Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_09120
• Subject: NM_198967.5
• Aligned Length: 2835
• Identities: 1960
• Gaps: 522

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGCTGGTGACCCGCGGGGACCGCGGCGGCGGGGAGCGCGCGCCCTCGCGGCGCCCGCGCTGCGGGCTGGTTCC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  AGCGGGGGCCGCGGCGCTGCTAGCTGGGGCCAGCTGCCTTTGCTACGGCCGCTCGCTGCGGGGCGAGTTTGTAC  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  ACGACGATGTGTGGGCGATCGTGAACAACCCCGACGTGCGGCCCGGGACACCGCTGCGCTGGGCCATCTTCGCT  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  AACGACTTCTGGGGCAAGGGCCTGGCGGACAGCACCAGCCACAAGTCCTATCGGCCACTGTGCGTGCTGTCCTT  296

Query    1  -------------------------ATGAACCCATTCTACTTTCATGCAGTAAATATAATTTTACACTGCTTAG  49
                                     ||||||||.||||||||.||.||.||.|||.|.|||.||||||||.|.|
Sbjct  297  CAGGCTAAACATATTTCTGACTGGCATGAACCCTTTCTACTTCCACGCGGTCAATGTCATTCTACACTGCCTGG  370

Query   50  TGACTCTTGTGCTGATGTACACCTGTGATAAAACTGTCTTCAAGAATCGTGGACTTGCTTTTGTAACGGCATTG  123
            ||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||.|||||.||.||.|||
Sbjct  371  TGACCCTTGTGCTGATGTATACCTGTGATAAAACAGTCTTCAAGAATCGCGGACTGGCGTTTGTCACAGCTTTG  444

Query  124  CTTTTTGCTGTACATCCTATTCATACTGAGGCGGTGGCTGGGATCGTTGGCAGAGCGGACGTGTTAGCGTGTCT  197
            ||.|||||.||.||.||..|.||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.||..||||.||.||
Sbjct  445  CTCTTTGCGGTGCACCCAGTCCACACTGAGGCGGTGGCTGGCATCGTGGGCAGAGCTGATGTACTAGCATGCCT  518

Query  198  GCTGTTTCTATTGGCCTTTCTCTCGTACAACAGGAGTCTGGATCAGGGCTGTGTTGGGGGAAGT--TTCCCTTC  269
            .|||||.||..||||||||||.||.|||.|.||||||||||||||||||||||  ..|||.|||  |||||..|
Sbjct  519  CCTGTTCCTGCTGGCCTTTCTTTCCTACCAAAGGAGTCTGGATCAGGGCTGTG--CAGGGCAGTGCTTCCCCAC  590

Query  270  CACGGTGTCTCCCTTCTTCTTGCTGCTCAGTTTGTTTCTGGGGACCTGTGCGATGCTGGTGAAAGAGACAGGCA  343
            .||||..||.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||
Sbjct  591  AACGGCTTCCCCCTTCTTCCTGCTGCTCAGTTTGTTTCTGGGGACCTGTGCCATGCTGGTGAAGGAGACAGGCA  664

Query  344  TCACGGTGTTTGGAGTGTGCTTGGTTTATGACCTCTTTTCCCTTTCCAACAAGCAAGACAAGTCGAGCAATGGG  417
            ||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|..|||.|||||||.|||||||.||||||||||
Sbjct  665  TCACCGTGTTTGGAGTGTGCTTGGTTTATGATCTCTTCTCTCCCTCCCACAAGCAGGACAAGTTGAGCAATGGG  738

Query  418  GCCCTCTGTCCACGCAGCCCACAGCAGCCCGGGAGCCCCCAGCCCTCCTCACTGCCAGGCCATCCTCACCGGGA  491
            ||..||||||..|.||||.|...||||||.||||||||||||||.|||||.|.||.||.|||.||.|||||.||
Sbjct  739  GCGGTCTGTCAGCACAGCTCTGGGCAGCCAGGGAGCCCCCAGCCTTCCTCTCAGCAAGCCCACCCCCACCGTGA  812

Query  492  GAATGG--GAAGCAGCAGCGGTTCCCTCACAAAGGAGCTTGGGGTGGCTGCCACTCTCCACTGCCACCAGAACC  563
            ||   |  |||  |||||||.|||||.|||||||...|.|||||.||||||||.||.|||.||||||||||.||
Sbjct  813  GA---GCAGAA--AGCAGCGCTTCCCACACAAAGACTCCTGGGGAGGCTGCCATTCACCATTGCCACCAGAGCC  881

Query  564  CAAGAGCAGTGGATTCCCAGTGTCCCCACGAGCTGTGTGGTCCATGATG-------------------------  612
            ||||||||||||||||||..||||.||..|||||.|||||||..|||||                         
Sbjct  882  CAAGAGCAGTGGATTCCCCATGTCGCCGAGAGCTATGTGGTCTCTGATGAGGTGTCTGACTGGGAGCACCAACA  955

Query  613  --------------------------------------------------------------------------  612
                                                                                      
Sbjct  956  GAAATTTCCTTCTTACCTTGAGACCGTTTTTAAAGCGGGCCATTTTGGTCATCAGTTATGTGACTGTCATTTTG  1029

Query  613  --------------------------------------------------------------------------  612
                                                                                      
Sbjct 1030  TATTTCCGCCTGTGGATAATGGGAGGAACTATGCCCCTCTTCTCAGAGCAAGACAATCCAGCTTCATTCTCGCC  1103

Query  613  -------------AGATTCCTCACCTATTCCTACCTCTTGGCCTTCAATGTGTGGCTTCTGCTTGCACCCGTGA  673
                         ||.|||||.|||||||||||||||.|||||||||||||.|||||||||||.||||||.|.|
Sbjct 1104  ATACATCCTTACAAGGTTCCTTACCTATTCCTACCTCCTGGCCTTCAATGTATGGCTTCTGCTGGCACCCATCA  1177

Query  674  CCCTGTGCTATGACTGGCAGGTCGGCAGTATTCCTCTGGTAGAGACCATATGGGACATGCGGAACTTAGCCACC  747
            |.||||||||.||||||||.||.||.|||||.||||||||.||||||||||||||..||.|||||.|.||.|||
Sbjct 1178  CTCTGTGCTACGACTGGCAAGTGGGAAGTATCCCTCTGGTGGAGACCATATGGGATGTGAGGAACCTTGCTACC  1251

Query  748  ATCTTTCTGGCGGTTGTGATGGCCTTATTGAGCCTGCACTGCTTAGCAGCCTTTAAGAGACTGGAGCACAAGGA  821
            |||.|||||||.||.||||||||||||.|||||||||||||..|.||||||||.|||||.||||||||||||||
Sbjct 1252  ATCCTTCTGGCAGTGGTGATGGCCTTACTGAGCCTGCACTGTGTGGCAGCCTTCAAGAGGCTGGAGCACAAGGA  1325

Query  822  GGTTTTAGTCGGCTTGTTGTTCCTGGTGTTCCCGTTCATTCCAGCCAGCAACCTCTTCTTCAGGGTGGGTTTTG  895
            .||.||.|.|||||||.|||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||
Sbjct 1326  AGTATTGGCCGGCTTGCTGTTCCTCGTGTTCCCGTTCATTCCAGCCAGCAACCTATTCTTCAGGGTGGGCTTTG  1399

Query  896  TGGTGGCGGAGAGAGTCCTTTACATGCCTAGCATGGGCTACTGCATCCTTTTTGTGCACGGACTGAGCAAGCTC  969
            |||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.||||||
Sbjct 1400  TGGTGGCCGAGAGAGTCCTGTACATGCCTAGCATGGGCTACTGCATTCTGTTTGTGCATGGACTGAGTAAGCTC  1473

Query  970  TGCACTTGGCTGAATCGATGTGGGGCCACCACCCTGATTGTGTCCACTGTGTTGCTGCTGTTGCTTTTCTCTTG  1043
            ||..||.||||||..||.||.|||||||||.|||||||.|.|||||||||||||||.|||.||||.|||||.||
Sbjct 1474  TGTGCTGGGCTGAGCCGGTGCGGGGCCACCTCCCTGATGGCGTCCACTGTGTTGCTTCTGCTGCTGTTCTCCTG  1547

Query 1044  GAAAACTGTGAAACAGAATGAAATTTGGCTGTCAAGAGAGTCCCTATTCAGGTCTGGAGTTCAAACTCTGCCCC  1117
            |||.||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||.|||||||||||||||||||.|||||.||||
Sbjct 1548  GAAGACTGTGAAGCAGAATGAAATCTGGCTGTCGAGAGAGTCCTTATTCAGGTCTGGAGTTCAGACTCTACCCC  1621

Query 1118  ACAATGCCAAGGTTCACTACAACTATGCCAATTTCCTGAAGGACCAAGGTCGGAACAAGGAAGCGATCTACCAC  1191
            ||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1622  ACAATGCCAAGGTTCATTACAACTACGCCAATTTCCTAAAAGACCAAGGTCGGAACAAGGAAGCGATCTACCAC  1695

Query 1192  TACAGAACAGCTCTCAAGTTGTATCCACGCCATGCAAGTGCGCTCAACAACCTTGGAACACTGACGAGAGACAC  1265
            ||||||||.||.||||||.||||.||||||||.||||||||.||.|||||||||||.||||||||.|..||||.
Sbjct 1696  TACAGAACCGCCCTCAAGCTGTACCCACGCCACGCAAGTGCACTGAACAACCTTGGGACACTGACCAAGGACAT  1769

Query 1266  AGCAGAGGCAAAGATGTACTATCAGAGGGCTCTCCAGCTCCATCCACAGCATAACCGGGCTCTTTTCAATCTGG  1339
            .|||||.||.|||||||||||.||||.|||..|.||||||||.||.|||||.|||||.||.|||||||||||||
Sbjct 1770  GGCAGAAGCTAAGATGTACTACCAGAAGGCATTGCAGCTCCACCCGCAGCACAACCGTGCACTTTTCAATCTGG  1843

Query 1340  GGAATCTCCTCAAGTCCCAGGAGAAAAAGGAAGAAGCTATCACCTTACTGAAGGATTCCATCAAATATGGTCCA  1413
            |||||||||||||||||||||||||.|..||||||||.||||...|.||||||||.|||||.||||||||||||
Sbjct 1844  GGAATCTCCTCAAGTCCCAGGAGAAGACAGAAGAAGCCATCATGCTGCTGAAGGAATCCATTAAATATGGTCCA  1917

Query 1414  GAGTTTGCAGATGCATATTCAAGCTTAGCTTCGTTATTGGCTGAGCAGGAGCGGTTTAAAGAAGCTGAAGAAAT  1487
            ||.|||||.|||||.|||||||||||.|||||..||.||||.||||||||..|.|||||.||||||||.||.||
Sbjct 1918  GATTTTGCTGATGCCTATTCAAGCTTGGCTTCCCTACTGGCGGAGCAGGAAAGATTTAAGGAAGCTGAGGACAT  1991

Query 1488  ATACCAAACTGGAATAAAGAACTGTCCAGACAGCTCAGATTTACACAACAACTATGGGGTTTTCTTAGTTGATA  1561
            .|||||..|||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||..||||||||||||||..
Sbjct 1992  TTACCAGGCTGGAATAAAGAACTGTCCGGACAGCTCAGACTTACACAACAACTATGCAGTTTTCTTAGTTGACT  2065

Query 1562  CTGGCTTACCAGAAAAGGCAGTGGCCCATTACCAGCAGGCCATCAAACTTAGCCCCAGTCATCACGTGGCCATG  1635
            |||||||.||.||.|||||.|||||.||.|||||||||||||||.|.||.|||||.||.|||||.|||||..||
Sbjct 2066  CTGGCTTTCCTGAGAAGGCTGTGGCTCACTACCAGCAGGCCATCCAGCTCAGCCCAAGCCATCATGTGGCTGTG  2139

Query 1636  GTGAACTTGGGAAGACTCTACAGGTCACTGGGAGAGAACAGCATGGCTGAAGAATGGTACAAGCGCGCCCTGCA  1709
            ||||||.|.||..|||||||||||||.||||||||||||||||.|||||||||.|||||||..||.||||||.|
Sbjct 2140  GTGAACCTAGGCCGACTCTACAGGTCCCTGGGAGAGAACAGCAAGGCTGAAGAGTGGTACAGACGTGCCCTGAA  2213

Query 1710  GGTGGCACACAAAGCTGAGATATTGTCACCTTTGGGAGCACTGTATTACAACACTGGCCGATACGAAGAGGCTT  1783
            ||||||.|.||..||||||.||.||||||||.|||||||.||.||||||||||||||||||.||.|.|||||..
Sbjct 2214  GGTGGCCCGCACGGCTGAGGTACTGTCACCTCTGGGAGCGCTCTATTACAACACTGGCCGACACAAGGAGGCAC  2287

Query 1784  TGCAGATTTACCAGGAAGCTGCAGCACTTCAGCCTTCTCAGAGGGAGCTCCGCTTGGCACTGGCTCAGGTTTTG  1857
            ||.||.|.|||..||||||||...||||.||||||||.|||||||||||||||.||||.|||||.||||||||.
Sbjct 2288  TGGAGGTGTACAGGGAAGCTGTCTCACTCCAGCCTTCCCAGAGGGAGCTCCGCCTGGCTCTGGCACAGGTTTTA  2361

Query 1858  GCCGTGATGGGTCAGACAAAAGAAGCTGAAAAGATGACCAATCACATTGTGTCAGAGGAGACCGGATGCCTTGA  1931
            ||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||..||.||.||.||.||||||.||.|.|||||.||
Sbjct 2362  GCAGTGATGGGTCAGACCAAAGAAGCTGAAAAGATAACCAGCCATATAGTCTCTGAGGAGCCCAGGTGCCTGGA  2435

Query 1932  ATGCTATCGCCTCTTGTCAGCCATCTATAGCAAGCAGGAGAACCACGACAAGGCACTTGATGCTATAGACAAGG  2005
            .|||||.||||||.|||||||.|||.|.||||||||||||.||||.|..||||||||.||.||.|||||.||||
Sbjct 2436  GTGCTACCGCCTCCTGTCAGCAATCCACAGCAAGCAGGAGCACCATGGGAAGGCACTCGAGGCCATAGAGAAGG  2509

Query 2006  CTCTCCAGCTGAAACCAAAGGACCCAAAAGTCATTTCTGAACTTTTTTTCACAAAAGGAAACCAATTAAGAGAG  2079
            ||||.||.|||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.||.||.||||||||||||||..|||||||.
Sbjct 2510  CTCTTCAACTGAAGCCCAAGGACCCAAAAGTCATATCTGAACTATTCTTTACAAAAGGAAACCAGCTAAGAGAA  2583

Query 2080  CAGAACCTTCTCGACAAAGCTTTTGAGAGCTAT--AGATTGGCTGTGCAACTAAACCCAGACCAAGCACAGGCC  2151
            |||||||||||.|||||||||||||||||||||  ||.|  ||||||...||..|.||.|||||.||||||||.
Sbjct 2584  CAGAACCTTCTGGACAAAGCTTTTGAGAGCTATGAAGCT--GCTGTGACCCTGGATCCTGACCAGGCACAGGCA  2655

Query 2152  TGGATGAACATGGGTGGCATCCAACACATCAAGGGAAAATATGTGTCTGCAAGAGCTTATTATGAGAGAGCCTT  2225
            ||||||||||||||||||||||..||||||.||||||..||||||||||||||.||.|||||||||||||||.|
Sbjct 2656  TGGATGAACATGGGTGGCATCCGGCACATCCAGGGAAGCTATGTGTCTGCAAGGGCCTATTATGAGAGAGCCCT  2729

Query 2226  ACAGCTGGTTCCAGACAGCAAACTGCTGAAGGAAAATCTTGCCAAATTGGATCGCCTAGAAAAACGATTACAAG  2299
            ..|||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||..||||||||||.||.|...|.|||||||
Sbjct 2730  GAAGCTGGTTCCAGACAGCAAGCTGCTGAAGGAAAATCTGGCCAAGCTGGATCGCCTGGAGAGGAGGTTACAAG  2803

Query 2300  AAGTTCGAGAAAAGGATCAAACA  2322
            ||||..|||||..||||||||||
Sbjct 2804  AAGTCAGAGAACGGGATCAAACA  2826