Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroad304_07957
Subject:
NM_178790.4
Aligned Length:
3490
Identities:
2585
Gaps:
518

Alignment

Query    1  ATGCGAGGTGGCAAATGCAACATGCTCTCCAGTTTGGGGTGTCTACTTCTCTGTGGAAGTATTACACTAGCCCT  74
                                 |||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||.||||.||.||
Sbjct    1  ---------------------ATGCTCTCCAGCCTGGGGTGTCTACTTCTCTGTGGAAGTATTGCACTTGCTCT  53

Query   75  GGGAAATGCACAGAAATTGCCAAAAGGTAAAAGGCCAAACCTCAAAGTCCACATCAATACCACAAGTGACTCCA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|.|.|||||.||||||||||||||.||.|||||||
Sbjct   54  GGGAAATGCACAGAAATTGCCAAAAGGTAAAAAGCCAAGCTTGAAAGTGCACATCAATACCACCAGCGACTCCA  127

Query  149  TCCTCTTGAAGTTCTTGCGTCCAAGTCCAAATGTAAAGCTTGAAGGTCTTCTCCTGGGATATGGCAGCAATGTA  222
            ||||||||||||||.|||||||||.|.||||.||||||||.||||||.|||||||||||||||||||||||||.
Sbjct  128  TCCTCTTGAAGTTCCTGCGTCCAAATGCAAACGTAAAGCTGGAAGGTTTTCTCCTGGGATATGGCAGCAATGTG  201

Query  223  TCACCAAACCAGTACTTCCCTCTTCCCGCTGAAGGGAAATTCACAGAAGCTATAGTTGATGCAGAGCCGAAATA  296
            ||.||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||.|||.|||||||||||||||||||.||
Sbjct  202  TCTCCAAACCAGTACTTCCCTCTTCCCACAGAAGGGAAATTCACAGAGGCTGTAGTTGATGCAGAGCCGAAGTA  275

Query  297  TCTGATAGTTGTGCGACCTGCTCCACCTCCAAGTCAAAAGAAGTCATGTTCAGGTAAAACTCGTTCTCGCAAAC  370
            |||||||||.||.|||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.|||.||||..|||||||||
Sbjct  276  TCTGATAGTCGTACGACCTGCTCCTCCTCCCAGCCAGAAGAAGTCATGTTCAGGGAAATCTCGCCCTCGCAAAC  349

Query  371  CTCTGCAGCTGGTGGTTGGCACTCTGACACCGAGCTCAGTCTTCCTGTCCTGGGGTTTCCTCATCAACCCACAC  444
            |.||.|||||||||||.||.||..||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  350  CCCTCCAGCTGGTGGTGGGTACGTTGACACCGAGTTCTGTCTTCCTGTCCTGGGGATTCCTCATCAACCCACAC  423

Query  445  CATGACTGGACATTGCCAAGTCACTGTCCCAATGACAGATTTTATACAATTCGCTATCGAGAAAAGGATAAAGA  518
            ||||||||||||||||||||.||||||||||.|||||||||||||||||||||.|||.|||||||.||||||||
Sbjct  424  CATGACTGGACATTGCCAAGCCACTGTCCCAGTGACAGATTTTATACAATTCGATATAGAGAAAAAGATAAAGA  497

Query  519  AAAGAAGTGGATTTTTCAAATCTGTCCAGCCACTGAAACAATTGTGGAAAACCTAAAGCCCAACACAGTTTATG  592
            ||||||.||||||||||||.||||.|||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  498  AAAGAAATGGATTTTTCAACTCTGCCCAGCTACTGAAACAATTGTGGAAAATCTAAAGCCCAACACAGTTTATG  571

Query  593  AATTTGGAGTGAAAGACAATGTGGAAGGTGGAATTTGGAGTAAGATTTTCAATCACAAGACTGTTGTTGGAAGT  666
            |||||||.||||||||||||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.|||||||||||
Sbjct  572  AATTTGGTGTGAAAGACAATATAGAAGGTGGAATTTGGAGTAAGATTTTCAATCATAAGACTATTGTTGGAAGT  645

Query  667  AAA---AAAGTAAATGGGAAAATCCAAAGTACCTATGACCAAGACCACACAGTGCCAGCATATGTCCCAAGGAA  737
            |||   ||||||||.||||||||||||||.||.||||||||.|.||||.||||||||      |||||.|||||
Sbjct  646  AAAAACAAAGTAAACGGGAAAATCCAAAGCACTTATGACCAGGTCCACTCAGTGCCA------GTCCCGAGGAA  713

Query  738  ACTAATCCCAATAACAATCATCAAGCAAGTGATTCAGAATGTTACTCACAAGGATTCAGCTAAATCCCCAGAAA  811
            .|||||||||.||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||.||.||||.|.|||||||||||.|
Sbjct  714  GCTAATCCCACTAACGATCATTAAGCAAGTGATTCAGAATGTTACTCACAGGGCTTCAACCAAATCCCCAGACA  787

Query  812  AAGCTCCACTGGGAGGAGTGATACTAGTCCACCTTATTATTCCAGGTCTTAATGAAACTACTGTAAAACTTCCT  885
            |..||||..|.||.|||...|||.||||.||.||.||||||||.||||||||||||.|.||||||||||||||.
Sbjct  788  AGACTCCTTTTGGGGGAACAATATTAGTTCATCTGATTATTCCGGGTCTTAATGAATCCACTGTAAAACTTCCC  861

Query  886  GCATCCCTAATGTTTGAGATTTCAGATGCACTCAAGACACAATTAGCTAAGAATGAAACCTTGGCATTACCTGC  959
            .|||||.|||||.||||||||||.|||||.||||||.||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||
Sbjct  862  ACATCCATAATGCTTGAGATTTCCGATGCTCTCAAGGCACAATTAGCTAAGAATGAAACATTGGCTTTACCAGC  935

Query  960  CGAATCTAAAACACCAGAGGTTGAAAAAATCTCAGCACGACCCA-CAACAGTGACTCCTGAAACAGTTCCAAGA  1032
            .||||||||||||||||||||.||||||.|..|||..| |.||| .||||||||||||.|||.|||||.|||||
Sbjct  936  AGAATCTAAAACACCAGAGGTCGAAAAATTGGCAGGGC-AGCCAGTAACAGTGACTCCGGAATCAGTTTCAAGA  1008

Query 1033  AGCACTAAACCCACTACGTCTAGTGCATTAGA-----------------TGTT----------------TCAGA  1073
            ||||||||.|||||...|||||||||.|||||                 ||.|                |||||
Sbjct 1009  AGCACTAAGCCCACCCTGTCTAGTGCTTTAGACACTGCAGAGACAGCACTGGTCCTCAGTGAGAAGACGTCAGA  1082

Query 1074  AAC----------------------------------------AACACT-------------------------  1082
            |||                                        |.||||                         
Sbjct 1083  AACAGCCCGCTCTGTTCTAATACCTGAGTTTGAATTGCCCTTGAGCACTTTAGCTCCAAAAAGGTTCCCAGAGT  1156

Query 1083  -------------------------------------------------GGCTTCAAGTGAAAAGCCATGGATT  1107
                                                             ||||||||||||..||||||||.|.
Sbjct 1157  TTCCTGAGGCAAAAACAGCCTTCCCATTGGAGAAACCTAGGGGTTCCTGGGCTTCAAGTGAGGAGCCATGGGTG  1230

Query 1108  GTGCCTACAGCTAAAATATCTGAAGATTCCAAAGTTCTGCAGCCTCAAACTGCAACTTATGATGTTTTCTCAAG  1181
            ||.|||..||||||||.||||||||||||||.|||..|.|||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1231  GTACCTGGAGCTAAAACATCTGAAGATTCCAGAGTCGTACAGCCTCAAACTGCAACTTATGATGTTATCTCAAG  1304

Query 1182  CCCTACAACATCAGATGAGCCTGAGATATCAGATTCCTACACAGCAACAAGTGATCGTATTCTGGATTCTATCC  1255
            |.|.|||||.||.||||||.||||.||| .||||||  |||||||||||||.||||.|||||||||.|||.|||
Sbjct 1305  CTCAACAACTTCTGATGAGACTGAAATA-GAGATTC--ACACAGCAACAAGAGATCCTATTCTGGACTCTGTCC  1375

Query 1256  CACCTAAAACTTCTAGAACTCTTGAACAGCCAAGGGCAACACTGGCTCCAAGTGAAACACCATTTG-TTCCTCA  1328
            ||||||||||||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||..|||.|...||||| .||| |.
Sbjct 1376  CACCTAAAACTTCTAGAACTGCTGAACAGCCAAGGGCAACACTGGCTCCAATCGAAGCGTTATTTGAATCC-CG  1448

Query 1329  AAAACTGGAAATCTTTACCAGTCCAGAAATGCAGCCTACGACACCTGCTCCCCAGCAAACTACATCTATCCCTT  1402
            |||..||||||||||.||||||||.|||.|||..|||||.||..|||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1449  AAATGTGGAAATCTTCACCAGTCCTGAAGTGCGACCTACAACGGCTGCTCCTCAGCAAACTACATCTATCCCTT  1522

Query 1403  CTACACCTAAACGACGCCCCCGGCCCAAACCGCCAAGAACCAAACCTGAAAGAACCACAAGTGCCGGAACAATT  1476
            |.|||||.|||||                                                       ||||| 
Sbjct 1523  CCACACCCAAACG-------------------------------------------------------ACAAT-  1540

Query 1477  ACACCTAAAATTTCTAAAAGCCCTGAACCTACATGGACAACACCGGCTCCCGGTAAAACACAATTTATTTCTCT  1550
                                                 |||||||                              
Sbjct 1541  -------------------------------------CAACACC------------------------------  1547

Query 1551  GAAACCTAAAATCCCTCTCAGCCCAGAAGTGACACACACCAAACCTGCTCCCAAGCAGAC-ACCA-CGTGCTCC  1622
            .|||||              |||.|| |||         |||.|||||.||||.|||||| |||| |.||  ||
Sbjct 1548  CAAACC--------------GCCAAG-AGT---------CAAGCCTGCACCCAGGCAGACAACCAGCATG--CC  1595

Query 1623  TCCTAAGC-CAAAAACATCACCACGCCCAAGAATCCCA-CAAACACAACCAGTTCCTAAGGTGCCCCAGCGTGT  1694
            |||.|||| |||||    ||||||.|.||||.||.||| |||| |.|.|||||||||||||..||||.||.|..
Sbjct 1596  TCCCAAGCTCAAAA----CACCACACTCAAGGATGCCAGCAAA-AGAGCCAGTTCCTAAGGAACCCCTGCATAC  1664

Query 1695  TACTGCAAAACCAAAAACGTCACCAAGTCCAGAAGTGTCATACACCACACCTGCTCCAAAAGATGTGCTCCTTC  1768
            .|||.||||.|||||||.|.||||||||||.||||||.||.||||.||                          
Sbjct 1665  GACTTCAAAGCCAAAAATGCCACCAAGTCCTGAAGTGGCAGACACTAC--------------------------  1712

Query 1769  CTCATAAACCATACCCTGAGGTCTCTCAGAGCGAACCTGCTCCTCTAGAGACACGAGGCATCCCTTTTATACCC  1842
                                              |.||||.|||.||||||||||.|||||.|||.|.|||||.
Sbjct 1713  ----------------------------------ATCTGCACCTTTAGAGACACGGGGCATTCCTCTCATACCT  1752

Query 1843  ATGATTTCCCCAAGTCCTAGTCAAGAGGAACTACAGACCACTCTGGAAGAAACAGACCAATCCACCCAAGAACC  1916
            .|||||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||.|..||||||||||||||||.||.||||||||.|.
Sbjct 1753  GTGATTTCACCAAGACCTAGTCAAGAGGAACTACAAACCGCCATGGAAGAAACAGACCAGTCTACCCAAGAGCT  1826

Query 1917  TTTCACAACTAAGATTCCACGAACAACTGAACTAGCAAAGACAACTCAGGCGCCACACAGATTTTATA---CTA  1987
            .|||||.||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||.|||||||||||..|||   ||.
Sbjct 1827  CTTCACGACTAAGATTCCACGAACAACTGAATTGGCAAAGACAACTCAGGCACCACACAGATTGCATACAGCTC  1900

Query 1988  CTGTGAGGCCCAGAACATCTGACAAGCCACACATCAGACCTG--------------------------------  2029
            |||||||||||||||.|.|||.||.||||||...|||.||||                                
Sbjct 1901  CTGTGAGGCCCAGAATACCTGGCAGGCCACATGGCAGGCCTGCTCTGAACAAAACAACTACAAGGCCTGATAAA  1974

Query 2030  ------------GGG-------------------------------TCAAGCAAGCACCCAGGCCATCAGGTGC  2060
                        |||                               .||||||||||||.|.||||.||.||.|
Sbjct 1975  ACCAAACCCAGAGGGACGTCCCATAAAAACGGAGTAGGAACAGGAACCAAGCAAGCACCTAAGCCACCAAGTCC  2048

Query 2061  TGATAGAAATGTATCAGTGGACTCTACCCACCCCACTAAAAAGC------------CAGGGACTCGCCGCCCAC  2122
            ||..|||||||..||||||||   |.|.||..||||.|.|||.|            |||||||.||.||.||||
Sbjct 2049  TGGGAGAAATGCGTCAGTGGA---TTCACATGCCACAAGAAAACCAGGCTCAGTCTCAGGGACGCGTCGTCCAC  2119

Query 2123  CCTTGCCACCCAGAC---------CTACACAC-------CCACGA-AGAAAACCTTTACCACCAAATAATGTCA  2179
            ||.|.||||..||.|         |||.|| |       ||| || ||||..||||||||.||.||||||||||
Sbjct 2120  CCATACCACATAGGCATTCGTCCACTAGAC-CTGTGTCTCCA-GAGAGAAGGCCTTTACCCCCGAATAATGTCA  2191

Query 2180  CTGGAAAGCCAGGAAGTGCAGGAATCATTTCATCAGGCCCAATAACTACACCACCCCTGAGGTCAACAC-CCAG  2252
            |.||.|||||||||.||||.|||||..||||.||..|||...||||..|.||||||||||.|.|||||| ||| 
Sbjct 2192  CCGGGAAGCCAGGACGTGCGGGAATTGTTTCCTCCAGCCGGGTAACGTCCCCACCCCTGAAGGCAACACTCCA-  2264

Query 2253  GCCTACTGGAACTCCCTTGGAGAGAATAGAGACAGATATAAAGCAACCAACAGTTCCTGCCTCTGGAGAAGAAC  2326
            .||||..|||||..||...|.||||..||.|.||||...||||.|||||||.|.||||||.||.|.||||||..
Sbjct 2265  CCCTATCGGAACAGCCACAGCGAGACCAGGGGCAGAACAAAAGGAACCAACTGCTCCTGCTTCAGAAGAAGAGT  2338

Query 2327  TGGAAAATATAACTGACTTTAGCTCAAG-CCCAACAAGAGAAACTGATCCTCTTGGGAAGCCAAGATTCAAAGG  2399
            |.|..|.||.|||||||||.||.||||| ||||.||| ||||||||||||.|||||||||||.||.||||.|||
Sbjct 2339  TTGGTACTACAACTGACTTCAGTTCAAGTCCCACCAA-AGAAACTGATCCCCTTGGGAAGCCCAGGTTCATAGG  2411

Query 2400  ACCTCATGTGCGATACATCCAAAAGCCTGACAACAGTCCCTGCTCCATTACTGACTCTGTCAAACGGTTCCCCA  2473
            .||.|||||||||||.||||.|||||||||.||||..|||||.|||||.||||||||.||||.|||||||||.|
Sbjct 2412  TCCCCATGTGCGATATATCCCAAAGCCTGAAAACAAGCCCTGTTCCATCACTGACTCAGTCAGACGGTTCCCTA  2485

Query 2474  AAGAGGAGGCCACAGAGGGGAATGCCACCAGCCCACCACAGAACCCACCCACCAACCTCACTGTGGTCACCGTG  2547
            .||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.
Sbjct 2486  CAGAGGAAGCCACGGAGGGGAATGCCACCAGCCCACCACAGAACCCACCCACCAACCTCACTGTGGTCACTGTC  2559

Query 2548  GAAGGGTGCCCCTCATTTGTCATCTTGGACTGGGAAAAGCCACTAAATGACACTGTCACTGAATATGAAGTTAT  2621
            |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2560  GAAGGCTGCCCCTCATTTGTCATCTTGGACTGGGAAAAACCTCTAAATGACACTGTCACTGAATATGAAGTCAT  2633

Query 2622  ATCCAGAGAAAATGGGTCATTCAGTGGGAAGAACAAGTCCATTCAAATGACAAATCAGACATTTTCCACAGTAG  2695
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||.||.||.|||||||
Sbjct 2634  ATCCAGAGAAAATGGGTCATTCAGTGGGAAGAACAAGTCCATTCAAATTACCAATCAAACGTTCTCTACAGTAG  2707

Query 2696  AAAATCTGAAACCAAACACGAGTTATGAATTCCAGGTGAAACCCAAAAACCCGCTTGGTGAAGGCCCGGTCAGC  2769
            ||||.|||||||||.|.||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||.|.||||
Sbjct 2708  AAAACCTGAAACCAGATACAAGCTATGAATTCCAGGTGAAACCCAAAAATCCACTTGGTGAGGGCCCCGCCAGC  2781

Query 2770  AACACAGTGGCATTCAGTACTGAATCAGCGGACCCAAGAGTGAGTGAGCCAGTTTCTGCAGGAAGAGATGCCAT  2843
            |||||.||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 2782  AACACGGTAGCGTTCAGTACTGAATCAGCTGACCCAAGAGTGAGTGAGCCAATTTCTGCAGGAAGAGATGCCAT  2855

Query 2844  CTGGACTGAAAGACCCTTTAATTCAGACTCTTACTCAGAGTGTAAGGGCAAACAATATGTCAAAAGGACATGGT  2917
            |||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.||.||||||||.|||||.||||||||.||||
Sbjct 2856  CTGGACTGAAAGACCTTTTAACTCAGACTCTTACTCAGAATGCAAAGGCAAACAGTATGTTAAAAGGACGTGGT  2929

Query 2918  ATAAAAAATTTGTAGGAGTGCAGCTGTGCAACTCTCTCAGATACAAGATTTACTTGAGCGACTCCCTCACAGGA  2991
            |||||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.
Sbjct 2930  ATAAAAAATTTGTCGGAGTGCAGCTATGTAACTCTCTCAGATACAAGATTTATTTGAGCGATTCCCTCACAGGC  3003

Query 2992  AAATTTTATAACATAGGTGATCAGAGGGGCCATGGAGAAGATCACTGCCAGTTTGTGGATTCATTTTTAGATGG  3065
            ||.|||||.||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3004  AAGTTTTACAACATAGGAGATCAGAGGGGCCACGGAGAAGATCACTGCCAGTTTGTGGATTCATTTTTAGATGG  3077

Query 3066  ACGCACTGGGCAGCAACTCACTTCTGACCAGTTACCAATCAAAGAAGGTTATTTCAGAGCAGTTCGCCAGGAAC  3139
            .|||||.||.|||||||||||.|||||.||||||||.|.|||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||
Sbjct 3078  TCGCACAGGACAGCAACTCACCTCTGAACAGTTACCCACCAAAGAAGGCTATTTCAGAGCTGTTCGTCAGGAAC  3151

Query 3140  CTGTCCAATTTGGAGAAATAGGTGGTCACACCCAAATCAATTATGTTCAGTGGTATGAATGTGGGACTACAATT  3213
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.
Sbjct 3152  CTGTCCAATTTGGAGAAATAGGTGGTCATACCCAAATCAATTATGTCCAGTGGTATGAATGTGGGACCACAATA  3225

Query 3214  CCTGGAAAATGG  3225
            ||||||||||||
Sbjct 3226  CCTGGAAAATGG  3237