Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07957
• Subject: NM_001349332.1
• Aligned Length: 3300
• Identities: 3224
• Gaps: 75

Alignment

Query    1  ATGCGAGGTGGCAAATGCAACATGCTCTCCAGTTTGGGGTGTCTACTTCTCTGTGGAAGTATTACACTAGCCCT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCGAGGTGGCAAATGCAACATGCTCTCCAGTTTGGGGTGTCTACTTCTCTGTGGAAGTATTACACTAGCCCT  74

Query   75  GGGAAATGCACAGAAATTGCCAAAAGGTAAAAGGCCAAACCTCAAAGTCCACATCAATACCACAAGTGACTCCA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGGAAATGCACAGAAATTGCCAAAAGGTAAAAGGCCAAACCTCAAAGTCCACATCAATACCACAAGTGACTCCA  148

Query  149  TCCTCTTGAAGTTCTTGCGTCCAAGTCCAAATGTAAAGCTTGAAGGTCTTCTCCTGGGATATGGCAGCAATGTA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TCCTCTTGAAGTTCTTGCGTCCAAGTCCAAATGTAAAGCTTGAAGGTCTTCTCCTGGGATATGGCAGCAATGTA  222

Query  223  TCACCAAACCAGTACTTCCCTCTTCCCGCTGAAGGGAAATTCACAGAAGCTATAGTTGATGCAGAGCCGAAATA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TCACCAAACCAGTACTTCCCTCTTCCCGCTGAAGGGAAATTCACAGAAGCTATAGTTGATGCAGAGCCGAAATA  296

Query  297  TCTGATAGTTGTGCGACCTGCTCCACCTCCAAGTCAAAAGAAGTCATGTTCAGGTAAAACTCGTTCTCGCAAAC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TCTGATAGTTGTGCGACCTGCTCCACCTCCAAGTCAAAAGAAGTCATGTTCAGGTAAAACTCGTTCTCGCAAAC  370

Query  371  CTCTGCAGCTGGTGGTTGGCACTCTGACACCGAGCTCAGTCTTCCTGTCCTGGGGTTTCCTCATCAACCCACAC  444
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CTCTGCAGCTGGTGGTTGGCACTCTGACACCGAGCTCGGTCTTCCTGTCCTGGGGTTTCCTCATCAACCCACAC  444

Query  445  CATGACTGGACATTGCCAAGTCACTGTCCCAATGACAGATTTTATACAATTCGCTATCGAGAAAAGGATAAAGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CATGACTGGACATTGCCAAGTCACTGTCCCAATGACAGATTTTATACAATTCGCTATCGAGAAAAGGATAAAGA  518

Query  519  AAAGAAGTGGATTTTTCAAATCTGTCCAGCCACTGAAACAATTGTGGAAAACCTAAAGCCCAACACAGTTTATG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AAAGAAGTGGATTTTTCAAATCTGTCCAGCCACTGAAACAATTGTGGAAAACCTAAAGCCCAACACAGTTTATG  592

Query  593  AATTTGGAGTGAAAGACAATGTGGAAGGTGGAATTTGGAGTAAGATTTTCAATCACAAGACTGTTGTTGGAAGT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AATTTGGAGTGAAAGACAATGTGGAAGGTGGAATTTGGAGTAAGATTTTCAATCACAAGACTGTTGTTGGAAGT  666

Query  667  AAAAAAGTAAATGGGAAAATCCAAAGTACCTATGACCAAGACCACACAGTGCCAGCATATGTCCCAAGGAAACT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AAAAAAGTAAATGGGAAAATCCAAAGTACCTATGACCAAGACCACACAGTGCCAGCATATGTCCCAAGGAAACT  740

Query  741  AATCCCAATAACAATCATCAAGCAAGTGATTCAGAATGTTACTCACAAGGATTCAGCTAAATCCCCAGAAAAAG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AATCCCAATAACAATCATCAAGCAAGTGATTCAGAATGTTACTCACAAGGATTCAGCTAAATCCCCAGAAAAAG  814

Query  815  CTCCACTGGGAGGAGTGATACTAGTCCACCTTATTATTCCAGGTCTTAATGAAACTACTGTAAAACTTCCTGCA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CTCCACTGGGAGGAGTGATACTAGTCCACCTTATTATTCCAGGTCTTAATGAAACTACTGTAAAACTTCCTGCA  888

Query  889  TCCCTAATGTTTGAGATTTCAGATGCACTCAAGACACAATTAGCTAAGAATGAAACCTTGGCATTACCTGCCGA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TCCCTAATGTTTGAGATTTCAGATGCACTCAAGACACAATTAGCTAAGAATGAAACCTTGGCATTACCTGCCGA  962

Query  963  ATCTAAAACACCAGAGGTTGAAAAAATCTCAGCACGACCCACAACAGTGACTCCTGAAACAGTTCCAAGAAGCA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  ATCTAAAACACCAGAGGTTGAAAAAATCTCAGCACGACCCACAACAGTGACTCCTGAAACAGTTCCAAGAAGCA  1036

Query 1037  CTAAACCCACTACGTCTAGTGCATTAGATGTTTCAGAAACAACACTGGCTTCAAGTGAAAAGCCATGGATTGTG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CTAAACCCACTACGTCTAGTGCATTAGATGTTTCAGAAACAACACTGGCTTCAAGTGAAAAGCCATGGATTGTG  1110

Query 1111  CCTACAGCTAAAATATCTGAAGATTCCAAAGTTCTGCAGCCTCAAACTGCAACTTATGATGTTTTCTCAAGCCC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CCTACAGCTAAAATATCTGAAGATTCCAAAGTTCTGCAGCCTCAAACTGCAACTTATGATGTTTTCTCAAGCCC  1184

Query 1185  TACAACATCAGATGAGCCTGAGATATCAGATTCCTACACAGCAACAAGTGATCGTATTCTGGATTCTATCCCAC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TACAACATCAGATGAGCCTGAGATATCAGATTCCTACACAGCAACAAGTGATCGTATTCTGGATTCTATCCCAC  1258

Query 1259  CTAAAACTTCTAGAACTCTTGAACAGCCAAGGGCAACACTGGCTCCAAGTGAAACACCATTTGTTCCTCAAAAA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CTAAAACTTCTAGAACTCTTGAACAGCCAAGGGCAACACTGGCTCCAAGTGAAACACCATTTGTTCCTCAAAAA  1332

Query 1333  CTGGAAATCTTTACCAGTCCAGAAATGCAGCCTACGACACCTGCTCCCCAGCAAACTACATCTATCCCTTCTAC  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CTGGAAATCTTTACCAGTCCAGAAATGCAGCCTACGACACCTGCTCCCCAGCAAACTACATCTATCCCTTCTAC  1406

Query 1407  ACCTAAACGACGCCCCCGGCCCAAACCGCCAAGAACCAAACCTGAAAGAACCACAAGTGCCGGAACAATTACAC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  ACCTAAACGACGCCCCCGGCCCAAACCGCCAAGAACCAAACCTGAAAGAACCACAAGTGCCGGAACAATTACAC  1480

Query 1481  CTAAAATTTCTAAAAGCCCTGAACCTACATGGACAACACCGGCTCCCGGTAAAACACAATTTATTTCTCTGAAA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CTAAAATTTCTAAAAGCCCTGAACCTACATGGACAACACCGGCTCCCGGTAAAACACAATTTATTTCTCTGAAA  1554

Query 1555  CCTAAAATCCCTCTCAGCCCAGAAGTGACACACACCAAACCTGCTCCCAAGCAGACACCACGTGCTCCTCCTAA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CCTAAAATCCCTCTCAGCCCAGAAGTGACACACACCAAACCTGCTCCCAAGCAGACACCACGTGCTCCTCCTAA  1628

Query 1629  GCCAAAAACATCACCACGCCCAAGAATCCCACAAACACAACCAGTTCCTAAGGTGCCCCAGCGTGTTACTGCAA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GCCAAAAACATCACCACGCCCAAGAATCCCACAAACACAACCAGTTCCTAAGGTGCCCCAGCGTGTTACTGCAA  1702

Query 1703  AACCAAAAACGTCACCAAGTCCAGAAGTGTCATACACCACACCTGCTCCAAAAGATGTGCTCCTTCCTCATAAA  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AACCAAAAACGTCACCAAGTCCAGAAGTGTCATACACCACACCTGCTCCAAAAGATGTGCTCCTTCCTCATAAA  1776

Query 1777  CCATACCCTGAGGTCTCTCAGAGCGAACCTGCTCCTCTAGAGACACGAGGCATCCCTTTTATACCCATGATTTC  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  CCATACCCTGAGGTCTCTCAGAGCGAACCTGCTCCTCTAGAGACACGAGGCATCCCTTTTATACCCATGATTTC  1850

Query 1851  CCCAAGTCCTAGTCAAGAGGAACTACAGACCACTCTGGAAGAAACAGACCAATCCACCCAAGAACCTTTCACAA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  CCCAAGTCCTAGTCAAGAGGAACTACAGACCACTCTGGAAGAAACAGACCAATCCACCCAAGAACCTTTCACAA  1924

Query 1925  CTAAGATTCCACGAACAACTGAACTAGCAAAGACAACTCAGGCGCCACACAGATTTTATACTACTGTGAGGCCC  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  CTAAGATTCCACGAACAACTGAACTAGCAAAGACAACTCAGGCGCCACACAGATTTTATACTACTGTGAGGCCC  1998

Query 1999  AGAACATCTGACAAGCCACACATCAGACCT--------------------------------------------  2028
            ||||||||||||||||||||||||||||||                                            
Sbjct 1999  AGAACATCTGACAAGCCACACATCAGACCTGTTCTGAATAGGACAACTACAAGACCTACTAGGCCCAAACCCAG  2072

Query 2029  -------------------------------GGGGTCAAGCAAGCACCCAGGCCATCAGGTGCTGATAGAAATG  2071
                                           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  TGGGATGCCCAGTGGGAATGGAGTGGGAACAGGGGTCAAGCAAGCACCCAGGCCATCAGGTGCTGATAGAAATG  2146

Query 2072  TATCAGTGGACTCTACCCACCCCACTAAAAAGCCAGGGACTCGCCGCCCACCCTTGCCACCCAGACCTACACAC  2145
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  TATCAGTGGACTCTACCCACCCCACTAAAAAGCCAGGGACTCGCCGCCCACCCTTGCCACCCAGACCTACACAC  2220

Query 2146  CCACGAAGAAAACCTTTACCACCAAATAATGTCACTGGAAAGCCAGGAAGTGCAGGAATCATTTCATCAGGCCC  2219
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  CCACGAAGAAAACCTTTACCACCAAATAATGTCACTGGAAAGCCAGGAAGTGCAGGAATCATTTCATCAGGCCC  2294

Query 2220  AATAACTACACCACCCCTGAGGTCAACACCCAGGCCTACTGGAACTCCCTTGGAGAGAATAGAGACAGATATAA  2293
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  AATAACTACACCACCCCTGAGGTCAACACCCAGGCCTACTGGAACTCCCTTGGAGAGAATAGAGACAGATATAA  2368

Query 2294  AGCAACCAACAGTTCCTGCCTCTGGAGAAGAACTGGAAAATATAACTGACTTTAGCTCAAGCCCAACAAGAGAA  2367
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  AGCAACCAACAGTTCCTGCCTCTGGAGAAGAACTGGAAAATATAACTGACTTTAGCTCAAGCCCAACAAGAGAA  2442

Query 2368  ACTGATCCTCTTGGGAAGCCAAGATTCAAAGGACCTCATGTGCGATACATCCAAAAGCCTGACAACAGTCCCTG  2441
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  ACTGATCCTCTTGGGAAGCCAAGATTCAAAGGACCTCATGTGCGATACATCCAAAAGCCTGACAACAGTCCCTG  2516

Query 2442  CTCCATTACTGACTCTGTCAAACGGTTCCCCAAAGAGGAGGCCACAGAGGGGAATGCCACCAGCCCACCACAGA  2515
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  CTCCATTACTGACTCTGTCAAACGGTTCCCCAAAGAGGAGGCCACAGAGGGGAATGCCACCAGCCCACCACAGA  2590

Query 2516  ACCCACCCACCAACCTCACTGTGGTCACCGTGGAAGGGTGCCCCTCATTTGTCATCTTGGACTGGGAAAAGCCA  2589
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  ACCCACCCACCAACCTCACTGTGGTCACCGTGGAAGGGTGCCCCTCATTTGTCATCTTGGACTGGGAAAAGCCA  2664

Query 2590  CTAAATGACACTGTCACTGAATATGAAGTTATATCCAGAGAAAATGGGTCATTCAGTGGGAAGAACAAGTCCAT  2663
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  CTAAATGACACTGTCACTGAATATGAAGTTATATCCAGAGAAAATGGGTCATTCAGTGGGAAGAACAAGTCCAT  2738

Query 2664  TCAAATGACAAATCAGACATTTTCCACAGTAGAAAATCTGAAACCAAACACGAGTTATGAATTCCAGGTGAAAC  2737
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  TCAAATGACAAATCAGACATTTTCCACAGTAGAAAATCTGAAACCAAACACGAGTTATGAATTCCAGGTGAAAC  2812

Query 2738  CCAAAAACCCGCTTGGTGAAGGCCCGGTCAGCAACACAGTGGCATTCAGTACTGAATCAGCGGACCCAAGAGTG  2811
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  CCAAAAACCCGCTTGGTGAAGGCCCGGTCAGCAACACAGTGGCATTCAGTACTGAATCAGCGGACCCAAGAGTG  2886

Query 2812  AGTGAGCCAGTTTCTGCAGGAAGAGATGCCATCTGGACTGAAAGACCCTTTAATTCAGACTCTTACTCAGAGTG  2885
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  AGTGAGCCAGTTTCTGCAGGAAGAGATGCCATCTGGACTGAAAGACCCTTTAATTCAGACTCTTACTCAGAGTG  2960

Query 2886  TAAGGGCAAACAATATGTCAAAAGGACATGGTATAAAAAATTTGTAGGAGTGCAGCTGTGCAACTCTCTCAGAT  2959
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  TAAGGGCAAACAATATGTCAAAAGGACATGGTATAAAAAATTTGTAGGAGTGCAGCTGTGCAACTCTCTCAGAT  3034

Query 2960  ACAAGATTTACTTGAGCGACTCCCTCACAGGAAAATTTTATAACATAGGTGATCAGAGGGGCCATGGAGAAGAT  3033
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  ACAAGATTTACTTGAGCGACTCCCTCACAGGAAAATTTTATAACATAGGTGATCAGAGGGGCCATGGAGAAGAT  3108

Query 3034  CACTGCCAGTTTGTGGATTCATTTTTAGATGGACGCACTGGGCAGCAACTCACTTCTGACCAGTTACCAATCAA  3107
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  CACTGCCAGTTTGTGGATTCATTTTTAGATGGACGCACTGGGCAGCAACTCACTTCTGACCAGTTACCAATCAA  3182

Query 3108  AGAAGGTTATTTCAGAGCAGTTCGCCAGGAACCTGTCCAATTTGGAGAAATAGGTGGTCACACCCAAATCAATT  3181
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183  AGAAGGTTATTTCAGAGCAGTTCGCCAGGAACCTGTCCAATTTGGAGAAATAGGTGGTCACACCCAAATCAATT  3256

Query 3182  ATGTTCAGTGGTATGAATGTGGGACTACAATTCCTGGAAAATGG  3225
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257  ATGTTCAGTGGTATGAATGTGGGACTACAATTCCTGGAAAATGG  3300