.|||..||||.||||||||.||||||||.|||.|.|||||||||||
Sbjct 2439 GTGTATAGCACCCACCACAGTCTGTTAAAGAAAGAAGGCCTGCCTCTTATGAATCAGATTGTGAGCTGGGCAAC 2512
Query 2073 ATTAGCCTCTTCCTTGGTTGTGCCACTACTGAGTTCTCCAGTTCTCTTTCAGCGATTGTTCAGCATACTTCTTT 2146
||||||||||||..||||.|..|||||.|||||.||..|||.|||||.|||||||.||..|||||||||.||.|
Sbjct 2513 ATTAGCCTCTTCTCTGGTGGCACCACTCCTGAGCTCCACAGCTCTCTCTCAGCGACTGGCCAGCATACTCCTCT 2586
Query 2147 CATTGATGTCAACCTACCTACTTCTAAGCACAGGGTATGAAGCTCTCTTTCCACTAGTGTTGTCTTGTTTGATG 2220
|.||||||||.||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||..|||||.||||.|||||||||
Sbjct 2587 CCTTGATGTCCACCTACCTGCTCCTAAGCACTGGGTATGAAGCTCTCTTTCCTTTAGTGCTGTCCTGTTTGATG 2660
Query 2221 TTTGTCTGGATAAACATAGAACAAGAAACTCTACAACAATCTGGTGTTTGCTGTAAACAAAAGCTCACCAGTAT 2294
|||||||||||..|..|.||||||||.||.||.|||||..|||||||||..||||||||.|||||||||||.||
Sbjct 2661 TTTGTCTGGATCCAAGTGGAACAAGAGACCCTTCAACAGCCTGGTGTTTCTTGTAAACAGAAGCTCACCAGCAT 2734
Query 2295 CCAGTTCTCTTATAATACTGATATAACTCAGTTTCGACAGCTATATCTGGATGACATCCGTAGGGCCTTTTTCC 2368
|||||||.|.|.|.|.|||||||||.|||||||.||||||||.|.||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2735 CCAGTTCACCTGTGACACTGATATAGCTCAGTTCCGACAGCTCTGTCCGGATGACATCCGTAGGGCCTTTTTCC 2808
Query 2369 TTGTTTTCTTCTTAGTGACAGCATTTTTTGGAACTGGAAATATAGCTTCTATTAACAGCTTTGATCTTGCCTCT 2442
|.||||||||.|||.|.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||
Sbjct 2809 TAGTTTTCTTTTTATTAACTGCATTTTTTGGAACTGGAAATATAGCTTCTATTAACAGCTTCGACCTTGCCTCT 2882
Query 2443 GTCTATTGCTTTCTGACTGTGTTCAGTCCTTTTATGATGGGAGCCCTGATGATGTGGAAGATTTTAATCCCCTT 2516
||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.||
Sbjct 2883 GTGTATTGCTTTCTGACTGTGTTTAGTCCTTTCATGATGGGAGCGCTCATGATGTGGAAGATTTTAATTCCTTT 2956
Query 2517 TGTTCTTGTTATGTGTGCTTTTGAAGCAGTTCAGTTGACTACTCAGTTATCGTCAAAA---------------- 2574
|||||||||.||||||||||||||||||||||||.|.|||||.|||.|.||.||||||
Sbjct 2957 TGTTCTTGTGATGTGTGCTTTTGAAGCAGTTCAGATAACTACACAGCTGTCCTCAAAAGGCCCACAGGGAACAG 3030
Query 2575 -------------------------------------------------------------------------- 2574
Sbjct 3031 GTTACATTCGTTTAAGAAATGGTGTATGTATTAAGATGATCTGTCCATGAAGTCATTCATCAACTGTTTCAATT 3104
Query 2575 -------------------------------AGCCTTTTTCTCATTGTTCTCGTCATATCAGACATTATGGCTT 2617
||.||||||||..||||||||.|||||||||||||.|||||||
Sbjct 3105 AACAATGGCTCTGCTTGGAGACACAGACATTAGTCTTTTTCTTGTTGTTCTCATCATATCAGACATCATGGCTT 3178
Query 2618 TGCATTTTTTCTTCTTGGTCAAGGATTATGGCAGCTGGCTTGATATTGGGACAAGCATCAGCCACTATGTGATT 2691
||||||||||||||.||||||||||||.|||||||||||||||||||||.||
Sbjct 3179 TGCATTTTTTCTTCCTGGTCAAGGATTCTGGCAGCTGGCTTGATATTGGAAC---------------------- 3230
Query 2692 GTCATGTCCATGACCATCTTTTTGGTGTTCCTCAATGGCCTGGCCCAGCTGCTCACAACGAAGAAACTCAGACT 2765
Sbjct 3231 -------------------------------------------------------------------------- 3230
Query 2766 ATGTGGCAAACCCAAAAGTCACTTCATG 2793
Sbjct 3231 ---------------------------- 3230