Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_09043
• Subject: XR_001740289.2
• Aligned Length: 2295
• Identities: 1394
• Gaps: 900

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AAGAAAGGTAAGGGCCCTGGGCGAGGAAAGCGCGGCCCTTTCCGAGTTTGGTGTTTTGCAGCGAAAGGAAATCT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  CGCTCTTCCGAAAGTCCTCCAGGGCGAGAGAGGAAAGGGCCTAGGTACTGTGCTGGGGTCGCACAGCCGGCCGA  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  GACAGTGCCGGGACGGGGAGCCAGGCTTCCGAGTGCGCCCGGTCACTGACTCCTCCGCGCTTTCCTCGTGCGCC  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  TGCAGCCCTTGGTTCTTGGAAACGCCGGCGCCTTGTTCAGGGCTGGTGGGGCTGGGGCGCAAGGTGCAGCTGAC  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  AATGCCCGAGAGGAGCCGCAGCCTCTGGTGGAGTTCGGTCGGGTGTGGGGGTAGTCAAGGAAAGAAGCAAAGGG  370

Query    1  -----------------ATGGCAGAAGCTGTTTTCCATGCCCCAAAGAGGAAAAGAAGAGTGTATGAGACTTAC  57
                             |||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AATACCTCCTCTGAAAAATGGCAGAAGCAGTTTTCCATGCCCCAAAGAGGAAAAGAAGAGTGTATGAGACTTAC  444

Query   58  GAGTCTCCATTGCCAATCCCTTTTGGTCAGGACCATGGTCCTCTGAAAGAATTCAAGATATTCCGTGCTGAAAT  131
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GAGTCTCCATTGCCAATCCCTTTTGGTCAGGACCATGGTCCTCTGAAAGAATTCAAGATATTCCGTGCTGAAAT  518

Query  132  GATTAACAACAATGTGATTGTGAGGAATGCGGAGGACATTGAGCAGCTCTATGGGAAAGGTTATTTTGGAAAAG  205
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GATTAACAACAATGTGATTGTGAGGAATGCGGAGGACATTGAGCAGCTCTATGGGAAAGGTTATTTTGGAAAAG  592

Query  206  GTATTCTTTCAAGAAGCCGTCCAAGCTTCACAATTTCAGATCCTAAACTGGTTGCTAAATGGAAAGATATGAAG  279
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GTATTCTTTCAAGAAGCCGTCCAAGCTTCACAATTTCAGATCCTAAACTGGTTGCTAAATGGAAAGATATGAAG  666

Query  280  ACAAACATGCCTATCATCACATCAAAGAGGTATCAGCATAGTGTTGAGTGGGCAGCAGAGCTGATGCGTAGACA  353
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ACAAACATGCCTATCATCACATCAAAGAGGTATCAGCATAGTGTTGAGTGGGCAGCAGAGCTGATGCGTAGACA  740

Query  354  GGGGCAGGATGAGAGTACAGTGCGCAGAATCCTCAAGGATTACACGAAACCGCTTGAGCATCCTCCTGTGAAAA  427
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GGGGCAGGATGAGAGTACAGTGCGCAGAATCCTCAAGGATTACACGAAACCGCTTGAGCATCCTCCTGTGAAAA  814

Query  428  GGAATGAAGAGGCTCAAGTGCATGACAAGCTTAACTCTGGAATGGTTTCCAACATGGAAGGCACAGCAGGGGGA  501
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GGAATGAAGAGGCTCAAGTGCATGACAAGCTTAACTCTGGAATGGTTTCCAACATGGAAGGCACAGCAGGGGGA  888

Query  502  GAGAGACCTTCTGTGGTAAACGGGGACTCTGGAAAGTCAGGTGGTGTGGGTGATCCCCGTGAGCCATTAGGCTG  575
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GAGAGACCTTCTGTGGTAAACGGGGACTCTGGAAAGTCAGGTGGTGTGGGTGATCCCCGTGAGCCATTAGGCTG  962

Query  576  CCTGCAGGAGGGCTCTGGCTGCCACCCAACAACAGAGAGCTTTGAGAAAAGCGTGCGAGAGGATGCCTCACCTC  649
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CCTGCAGGAGGGCTCTGGCTGCCACCCAACAACAGAGAGCTTTGAGAAAAGCGTGCGAGAGGATGCCTCACCTC  1036

Query  650  TGCCCCATGTCTGTTGCTGCAAACAAGATGCTCTCATCCTCCAGCGTGGCCTTCATCATGAAGACGGCAGCCAG  723
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TGCCCCATGTCTGTTGCTGCAAACAAGATGCTCTCATCCTCCAGCGTGGCCTTCATCATGAAGACGGCAGCCAG  1110

Query  724  CACATCGGCCTCCTGCATCCTGGGGACAGAGGGCCTGACCATGAGTACGTGCTGGTCGAGGAAGCGGAGTGTGC  797
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CACATCGGCCTCCTGCATCCTGGGGACAGAGGGCCTGACCATGAGTACGTGCTGGTCGAGGAAGCGGAGTGTGC  1184

Query  798  CATGAGCGAGAGGGAGGCTGCCCCAAATGAGGAATTGGTGCAAAGAAACAGGTTAATATGCAGAAGAAATCCAT  871
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CATGAGCGAGAGGGAGGCTGCCCCAAATGAGGAATTGGTGCAAAGAAACAGGTTAATATGCAGAAGAAATCCAT  1258

Query  872  ATAGGATCTTTGAGTATTTGCAACTCAGCCTAGAAGAGGCCTTTTTCTTGGTCTATGCTCTGGGATGTTTAAGT  945
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ATAGGATCTTTGAGTATTTGCAACTCAGCCTAGAAGAGGCCTTTTTCTTGGTCTATGCTCTGGGATGTTTAAGT  1332

Query  946  ATTTACTATGAGAAGGAGCCTTTAACGATAGTGAAGCTCTGGAAAGCTTTCACTGTAGTTCAGCCCACGTTCAG  1019
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  ATTTACTATGAGAAGGAGCCTTTAACGATAGTGAAGCTCTGGAAAGCTTTCACTGTAGTTCAGCCCACGTTCAG  1406

Query 1020  AACCACCTACATGGCCTACCATTACTTTCGAAGCAAGGGCTGGGTGCCCAAAGTGGGACTCAAGTACGGGACAG  1093
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  AACCACCTACATGGCCTACCATTACTTTCGAAGCAAGGGCTGGGTGCCCAAAGTGGGACTCAAGTACGGGACAG  1480

Query 1094  ATTTACTGCTATATCGGAAAGGCCCTCCATTTTACCATGCAAGTTATTCTGTCATTATCGAGCTAGTTGATGAC  1167
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  ATTTACTGCTATATCGGAAAGGCCCTCCATTTTACCATGCAAGTTATTCTGTCATTATCGAGCTAGTTGATGAC  1554

Query 1168  CATTTTGAAGGCTCTCTCCGCAGGCCTCTCAGTTGGAAGTCCCTGGCTGCCTTGAGCAGAGTTTCCGTTAATGT  1241
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CATTTTGAAGGCTCTCTCCGCAGGCCTCTCAGTTGGAAGTCCCTGGCTGCCTTGAGCAGAGTTTCCGTTAATGT  1628

Query 1242  CTCTAAGGAACTTATGCTGTGCTATTTGATTAAACCCTCTACTATGACTGACAAGGAAATGGAGTCACCAGAAT  1315
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  CTCTAAGGAACTTATGCTGTGCTATTTGATTAAACCCTCTACTATGACTGACAAGGAAATGGAGTCACCAGAAT  1702

Query 1316  GTATGAAAAGGATTAAAGTTCAGGAGGTGATTCTGAGTCGATGGGTTTCTTCACGAGAGAGGAGTGACCAAGAC  1389
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  GTATGAAAAGGATTAAAGTTCAGGAGGTGATTCTGAGTCGATGGGTTTCTTCACGAGAGAGGAGTGACCAAGAC  1776

Query 1390  GATCTT--------------------------------------------------------------------  1395
            ||||||                                                                    
Sbjct 1777  GATCTTTAACAATTCAACCTCAAATTTCTAATTTCACCAACAACTATTTATTGAGGGCTAGTCTCGCTCTGTCG  1850

Query 1396  --------------------------------------------------------------------------  1395
                                                                                      
Sbjct 1851  TCCAGGCTGGAGTCCAATGCTGCGATCTTGGATCACTGCAACCTCTGCCTGCTGGGTTTAAGCGATTCTCATGC  1924

Query 1396  --------------------------------------------------------------------------  1395
                                                                                      
Sbjct 1925  CTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCACGCACCACCACACACGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGA  1998

Query 1396  --------------------------------------------------------------------------  1395
                                                                                      
Sbjct 1999  CGGGGTTTCACTATGTTGGCCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGACCTCAAGTGATCTGCCCGCCTTGGCCTCCCAA  2072

Query 1396  --------------------------------------------------------------------------  1395
                                                                                      
Sbjct 2073  AGTGCTGAGAGTACAGGCGTGAGCCACTGCATCCAGCTCTTAGCATGTGCTTTTAAAGTAAAAACCACGAGGAG  2146

Query 1396  --------------------------------------------------------------------------  1395
                                                                                      
Sbjct 2147  AAGGTACTCATTACTTCATAACTTGTGTCTCACCCACCTTGCTGTCTTCACATCCCCACTTTCTGTATGCACAT  2220

Query 1396  --------------------------------------------------------------------------  1395
                                                                                      
Sbjct 2221  TGGAAGGTGAATTTGTTCAGCTCACATTAATTTATAGGAATAATTTTCATTGCTCTGTGAATAAAATGTGCTAC  2294

Query 1396  -  1395
             
Sbjct 2295  C  2295