Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_08719
• Subject: NM_001350538.1
• Aligned Length: 2838
• Identities: 2534
• Gaps: 303

Alignment

Query    1  ATGGTGCCCTGGGTGCGGACGATGGGGCAGAAGCTGAAGCAGCGGCTGCGACTGGACGTGGGACGCGAGATCTG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGTGCCCTGGGTGCGGACGATGGGGCAGAAGCTGAAGCAGCGGCTGCGACTGGACGTGGGACGCGAGATCTG  74

Query   75  CCGCCAGTACCCGCTGTTCTGCTTCCTGCTGCTCTGTCTCAGCGCCGCCTCCCTGCTTCTTAACAGGTATATTC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CCGCCAGTACCCGCTGTTCTGCTTCCTGCTGCTCTGTCTCAGCGCCGCCTCCCTGCTTCTTAACAGGTATATTC  148

Query  149  ATATTTTAATGATCTTCTGGTCATTTGTTGCTGGAGTTGTCACATTCTACTGCTCACTAGGACCTGATTCTCTC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ATATTTTAATGATCTTCTGGTCATTTGTTGCTGGAGTTGTCACATTCTACTGCTCACTAGGACCTGATTCTCTC  222

Query  223  TTACCAAATATATTCTTCACAATAAAATACAAACCCAAGCAGTTAGGACTTCAGGAATTATTTCCTCAAGGTCA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TTACCAAATATATTCTTCACAATAAAATACAAACCCAAGCAGTTAGGACTTCAGGAATTATTTCCTCAAGGTCA  296

Query  297  TAGCTGTGCTGTTTGTGGTAAAGTGAAATGTAAACGACATAGGCCTTCTTTGCTACTTGAAAACTACCAGCCAT  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TAGCTGTGCTGTTTGTGGTAAAGTGAAATGTAAACGACATAGGCCTTCTTTGCTACTTGAAAACTACCAGCCAT  370

Query  371  GGCTAGACCTGAAAATTTCTTCCAAGGTTGATGCATCTCTCTCAG-----------------------------  415
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                             
Sbjct  371  GGCTAGACCTGAAAATTTCTTCCAAGGTTGATGCATCTCTCTCAGAGGTTCTTGAATTAGTGTTGGAAAACTTT  444

Query  416  --------------------------------------------------------------------------  415
                                                                                      
Sbjct  445  GTTTATCCGTGGTACAGGGATGTGACAGATGATGAATCCTTTGTTGATGAACTGAGAATAACATTACGTTTTTT  518

Query  416  -----------------------------AGGTGGATATTCCATCTATTATAACCAAGAAACTATTAAAAGCAG  460
                                         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGCATCTGTCTTAATAAGAAGGATTCACAAGGTGGATATTCCATCTATTATAACCAAGAAACTATTAAAAGCAG  592

Query  461  CAATGAAGCATATAGAAGTGATAGTTAAAGCCAGACAGAAAGTAAAAAATACAGAGTTTTTACAGCAAGCTGCT  534
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                    
Sbjct  593  CAATGAAGCATATAGAAGTGATAGTTAAAGCCAGACAG------------------------------------  630

Query  535  TTAGAAGAATATGGTCCAGAGCTTCATGTTGCTTTGAGAAGTCGAAGAGATGAATTGCACTATTTAAGGAAACT  608
                                                                                      
Sbjct  631  --------------------------------------------------------------------------  630

Query  609  TACTGAACTGCTTTTTCCTTATATTTTGCCTCCTAAAGCAACAGACTGCAGATCTCTGACCTTACTTATAAGAG  682
                                              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  631  ----------------------------------AAAGCAACAGACTGCAGATCTCTGACCTTACTTATAAGAG  670

Query  683  AGATTCTGTCTGGCTCTGTGTTCCTTCCTTCTTTGGATTTCCTAGCTGATCCAGATACTGTGAATCATTTGCTT  756
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  671  AGATTCTGTCTGGCTCTGTGTTCCTTCCTTCTTTGGATTTCCTAGCTGATCCAGATACTGTGAATCATTTGCTT  744

Query  757  ATCATCTTCATAGATGACAGTCCACCTGAAAAAGCAACTGAACCGGCTTCTCCTTTGGTTCCATTCTTGCAGAA  830
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  745  ATCATCTTCATAGATGACAGTCCACCTGAAAAAGCAACTGAACCGGCTTCTCCTTTGGTTCCATTCTTGCAGAA  818

Query  831  ATTTGCAGAACCTAGAAATAAAAAGCCATCTGTGCTGAAGTTAGAATTGAAGCAAATCAGAGAGCAACAAGATC  904
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  819  ATTTGCAGAACCTAGAAATAAAAAGCCATCTGTGCTGAAGTTAGAATTGAAGCAAATCAGAGAGCAACAAGATC  892

Query  905  TTTTATTTCGTTTTATGAACTTTCTGAAACAAGAAGGCGCAGTGCACGTGTTGCAGTTTTGTTTGACTGTGGAG  978
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  893  TTTTATTTCGTTTTATGAACTTTCTGAAACAAGAAGGCGCAGTGCACGTGTTGCAGTTTTGTTTGACTGTGGAG  966

Query  979  GAATTTAATGATAGAATTTTACGACCAGAATTATCAAATGATGAAATGCTGTCTCTTCATGAAGAATTGCAGAA  1052
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  967  GAATTTAATGATAGAATTTTACGACCAGAATTATCAAATGATGAAATGCTGTCTCTTCATGAAGAATTGCAGAA  1040

Query 1053  GATTTATAAAACATACTGTTTGGATGAAAGTATTGACAAAATTAGATTTGATCCCTTCATTGTAGAAGAGATTC  1126
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1041  GATTTATAAAACATACTGTTTGGATGAAAGTATTGACAAAATTAGATTTGATCCCTTCATTGTAGAAGAGATTC  1114

Query 1127  AAAGAATTGCTGAAGGCCCATACATAGATGTTGTGAAACTTCAAACTATGAGATGTCTTTTTGAAGCATATGAA  1200
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1115  AAAGAATTGCTGAAGGCCCATACATAGATGTTGTGAAACTTCAAACTATGAGATGTCTTTTTGAAGCATATGAA  1188

Query 1201  CATGTTCTTTCCCTTTTGGAGAATGTATTTACTCCTATGTTCTGCCATAGTGATGAGTATTTCAGACAACTTTT  1274
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1189  CATGTTCTTTCCCTTTTGGAGAATGTATTTACTCCTATGTTCTGCCATAGTGATGAGTATTTCAGACAACTTTT  1262

Query 1275  AAGAGGTGCAGAATCACCAACACGCAATTCAAAATTGAACA---------------------------GGAACA  1321
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                           ||||||
Sbjct 1263  AAGAGGTGCAGAATCACCAACACGCAATTCAAAATTGAACAGAGGTAGCCTAAGTTTGGATGATTTTCGGAACA  1336

Query 1322  CACAGAAAAGGGGAGAATCATTTGGAATCAGCAGAATAGGTAGCAAAATTAAAGGAGTATTCAAAAGTACCACA  1395
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1337  CACAGAAAAGGGGAGAATCATTTGGAATCAGCAGAATAGGTAGCAAAATTAAAGGAGTATTCAAAAGTACCACA  1410

Query 1396  ATGGAGGGAGCTATGTTGCCTAATTATGGTGTAGCTGAAGGTGAAGATGATTTTATTGAAGAAGGTATTGTTGT  1469
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1411  ATGGAGGGAGCTATGTTGCCTAATTATGGTGTAGCTGAAGGTGAAGATGATTTTATTGAAGAAGGTATTGTTGT  1484

Query 1470  AATGGAAGATGATTCTCCAGTGGAGGCTGTGAGCACACCTAATACTCCCCGAAACCTTGCTGCATGGAAAATTA  1543
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1485  AATGGAAGATGATTCTCCAGTGGAGGCTGTGAGCACACCTAATACTCCCCGAAACCTTGCTGCATGGAAAATTA  1558

Query 1544  GCATTCCATATGTAGACTTTTTTGAGGATCCCTCCTCTGAAAGGAAGGAGAAAAAAGAAAGAATTCCTGTGTTT  1617
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559  GCATTCCATATGTAGACTTTTTTGAGGATCCCTCCTCTGAAAGGAAGGAGAAAAAAGAAAGAATTCCTGTGTTT  1632

Query 1618  TGTATTGATGTTGAAAGAAATGATAGAAGAGCAGTTGGACACGAGCCTGAACATTGGTCTGTCTATAGAAGATA  1691
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1633  TGTATTGATGTTGAAAGAAATGATAGAAGAGCAGTTGGACACGAGCCTGAACATTGGTCTGTCTATAGAAGATA  1706

Query 1692  TCTTGAATTCTATGTACTTGAATCAAAACTAACAGAATTTCATGGTGCATTTCCTGATGCCCAGCTTCCTTCTA  1765
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1707  TCTTGAATTCTATGTACTTGAATCAAAACTAACAGAATTTCATGGTGCATTTCCTGATGCCCAGCTTCCTTCTA  1780

Query 1766  AGAGGATCATTGGCCCCAAAAATTATGAATTCTTAAAGTCAAAGAGGGAAGAGTTCCAAGAATATCTACAGAAA  1839
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1781  AGAGGATCATTGGCCCCAAAAATTATGAATTCTTAAAGTCAAAGAGGGAAGAGTTCCAAGAATATCTACAGAAA  1854

Query 1840  CTTCTGCAGCATCCAGAACTGAGTAATAGTCAACTTCTGGCAGACTTTCTTTCCCCTAATGGTGGGGAAACACA  1913
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855  CTTCTGCAGCATCCAGAACTGAGTAATAGTCAACTTCTGGCAGACTTTCTTTCCCCTAATGGTGGGGAAACACA  1928

Query 1914  ATTTCTTGATAAGATACTACCAGATGTAAATCTTGGGAAAATTATAAAATCTGTTCCTGGAAAACTAATGAAAG  1987
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1929  ATTTCTTGATAAGATACTACCAGATGTAAATCTTGGGAAAATTATAAAATCTGTTCCTGGAAAACTAATGAAAG  2002

Query 1988  AGAAAGGTCAGCATTTGGAACCTTTTATCATGAATTTCATTAATTCTTGTGAGTCTCCAAAGCCTAAACCAAGT  2061
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2003  AGAAAGGTCAGCATTTGGAACCTTTTATCATGAATTTCATTAATTCTTGTGAGTCTCCAAAGCCTAAACCAAGT  2076

Query 2062  AGACCAGAACTGACCATTCTCAGCCCTACTTCAGAAAACAACAAGAAGCTTTTCAATGATCTGTTTAAAAATAA  2135
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2077  AGACCAGAACTGACCATTCTCAGCCCTACTTCAGAAAACAACAAGAAGCTTTTCAATGATCTGTTTAAAAATAA  2150

Query 2136  TGCAAACCGTGCTGAAAATACAGAGAGAAAGCAAAATCAGAATTATTTTATGGAGGTGATGACTGTAGAAGGAG  2209
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2151  TGCAAACCGTGCTGAAAATACAGAGAGAAAGCAAAATCAGAATTATTTTATGGAGGTGATGACTGTAGAAGGAG  2224

Query 2210  TCTATGATTACCTGATGTATGTAGGACGGGTAGTTTTCCAGGTTCCTGACTGGCTTCATCATCTCTTAATGGGA  2283
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2225  TCTATGATTACCTGATGTATGTAGGACGGGTAGTTTTCCAGGTTCCTGACTGGCTTCATCATCTCTTAATGGGA  2298

Query 2284  ACTCGAATCCTCTTTAAAAACACCCTGGAAATGTATACTGATTACTATCTTCAGTGTAAACTAGAACAGCTATT  2357
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2299  ACTCGAATCCTCTTTAAAAACACCCTGGAAATGTATACTGATTACTATCTTCAGTGTAAACTAGAACAGCTATT  2372

Query 2358  TCAGGAGCACCGTTTGGTCTCACTCATAACACTTCTCAGAGATGCTATATTCTGTGAAAACACTGAACCTCGCT  2431
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2373  TCAGGAGCACCGTTTGGTCTCACTCATAACACTTCTCAGAGATGCTATATTCTGTGAAAACACTGAACCTCGCT  2446

Query 2432  CTCTCCAAGATAAGCAAAAAGGAGCAAAACAGACTTTTGAAGAAATGATGAATTACATTCCAGATCTGTTAGTC  2505
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2447  CTCTCCAAGATAAGCAAAAAGGAGCAAAACAGACTTTTGAAGAAATGATGAATTACATTCCAGATCTGTTAGTC  2520

Query 2506  AAGTGTATTGGTGAAGAAACCAAGTATGAAAGCATCAGACTTCTGTTTGATGGCTTACAGCAACCAGTACTCAA  2579
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2521  AAGTGTATTGGTGAAGAAACCAAGTATGAAAGCATCAGACTTCTGTTTGATGGCTTACAGCAACCAGTACTCAA  2594

Query 2580  CAAGCAGCTGACTTATGTTTTATTGGACATTGTGATACAGGAACTGTTTCCAGAGCTCAATAAGGTACAAAAGG  2653
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2595  CAAGCAGCTGACTTATGTTTTATTGGACATTGTGATACAGGAACTGTTTCCAGAGCTCAATAAGGTACAAAAGG  2668

Query 2654  AAGTTACCTCTGTGACATTTTGGATG  2679
            ||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 2669  AAGTTACCTCTGTGACATCTTGGATG  2694