Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_08557
• Subject: NM_001267782.2
• Aligned Length: 3903
• Identities: 3621
• Gaps: 279

Alignment

Query    1  ATGAAGGTTGTCCCAGAAAAGAATGCTGTCCGGATACTCTGGGGGCGAGAACGGGGTGCTCGGGCCATGGGAGC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAAGGTTGTCCCAGAAAAGAATGCTGTCCGGATACTCTGGGGGCGAGAACGGGGTGCTCGGGCCATGGGAGC  74

Query   75  TCAGCGGCTTCTGCAGGAGCTGGTAGAGGATAAAACCCGGTGGATGAAATGGGAGGGCAAGAGAGTAGAACTGC  148
            |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TCAGCGGCTTCTGCAGGAGCTGGTAGAAGATAAAACCCGGTGGATGAAATGGGAGGGCAAGAGAGTAGAACTGC  148

Query  149  CGGATAGTCCACGCTCTACCTTCTTATTGGCCTTCAGCCCAGACAGGACTCTCTTAGCCTCCACCCATGTGAAC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CGGATAGTCCACGCTCTACCTTCTTATTGGCCTTCAGCCCAGACAGGACTCTCTTAGCCTCCACCCATGTGAAC  222

Query  223  CATAATATCTATATTACGGAGGTGAAGACTGGCAAGTGTGTTCATTCCCTGATTGGACACCGCCGTACTCCATG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CATAATATCTATATTACGGAGGTGAAGACTGGCAAGTGTGTTCATTCCCTGATTGGACACCGCCGTACTCCATG  296

Query  297  GTGTGTCACTTTTCATCCCACCATCTCAGGCCTTATTGCTTCTGGCTGCCTAGATGGGGAGGTTAGGATTTGGG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GTGTGTCACTTTTCATCCCACCATCTCAGGCCTTATTGCTTCTGGCTGCCTAGATGGGGAGGTTAGGATTTGGG  370

Query  371  ATTTACACGGTGGCAGTGAAAGCTGGTTCACAGATAGCAACAATGCCATTGCCTCCCTGGCTTTCCACCCTACG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  ATTTACACGGTGGCAGTGAAAGCTGGTTCACAGATAGCAACAATGCCATTGCCTCCCTGGCTTTCCACCCTACG  444

Query  445  GCTCAGCTCCTGCTGATTGCCACTGCCAATGAGATCCACTTCTGGGACTGGAGTCGACGGGAACCCTTTGCTGT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GCTCAGCTCCTGCTGATTGCCACTGCCAATGAGATCCACTTCTGGGACTGGAGTCGACGGGAACCCTTTGCTGT  518

Query  519  GGTGAAGACAGCTAGTGAGATGGAACGGGTCCGTCTGGTGAGATTTGATCCACTTGGACACTACTTACTCACAG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GGTGAAGACAGCTAGTGAGATGGAACGGGTCCGTCTGGTGAGATTTGATCCACTTGGACACTACTTACTCACAG  592

Query  593  CAATTGTTAACCCCTCTAATCAACAGGGTGATGACGAACCAGAGATCCCCATAGATGGAACAGAATTATCCCAC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CAATTGTTAACCCCTCTAATCAACAGGGTGATGACGAACCAGAGATCCCCATAGATGGAACAGAATTATCCCAC  666

Query  667  TACCGTCAGCGTGCCCTCCTGCAATCACAGCCAGTTCGCCGGACGCCTCTCCTCCACAATTTCCTGCACATGCT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TACCGTCAGCGTGCCCTCCTGCAATCACAGCCAGTTCGCCGGACGCCTCTCCTCCACAATTTCCTGCACATGCT  740

Query  741  GTCCTCCCGCTCTTCTGGCATCCAGACCGAGCCCTTCCATCCCCCGGAGCAGGCCTCGTCAACGCAGCAGGACC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GTCCTCCCGCTCTTCTGGCATCCAGACCGAGCCCTTCCATCCCCCGGAGCAGGCCTCGTCAACGCAGCAGGACC  814

Query  815  AGGGCCTCCTGAACCGGCCGTCTGCCTTCAGTACAGTCCAGAGCAGCACTGCCGGCAACACGCTCCGCAACCTC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AGGGCCTCCTGAACCGGCCGTCTGCCTTCAGTACAGTCCAGAGCAGCACTGCCGGCAACACGCTCCGCAACCTC  888

Query  889  AGTCTGGGTCCTACCCGCCGCTCTTTGGGAGGGCCTCTGTCTAGCCACCCTTCTAGGTATCACCGAGAAATAGC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AGTCTGGGTCCTACCCGCCGCTCTTTGGGAGGGCCTCTGTCTAGCCACCCTTCTAGGTATCACCGAGAAATAGC  962

Query  963  TCCTGGGTTGACAGGATCTGAGTGGACCCGGACAGTACTCAGTCTGAACTCCCGCTCTGAGGCGGAATCCATGC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TCCTGGGTTGACAGGATCTGAGTGGACCCGGACAGTACTCAGTCTGAACTCCCGCTCTGAGGCGGAATCCATGC  1036

Query 1037  CCCCGCCCAGAACCAGTGCCTCTTCGGTGAGTTTGCTGTCTGTGCTGAGACAGCAGGAAGGTGGCTCTCAGGCA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CCCCGCCCAGAACCAGTGCCTCTTCGGTGAGTTTGCTGTCTGTGCTGAGACAGCAGGAAGGTGGCTCTCAGGCA  1110

Query 1111  TCTGTGTACACTTCAGCCACAGAAGGGAGGGGTTTTCCGGCATCAGGGTTGGCAACTGAGTCAGATGGAGGGAA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TCTGTGTACACTTCAGCCACAGAAGGGAGGGGTTTTCCGGCATCAGGGTTGGCAACTGAGTCAGATGGAGGGAA  1184

Query 1185  TGGCTCCAGCCAAAACAACTCGGGCAGCATTCGCCATGAGCTTCAGTGTGACCTGAGACGCTTCTTTCTGGAGT  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TGGCTCCAGCCAAAACAACTCGGGCAGCATTCGCCATGAGCTTCAGTGTGACCTGAGACGCTTCTTTCTGGAGT  1258

Query 1259  ATGACCGGCTTCAGGAGCTGGATCAGAGCCTGAGTGGGGAAGCTCCCCAGACCCAACAGGCCCAGGAAATGCTC  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ATGACCGGCTTCAGGAGCTGGATCAGAGCCTGAGTGGGGAAGCTCCCCAGACCCAACAGGCCCAGGAAATGCTC  1332

Query 1333  AACAATAACATTGAATCTGAGAGGCCAGGCCCTTCCCACCAGCCCACCCCACACAGCAGTGAGAACAACTCCAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AACAATAACATTGAATCTGAGAGGCCAGGCCCTTCCCACCAGCCCACCCCACACAGCAGTGAGAACAACTCCAA  1406

Query 1407  CCTGTCCCGTGGCCACCTGAATCGCTGTCGTGCTTGCCACAATCTCCTGACCTTCAACAACGATACCCTGCGCT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CCTGTCCCGTGGCCACCTGAATCGCTGTCGTGCTTGCCACAATCTCCTGACCTTCAACAACGATACCCTGCGCT  1480

Query 1481  GGGAAAGAACCACACCTAACTACTCCTCTGGCGAGGCTAGTTCCTCTTGGCAGGTCCCCAGCTCCTTTGAGAGT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  GGGAAAGAACCACACCTAACTACTCCTCTGGCGAGGCTAGTTCCTCTTGGCAGGTCCCCAGCTCCTTTGAGAGT  1554

Query 1555  GTGCCATCAAGTGGCAGCCAGTTGCCACCTCTCGAGCGGACTGAGGGCCAAACGCCCAGCTCCAGCAGGCTGGA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GTGCCATCAAGTGGCAGCCAGTTGCCACCTCTCGAGCGGACTGAGGGCCAAACGCCCAGCTCCAGCAGGCTGGA  1628

Query 1629  GTTGAGCAGCTCTGCTAGTCCGCAGGAGGAGAGGACTGTGGGGGTGGCCTTTAACCAGGAGACAGGCCACTGGG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GTTGAGCAGCTCTGCTAGTCCGCAGGAGGAGAGGACTGTGGGGGTGGCCTTTAACCAGGAGACAGGCCACTGGG  1702

Query 1703  AAAGAATTTACACCCAGTCCAGCAGATCTGGAACTGTGTCACAGGAGGCCTTACATCAGGATATGCCTGAGGAG  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AAAGAATTTACACCCAGTCCAGCAGATCTGGAACTGTGTCACAGGAGGCCTTACATCAGGATATGCCTGAGGAG  1776

Query 1777  AGCTCTGAGGAGGATTCACTCAGGAG------------------------------------------------  1802
            ||||||||||||||||||||||||||                                                
Sbjct 1777  AGCTCTGAGGAGGATTCACTCAGGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCACCTAGGCTGGAGTACAGCGGCGCTATCTT  1850

Query 1803  --------------------------------------------------------------------------  1802
                                                                                      
Sbjct 1851  GGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCAGGTTCATGCCATTCTCCTGCCTCAGCTTCCCAAGTAGCTGGGACTACGG  1924

Query 1803  --------------------------------------------------------------------------  1802
                                                                                      
Sbjct 1925  GAGCCCACCACCACGCCCGGCTAATTTTTGCATTTTTAGTAGAGATGGAGTTTCACCATGTTAGCCAGGCTGGT  1998

Query 1803  --------------------------------------------------------------------------  1802
                                                                                      
Sbjct 1999  CTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCG  2072

Query 1803  ---------GAGGCTGCTGGAATCTTCCCTCATTTCATTATCCCGTTATGATGGAGCAGGATCCAGAGAGCACC  1867
                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  CGCCTGGCCGAGGCTGCTGGAATCTTCCCTCATTTCATTATCCCGTTATGATGGAGCAGGATCCAGAGAGCACC  2146

Query 1868  CAATTTACCCAGACCCAGCGAGATTATCTCCTGCTGCATACTACGCCCAGAGGATGATCCAGTATCTCTCACGG  1941
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  CAATTTACCCAGACCCAGCGAGATTATCTCCTGCTGCATACTACGCCCAGAGGATGATCCAGTATCTCTCACGG  2220

Query 1942  AGAGACAGTATTCGCCAGCGCTCCATGCGCTACCAACAGAACCGTCTCCGTTCTTCCACCTCCTCCTCTTCCTC  2015
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  AGAGACAGTATTCGCCAGCGCTCCATGCGCTACCAACAGAACCGTCTCCGTTCTTCCACCTCCTCCTCTTCCTC  2294

Query 2016  AGACAACCAGGGTCCATCAGTAGAGGGAACCGACTTGGAATTTGAGGACTTTGAGGACAATGGTGACAGATCCA  2089
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  AGACAACCAGGGTCCATCAGTAGAGGGAACCGACTTGGAATTTGAGGACTTTGAGGACAATGGTGACAGATCCA  2368

Query 2090  GGCACCGAGCTCCACGCAATGCCCGGATGTCTGCACCTTCGCTTGGACGCTTTGTCCCAAGGCGTTTCTTGCTG  2163
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  GGCACCGAGCTCCACGCAATGCCCGGATGTCTGCACCTTCGCTTGGACGCTTTGTCCCAAGGCGTTTCTTGCTG  2442

Query 2164  CCTGAGTACTTGCCTTATGCTGGGATTTTTCATGAACGTGGACAGCCTGGCTTGGCTACTCACTCTTCTGTTAA  2237
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  CCTGAGTACTTGCCTTATGCTGGGATTTTTCATGAACGTGGACAGCCTGGCTTGGCTACTCACTCTTCTGTTAA  2516

Query 2238  CAGGGTCCTGGCAGGGGCAGTGATCGGTGATGGACAGTCTGCTGTGGCCAGTAACATTGCCAATACTACCTACC  2311
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  CAGGGTCCTGGCAGGGGCAGTGATCGGTGATGGACAGTCTGCTGTGGCCAGTAACATTGCCAATACTACCTACC  2590

Query 2312  GGCTCCAGTGGTGGGACTTCACTAAGTTTGACCTCCCTGAAATCAGTAATGCTTCCGTGAATGTGCTGGTGCAG  2385
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  GGCTCCAGTGGTGGGACTTCACTAAGTTTGACCTCCCTGAAATCAGTAATGCTTCCGTGAATGTGCTGGTGCAG  2664

Query 2386  AACTGCAAGATCTACAATGATGCCAGCTGTGACATTTCTGCAGATGGCCAGCTCCTGGCAGCTTTCATCCCCAG  2459
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  AACTGCAAGATCTACAATGATGCCAGCTGTGACATTTCTGCAGATGGCCAGCTCCTGGCAGCTTTCATCCCCAG  2738

Query 2460  CAGCCAGAGGGGCTTTCCTGATGAAGGCATCCTGGCAGTGTACTCCCTGGCCCCCCATAACCTGGGCGAAATGC  2533
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  CAGCCAGAGGGGCTTTCCTGATGAAGGCATCCTGGCAGTGTACTCCCTGGCCCCCCATAACCTGGGCGAAATGC  2812

Query 2534  TCTACACCAAGCGATTTGGTCCCAATGCCATTTCGGTGAGCCTGTCCCCAATGGGCAGATATGTAATGGTGGGC  2607
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  TCTACACCAAGCGATTTGGTCCCAATGCCATTTCGGTGAGCCTGTCCCCAATGGGCAGATATGTAATGGTGGGC  2886

Query 2608  TTGGCCTCACGAAGGATCCTGCTGCACCCCTCCACAGAGCACATGGTGGCCCAGGTCTTCAGGCTGCAACAGGC  2681
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  TTGGCCTCACGAAGGATCCTGCTGCACCCCTCCACAGAGCACATGGTGGCCCAGGTCTTCAGGCTGCAACAGGC  2960

Query 2682  CCATGGTGGAGAGACCTCCATGAGGAGAGTTTTCAACGTCCTTTATCCCATGCCTGCCGACCAGCGGAGACATG  2755
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  CCATGGTGGAGAGACCTCCATGAGGAGAGTTTTCAACGTCCTTTATCCCATGCCTGCCGACCAGCGGAGACATG  3034

Query 2756  TCAGTATCAACTCTGCCCGTTGGCTGCCTGAGCCAGGGCTTGGCTTGGCCTATGGTACTAACAAAGGAGACCTG  2829
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  TCAGTATCAACTCTGCCCGTTGGCTGCCTGAGCCAGGGCTTGGCTTGGCCTATGGTACTAACAAAGGAGACCTG  3108

Query 2830  GTGATCTGCCGACCAGAGGCCTTAAACTCTGGTGTTGAGTACTACTGGGACCAGCTGAACGAGACGGTCTTCAC  2903
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  GTGATCTGCCGACCAGAGGCCTTAAACTCTGGTGTTGAGTACTACTGGGACCAGCTGAACGAGACGGTCTTCAC  3182

Query 2904  TGTCCATTCCAACAGCAGGAGCAGCGAGCGGCCTGGAACCAGCAGAGCCACATGGAGGACAGACAGAGACATGG  2977
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183  TGTCCATTCCAACAGCAGGAGCAGCGAGCGGCCTGGAACCAGCAGAGCCACATGGAGGACAGACAGAGACATGG  3256

Query 2978  GGCTGATGAATGCCATTGGGCTTCAGCCCCGGAACCCTGCCACCTCAGTGACATCTCAGGGCACCGAGACTCTG  3051
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 3257  GGCTGATGAATGCCATTGGGCTTCAGCCCCGGAACCCTGCCACCTCAGTGACATCTCAGGGCACCCAGACTCTG  3330

Query 3052  GCCCTTCAGCTGCAGAATGCCGAAACACAGACTGAGAGGGAGGTGCCGGAGCCAGGGACAGCCGCCTCAGGTCC  3125
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331  GCCCTTCAGCTGCAGAATGCCGAAACACAGACTGAGAGGGAGGTGCCGGAGCCAGGGACAGCCGCCTCAGGTCC  3404

Query 3126  TGGTGAAGGTGAGGGTTCAGAGTATGGTGCCAGTGGAGAAGATGCGCTCAGCAGGATCCAGAGGCTGATGGCGG  3199
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405  TGGTGAAGGTGAGGGTTCAGAGTATGGTGCCAGTGGAGAAGATGCGCTCAGCAGGATCCAGAGGCTGATGGCGG  3478

Query 3200  AGGGCGGCATGACAGCCGTGGTGCAGCGGGAGCAGAGCACCACCATGGCCTCCATGGGCGGCTTCGGCAACAAC  3273
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3479  AGGGCGGCATGACAGCCGTGGTGCAGCGGGAGCAGAGCACCACCATGGCCTCCATGGGCGGCTTCGGCAACAAC  3552

Query 3274  ATCATCGTCAGCCACCGCATTCACCGCAGCTCTCAGACGGGCACTGAACCTGGTGCCGCCCACACCTCCTCACC  3347
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3553  ATCATCGTCAGCCACCGCATTCACCGCAGCTCTCAGACGGGCACTGAACCTGGTGCCGCCCACACCTCCTCACC  3626

Query 3348  CCAGCCCTCCACCTCTCGGGGACTGCTCCCAGAGGCCGGGCAACTGGCAGAGCGAGGCCTAAGCCCCCGGACAG  3421
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3627  CCAGCCCTCCACCTCTCGGGGACTGCTCCCAGAGGCCGGGCAACTGGCAGAGCGAGGCCTAAGCCCCCGGACAG  3700

Query 3422  CTTCCTGGGACCAGCCTGGTACCCCTGGGCGGGAGCCAACCCAGCCAACCCTGCCCTCTTCCTCCCCTGTCCCC  3495
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3701  CTTCCTGGGACCAGCCTGGTACCCCTGGGCGGGAGCCAACCCAGCCAACCCTGCCCTCTTCCTCCCCTGTCCCC  3774

Query 3496  ATTCCTGTTTCCCTTCCCAGCGCTGAGGGACCAACCGTCCACTGCGAGTTGACCAATAACAACCACCTTCTGGA  3569
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3775  ATTCCTGTTTCCCTTCCCAGCGCTGAGGGACCAACCCTCCACTGCGAGTTGACCAATAACAACCACCTTCTGGA  3848

Query 3570  TGGTGGCAGCAGCAGGGGGGACGCTGCAGGCCCTAGGGGAGAACCACGGAACAGG  3624
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3849  TGGTGGCAGCAGCAGGGGGGACGCTGCAGGCCCTAGGGGAGAACCACGGAACAGG  3903