Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_08741
• Subject: XM_017314730.1
• Aligned Length: 2085
• Identities: 1493
• Gaps: 489

Alignment

Query    1  ATGGAGGAGAAGCCCGGCCAGCCACAGCCTCAGCACCATCACAGCCACCACCATCCGCACCATCACCCTCAGCA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GCAGCAGCAGCAGCCGCACCACCACCACCATTATTATTTCTACAACCACAGCCACAACCACCACCACCACCATC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  ATCACCAGCAGCCTCACCAATACCTGCAGCATGGAGCCGAGGGCAGCCCCAAGGCCCAGCCAAAGCCGCTGAAA  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  CATGAGCAGAAACACACCCTCCAGCAGCACCAGGAAACGCCGAAGAAGAAAACAGGCTATGGTGAACTAAACGG  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  TAATGCTGGAGAAAGAGAAATATCTTTAAAGAACCTGAGTTCTGATGAAGCCACCAACCCTATTTCCAGGGTCC  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  TCAATGGCAACCAGCAAGTTGTAGACACTAGCCTGAAGCAGACTGTAAAGGCCAACACCTTTGGGAAAGCAGGA  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  ATTAAAACCAAGAATTTCATTCAGAAAAACAGTATGGACAAAAAGAATGGGAAGTCTTATGAAAATAAATCTGG  518
                                             ||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct    1  ---------------------------------ATGGACAAAAAGAATGGGAAGTCTTATGAAAACAAATCTGG  41

Query  519  AGAGAATCAGTCTGTAGATAAGTCTGATACTATACCAATTCCAAATGGTGTGGTAACAAATAATTCTGGTTATA  592
            |||||..|||.|||||||||||.|.|||||.|||.||||||||||||||||..||||||.||.|||.||.||||
Sbjct   42  AGAGACCCAGGCTGTAGATAAGACCGATACCATAGCAATTCCAAATGGTGTTATAACAAGTAGTTCAGGCTATA  115

Query  593  TTACTAATGGTTATATGGGTAAAGGAGCAGATAATGATGGTAGTGGATCTGAGAGCGGATATACAACTCCTAAA  666
            |||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||
Sbjct  116  TTACTAATGGTTATATGAGCAAAGGAGCAGATAATGATGGTAGTGGATCTGAGAGTGGATATACCACTCCTAAA  189

Query  667  AAAAGGAAAGCTAGGCGCAATAGTGCCAAGGGTTGTGAAAACCTTAATATAGTGCAGGACAAAATAATGCAACA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||   ||
Sbjct  190  AAAAGGAAAGCTAGGCGCAATAGTGCCAAGGGTTGTGAAAACCTTAATTTAGTGCAGGACAAAATAATG---CA  260

Query  741  AGAGACCAGTGTCCCAACCTTAAAACAGGGACTTGAAACTTTCAAGCCTGACTATAGTGAACAAAAGGGAAATC  814
            ||||||.|||||||||.|.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||..|
Sbjct  261  AGAGACTAGTGTCCCAGCATTAAAACAGGGACTTGAAACTTTAAAGCCTGACTATAGTGAACAAAAGGGAATGC  334

Query  815  GAGTAGATGGTTCGAAGCCCATTTGGAAGTATGAAACTGGGCCTGGAGGAACAAGTCGAGGAAAACCTGCTGTG  888
            |||||||||||||.|||||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||.||
Sbjct  335  GAGTAGATGGTTCAAAGCCTATTTGGAAATATGAAACTGGACCTGGAGGAACAAGTCGTGGAAAACCTGCTATG  408

Query  889  GGTGATATGCTTCGGAAAAGCTCAGATAGTAAACCTGGTGTGAGCAGCAAAAAGTTTGATGATCGGCCCAAAGG  962
            |||||..|||||||.||||||||.||||.||||||||||.||||.||||||||.||||||||||||||.|||||
Sbjct  409  GGTGACGTGCTTCGTAAAAGCTCTGATATTAAACCTGGTTTGAGTAGCAAAAAATTTGATGATCGGCCTAAAGG  482

Query  963  AAAGCATGCTTCAGCTGTTGCCTCCAAAGAGGACTCGTGGACCCTATTTAAACCACCCCCAGTTTTTCCAGTGG  1036
            |||||||||.|||||||.||||||||||||||||||.||||||.|.|||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  483  AAAGCATGCCTCAGCTGCTGCCTCCAAAGAGGACTCATGGACCTTGTTTAAGCCACCCCCAGTTTTTCCAGTGG  556

Query 1037  ACAATAGCAGTGCTAAAATAGTTCCTAAAATAAGTTATGCAAGCAAAGTTAAGGAAAACCTCAACAAAACTATA  1110
            |||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct  557  ACAATAGCAGTGCAAAAATAGTTCCTAAAATAAGTTATGCAAGCAAAGTTAAGGAAAACCTCAACAAAACTGTA  630

Query 1111  CAGAACTCTTCTGTGTCACCAACTTCATCTTCATCATCTTCATCATCTACCGGGGAAACTCAGACCCAATCATC  1184
            ||||||||.||.|||||||||.||||||||||||||   |||||||||||.|||||||||||||||||.||.||
Sbjct  631  CAGAACTCCTCCGTGTCACCATCTTCATCTTCATCA---TCATCATCTACTGGGGAAACTCAGACCCAGTCTTC  701

Query 1185  AAGTCGCTTATCCCAGGTCCCTATGTCAGCGCTGAAATCTGTTACTTCTGCCAACTTTTCTAATGGGCCTGTTT  1258
            ||||||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||..|||||||||||||||||||
Sbjct  702  AAGTCGGTTATCCCAGGTCCCGATGTCAGCTCTGAAATCTGTTACTTCTGCCAGTTTTTCTAATGGGCCTGTTT  775

Query 1259  TAGCAGGGACTGATGGAAATGTTTATCCTCCAGGGGGTCAGCCACTGCTAACTACTGCTGCTAATACTCTAACA  1332
            |||||||.||||||||||.|||.||.||..|.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||
Sbjct  776  TAGCAGGAACTGATGGAAGTGTGTACCCATCTGGGGGTCAGCCACTGCTAACGACTGCTGCTAATACTTTAACA  849

Query 1333  CCTATCTCTTCTGGGACAGATTCAGTTCTCCAGGACATGAGTCTAACTTCAGCAGCTGTTGAACAAATTAAGAC  1406
            ||.||||||.|||||||.|||||.|||||.||||||||||||||..||||||||||.||||||||||||||..|
Sbjct  850  CCCATCTCTACTGGGACTGATTCTGTTCTTCAGGACATGAGTCTGGCTTCAGCAGCCGTTGAACAAATTAAATC  923

Query 1407  TAGCCTTTTTATCTATCCTTCAAATATGCAAACTATGCTGTTGAGCACAGCACAAGTGGATCTGCCCTCTCAGA  1480
            |||||||||||||||.|||||||||||||||||..|||||||.||   .||||||||.||||||||||||||||
Sbjct  924  TAGCCTTTTTATCTACCCTTCAAATATGCAAACAGTGCTGTTAAG---TGCACAAGTAGATCTGCCCTCTCAGA  994

Query 1481  CAGATCAGCAAAACCTGGGGGATATCTTCCAGAATCAGTGGGGTTTATCATTTATAAATGAGCCCAGTGCTGGC  1554
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  995  CAGATCAGCAAAACCTGGGGGATATCTTCCAGAATCAATGGGGTTTATCATTTATAAATGAGCCCAGTGCTGGC  1068

Query 1555  CCTGAGACTGTTACTGGGAAGTCATCAGAGCATAAAGTGATGGAGGTGACATTTCAAGGAGAATATCCTGCTAC  1628
            ||.||||||||||.|||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 1069  CCAGAGACTGTTATTGGAAAGTCATCAGATCATAAAGTGATGGAAGTGACATTTCAAGGAGAATATCCTGCCAC  1142

Query 1629  TTTGGTTTCACAGGGTGCTGAAATAATTCCCTCAGGAACTGAGCATCCTGTGTTTCCCAAGGCTTACGAGCTGG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1143  TTTGGTTTCACAGGGTGCTGAAATAATTCCCTCAGGAACTGAGCATCCTGTGTTTCCCAAGGCTTATGAGCTGG  1216

Query 1703  AGAAACGGACTAGTCCTCAAGTTCTGGGTAGCATTCTAAAATCTGGGACTACTAGTGAGAGTGGAGCCTTATCC  1776
            |.|||||||||||||||||||||||||||..||||||||||.||||||||||   |||||||||||||||||||
Sbjct 1217  AAAAACGGACTAGTCCTCAAGTTCTGGGTCACATTCTAAAACCTGGGACTAC---TGAGAGTGGAGCCTTATCC  1287

Query 1777  TTGGAACCCAGTCATATAGGTGACCTGCAGAAAGCAGACACCAGTAGTCAAGGTGCTTTAGTGTTTCTCTCAAA  1850
            |||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1288  TTGGACCCCAGTCATATAGGTGACCTGCAAAAAGCAGACACCAGTAGTCAAGGTGCTTTAGTGTTTCTCTCAAA  1361

Query 1851  GGACTACGAGATAGAAAGTCAAAATCCTCTGGCCTCTCCTACGAACACTTTGTTAGGCTCTGCCAAAGAACAGA  1924
            |||||||||.|||||||.|||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 1362  GGACTACGAAATAGAAAATCAAAATCCCCTGGCCTCTCCTACGAACACTTTGTTAGGCTCCGCCAAAGAACAGA  1435

Query 1925  GATACCAGAGAGGCCTAGAAAGGAATGATAGCTGGGGTTCTTTTGACCTGAGGGCTGCTATTGTATATCACACT  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436  GATACCAGAGAGGCCTAGAAAGGAATGATAGCTGGGGTTCTTTTGACCTGAGGGCTGCTATTGTATATCACACT  1509

Query 1999  AAAGAAATGGAATCTATTTGGAATTTGCAGAAGCAAGATCCCAAAAGGATAATCACTTACAATGAAGCCATGGA  2072
            |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1510  AAAGAAATGGAATCTATATGGAATTTGCAGAAGCAAGATCCCAAAAGGATAATCACTTACAATGAAGCCATGGA  1583

Query 2073  TAGTCCAGATCAA  2085
            |||||||||||||
Sbjct 1584  TAGTCCAGATCAA  1596