Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_08437
• Subject: NM_001173543.1
• Aligned Length: 1590
• Identities: 1372
• Gaps: 216

Alignment

Query    1  ATGATGTCGGAACACGACCTGGCCGATGTGGTTCAGATTGCAGTGGAAGACCTGAGCCCTGACCACCCAGTTGT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGATGTCGGAACACGACCTGGCCGATGTGGTTCAGATTGCAGTGGAAGACCTGAGCCCTGACCACCCAGTTGT  74

Query   75  TTTGGAGAATCATGTAGTGACAGATGAAGACGAACCTGCTTTGAAACGCCAGCGACTAGAAATCAATTGCCAGG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TTTGGAGAATCATGTAGTGACAGATGAAGACGAACCTGCTTTGAAACGCCAGCGACTAGAAATCAATTGCCAGG  148

Query  149  ATCCATCTATAAAGTCATTCCTGTATTCCATCAACCAGACAATCTGCTTGCGGTTGGATAGCATTGAAGCCAAA  222
            ||||||||||||                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ATCCATCTATAA------------------------AGACAATCTGCTTGCGGTTGGATAGCATTGAAGCCAAA  198

Query  223  TTGCAAGCCCTGGAGGCTACTTGTAAATCCTTAGAAGAAAAGCTGGATCTGGTCACGAACAAGCAGCACAGCCC  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  199  TTGCAAGCCCTGGAGGCTACTTGTAAATCCTTAGAAGAAAAGCTGGATCTGGTCACGAACAAGCAGCACAGCCC  272

Query  297  CATCCAGGTCCCCATGGTGGCCGGCTCCCCTCTCGGGGCAACCCAGACGTGCAACAAAGTGCGATG--------  362
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
Sbjct  273  CATCCAGGTCCCCATGGTGGCCGGCTCCCCTCTCGGGGCAACCCAGACGTGCAACAAAGTGCGATGCGTCGTCC  346

Query  363  --------------------------------------------------------------------------  362
                                                                                      
Sbjct  347  CCCAGACTACAGTAATACTCAACAATGATCGGCAGAACGCCATTGTAGCCAAGATGGAAGACCCCTTGAGCAAC  420

Query  363  -----------------------------------CGCTGTGCCTGGGCGTCGGCAGAACACCATTGTGGTGAA  401
                                               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  421  AGGGCACCGGATTCCCTGGAAAATGTCATTAGCAACGCTGTGCCTGGGCGTCGGCAGAACACCATTGTGGTGAA  494

Query  402  GGTGCCGGGCCAAGAAGACAGCCACCACGAGGACGGGGAGAGCGGCTCGGAGGCCAGCGACTCTGTGTCCAGCT  475
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  495  GGTGCCGGGCCAAGAAGACAGCCACCACGAGGACGGGGAGAGCGGCTCGGAGGCCAGCGACTCTGTGTCCAGCT  568

Query  476  GTGGGCAGGCGGGCAGTCAGAGCATCGGGAGCAACGTCACGCTCATCACCCTGAACTCGGAAGAGGACTACCCC  549
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  569  GTGGGCAGGCGGGCAGTCAGAGCATCGGGAGCAACGTCACGCTCATCACCCTGAACTCGGAAGAGGACTACCCC  642

Query  550  AATGGCACCTGGCTGGGCGACGAGAACAACCCCGAGATGCGGGTACGCTGCGCCATCATCCCCTCCGACATGCT  623
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  643  AATGGCACCTGGCTGGGCGACGAGAACAACCCCGAGATGCGGGTACGCTGCGCCATCATCCCCTCCGACATGCT  716

Query  624  GCACATCAGCACCAACTGCCGCACGGCTGAGAAGATGGCGCTAACGCTGCTGGACTACCTCTTCCACCGCGAGG  697
            |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  717  GCACATCAGCACCAACTGCCGCACGGCCGAGAAGATGGCGCTCACGCTGCTGGACTACCTCTTCCACCGCGAGG  790

Query  698  TGCAGGCTGTGTCCAACCTCTCGGGGCAGGGCAAGCACGGGAAGAAGCAGCTGGACCCGCTCACCATCTACGGC  771
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  791  TGCAGGCTGTGTCCAACCTCTCGGGGCAGGGCAAGCACGGGAAGAAGCAGCTGGACCCGCTCACCATCTACGGC  864

Query  772  ATCCGGTGTCACCTTTTCTATAAATTTGGCATCACAGAATCCGACTGGTACCGAATCAAGCAGAGCATCGACTC  845
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  865  ATCCGGTGTCACCTTTTCTATAAATTTGGCATCACAGAATCCGACTGGTACCGAATCAAGCAGAGCATCGACTC  938

Query  846  CAAGTGCCGCACGGCGTGGCGGCGCAAGCAGCGGGGCCAGAGCCTGGCGGTCAAGAGCTTCTCGCGGAGAACGC  919
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  939  CAAGTGCCGCACGGCGTGGCGGCGCAAGCAGCGGGGCCAGAGCCTGGCGGTCAAGAGCTTCTCGCGGAGAACGC  1012

Query  920  CCAACTCGTCCTCCTACTGCCCTTCAGAGCCGATGATGAGCACCCCACCTCCTGCCAGCGAGCTCCCGCAGCCA  993
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1013  CCAACTCGTCCTCCTACTGCCCTTCAGAGCCGATGATGAGCACCCCACCTCCTGCCAGCGAGCTCCCGCAGCCA  1086

Query  994  CAGCCGCAGCCGCAGGCCCTGCACTACGCGCTGGCCAACGCACAGCAGGTGCAGATCCACCAGATCGGAGAAGA  1067
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1087  CAGCCGCAGCCGCAGGCCCTGCACTACGCGCTGGCCAACGCACAGCAGGTGCAGATCCACCAGATCGGAGAAGA  1160

Query 1068  CGGACAGGTGCAAGTAATCCCACAGGGACACCTCCACATCGCCCAGGTGCCGCAGGGGGAGCAAGTCCAGATCA  1141
            ||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1161  CGGACAGGTGCAAGTA---------GGACACCTCCACATCGCCCAGGTGCCGCAGGGGGAGCAAGTCCAGATCA  1225

Query 1142  CGCAGGACAGCGAGGGCAACCTCCAGATCCATCACGTGGGGCAGGACGGT------------------------  1191
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                        
Sbjct 1226  CGCAGGACAGCGAGGGCAACCTCCAGATCCATCACGTGGGGCAGGACGGTCAGCTTCTAGAGGCCACCCGCATC  1299

Query 1192  ------------------------------------------CAGGTGCTGCAGGGTGCACAGCTGATCGCCGT  1223
                                                      ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1300  CCCTGCCTCCTGGCCCCATCCGTCTTCAAAGCCAGCAGTGGCCAGGTGCTGCAGGGTGCACAGCTGATCGCCGT  1373

Query 1224  GGCCTCCTCGGACCCCGCGGCGGCGGGCGTGGATGGGTCGCCACTCCAGGGCAGCGACATCCAGGTTCAGTACG  1297
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374  GGCCTCCTCGGACCCCGCGGCGGCGGGCGTGGATGGGTCGCCACTCCAGGGCAGCGACATCCAGGTTCAGTACG  1447

Query 1298  TGCAGCTGGCGCCAGTGAGTGACCACACGGCCGGGGCACAGACGGCCGAAGCCCTGCAGCCCACGCTACAGCCG  1371
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Sbjct 1448  TGCAGCTGGCGCCAGTGAGTGACCACACGGCCGGGGCACAGACGGCCGAAGCCCTGCAGCCCACGCTACAGCCG  1521

Query 1372  GAGATGCAGCTCGAGCACGGGGCCATCCAGATTCAG  1407
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Sbjct 1522  GAGATGCAGCTCGAGCACGGGGCCATCCAGATTCAG  1557