Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_09280
• Subject: NM_001320316.1
• Aligned Length: 2313
• Identities: 2221
• Gaps: 84

Alignment

Query    1  ATGA------GCCACGCAGTAACTATCGAGGA--GCCCCAGGCCCAGCAGCAGGTGTCTCAAACTCG-GTACCG  65
            ||||      | .|||  |||       ||||  |||.|||.||          |..|||     || ||.|  
Sbjct    1  ATGATTTTCTG-TACG--GTA-------AGGACCGCCGCAGACC----------TTCCTC-----CGCGTCC--  47

Query   66  GGAGAGGTCGCGGGCTGGGAGCCACATCTCCT---CCAATCGAGCGTATGATTTTCTGTACGATCCATTGTTTA  136
                  |||||                |||||   |||                       |||||||||||||
Sbjct   48  ------GTCGC----------------CTCCTAGGCCA-----------------------GATCCATTGTTTA  76

Query  137  TTGTGTCAAGTGAGAAAGACCATACACAGGCAAATATCCAAGCTACCCTGATTCGCAGCAGACTGAGAAAAGTT  210
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   77  TTGTGTCAAGTGAGAAAGACCATACACAGGCAAATATCCAAGCTACCCTGATTCGCAGCAGACTGAGAAAAGTT  150

Query  211  CCCAGGTTTAGAACCATGTTCAGTAACCTGATCCATTATCCAAGATATTCTCTATATTGGAGCAAGTCAGATCC  284
            ||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  151  CCCAGGTTTAAAACCATGTTCAGTAACCTGATCCATTATCCAAGATACTCTCTATATTGGAGCAAGTCAGATCC  224

Query  285  TGTCCCACCATTTATCAGTCGGGAATGGAAGGGACATAAGGAGAAACACAGAGAAGCCCTCCGGCAGCTCACCA  358
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  225  TGTCCCACCATTTATCAGTCGGGAATGGAAGGGACATAAGGAGAAACACAGAGAAGCCCTCCGGCAGCTCACCA  298

Query  359  CAACTGACGCTTCTTTTCAGATGCCTAAAGAAGTTTATGAAGATCCTGAAGTTACTGGAAAGAATCGCTATAAA  432
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  299  CAACTGACGCTTCTTTTCAGATGCCTAAAGAAGTTTATGAAGATCCTGAAGTTACTGGAAAGAATCGCTATAAA  372

Query  433  TACTTTGAAAGGCCTTTTCTCCCATTTTTTCAGCAGATGCCATTCAATGTTGTTTATGCCGTATCCAAGGCAGA  506
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  373  TACTTTGAAAGGCCTTTTCTCCCATTTTTTCAGCAGATGCCATTCAATGTTGTTTATGCCGTATCCAAGGCAGA  446

Query  507  ACCATACACTTTTCCTCCTACTTCTACTAAGCACCTATCCATCCCTTCAAAGTCTACTGTGGGCACTCAGACTG  580
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  447  ACCATACACTTTTCCTCCTACTTCTACTAAGCACCTATCCATCCCTTCAAAGTCTACTGTGGGCACTCAGACTG  520

Query  581  ATTATCGGGATGCTGACGTTCAAACAGATCCATACTCTCCAGAATATGTAGTATGTCAGGACTCAATCCCTGAG  654
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  521  ATTATCGGGATGCTGACGTTCAAACAGATCCATACTCTCCAGAATATGTAGTATGTCAGGACTCAATCCCTGAG  594

Query  655  CTCTTGACCCTGGCTACGCTTACTTGGGGTCGGGGTCTCCCAGCAGGACAAGCTGAGGTGGAGATGATAGAAAG  728
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  595  CTCTTGACCCTGGCTACGCTTACTTGGGGTCGGGGTCTCCCAGCAGGACAAGCTGAGGTGGAGATGATAGAAAG  668

Query  729  AGCCCGCGAGAAGCGTGCTTGGGAAGCCTCTCTCCCCGCTCTGAGTGACACCTCCCAGTTTGAGAAGAGGAGGA  802
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  669  AGCCCGCGAGAAGCGTGCTTGGGAAGCCTCTCTCCCCGCTCTGAGTGACACCTCCCAGTTTGAGAAGAGGAGGA  742

Query  803  AAATGATGAATGAAATGGAGAGGAAGGAGTGGGCCTTCAGAGAGCAGGAGATTGAAAAACTGCAGGAGATTCGC  876
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  743  AAATGATGAATGAAATGGAGAGGAAGGAGTGGGCCTTCAGAGAGCAGGAGATTGAAAAACTGCAGGAGATTCGC  816

Query  877  CTGGAAGTTCTAAAAGAGCTGTTGAGGAAGCGTGAAGAGAATCAGAATGAAGTGAATATGAAGCACTTGAATGC  950
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  817  CTGGAAGTTCTAAAAGAGCTGTTGAGGAAGCGTGAAGAGAATCAGAATGAAGTGAATATGAAGCACTTGAATGC  890

Query  951  CCGGTGGTCTAAACTGCAGGAGGGAAAAGAGGCAAAAATGGCAAAAATTCAGCGCACGCATGTATCAACAATCA  1024
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  891  CCGGTGGTCTAAACTGCAGGAGGGAAAAGAGGCAAAAATGGCAAAAATTCAGCGCACGCATGTATCAACAATCA  964

Query 1025  GAAAACTTGTAGGAAAGAGAAAGAATATAGAAGGGAAGTTGGAGAGAAGAAATATCATCAAGGATTATTCTGAT  1098
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  965  GAAAACTTGTAGGAAAGAGAAAGAATATAGAAGGGAAGTTGGAGAGAAGAAATATCATCAAGGATTATTCTGAT  1038

Query 1099  TATGCATCACAGGTCTATGGACCTCTGTCTCGTCTTGGGTGTTTCCCAGACAACAACTCAGAGGACTTTGTAGT  1172
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1039  TATGCATCACAGGTCTATGGACCTCTGTCTCGTCTTGGGTGTTTCCCAGACAACAACTCAGAGGACTTTGTAGT  1112

Query 1173  AAAAAACTACTATCTCAACACCTATGAAGGATTAGTGGAACTTGAGTCATGTCTCCCAGATTTTGTGACACAAC  1246
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1113  AAAAAACTACTATCTCAACACCTATGAAGGATTAGTGGAACTTGAGTCATGTCTCCCAGATTTTGTGACACAAC  1186

Query 1247  CCCAAATCAGAGCTCCAAAACCTAAAGTCATTACCACCAAAGCTGGTTTTCTGAAGAGGGCAGCAAGGTTGGAC  1320
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1187  CCCAAATCAGAGCTCCAAAACCTAAAGTCATTACCACCAAAGCTGGTTTTCTGAAGAGGGCAGCAAGGTTGGAC  1260

Query 1321  TATGAGTTGGCAGAGGTTCATAAGGCACTGTTGGATAAGAAGAATAAAGTTCTTGAAGTAAAGAAACCCCCTCG  1394
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261  TATGAGTTGGCAGAGGTTCATAAGGCACTGTTGGATAAGAAGAATAAAGTTCTTGAAGTAAAGAAACCCCCTCG  1334

Query 1395  CTTCCTTCAAAGAAACCCAATACCTCAACCTCGGCTTCCAACTCCAACCTTGGAAATGACGTCCAATGAAGAAG  1468
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1335  CTTCCTTCAAAGAAACCCAATACCTCAACCTCGGCTTCCAACTCCAACCTTGGAAATGACGTCCAATGAAGAAG  1408

Query 1469  AAGAAATGGAAATGGCTGTGATCTACCTTCAAAAGTTACTCCGGGGCAGAGTCGTTCAGAACATGATGTTTGAA  1542
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1409  AAGAAATGGAAATGGCTGTGATCTACCTTCAAAAGTTACTCCGGGGCAGAGTCGTTCAGAACATGATGTTTGAA  1482

Query 1543  GGGAAAGAAAAGCGACTGGAGTTGATCCAGGAGTTGCGCACCTGCCACGCACTACAAGAAGATGAAAAGCTGGT  1616
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1483  GGGAAAGAAAAGCGACTGGAGTTGATCCAGGAGTTGCGCACCTGCCACGCACTACAAGAAGATGAAAAGCTGGT  1556

Query 1617  GAAAAAAGCCGAGAAGCAAGTGACCCTGGCCTTACAGCGGCAGAGGAACTTGCATGAGCACAAGGTGTCACTGG  1690
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557  GAAAAAAGCCGAGAAGCAAGTGACCCTGGCCTTACAGCGGCAGAGGAACTTGCATGAGCACAAGGTGTCACTGG  1630

Query 1691  TTGAAAACCATTTGGCCGGACTGGAAGGAAGGGCACTAGCAGACATGTTTGACTTCCTGTCCAAAGAGCTGGTG  1764
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1631  TTGAAAACCATTTGGCCGGACTGGAAGGAAGGGCACTAGCAGACATGTTTGACTTCCTGTCCAAAGAGCTGGTG  1704

Query 1765  AGACTGCAGGAGGAGAGGAGGATCCATGCCTTTGTCATGCTGGCTGAGCGCCAGCGGCGGGTACGAGAGGCTGA  1838
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1705  AGACTGCAGGAGGAGAGGAGGATCCATGCCTTTGTCATGCTGGCTGAGCGCCAGCGGCGGGTACGAGAGGCTGA  1778

Query 1839  AGAGAGTGGTCGGCGCCAGGTGGAAAAACAGCGCCTGCGGGAGGAGGACGAGATATTTAAGGAGGTGGTTAAAG  1912
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1779  AGAGAGTGGTCGGCGCCAGGTGGAAAAACAGCGCCTGCGGGAGGAGGACGAGATATTTAAGGAGGTGGTTAAAG  1852

Query 1913  TTCACCATAGTACTATAAGCTCCTACCTAGAAGACATAATACTGAATACCGAAGCGAATACTGCAGAAGAACAA  1986
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1853  TTCACCATAGTACTATAAGCTCCTACCTAGAAGACATAATACTGAATACCGAAGCGAATACTGCAGAAGAACAA  1926

Query 1987  GCCAGGGCAGAAATAGAGAAGATGGCTGAGAAAATCAATGACATTGCTTATGAAATGGAAAGCCGCCGAACCTA  2060
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1927  GCCAGGGCAGAAATAGAGAAGATGGCTGAGAAAATCAATGACATTGCTTATGAAATGGAAAGCCGCCGAACCTA  2000

Query 2061  TCTTCAGTCAGAGGAGATTGTTGCTGAGTTGGTTTATAGTTTTCTGATCCCAGAGGTGCAAAAATACTTTGTCA  2134
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2001  TCTTCAGTCAGAGGAGATTGTTGCTGAGTTGGTTTATAGTTTTCTGATCCCAGAGGTGCAAAAATACTTTGTCA  2074

Query 2135  AAGAAAAAGTGAGGAACGCACAGCGGAAACATATTCTTGCAGCCCATCAGATCATCCACAGTTACACGGAAAGC  2208
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2075  AAGAAAAAGTGAGGAACGCACAGCGGAAACATATTCTTGCAGCCCATCAGATCATCCACAGTTACACGGAAAGC  2148

Query 2209  ATGGTTCAAAAGAAATTAACTGAGGGAGAGCAAGATGAGGCCTCAAATGCTGCCATGTTACTTGAGAAAGAAAC  2282
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2149  ATGGTTCAAAAGAAATTAACTGAGGGAGAGCAAGATGAGGCCTCAAATGCTGCCATGTTACTTGAGAAAGAAAC  2222

Query 2283  TCAAAATGAGAACAACAGC  2301
            |||||||||||||||||||
Sbjct 2223  TCAAAATGAGAACAACAGC  2241