Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_07957
- Subject:
- NM_001014399.2
- Aligned Length:
- 3339
- Identities:
- 2275
- Gaps:
- 726
Alignment
Query 1 ATGCGAGGTGGCAAATGCAACATGCTCTCCAGTTTGGGGTGTCTACTTCTCTGTGGAAGTATTACACTAGCCCT 74
|||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||.||||.||.||
Sbjct 1 ---------------------ATGCTCTCCAGCCTGGGGTGTCTACTTCTCTGTGGAAGTATTGCACTTGCTCT 53
Query 75 GGGAAATGCACAGAAATTGCCAAAAGGTAAAAGGCCAAACCTCAAAGTCCACATCAATACCACAAGTGACTCCA 148
||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|.|.|||||.||||||||||||||.||.|||||||
Sbjct 54 GGGAAATGCACAGAAATTGCCAAAAGGTAAAAAGCCAAGCTTGAAAGTGCACATCAATACCACCAGCGACTCCA 127
Query 149 TCCTCTTGAAGTTCTTGCGTCCAAGTCCAAATGTAAAGCTTGAAGGTCTTCTCCTGGGATATGGCAGCAATGTA 222
||||||||||||||.|||||||||.|.||||.||||||||.||||||.|||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 128 TCCTCTTGAAGTTCCTGCGTCCAAATGCAAACGTAAAGCTGGAAGGTTTTCTCCTGGGATATGGCAGCAATGTG 201
Query 223 TCACCAAACCAGTACTTCCCTCTTCCCGCTGAAGGGAAATTCACAGAAGCTATAGTTGATGCAGAGCCGAAATA 296
||.||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||.|||.|||||||||||||||||||.||
Sbjct 202 TCTCCAAACCAGTACTTCCCTCTTCCCACAGAAGGGAAATTCACAGAGGCTGTAGTTGATGCAGAGCCGAAGTA 275
Query 297 TCTGATAGTTGTGCGACCTGCTCCACCTCCAAGTCAAAAGAAGTCATGTTCAGGTAAAACTCGTTCTCGCAAAC 370
|||||||||.||.|||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.|||.||||..|||||||||
Sbjct 276 TCTGATAGTCGTACGACCTGCTCCTCCTCCCAGCCAGAAGAAGTCATGTTCAGGGAAATCTCGCCCTCGCAAAC 349
Query 371 CTCTGCAGCTGGTGGTTGGCACTCTGACACCGAGCTCAGTCTTCCTGTCCTGGGGTTTCCTCATCAACCCACAC 444
|.||.|||||||||||.||.||..||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 350 CCCTCCAGCTGGTGGTGGGTACGTTGACACCGAGTTCTGTCTTCCTGTCCTGGGGATTCCTCATCAACCCACAC 423
Query 445 CATGACTGGACATTGCCAAGTCACTGTCCCAATGACAGATTTTATACAATTCGCTATCGAGAAAAGGATAAAGA 518
||||||||||||||||||||.||||||||||.|||||||||||||||||||||.|||.|||||||.||||||||
Sbjct 424 CATGACTGGACATTGCCAAGCCACTGTCCCAGTGACAGATTTTATACAATTCGATATAGAGAAAAAGATAAAGA 497
Query 519 AAAGAAGTGGATTTTTCAAATCTGTCCAGCCACTGAAACAATTGTGGAAAACCTAAAGCCCAACACAGTTTATG 592
||||||.||||||||||||.||||.|||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 498 AAAGAAATGGATTTTTCAACTCTGCCCAGCTACTGAAACAATTGTGGAAAATCTAAAGCCCAACACAGTTTATG 571
Query 593 AATTTGGAGTGAAAGACAATGTGGAAGGTGGAATTTGGAGTAAGATTTTCAATCACAAGACTGTTGTTGGAAGT 666
|||||||.||||||||||||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.|||||||||||
Sbjct 572 AATTTGGTGTGAAAGACAATATAGAAGGTGGAATTTGGAGTAAGATTTTCAATCATAAGACTATTGTTGGAAGT 645
Query 667 AAA---AAAGTAAATGGGAAAATCCAAAGTACCTATGACCAAGACCACACAGTGCCAGCATATGTCCCAAGGAA 737
||| ||||||||.||||||||||||||.||.||||||||.|.||||.|||||||| |||||.|||||
Sbjct 646 AAAAACAAAGTAAACGGGAAAATCCAAAGCACTTATGACCAGGTCCACTCAGTGCCA------GTCCCGAGGAA 713
Query 738 ACTAATCCCAATAACAATCATCAAGCAAGTGATTCAGAATGTTACTCACAAGGATTCAGCTAAATCCCCAGAAA 811
.|||||||||.||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||.||.||||.|.|||||||||||.|
Sbjct 714 GCTAATCCCACTAACGATCATTAAGCAAGTGATTCAGAATGTTACTCACAGGGCTTCAACCAAATCCCCAGACA 787
Query 812 AAGCTCCACTGGGAGGAGTGATACTAGTCCACCTTATTATTCCAGGTCTTAATGAAACTACTGTAAAACTTCCT 885
|..||||..|.||.|||...|||.||||.||.||.||||||||.||||||||||||.|.||||||||||||||.
Sbjct 788 AGACTCCTTTTGGGGGAACAATATTAGTTCATCTGATTATTCCGGGTCTTAATGAATCCACTGTAAAACTTCCC 861
Query 886 GCATCCCTAATGTTTGAGATTTCAGATGCACTCAAGACACAATTAGCTAAGAATGAAACCTTGGCATTACCTGC 959
.|||||.|||||.||||||||||.|||||.||||||.||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||
Sbjct 862 ACATCCATAATGCTTGAGATTTCCGATGCTCTCAAGGCACAATTAGCTAAGAATGAAACATTGGCTTTACCAGC 935
Query 960 CGAATCTAAAACACCAGAGGTTGAAAAAATCTCAGCACGACCCA-CAACAGTGACTCCTGAAACAGTTCCAAGA 1032
.||||||||||||||||||||.||||||.|..|||..| |.||| .||||||||||||.|||.|||||.|||||
Sbjct 936 AGAATCTAAAACACCAGAGGTCGAAAAATTGGCAGGGC-AGCCAGTAACAGTGACTCCGGAATCAGTTTCAAGA 1008
Query 1033 AGCACTAAACCCACTACGTCTAGTGCATTAGATGTTTCAGAAACAACACTGGCTTCAAGTGAAAAGCCATGGAT 1106
||||||||.|||||...|||||||||.|||| ||||||
Sbjct 1009 AGCACTAAGCCCACCCTGTCTAGTGCTTTAG--------------ACACTG----------------------- 1045
Query 1107 TGTGCCTACAGCTAAAATATCTGAAGATTCCAAAGTTCTGCAGCCTCAAACTGCAACTTATGATGTTTTCTCAA 1180
Sbjct 1046 -------------------------------------------------------------------------- 1045
Query 1181 GCCCTACAACATCAGATGAGCCTGAGATATCAGATTCCTACACAGCAACAAGTGATCGTATTCTGGATTCTATC 1254
||||
Sbjct 1046 ------------CAGA---------------------------------------------------------- 1049
Query 1255 CCACCTAAAACTTCTAGAACTCTTGAACAGCCAAGGGCAACACTGGCTCCAAGTGAAACACCATTTGTTCCTCA 1328
|.||.|||||||.||.||
Sbjct 1050 -----------------------------------GACAGCACTGGCACCCAG--------------------- 1067
Query 1329 AAAACTGGAAATCTTTACCAGTCCAGAAATGCAGCCTACGACACCTGCTCCCCAGCAAACTACATCTATCCCTT 1402
||||.|.| ||||||
Sbjct 1068 ------------------------------GCAGACAA-------------CCAGCA----------------- 1081
Query 1403 CTACACCTAAACGACGCCCCCGGCCCAAACCGCCAAGAACCAAACCTGAAAGAACCACAAGTGCCGGAACAATT 1476
|||
Sbjct 1082 -------------------------------------------------------------TGC---------- 1084
Query 1477 ACACCTAAAATTTCTAAAAGCCCTGAACCTACATGGACAACACCGGCTCCCGGTAAAACACAATTTATTTCTCT 1550
Sbjct 1085 -------------------------------------------------------------------------- 1084
Query 1551 GAAACCTAAAATCCCTCTCAGCCCAGAAGTGACACACACCAAACCTGCTCCCAAGCAGACACCACGTGCTCCTC 1624
|||||||||
Sbjct 1085 -----------------------------------------------CTCCCAAGC------------------ 1093
Query 1625 CTAAGCCAAAAACATCACCACGCCCAAGAATCCCA-CAAACACAACCAGTTCCTAAGGTGCCCCAGCGTGTTAC 1697
.||||| ||||||.|.||||.||.||| |||| |.|.|||||||||||||..||||.||.|...||
Sbjct 1094 -----TCAAAA----CACCACACTCAAGGATGCCAGCAAA-AGAGCCAGTTCCTAAGGAACCCCTGCATACGAC 1157
Query 1698 TGCAAAACCAAAAACGTCACCAAGTCCAGAAGTGTCATACACCACACCTGCTCCAAAAGATGTGCTCCTTCCTC 1771
|.||||.|||||||.|.||||||||||.||||||.||.||||.||
Sbjct 1158 TTCAAAGCCAAAAATGCCACCAAGTCCTGAAGTGGCAGACACTAC----------------------------- 1202
Query 1772 ATAAACCATACCCTGAGGTCTCTCAGAGCGAACCTGCTCCTCTAGAGACACGAGGCATCCCTTTTATACCCATG 1845
|.||||.|||.||||||||||.|||||.|||.|.|||||..||
Sbjct 1203 -------------------------------ATCTGCACCTTTAGAGACACGGGGCATTCCTCTCATACCTGTG 1245
Query 1846 ATTTCCCCAAGTCCTAGTCAAGAGGAACTACAGACCACTCTGGAAGAAACAGACCAATCCACCCAAGAACCTTT 1919
|||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||.|..||||||||||||||||.||.||||||||.|..||
Sbjct 1246 ATTTCACCAAGACCTAGTCAAGAGGAACTACAAACCGCCATGGAAGAAACAGACCAGTCTACCCAAGAGCTCTT 1319
Query 1920 CACAACTAAGATTCCACGAACAACTGAACTAGCAAAGACAACTCAGGCGCCACACAGATTTTATA---CTACTG 1990
|||.||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||.|||||||||||..||| ||.|||
Sbjct 1320 CACGACTAAGATTCCACGAACAACTGAATTGGCAAAGACAACTCAGGCACCACACAGATTGCATACAGCTCCTG 1393
Query 1991 TGAGGCCCAGAACATCTGACAAGCCACACATCAGACCTG----------------------------------- 2029
||||||||||||.|.|||.||.||||||...|||.||||
Sbjct 1394 TGAGGCCCAGAATACCTGGCAGGCCACATGGCAGGCCTGCTCTGAACAAAACAACTACAAGGCCTGATAAAACC 1467
Query 2030 ---------GGG-------------------------------TCAAGCAAGCACCCAGGCCATCAGGTGCTGA 2063
||| .||||||||||||.|.||||.||.||.|||.
Sbjct 1468 AAACCCAGAGGGACGTCCCATAAAAACGGAGTAGGAACAGGAACCAAGCAAGCACCTAAGCCACCAAGTCCTGG 1541
Query 2064 TAGAAATGTATCAGTGGACTCTACCCACCCCACTAAAAAGC------------CAGGGACTCGCCGCCCACCCT 2125
.|||||||..|||||||| |.|.||..||||.|.|||.| |||||||.||.||.||||||.
Sbjct 1542 GAGAAATGCGTCAGTGGA---TTCACATGCCACAAGAAAACCAGGCTCAGTCTCAGGGACGCGTCGTCCACCCA 1612
Query 2126 TGCCACCCAGAC---------CTACACAC-------CCACGA-AGAAAACCTTTACCACCAAATAATGTCACTG 2182
|.||||..||.| |||.|| | ||| || ||||..||||||||.||.|||||||||||.|
Sbjct 1613 TACCACATAGGCATTCGTCCACTAGAC-CTGTGTCTCCA-GAGAGAAGGCCTTTACCCCCGAATAATGTCACCG 1684
Query 2183 GAAAGCCAGGAAGTGCAGGAATCATTTCATCAGGCCCAATAACTACACCACCCCTGAGGTCAACAC-CCAGGCC 2255
|.|||||||||.||||.|||||..||||.||..|||...||||..|.||||||||||.|.|||||| ||| .||
Sbjct 1685 GGAAGCCAGGACGTGCGGGAATTGTTTCCTCCAGCCGGGTAACGTCCCCACCCCTGAAGGCAACACTCCA-CCC 1757
Query 2256 TACTGGAACTCCCTTGGAGAGAATAGAGACAGATATAAAGCAACCAACAGTTCCTGCCTCTGGAGAAGAACTGG 2329
||..|||||..||...|.||||..||.|.||||...||||.|||||||.|.||||||.||.|.||||||..|.|
Sbjct 1758 TATCGGAACAGCCACAGCGAGACCAGGGGCAGAACAAAAGGAACCAACTGCTCCTGCTTCAGAAGAAGAGTTTG 1831
Query 2330 AAAATATAACTGACTTTAGCTCAAG-CCCAACAAGAGAAACTGATCCTCTTGGGAAGCCAAGATTCAAAGGACC 2402
..|.||.|||||||||.||.||||| ||||.||| ||||||||||||.|||||||||||.||.||||.|||.||
Sbjct 1832 GTACTACAACTGACTTCAGTTCAAGTCCCACCAA-AGAAACTGATCCCCTTGGGAAGCCCAGGTTCATAGGTCC 1904
Query 2403 TCATGTGCGATACATCCAAAAGCCTGACAACAGTCCCTGCTCCATTACTGACTCTGTCAAACGGTTCCCCAAAG 2476
.|||||||||||.||||.|||||||||.||||..|||||.|||||.||||||||.||||.|||||||||.|.||
Sbjct 1905 CCATGTGCGATATATCCCAAAGCCTGAAAACAAGCCCTGTTCCATCACTGACTCAGTCAGACGGTTCCCTACAG 1978
Query 2477 AGGAGGCCACAGAGGGGAATGCCACCAGCCCACCACAGAACCCACCCACCAACCTCACTGTGGTCACCGTGGAA 2550
||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||
Sbjct 1979 AGGAAGCCACGGAGGGGAATGCCACCAGCCCACCACAGAACCCACCCACCAACCTCACTGTGGTCACTGTCGAA 2052
Query 2551 GGGTGCCCCTCATTTGTCATCTTGGACTGGGAAAAGCCACTAAATGACACTGTCACTGAATATGAAGTTATATC 2624
||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 2053 GGCTGCCCCTCATTTGTCATCTTGGACTGGGAAAAACCTCTAAATGACACTGTCACTGAATATGAAGTCATATC 2126
Query 2625 CAGAGAAAATGGGTCATTCAGTGGGAAGAACAAGTCCATTCAAATGACAAATCAGACATTTTCCACAGTAGAAA 2698
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||.||.||.||||||||||
Sbjct 2127 CAGAGAAAATGGGTCATTCAGTGGGAAGAACAAGTCCATTCAAATTACCAATCAAACGTTCTCTACAGTAGAAA 2200
Query 2699 ATCTGAAACCAAACACGAGTTATGAATTCCAGGTGAAACCCAAAAACCCGCTTGGTGAAGGCCCGGTCAGCAAC 2772
|.|||||||||.|.||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||.|.|||||||
Sbjct 2201 ACCTGAAACCAGATACAAGCTATGAATTCCAGGTGAAACCCAAAAATCCACTTGGTGAGGGCCCCGCCAGCAAC 2274
Query 2773 ACAGTGGCATTCAGTACTGAATCAGCGGACCCAAGAGTGAGTGAGCCAGTTTCTGCAGGAAGAGATGCCATCTG 2846
||.||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275 ACGGTAGCGTTCAGTACTGAATCAGCTGACCCAAGAGTGAGTGAGCCAATTTCTGCAGGAAGAGATGCCATCTG 2348
Query 2847 GACTGAAAGACCCTTTAATTCAGACTCTTACTCAGAGTGTAAGGGCAAACAATATGTCAAAAGGACATGGTATA 2920
||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.||.||||||||.|||||.||||||||.|||||||
Sbjct 2349 GACTGAAAGACCTTTTAACTCAGACTCTTACTCAGAATGCAAAGGCAAACAGTATGTTAAAAGGACGTGGTATA 2422
Query 2921 AAAAATTTGTAGGAGTGCAGCTGTGCAACTCTCTCAGATACAAGATTTACTTGAGCGACTCCCTCACAGGAAAA 2994
||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||.
Sbjct 2423 AAAAATTTGTCGGAGTGCAGCTATGTAACTCTCTCAGATACAAGATTTATTTGAGCGATTCCCTCACAGGCAAG 2496
Query 2995 TTTTATAACATAGGTGATCAGAGGGGCCATGGAGAAGATCACTGCCAGTTTGTGGATTCATTTTTAGATGGACG 3068
|||||.||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2497 TTTTACAACATAGGAGATCAGAGGGGCCACGGAGAAGATCACTGCCAGTTTGTGGATTCATTTTTAGATGGTCG 2570
Query 3069 CACTGGGCAGCAACTCACTTCTGACCAGTTACCAATCAAAGAAGGTTATTTCAGAGCAGTTCGCCAGGAACCTG 3142
|||.||.|||||||||||.|||||.||||||||.|.|||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||||
Sbjct 2571 CACAGGACAGCAACTCACCTCTGAACAGTTACCCACCAAAGAAGGCTATTTCAGAGCTGTTCGTCAGGAACCTG 2644
Query 3143 TCCAATTTGGAGAAATAGGTGGTCACACCCAAATCAATTATGTTCAGTGGTATGAATGTGGGACTACAATTCCT 3216
|||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||
Sbjct 2645 TCCAATTTGGAGAAATAGGTGGTCATACCCAAATCAATTATGTCCAGTGGTATGAATGTGGGACCACAATACCT 2718
Query 3217 GGAAAATGG 3225
|||||||||
Sbjct 2719 GGAAAATGG 2727