Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_09611
• Subject: XM_011537969.2
• Aligned Length: 2776
• Identities: 2385
• Gaps: 389

Alignment

Query    1  ATGGAGGTAAATTGTTTAACACTAAAAGACCTGATCAGCCCCAGGCAGCCCAGACTAGATTTTGCAGTTGAAGA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TGGGGAAAATGCACAAAAGGAAAATATATTTGTTGATCGATCAAGGATGGCCCCGAAGACTCCAATAAAAAATG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  AACCAATTGATTTATCGAAGCAAAAAAAATTTACTCCAGAAAGAAATCCCATTACTCCAGTTAAGCTTGTTGAC  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  AGACAGCAAGCGGAACCATGGACACCCACAGCTAACCTGAAGATGCTCATTAGTGCTGCCAGCCCAGATATAAG  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  GGACCGGGAGAAGAAAAAGGGACTATTCCGACCCATTGAAAACAAGGACGATGCATTTACAGATTCTCTAC---  367
                                                              |||||||||||||||||||||   
Sbjct    1  --------------------------------------------------ATGCATTTACAGATTCTCTACAGG  24

Query  368  ----------------------------------------AGCTTGATGTTGTTGGGGACAGTGCTGTGGACGA  401
                                                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   25  GTAATGTTTTTTGTGTCTGAAGAAGCTCTTCCCTATTCCAAGCTTGATGTTGTTGGGGACAGTGCTGTGGACGA  98

Query  402  ATTTGAAAAGCAAAGGCCAAGCAGAAAACAGAAAAGTTTAGGACTCCTGTGCCAGAAGTTTCTAGCTCGCTATC  475
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   99  ATTTGAAAAGCAAAGGCCAAGCAGAAAACAGAAAAGTTTAGGACTCCTGTGCCAGAAGTTTCTAGCTCGCTATC  172

Query  476  CAAGTTATCCCTTGTCAACTGAGAAAACTACCATCTCCCTAGATGAAGTTGCTGTCAGTCTTGGTGTGGAAAGG  549
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  173  CAAGTTATCCCTTGTCAACTGAGAAAACTACCATCTCCCTAGATGAAGTTGCTGTCAGTCTTGGTGTGGAAAGG  246

Query  550  AGACGCATCTATGACATTGTAAATGTGCTGGAGTCGCTGCATCTGGTCAGCCGGGTGGCTAAGAATCAGTATGG  623
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  247  AGACGCATCTATGACATTGTAAATGTGCTGGAGTCGCTGCATCTGGTCAGCCGGGTGGCTAAGAATCAGTATGG  320

Query  624  CTGGCATGGACGGCACAGCCTGCCAAAAACCCTGAGGAACCTCCAGAGACTAGGAGAGGAGCAGAAATATGAAG  697
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  321  CTGGCATGGACGGCACAGCCTGCCAAAAACCCTGAGGAACCTCCAGAGACTAGGAGAGGAGCAGAAATATGAAG  394

Query  698  AGCAAATGGCCTACCTCCAACAGAAAGAGCTGGACCTGATAGATTATAAATTTGGAGAACGTAAAAAAGATGGT  771
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  395  AGCAAATGGCCTACCTCCAACAGAAAGAGCTGGACCTGATAGATTATAAATTTGGAGAACGTAAAAAAGATGGT  468

Query  772  GATCCAGATTCCCAGGAACAACAGTTACTGGATTTCTCTGAACCCGACTGTCCCTCTTCATCTGCAAACAGTAG  845
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  469  GATCCAGATTCCCAGGAACAACAGTTACTGGATTTCTCTGAACCCGACTGTCCCTCTTCATCTGCAAACAGTAG  542

Query  846  AAAAGACAAGTCTCTGAGAATTATGAGCCAGAAGTTTGTCATGCTGTTCCTCGTCTCCAAAACCAAGATTGTCA  919
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  543  AAAAGACAAGTCTCTGAGAATTATGAGCCAGAAGTTTGTCATGCTGTTCCTCGTCTCCAAAACCAAGATTGTCA  616

Query  920  CTCTGGATGTGGCTGCCAAAATACTGATAGAAGAAAGCCAAGATGCCCCGGACCATAGTAAATTTAAAACAAAG  993
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct  617  CTCTGGATGTGGCTGCCAAAATACTGATAGAAGAAAGCCAAGATGCCCCAGACCATAGTAAATTTAAAACAAAG  690

Query  994  GTACGACGCCTCTATGACATAGCCAATGTTCTGACCAGCTTGGCTCTGATAAAGAAAGTGCATGTAACAGAAGA  1067
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  691  GTACGACGCCTCTATGACATAGCCAATGTTCTGACCAGCTTGGCTCTGATAAAGAAAGTGCATGTAACAGAAGA  764

Query 1068  GCGAGGTCGTAAACCAGCCTTCAAGTGGATCGGGCCTGTGGACTTCAGCTCAAGTGATGAAGAACTGGTGGATG  1141
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  765  GCGAGGTCGTAAACCAGCCTTCAAGTGGATCGGGCCTGTGGACTTCAGCTCAAGTGATGAAGAACTGGTGGATG  838

Query 1142  TTTCTGCATCTGTCTTACCAGAATTGAAAAGAGAAACATATGGCCAGATTCAAGTCTGTGCAAAACAGAAGCTG  1215
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  839  TTTCTGCATCTGTCTTACCAGAATTGAAAAGAGAAACATATGGCCAGATTCAAGTCTGTGCAAAACAGAAGCTG  912

Query 1216  GCTCGCCATGGTTCTTTTAACACAGTTCAGGCTTCTGAGAGGATCCAGAGGAAAGTGAACTCAGAACCGAGCAG  1289
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  913  GCTCGCCATGGTTCTTTTAACACAGTTCAGGCTTCTGAGAGGATCCAGAGGAAAGTGAACTCAGAACCGAGCAG  986

Query 1290  CCCGTACAGAGAAGAACAAGGATCAGGTGGCTACTCTTTAGAAATTGGAAGCCTGGCAGCTGTCTATAGACAGA  1363
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  987  CCCGTACAGAGAAGAACAAGGATCAGGTGGCTACTCTTTAGAAATTGGAAGCCTGGCAGCTGTCTATAGACAGA  1060

Query 1364  AAATAGAAGACAATTCACAGGGAAAAGCCTTTGCCAGTAAGAGAGTGGTGCCTCCATCAAGCAGCTTGGACCCT  1437
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1061  AAATAGAAGACAATTCACAGGGAAAAGCCTTTGCCAGTAAGAGAGTGGTGCCTCCATCAAGCAGCTTGGACCCT  1134

Query 1438  GTTGCTCCTTTCCCTGTCCTCTCTGTTGACCCAGAATATTGTGTTAATCCTTTAGCCCACCCAGTATTTTCTGT  1511
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135  GTTGCTCCTTTCCCTGTCCTCTCTGTTGACCCAGAATATTGTGTTAATCCTTTAGCCCACCCAGTATTTTCTGT  1208

Query 1512  TGCTCAGACGGACCTGCAGGCATTCTCCATGCAGAACGGTCTGAATGGACAAGTGGATGTCTCACTTGCTTCTG  1585
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1209  TGCTCAGACGGACCTGCAGGCATTCTCCATGCAGAACGGTCTGAATGGACAAGTGGATGTCTCACTTGCTTCTG  1282

Query 1586  CAGCCTCTGCTGTGGAGAGCCTGAAGCCAGCACTCCTTGCTGGCCAGCCTCTAGTGTATGTGCCCTCTGCCTCA  1659
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1283  CAGCCTCTGCTGTGGAGAGCCTGAAGCCAGCACTCCTTGCTGGCCAGCCTCTAGTGTATGTGCCCTCTGCCTCA  1356

Query 1660  CTGTTCATGCTGTATGGAAGTCTGCAGGAGGGACCAGCGTCAGGGTCAGGGTCAGAGAGGGATGACAGAAGCTC  1733
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1357  CTGTTCATGCTGTATGGAAGTCTGCAGGAGGGACCAGCGTCAGGGTCAGGGTCAGAGAGGGATGACAGAAGCTC  1430

Query 1734  AGAAGCCCCAGCCACAGTAGAGCTGTCATCTGCACCCTCAGCTCAGAAGCGCCTCTGTGAGGAGAGGAAACCTC  1807
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1431  AGAAGCCCCAGCCACAGTAGAGCTGTCATCTGCACCCTCAGCTCAGAAGCGCCTCTGTGAGGAGAGGAAACCTC  1504

Query 1808  AGGAGGAGGATGAGCCAGCCACTAAAAGGCAAAGTAGGGAATATGAAGACGGCCCGCTGTCGCTTGTCATGCCC  1881
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1505  AGGAGGAGGATGAGCCAGCCACTAAAAGGCAAAGTAGGGAATATGAAGACGGCCCGCTGTCGCTTGTCATGCCC  1578

Query 1882  AAGAAACCCTCAGATTCCACAGACCTTGCCTCTCCCAAGACTATGGGTAACAGGGCATCTATACCCCTCAAAGA  1955
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1579  AAGAAACCCTCAGATTCCACAGACCTTGCCTCTCCCAAGACTATGGGTAACAGGGCATCTATACCCCTCAAAGA  1652

Query 1956  CATTCATGTGAATGGCCAACTCCCTGCTGCAGAAGAGATTTCAGGAAAGGCAACAGCAAACTCTCTTGTTTCTT  2029
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1653  CATTCATGTGAATGGCCAACTCCCTGCTGCAGAAGAGATTTCAGGAAAGGCAACAGCAAACTCTCTTGTTTCTT  1726

Query 2030  CTGAGTGGGGAAATCCTTCAAGAAATACAGATGTTGAAAAGCCTTCAAAAGAAAATGAAAGCACCAAAGAGCCT  2103
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1727  CTGAGTGGGGAAATCCTTCAAGAAATACAGATGTTGAAAAGCCTTCAAAAGAAAATGAAAGCACCAAAGAGCCT  1800

Query 2104  TCTTTGCTACAATATCTTTGTGTGCAGTCTCCTGCAGGATTAAATGGTTTCAATGTACTTTTATCTGGCAGTCA  2177
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801  TCTTTGCTACAATATCTTTGTGTGCAGTCTCCTGCAGGATTAAATGGTTTCAATGTACTTTTATCTGGCAGTCA  1874

Query 2178  AACCCCCCCTACTGTGGGCCCGTCCTCAGGTCAGCTGCCGTCTTTCAGTGTCCCTTGCATGGTCTTACCATCTC  2251
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1875  AACCCCCCCTACTGTGGGCCCGTCCTCAGGTCAGCTGCCGTCTTTCAGTGTCCCTTGCATGGTCTTACCATCTC  1948

Query 2252  CACCTCTGGGCCCTTTTCCTGTTCTCTATTCTCCTGCAATGCCGGGCCCGGTTTCTTCTACTCTTGGTGCTCTC  2325
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1949  CACCTCTGGGCCCTTTTCCTGTTCTCTATTCTCCTGCAATGCCGGGCCCGGTTTCTTCTACTCTTGGTGCTCTC  2022

Query 2326  CCAAACACAGGACCTGTGAATTTCAGCTTGCCTGGCCTTGGATCAATAGCCCAGCTTCTCGTCGGCCCCACAGC  2399
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2023  CCAAACACAGGACCTGTGAATTTCAGCTTGCCTGGCCTTGGATCAATAGCCCAGCTTCTCGTCGGCCCCACAGC  2096

Query 2400  TGTGGTTAATCCAAAGTCGTCCACACTCCCTTCTGCAGACCCTCAGCTTCAGAGTCAGCCCTCACTAAACCTAA  2473
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097  TGTGGTTAATCCAAAGTCGTCCACACTCCCTTCTGCAGACCCTCAGCTTCAGAGTCAGCCCTCACTAAACCTAA  2170

Query 2474  GTCCAGTGATGTCAAGGTCACACAGTGTCGTCCAACAACCTGAGTCCCCCGTTTACGTGGGACATCCAGTCTCA  2547
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2171  GTCCAGTGATGTCAAGGTCACACAGTGTCGTCCAACAACCTGAGTCCCCCGTTTACGTGGGACATCCAGTCTCA  2244

Query 2548  GTAGTAAAATTACATCAGTCACCAGTTCCAGTGACCCCCAAGAGCATCCAACGCACACATCGTGAGACGTTTTT  2621
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2245  GTAGTAAAATTACATCAGTCACCAGTTCCAGTGACCCCCAAGAGCATCCAACGCACACATCGTGAGACGTTTTT  2318

Query 2622  CAAGACACCCGGCAGCCTTGGAGACCCTGTCCTGAAGAGAAGAGAAAGGAACCAGTCACGAAACACCAGCTCGG  2695
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2319  CAAGACACCCGGCAGCCTTGGAGACCCTGTCCTGAAGAGAAGAGAAAGGAACCAGTCACGAAACACCAGCTCGG  2392

Query 2696  CCCAGAGGAGACTAGAAATCCCCAGAGGCGGCGCTGAC  2733
            |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 2393  CCCAGAGGAGACTAGAAATCCCCAGCGGCGGCGCTGAC  2430