Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_07957
- Subject:
- XM_006522276.2
- Aligned Length:
- 4230
- Identities:
- 2751
- Gaps:
- 1056
Alignment
Query 1 ATGCGAGGTGGCAAATGCAACATGCTCTCCAGTTTGGGGTGTCTACTTCTCTGTGGAAGTATTACACTAGCCCT 74
|||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||.||||.||.||
Sbjct 1 ---------------------ATGCTCTCCAGCCTGGGGTGTCTACTTCTCTGTGGAAGTATTGCACTTGCTCT 53
Query 75 GGGAAATGCACAGAAATTGCCAAAAGGTAAAAGGCCAAACCTCAAAGTCCACATCAATACCACAAGTGACTCCA 148
||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|.|.|||||.||||||||||||||.||.|||||||
Sbjct 54 GGGAAATGCACAGAAATTGCCAAAAGGTAAAAAGCCAAGCTTGAAAGTGCACATCAATACCACCAGCGACTCCA 127
Query 149 TCCTCTTGAAGTTCTTGCGTCCAAGTCCAAATGTAAAGCTTGAAGGTCTTCTCCTGGGATATGGCAGCAATGTA 222
||||||||||||||.|||||||||.|.||||.||||||||.||||||.|||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 128 TCCTCTTGAAGTTCCTGCGTCCAAATGCAAACGTAAAGCTGGAAGGTTTTCTCCTGGGATATGGCAGCAATGTG 201
Query 223 TCACCAAACCAGTACTTCCCTCTTCCCGCTGAAGGGAAATTCACAGAAGCTATAGTTGATGCAGAGCCGAAATA 296
||.||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||.|||.|||||||||||||||||||.||
Sbjct 202 TCTCCAAACCAGTACTTCCCTCTTCCCACAGAAGGGAAATTCACAGAGGCTGTAGTTGATGCAGAGCCGAAGTA 275
Query 297 TCTGATAGTTGTGCGACCTGCTCCACCTCCAAGTCAAAAGAAGTCATGTTCAGGTAAAACTCGTTCTCGCAAAC 370
|||||||||.||.|||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.|||.||||..|||||||||
Sbjct 276 TCTGATAGTCGTACGACCTGCTCCTCCTCCCAGCCAGAAGAAGTCATGTTCAGGGAAATCTCGCCCTCGCAAAC 349
Query 371 CTCTGCAGCTGGTGGTTGGCACTCTGACACCGAGCTCAGTCTTCCTGTCCTGGGGTTTCCTCATCAACCCACAC 444
|.||.|||||||||||.||.||..||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 350 CCCTCCAGCTGGTGGTGGGTACGTTGACACCGAGTTCTGTCTTCCTGTCCTGGGGATTCCTCATCAACCCACAC 423
Query 445 CATGACTGGACATTGCCAAGTCACTGTCCCAATGACAGATTTTATACAATTCGCTATCGAGAAAAGGATAAAGA 518
||||||||||||||||||||.||||||||||.|||||||||||||||||||||.|||.|||||||.||||||||
Sbjct 424 CATGACTGGACATTGCCAAGCCACTGTCCCAGTGACAGATTTTATACAATTCGATATAGAGAAAAAGATAAAGA 497
Query 519 AAAGAAGTGGATTTTTCAAATCTGTCCAGCCACTGAAACAATTGTGGAAAACCTAAAGCCCAACACAGTTTATG 592
||||||.||||||||||||.||||.|||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 498 AAAGAAATGGATTTTTCAACTCTGCCCAGCTACTGAAACAATTGTGGAAAATCTAAAGCCCAACACAGTTTATG 571
Query 593 AATTTGGAGTGAAAGACAATGTGGAAGGTGGAATTTGGAGTAAGATTTTCAATCACAAGACTGTTGTTGGAAGT 666
|||||||.||||||||||||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.|||||||||||
Sbjct 572 AATTTGGTGTGAAAGACAATATAGAAGGTGGAATTTGGAGTAAGATTTTCAATCATAAGACTATTGTTGGAAGT 645
Query 667 AAA---AAAGTAAATGGGAAAATCCAAAGTACCTATGACCAAGACCACACAGTGCCAGCATATGTCCCAAGGAA 737
||| ||||||||.||||||||||||||.||.||||||||.|.||||.|||||||| |||||.|||||
Sbjct 646 AAAAACAAAGTAAACGGGAAAATCCAAAGCACTTATGACCAGGTCCACTCAGTGCCA------GTCCCGAGGAA 713
Query 738 ACTAATCCCAATAACAATCATCAAGCAAGTGATTCAGAATGTTACTCACAAGGATTCAGCTAAATCCCCAGAAA 811
.|||||||||.||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||.||.||||.|.|||||||||||.|
Sbjct 714 GCTAATCCCACTAACGATCATTAAGCAAGTGATTCAGAATGTTACTCACAGGGCTTCAACCAAATCCCCAGACA 787
Query 812 AAGCTCCACTGGGAGGAGTGATACTAGTCCACCTTATTATTCCAGGTCTTAATGAAACTACTGTAAAACTTCCT 885
|..||||..|.||.|||...|||.||||.||.||.||||||||.||||||||||||.|.||||||||||||||.
Sbjct 788 AGACTCCTTTTGGGGGAACAATATTAGTTCATCTGATTATTCCGGGTCTTAATGAATCCACTGTAAAACTTCCC 861
Query 886 GCATCCCTAATGTTTGAGATTTCAGATGCACTCAAGACACAATTAGCTAAGAATGAAACCTTGGCATTACCTGC 959
.|||||.|||||.||||||||||.|||||.||||||.||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||
Sbjct 862 ACATCCATAATGCTTGAGATTTCCGATGCTCTCAAGGCACAATTAGCTAAGAATGAAACATTGGCTTTACCAGC 935
Query 960 CGAATCTAAAACACCAGAGGTTGAAAAAATCTCAGCACGACCCA-CAACAGTGACTCCTGAAACAGTTCCAAGA 1032
.||||||||||||||||||||.||||||.|..|||..| |.||| .||||||||||||.|||.|||||.|||||
Sbjct 936 AGAATCTAAAACACCAGAGGTCGAAAAATTGGCAGGGC-AGCCAGTAACAGTGACTCCGGAATCAGTTTCAAGA 1008
Query 1033 AGCACTAAACCCACTACGTCTAGTGCATTAGA-----------------TGTT----------------TCAGA 1073
||||||||.|||||...|||||||||.||||| ||.| |||||
Sbjct 1009 AGCACTAAGCCCACCCTGTCTAGTGCTTTAGACACTGCAGAGACAGCACTGGTCCTCAGTGAGAAGACGTCAGA 1082
Query 1074 AAC----------------------------------------AACACT------------------------- 1082
||| |.||||
Sbjct 1083 AACAGCCCGCTCTGTTCTAATACCTGAGTTTGAATTGCCCTTGAGCACTTTAGCTCCAAAAAGGTTCCCAGAGT 1156
Query 1083 -------------------------------------------------GGCTTCAAGTGAAAAGCCATGGATT 1107
||||||||||||..||||||||.|.
Sbjct 1157 TTCCTGAGGCAAAAACAGCCTTCCCATTGGAGAAACCTAGGGGTTCCTGGGCTTCAAGTGAGGAGCCATGGGTG 1230
Query 1108 GTGCCTACAGCTAAAATATCTGAAGATTCCAAAGTTCTGCAGCCTCAAACTGCAACTTATGATGTTTTCTCAAG 1181
||.|||..||||||||.||||||||||||||.|||..|.|||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1231 GTACCTGGAGCTAAAACATCTGAAGATTCCAGAGTCGTACAGCCTCAAACTGCAACTTATGATGTTATCTCAAG 1304
Query 1182 CCCTACAACATCAGATGAGCCTGAGATATCAGATTCCTACACAGCAACAAGTGATCGTATTCTGGATTCTATCC 1255
|.|.|||||.||.||||||.||||.||| .|||||| |||||||||||||.||||.|||||||||.|||.|||
Sbjct 1305 CTCAACAACTTCTGATGAGACTGAAATA-GAGATTC--ACACAGCAACAAGAGATCCTATTCTGGACTCTGTCC 1375
Query 1256 CACCTAAAACTTCTAGAACTCTTGAACAGCCAAGGGCAACACTGGCTCCAAGTGAAACACCATTTG-TTCCTCA 1328
||||||||||||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||..|||.|...||||| .||| |.
Sbjct 1376 CACCTAAAACTTCTAGAACTGCTGAACAGCCAAGGGCAACACTGGCTCCAATCGAAGCGTTATTTGAATCC-CG 1448
Query 1329 AAAACTGGAAATCTTTACCAGTCCAGAAATGCAGCCTACGACACCTGCTCCCCAGCAAACTACATCTATCCCTT 1402
|||..||||||||||.||||||||.|||.|||..|||||.||..|||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1449 AAATGTGGAAATCTTCACCAGTCCTGAAGTGCGACCTACAACGGCTGCTCCTCAGCAAACTACATCTATCCCTT 1522
Query 1403 CTACACCTAAACGACGCCCCCGGCCCAAACCGCCAAGAACCAAACCTG-------------------------- 1450
|.|||||.|||||||...|....|||||||||||||||..|||.||||
Sbjct 1523 CCACACCCAAACGACAATCAACACCCAAACCGCCAAGAGTCAAGCCTGCCCCAGAACCTGAGACTCGACCATCT 1596
Query 1451 -----------AAAG--------------------------------------------------AACCACAAG 1463
|||| |||||||.|
Sbjct 1597 GCCCAGACAACAAAGGCTCCACGCAAGACCAAAAAACCAGGTCACCACCGCCTCCGCCGTCCTAAAACCACACG 1670
Query 1464 T--------------------------------------------------GCCGGA-------------ACAA 1474
| .||||| |.||
Sbjct 1671 TAGTCCAGAAGTACCCAAGTCCAAACCTGCTCTTGAACCTGCCACTGTGACACCGGAGATCTTGGTACCCAAAA 1744
Query 1475 TT------------------ACACCTAAA--------------------------------------------- 1485
|| |.|||||||
Sbjct 1745 TTGTTCCCAAACCACCTCAGAAACCTAAAGCCACACGCAGGCCAGAGGTACCCCAAGTCAAGCCTGCCCATGAA 1818
Query 1486 --------ATTTCTAA---AAGCCC-------------------------------TGAACCT----------- 1506
||||..|| |||||| |||||||
Sbjct 1819 CCGGTCACATTTGGAAGTGAAGCCCCCGCCCTAGCTATAGTTACTACTACAGACATTGAACCTGTAATTACGAG 1892
Query 1507 -------------------------------------------------------------------------- 1506
Sbjct 1893 AACCAAGGCATCCGTGACAACATTAGCTCCAAAACCACCAAGACCAAGAACTCACCGTCAACGTACCAAATACA 1966
Query 1507 ------------------------------------------ACATGG-------------------------- 1512
||.|||
Sbjct 1967 AAACCACCCAAAGCCCAAAGATACCTCATAGTAAACCAGCAGACTTGGGACCTATCACTTCTGAGCCACCTTTA 2040
Query 1513 ------ACAACA--------CCGGC-------TCCCGGTAAAAC------------------------------ 1535
|||||| |||.| |||| ||||
Sbjct 2041 GCTTCAACAACAAAAAAAGTCCGCCGTCCACGTCCC----AAACCTCAAACCACACCCCATCCAGAAGTGCCTC 2110
Query 1536 --ACAAT--------------------------------TTATTTCT--------------------------- 1548
||||| |||||.||
Sbjct 2111 ATACAATATTGGTTCCTGCTACAAGCCTTGAACCATTTATTATTACTGAGGCTCCAGGGACAACATTAGTTCCC 2184
Query 1549 ---CTG---------------------------AAACCTAAAATC---------CCTCTCAGC----------- 1572
||| ||||||||||.| ||| .||||
Sbjct 2185 AAACTGCCTCAACAACCAGACTATCCACATCCCAAACCTAAAACCACCAGGAGTCCT-GCAGCATCTCCAACAG 2257
Query 1573 --------------CCAG---------------------------------AAGTGAC---------------- 1583
|||| .||||||
Sbjct 2258 AACTGGTTCCTACTCCAGTCTTTGAACCAGTTACTCCTTTAAAAGAGGATCCAGTGACCACAATCGTTCCTATT 2331
Query 1584 ACACAC-------------CAAACCT----------------------------------------------GC 1598
|||.|| ||.|||| ||
Sbjct 2332 ACAGACCTTGAACGAGTTACAGACCTTGAAACACCTGTTGCTTTTAGAACTGAGGCCCCTGGGACAACACTAGC 2405
Query 1599 TCCCAAGCAGAC-ACCA-CGTGCTCCTCCTAAGC-CAAAAACATCACCACGCCCAAGAATCCCA-CAAACACAA 1668
.||||.|||||| |||| |.|| |||||.|||| ||||| ||||||.|.||||.||.||| |||| |.|.
Sbjct 2406 ACCCAGGCAGACAACCAGCATG--CCTCCCAAGCTCAAAA----CACCACACTCAAGGATGCCAGCAAA-AGAG 2472
Query 1669 CCAGTTCCTAAGGTGCCCCAGCGTGTTACTGCAAAACCAAAAACGTCACCAAGTCCAGAAGTGTCATACACCAC 1742
|||||||||||||..||||.||.|...|||.||||.|||||||.|.||||||||||.||||||.||.||||.||
Sbjct 2473 CCAGTTCCTAAGGAACCCCTGCATACGACTTCAAAGCCAAAAATGCCACCAAGTCCTGAAGTGGCAGACACTAC 2546
Query 1743 ACCTGCTCCAAAAGATGTGCTCCTTCCTCATAAACCATACCCTGAGGTCTCTCAGAGCGAACCT---------- 1806
|.|||.|||||||||||..|..|||.|.|.|||||||.|.||.||||||.||||.||.|||.||
Sbjct 2547 ATCTGTTCCAAAAGATGAACGACTTTCCCTTAAACCAGATCCAGAGGTCACTCACAGTGAAACTGTTCTGCCTC 2620
Query 1807 --------------------------------------GCTCCTCTAGAGACACGAGGCATCCCTTTTATACCC 1842
||.|||.||||||||||.|||||.|||.|.|||||.
Sbjct 2621 CTGTCACCTTTAGAGTTGAGCCACCAAAGACAACAATAGCACCTTTAGAGACACGGGGCATTCCTCTCATACCT 2694
Query 1843 ATGATTTCCCCAAGTCCTAGTCAAGAGGAACTACAGACCACTCTGGAAGAAACAGACCAATCCACCCAAGAACC 1916
.|||||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||.|..||||||||||||||||.||.||||||||.|.
Sbjct 2695 GTGATTTCACCAAGACCTAGTCAAGAGGAACTACAAACCGCCATGGAAGAAACAGACCAGTCTACCCAAGAGCT 2768
Query 1917 TTTCACAACTAAGATTCCACGAACAACTGAACTAGCAAAGACAACTCAGGCGCCACACAGATTTTATA---CTA 1987
.|||||.||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||.|||||||||||..||| ||.
Sbjct 2769 CTTCACGACTAAGATTCCACGAACAACTGAATTGGCAAAGACAACTCAGGCACCACACAGATTGCATACAGCTC 2842
Query 1988 CTGTGAGGCCCAGAACATCTGACAAGCCACACATCAGACCTG-------------------------------- 2029
|||||||||||||||.|.|||.||.||||||...|||.||||
Sbjct 2843 CTGTGAGGCCCAGAATACCTGGCAGGCCACATGGCAGGCCTGCTCTGAACAAAACAACTACAAGGCCTGATAAA 2916
Query 2030 ------------GGG-------------------------------TCAAGCAAGCACCCAGGCCATCAGGTGC 2060
||| .||||||||||||.|.||||.||.||.|
Sbjct 2917 ACCAAACCCAGAGGGACGTCCCATAAAAACGGAGTAGGAACAGGAACCAAGCAAGCACCTAAGCCACCAAGTCC 2990
Query 2061 TGATAGAAATGTATCAGTGGACTCTACCCACCCCACTAAAAAGC------------CAGGGACTCGCCGCCCAC 2122
||..|||||||..|||||||| |.|.||..||||.|.|||.| |||||||.||.||.||||
Sbjct 2991 TGGGAGAAATGCGTCAGTGGA---TTCACATGCCACAAGAAAACCAGGCTCAGTCTCAGGGACGCGTCGTCCAC 3061
Query 2123 CCTTGCCACCCAGAC---------CTACACAC-------CCACGA-AGAAAACCTTTACCACCAAATAATGTCA 2179
||.|.||||..||.| |||.|| | ||| || ||||..||||||||.||.||||||||||
Sbjct 3062 CCATACCACATAGGCATTCGTCCACTAGAC-CTGTGTCTCCA-GAGAGAAGGCCTTTACCCCCGAATAATGTCA 3133
Query 2180 CTGGAAAGCCAGGAAGTGCAGGAATCATTTCATCAGGCCCAATAACTACACCACCCCTGAGGTCAACAC-CCAG 2252
|.||.|||||||||.||||.|||||..||||.||..|||...||||..|.||||||||||.|.|||||| |||
Sbjct 3134 CCGGGAAGCCAGGACGTGCGGGAATTGTTTCCTCCAGCCGGGTAACGTCCCCACCCCTGAAGGCAACACTCCA- 3206
Query 2253 GCCTACTGGAACTCCCTTGGAGAGAATAGAGACAGATATAAAGCAACCAACAGTTCCTGCCTCTGGAGAAGAAC 2326
.||||..|||||..||...|.||||..||.|.||||...||||.|||||||.|.||||||.||.|.||||||..
Sbjct 3207 CCCTATCGGAACAGCCACAGCGAGACCAGGGGCAGAACAAAAGGAACCAACTGCTCCTGCTTCAGAAGAAGAGT 3280
Query 2327 TGGAAAATATAACTGACTTTAGCTCAAG-CCCAACAAGAGAAACTGATCCTCTTGGGAAGCCAAGATTCAAAGG 2399
|.|..|.||.|||||||||.||.||||| ||||.||| ||||||||||||.|||||||||||.||.||||.|||
Sbjct 3281 TTGGTACTACAACTGACTTCAGTTCAAGTCCCACCAA-AGAAACTGATCCCCTTGGGAAGCCCAGGTTCATAGG 3353
Query 2400 ACCTCATGTGCGATACATCCAAAAGCCTGACAACAGTCCCTGCTCCATTACTGACTCTGTCAAACGGTTCCCCA 2473
.||.|||||||||||.||||.|||||||||.||||..|||||.|||||.||||||||.||||.|||||||||.|
Sbjct 3354 TCCCCATGTGCGATATATCCCAAAGCCTGAAAACAAGCCCTGTTCCATCACTGACTCAGTCAGACGGTTCCCTA 3427
Query 2474 AAGAGGAGGCCACAGAGGGGAATGCCACCAGCCCACCACAGAACCCACCCACCAACCTCACTGTGGTCACCGTG 2547
.||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.
Sbjct 3428 CAGAGGAAGCCACGGAGGGGAATGCCACCAGCCCACCACAGAACCCACCCACCAACCTCACTGTGGTCACTGTC 3501
Query 2548 GAAGGGTGCCCCTCATTTGTCATCTTGGACTGGGAAAAGCCACTAAATGACACTGTCACTGAATATGAAGTTAT 2621
|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 3502 GAAGGCTGCCCCTCATTTGTCATCTTGGACTGGGAAAAACCTCTAAATGACACTGTCACTGAATATGAAGTCAT 3575
Query 2622 ATCCAGAGAAAATGGGTCATTCAGTGGGAAGAACAAGTCCATTCAAATGACAAATCAGACATTTTCCACAGTAG 2695
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||.||.||.|||||||
Sbjct 3576 ATCCAGAGAAAATGGGTCATTCAGTGGGAAGAACAAGTCCATTCAAATTACCAATCAAACGTTCTCTACAGTAG 3649
Query 2696 AAAATCTGAAACCAAACACGAGTTATGAATTCCAGGTGAAACCCAAAAACCCGCTTGGTGAAGGCCCGGTCAGC 2769
||||.|||||||||.|.||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||.|.||||
Sbjct 3650 AAAACCTGAAACCAGATACAAGCTATGAATTCCAGGTGAAACCCAAAAATCCACTTGGTGAGGGCCCCGCCAGC 3723
Query 2770 AACACAGTGGCATTCAGTACTGAATCAGCGGACCCAAGAGTGAGTGAGCCAGTTTCTGCAGGAAGAGATGCCAT 2843
|||||.||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 3724 AACACGGTAGCGTTCAGTACTGAATCAGCTGACCCAAGAGTGAGTGAGCCAATTTCTGCAGGAAGAGATGCCAT 3797
Query 2844 CTGGACTGAAAGACCCTTTAATTCAGACTCTTACTCAGAGTGTAAGGGCAAACAATATGTCAAAAGGACATGGT 2917
|||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.||.||||||||.|||||.||||||||.||||
Sbjct 3798 CTGGACTGAAAGACCTTTTAACTCAGACTCTTACTCAGAATGCAAAGGCAAACAGTATGTTAAAAGGACGTGGT 3871
Query 2918 ATAAAAAATTTGTAGGAGTGCAGCTGTGCAACTCTCTCAGATACAAGATTTACTTGAGCGACTCCCTCACAGGA 2991
|||||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.
Sbjct 3872 ATAAAAAATTTGTCGGAGTGCAGCTATGTAACTCTCTCAGATACAAGATTTATTTGAGCGATTCCCTCACAGGC 3945
Query 2992 AAATTTTATAACATAGGTGATCAGAGGGGCCATGGAGAAGATCACTGCCAGTTTGTGGATTCATTTTTAGATGG 3065
||.|||||.||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3946 AAGTTTTACAACATAGGAGATCAGAGGGGCCACGGAGAAGATCACTGCCAGTTTGTGGATTCATTTTTAGATGG 4019
Query 3066 ACGCACTGGGCAGCAACTCACTTCTGACCAGTTACCAATCAAAGAAGGTTATTTCAGAGCAGTTCGCCAGGAAC 3139
.|||||.||.|||||||||||.|||||.||||||||.|.|||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||
Sbjct 4020 TCGCACAGGACAGCAACTCACCTCTGAACAGTTACCCACCAAAGAAGGCTATTTCAGAGCTGTTCGTCAGGAAC 4093
Query 3140 CTGTCCAATTTGGAGAAATAGGTGGTCACACCCAAATCAATTATGTTCAGTGGTATGAATGTGGGACTACAATT 3213
||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.
Sbjct 4094 CTGTCCAATTTGGAGAAATAGGTGGTCATACCCAAATCAATTATGTCCAGTGGTATGAATGTGGGACCACAATA 4167
Query 3214 CCTGGAAAATGG 3225
||||||||||||
Sbjct 4168 CCTGGAAAATGG 4179
