Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_07957
- Subject:
- NM_001014422.2
- Aligned Length:
- 3490
- Identities:
- 2630
- Gaps:
- 458
Alignment
Query 1 ATGCGAGGTGGCAAATGCAACATGCTCTCCAGTTTGGGGTGTCTACTTCTCTGTGGAAGTATTACACTAGCCCT 74
|||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||.||||.||.||
Sbjct 1 ---------------------ATGCTCTCCAGCCTGGGGTGTCTACTTCTCTGTGGAAGTATTGCACTTGCTCT 53
Query 75 GGGAAATGCACAGAAATTGCCAAAAGGTAAAAGGCCAAACCTCAAAGTCCACATCAATACCACAAGTGACTCCA 148
||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|.|.|||||.||||||||||||||.||.|||||||
Sbjct 54 GGGAAATGCACAGAAATTGCCAAAAGGTAAAAAGCCAAGCTTGAAAGTGCACATCAATACCACCAGCGACTCCA 127
Query 149 TCCTCTTGAAGTTCTTGCGTCCAAGTCCAAATGTAAAGCTTGAAGGTCTTCTCCTGGGATATGGCAGCAATGTA 222
||||||||||||||.|||||||||.|.||||.||||||||.||||||.|||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 128 TCCTCTTGAAGTTCCTGCGTCCAAATGCAAACGTAAAGCTGGAAGGTTTTCTCCTGGGATATGGCAGCAATGTG 201
Query 223 TCACCAAACCAGTACTTCCCTCTTCCCGCTGAAGGGAAATTCACAGAAGCTATAGTTGATGCAGAGCCGAAATA 296
||.||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||.|||.|||||||||||||||||||.||
Sbjct 202 TCTCCAAACCAGTACTTCCCTCTTCCCACAGAAGGGAAATTCACAGAGGCTGTAGTTGATGCAGAGCCGAAGTA 275
Query 297 TCTGATAGTTGTGCGACCTGCTCCACCTCCAAGTCAAAAGAAGTCATGTTCAGGTAAAACTCGTTCTCGCAAAC 370
|||||||||.||.|||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.|||.||||..|||||||||
Sbjct 276 TCTGATAGTCGTACGACCTGCTCCTCCTCCCAGCCAGAAGAAGTCATGTTCAGGGAAATCTCGCCCTCGCAAAC 349
Query 371 CTCTGCAGCTGGTGGTTGGCACTCTGACACCGAGCTCAGTCTTCCTGTCCTGGGGTTTCCTCATCAACCCACAC 444
|.||.|||||||||||.||.||..||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 350 CCCTCCAGCTGGTGGTGGGTACGTTGACACCGAGTTCTGTCTTCCTGTCCTGGGGATTCCTCATCAACCCACAC 423
Query 445 CATGACTGGACATTGCCAAGTCACTGTCCCAATGACAGATTTTATACAATTCGCTATCGAGAAAAGGATAAAGA 518
||||||||||||||||||||.||||||||||.|||||||||||||||||||||.|||.|||||||.||||||||
Sbjct 424 CATGACTGGACATTGCCAAGCCACTGTCCCAGTGACAGATTTTATACAATTCGATATAGAGAAAAAGATAAAGA 497
Query 519 AAAGAAGTGGATTTTTCAAATCTGTCCAGCCACTGAAACAATTGTGGAAAACCTAAAGCCCAACACAGTTTATG 592
||||||.||||||||||||.||||.|||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 498 AAAGAAATGGATTTTTCAACTCTGCCCAGCTACTGAAACAATTGTGGAAAATCTAAAGCCCAACACAGTTTATG 571
Query 593 AATTTGGAGTGAAAGACAATGTGGAAGGTGGAATTTGGAGTAAGATTTTCAATCACAAGACTGTTGTTGGAAGT 666
|||||||.||||||||||||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.|||||||||||
Sbjct 572 AATTTGGTGTGAAAGACAATATAGAAGGTGGAATTTGGAGTAAGATTTTCAATCATAAGACTATTGTTGGAAGT 645
Query 667 AAA---AAAGTAAATGGGAAAATCCAAAGTACCTATGACCAAGACCACACAGTGCCAGCATATGTCCCAAGGAA 737
||| ||||||||.||||||||||||||.||.||||||||.|.||||.|||||||| |||||.|||||
Sbjct 646 AAAAACAAAGTAAACGGGAAAATCCAAAGCACTTATGACCAGGTCCACTCAGTGCCA------GTCCCGAGGAA 713
Query 738 ACTAATCCCAATAACAATCATCAAGCAAGTGATTCAGAATGTTACTCACAAGGATTCAGCTAAATCCCCAGAAA 811
.|||||||||.||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||.||.||||.|.|||||||||||.|
Sbjct 714 GCTAATCCCACTAACGATCATTAAGCAAGTGATTCAGAATGTTACTCACAGGGCTTCAACCAAATCCCCAGACA 787
Query 812 AAGCTCCACTGGGAGGAGTGATACTAGTCCACCTTATTATTCCAGGTCTTAATGAAACTACTGTAAAACTTCCT 885
|..||||..|.||.|||...|||.||||.||.||.||||||||.||||||||||||.|.||||||||||||||.
Sbjct 788 AGACTCCTTTTGGGGGAACAATATTAGTTCATCTGATTATTCCGGGTCTTAATGAATCCACTGTAAAACTTCCC 861
Query 886 GCATCCCTAATGTTTGAGATTTCAGATGCACTCAAGACACAATTAGCTAAGAATGAAACCTTGGCATTACCTGC 959
.|||||.|||||.||||||||||.|||||.||||||.||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||
Sbjct 862 ACATCCATAATGCTTGAGATTTCCGATGCTCTCAAGGCACAATTAGCTAAGAATGAAACATTGGCTTTACCAGC 935
Query 960 CGAATCTAAAACACCAGAGGTTGAAAAAATCTCAGCACGACCCA-CAACAGTGACTCCTGAAACAGTTCCAAGA 1032
.||||||||||||||||||||.||||||.|..|||..| |.||| .||||||||||||.|||.|||||.|||||
Sbjct 936 AGAATCTAAAACACCAGAGGTCGAAAAATTGGCAGGGC-AGCCAGTAACAGTGACTCCGGAATCAGTTTCAAGA 1008
Query 1033 AGCACTAAACCCACTACGTCTAGTGCATTAGA-----------------TGTT----------------TCAGA 1073
||||||||.|||||...|||||||||.||||| ||.| |||||
Sbjct 1009 AGCACTAAGCCCACCCTGTCTAGTGCTTTAGACACTGCAGAGACAGCACTGGTCCTCAGTGAGAAGACGTCAGA 1082
Query 1074 AAC----------------------------------------AACACT------------------------- 1082
||| |.||||
Sbjct 1083 AACAGCCCGCTCTGTTCTAATACCTGAGTTTGAATTGCCCTTGAGCACTTTAGCTCCAAAAAGGTTCCCAGAGT 1156
Query 1083 -------------------------------------------------GGCTTCAAGTGAAAAGCCATGGATT 1107
||||||||||||..||||||||.|.
Sbjct 1157 TTCCTGAGGCAAAAACAGCCTTCCCATTGGAGAAACCTAGGGGTTCCTGGGCTTCAAGTGAGGAGCCATGGGTG 1230
Query 1108 GTGCCTACAGCTAAAATATCTGAAGATTCCAAAGTTCTGCAGCCTCAAACTGCAACTTATGATGTTTTCTCAAG 1181
||.|||..||||||||.||||||||||||||.|||..|.|||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1231 GTACCTGGAGCTAAAACATCTGAAGATTCCAGAGTCGTACAGCCTCAAACTGCAACTTATGATGTTATCTCAAG 1304
Query 1182 CCCTACAACATCAGATGAGCCTGAGATATCAGATTCCTACACAGCAACAAGTGATCGTATTCTGGATTCTATCC 1255
|.|.|||||.||.||||||.||||.||| .|||||| |||||||||||||.||||.|||||||||.|||.|||
Sbjct 1305 CTCAACAACTTCTGATGAGACTGAAATA-GAGATTC--ACACAGCAACAAGAGATCCTATTCTGGACTCTGTCC 1375
Query 1256 CACCTAAAACTTCTAGAACTCTTGAACAGCCAAGGGCAACACTGGCTCCAAGTGAAACACCATTTG-TTCCTCA 1328
||||||||||||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||..|||.|...||||| .||| |.
Sbjct 1376 CACCTAAAACTTCTAGAACTGCTGAACAGCCAAGGGCAACACTGGCTCCAATCGAAGCGTTATTTGAATCC-CG 1448
Query 1329 AAAACTGGAAATCTTTACCAGTCCAGAAATGCAGCCTACGACACCTGCTCCCCAGCAAACTACATCTATCCCTT 1402
|||..||||||||||.||||||||.|||.|||..|||||.||..|||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1449 AAATGTGGAAATCTTCACCAGTCCTGAAGTGCGACCTACAACGGCTGCTCCTCAGCAAACTACATCTATCCCTT 1522
Query 1403 CTACACCTAAACGACGCCCCCGGCCCAAACCGCCAAGAACCAAACCTGAAAGAACCACAAGTGCCGGAACAATT 1476
|.|||||.||||| |||||
Sbjct 1523 CCACACCCAAACG-------------------------------------------------------ACAAT- 1540
Query 1477 ACACCTAAAATTTCTAAAAGCCCTGAACCTACATGGACAACACCGGCTCCCGGTAAAACACAATTTATTTCTCT 1550
|||||||
Sbjct 1541 -------------------------------------CAACACC------------------------------ 1547
Query 1551 GAAACCTAAAATCCCTCTCAGCCCAGAAGTGACACACACCAAACCTGCTCCCAAGCAGAC-ACCA-CGTGCTCC 1622
.||||| |||.|| ||| |||.|||||.||||.|||||| |||| |.|| ||
Sbjct 1548 CAAACC--------------GCCAAG-AGT---------CAAGCCTGCACCCAGGCAGACAACCAGCATG--CC 1595
Query 1623 TCCTAAGC-CAAAAACATCACCACGCCCAAGAATCCCA-CAAACACAACCAGTTCCTAAGGTGCCCCAGCGTGT 1694
|||.|||| ||||| ||||||.|.||||.||.||| |||| |.|.|||||||||||||..||||.||.|..
Sbjct 1596 TCCCAAGCTCAAAA----CACCACACTCAAGGATGCCAGCAAA-AGAGCCAGTTCCTAAGGAACCCCTGCATAC 1664
Query 1695 TACTGCAAAACCAAAAACGTCACCAAGTCCAGAAGTGTCATACACCACACCTGCTCCAAAAGATGTGCTCCTTC 1768
.|||.||||.|||||||.|.||||||||||.||||||.||.||||.|||.|||.|||||||||||..|..|||.
Sbjct 1665 GACTTCAAAGCCAAAAATGCCACCAAGTCCTGAAGTGGCAGACACTACATCTGTTCCAAAAGATGAACGACTTT 1738
Query 1769 CTCATAAACCATACCCTGAGGTCTCTCAGAGCGAACCTGCTCCTCTAGAGACACGAGGCATCCCTTTTATACCC 1842
|.|.|||||||.|.||.||||||.||||.||.|||.||||.|||.||||||||||.|||||.|||.|.|||||.
Sbjct 1739 CCCTTAAACCAGATCCAGAGGTCACTCACAGTGAAACTGCACCTTTAGAGACACGGGGCATTCCTCTCATACCT 1812
Query 1843 ATGATTTCCCCAAGTCCTAGTCAAGAGGAACTACAGACCACTCTGGAAGAAACAGACCAATCCACCCAAGAACC 1916
.|||||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||.|..||||||||||||||||.||.||||||||.|.
Sbjct 1813 GTGATTTCACCAAGACCTAGTCAAGAGGAACTACAAACCGCCATGGAAGAAACAGACCAGTCTACCCAAGAGCT 1886
Query 1917 TTTCACAACTAAGATTCCACGAACAACTGAACTAGCAAAGACAACTCAGGCGCCACACAGATTTTATA---CTA 1987
.|||||.||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||.|||||||||||..||| ||.
Sbjct 1887 CTTCACGACTAAGATTCCACGAACAACTGAATTGGCAAAGACAACTCAGGCACCACACAGATTGCATACAGCTC 1960
Query 1988 CTGTGAGGCCCAGAACATCTGACAAGCCACACATCAGACCTG-------------------------------- 2029
|||||||||||||||.|.|||.||.||||||...|||.||||
Sbjct 1961 CTGTGAGGCCCAGAATACCTGGCAGGCCACATGGCAGGCCTGCTCTGAACAAAACAACTACAAGGCCTGATAAA 2034
Query 2030 ------------GGG-------------------------------TCAAGCAAGCACCCAGGCCATCAGGTGC 2060
||| .||||||||||||.|.||||.||.||.|
Sbjct 2035 ACCAAACCCAGAGGGACGTCCCATAAAAACGGAGTAGGAACAGGAACCAAGCAAGCACCTAAGCCACCAAGTCC 2108
Query 2061 TGATAGAAATGTATCAGTGGACTCTACCCACCCCACTAAAAAGC------------CAGGGACTCGCCGCCCAC 2122
||..|||||||..|||||||| |.|.||..||||.|.|||.| |||||||.||.||.||||
Sbjct 2109 TGGGAGAAATGCGTCAGTGGA---TTCACATGCCACAAGAAAACCAGGCTCAGTCTCAGGGACGCGTCGTCCAC 2179
Query 2123 CCTTGCCACCCAGAC---------CTACACAC-------CCACGA-AGAAAACCTTTACCACCAAATAATGTCA 2179
||.|.||||..||.| |||.|| | ||| || ||||..||||||||.||.||||||||||
Sbjct 2180 CCATACCACATAGGCATTCGTCCACTAGAC-CTGTGTCTCCA-GAGAGAAGGCCTTTACCCCCGAATAATGTCA 2251
Query 2180 CTGGAAAGCCAGGAAGTGCAGGAATCATTTCATCAGGCCCAATAACTACACCACCCCTGAGGTCAACAC-CCAG 2252
|.||.|||||||||.||||.|||||..||||.||..|||...||||..|.||||||||||.|.|||||| |||
Sbjct 2252 CCGGGAAGCCAGGACGTGCGGGAATTGTTTCCTCCAGCCGGGTAACGTCCCCACCCCTGAAGGCAACACTCCA- 2324
Query 2253 GCCTACTGGAACTCCCTTGGAGAGAATAGAGACAGATATAAAGCAACCAACAGTTCCTGCCTCTGGAGAAGAAC 2326
.||||..|||||..||...|.||||..||.|.||||...||||.|||||||.|.||||||.||.|.||||||..
Sbjct 2325 CCCTATCGGAACAGCCACAGCGAGACCAGGGGCAGAACAAAAGGAACCAACTGCTCCTGCTTCAGAAGAAGAGT 2398
Query 2327 TGGAAAATATAACTGACTTTAGCTCAAG-CCCAACAAGAGAAACTGATCCTCTTGGGAAGCCAAGATTCAAAGG 2399
|.|..|.||.|||||||||.||.||||| ||||.||| ||||||||||||.|||||||||||.||.||||.|||
Sbjct 2399 TTGGTACTACAACTGACTTCAGTTCAAGTCCCACCAA-AGAAACTGATCCCCTTGGGAAGCCCAGGTTCATAGG 2471
Query 2400 ACCTCATGTGCGATACATCCAAAAGCCTGACAACAGTCCCTGCTCCATTACTGACTCTGTCAAACGGTTCCCCA 2473
.||.|||||||||||.||||.|||||||||.||||..|||||.|||||.||||||||.||||.|||||||||.|
Sbjct 2472 TCCCCATGTGCGATATATCCCAAAGCCTGAAAACAAGCCCTGTTCCATCACTGACTCAGTCAGACGGTTCCCTA 2545
Query 2474 AAGAGGAGGCCACAGAGGGGAATGCCACCAGCCCACCACAGAACCCACCCACCAACCTCACTGTGGTCACCGTG 2547
.||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.
Sbjct 2546 CAGAGGAAGCCACGGAGGGGAATGCCACCAGCCCACCACAGAACCCACCCACCAACCTCACTGTGGTCACTGTC 2619
Query 2548 GAAGGGTGCCCCTCATTTGTCATCTTGGACTGGGAAAAGCCACTAAATGACACTGTCACTGAATATGAAGTTAT 2621
|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2620 GAAGGCTGCCCCTCATTTGTCATCTTGGACTGGGAAAAACCTCTAAATGACACTGTCACTGAATATGAAGTCAT 2693
Query 2622 ATCCAGAGAAAATGGGTCATTCAGTGGGAAGAACAAGTCCATTCAAATGACAAATCAGACATTTTCCACAGTAG 2695
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||.||.||.|||||||
Sbjct 2694 ATCCAGAGAAAATGGGTCATTCAGTGGGAAGAACAAGTCCATTCAAATTACCAATCAAACGTTCTCTACAGTAG 2767
Query 2696 AAAATCTGAAACCAAACACGAGTTATGAATTCCAGGTGAAACCCAAAAACCCGCTTGGTGAAGGCCCGGTCAGC 2769
||||.|||||||||.|.||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||.|.||||
Sbjct 2768 AAAACCTGAAACCAGATACAAGCTATGAATTCCAGGTGAAACCCAAAAATCCACTTGGTGAGGGCCCCGCCAGC 2841
Query 2770 AACACAGTGGCATTCAGTACTGAATCAGCGGACCCAAGAGTGAGTGAGCCAGTTTCTGCAGGAAGAGATGCCAT 2843
|||||.||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 2842 AACACGGTAGCGTTCAGTACTGAATCAGCTGACCCAAGAGTGAGTGAGCCAATTTCTGCAGGAAGAGATGCCAT 2915
Query 2844 CTGGACTGAAAGACCCTTTAATTCAGACTCTTACTCAGAGTGTAAGGGCAAACAATATGTCAAAAGGACATGGT 2917
|||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.||.||||||||.|||||.||||||||.||||
Sbjct 2916 CTGGACTGAAAGACCTTTTAACTCAGACTCTTACTCAGAATGCAAAGGCAAACAGTATGTTAAAAGGACGTGGT 2989
Query 2918 ATAAAAAATTTGTAGGAGTGCAGCTGTGCAACTCTCTCAGATACAAGATTTACTTGAGCGACTCCCTCACAGGA 2991
|||||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.
Sbjct 2990 ATAAAAAATTTGTCGGAGTGCAGCTATGTAACTCTCTCAGATACAAGATTTATTTGAGCGATTCCCTCACAGGC 3063
Query 2992 AAATTTTATAACATAGGTGATCAGAGGGGCCATGGAGAAGATCACTGCCAGTTTGTGGATTCATTTTTAGATGG 3065
||.|||||.||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3064 AAGTTTTACAACATAGGAGATCAGAGGGGCCACGGAGAAGATCACTGCCAGTTTGTGGATTCATTTTTAGATGG 3137
Query 3066 ACGCACTGGGCAGCAACTCACTTCTGACCAGTTACCAATCAAAGAAGGTTATTTCAGAGCAGTTCGCCAGGAAC 3139
.|||||.||.|||||||||||.|||||.||||||||.|.|||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||
Sbjct 3138 TCGCACAGGACAGCAACTCACCTCTGAACAGTTACCCACCAAAGAAGGCTATTTCAGAGCTGTTCGTCAGGAAC 3211
Query 3140 CTGTCCAATTTGGAGAAATAGGTGGTCACACCCAAATCAATTATGTTCAGTGGTATGAATGTGGGACTACAATT 3213
||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.
Sbjct 3212 CTGTCCAATTTGGAGAAATAGGTGGTCATACCCAAATCAATTATGTCCAGTGGTATGAATGTGGGACCACAATA 3285
Query 3214 CCTGGAAAATGG 3225
||||||||||||
Sbjct 3286 CCTGGAAAATGG 3297