Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_10086
• Subject: NM_001367399.1
• Aligned Length: 4023
• Identities: 3467
• Gaps: 531

Alignment

Query    1  ATGATGAACCGGACGACCCCCGACCAGGAGCTGGCGCCAGCGTCGGAGCCCGTGTGGGAGCGGCCGTGGTCGGT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGAGGAGATCCGCAGGAGCAGCCAGAGCTGGTCGCTGGCGGCCGACGCGGGCCTACTACAGTTTCTACAGGAAT  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TCTCACAGCAAACTATCTCTAGGACCCATGAAATCAAGAAACAAGTGGACGGACTAATTCGGGAAACCAAAGCC  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  ACAGATTGTCGCCTGCATAATGTCTTCAATGACTTCCTTATGCTCTCTAATACCCAGTTCATTGAGAATCGTGT  296
                                                   |||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct    1  ---------------------------------------ATGCTCTCTAATACCCAGTTCATAGAGAATCGTGT  35

Query  297  ATATGATGAAGAAGTGGAGGAGCCAGTACTCAAGGCTGAGGCAGAAAAAACAGAGCAGGAGAAGACACGAGAGC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   36  ATATGATGAAGAAGTGGAGGAGCCAGTACTCAAGGCTGAGGCAGAAAAAACAGAGCAGGAGAAGACACGAGAGC  109

Query  371  AGAAAGAAGTAGATCTCATTCCTAAAGTCCAGGAGGCTGTGAACTATGGCTTACAAGTATTGGACAGTGCCTTT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  110  AGAAAGAAGTAGATCTCATTCCTAAAGTCCAGGAGGCTGTGAACTATGGCTTACAAGTATTGGACAGTGCCTTT  183

Query  445  GAGCAACTTGATATCAAAGCAGGAAACTCAGACTCCGAGGAAGATGATGCTAATGGGCGGGTGGAACTGATCCT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  184  GAGCAACTTGATATCAAAGCAGGAAACTCAGACTCCGAGGAAGATGATGCTAATGGGCGGGTGGAACTGATCCT  257

Query  519  TGAACCAAAGGATCTATACATTGATCGTCCTTTACCATATCTCATTGGGTCAAAGCTGTTCATGGAACAAGAAG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  258  TGAACCAAAGGATCTATACATTGATCGTCCTTTACCATATCTCATTGGGTCAAAGCTGTTCATGGAACAAGAAG  331

Query  593  ATGTAGGTCTTGGAGAGCTGTCCAGTGAAGAAGGCTCTGTAGGCAGTGATCGTGGCAGTATTGTGGACACTGAG  666
            ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  332  ATGTAGGTCTTGGAGAGCTGTCCAGT---GAAGGCTCTGTAGGCAGTGATCGTGGCAGTATTGTGGACACTGAG  402

Query  667  GAAGAGAAAGAAGAGGAGGAGTCAGATGAAGATTTTGCCCATCATAGTGACAATGAACAAAACCGGCACACCAC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct  403  GAAGAGAAAGAAGAGGAGGAGTCAGATGAAGATTTTGCCCATCACAGTGACAATGAACAAAACCAGCACACCAC  476

Query  741  ACAAATGAGTGATGAGGAAGAGGATGATGATGGCTGTGACCTTTTCGCTGACTCTGAGAAGGAGGAGGAAGATA  814
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  477  ACAAATGAGTGATGAGGAAGAGGATGATGATGGCTGTGACCTTTTTGCTGACTCTGAGAAGGAGGAGGAAGATA  550

Query  815  TTGAGGACATTGAAGAAAATACTAGACCTAAAAGAAGCAGACCTACATCGTTTGCAGATGAGCTGGCTGCCCGC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  551  TTGAGGACATTGAAGAAAATACTAGACCTAAAAGAAGCAGACCTACATCGTTTGCAGATGAGCTGGCTGCCCGC  624

Query  889  ATCAAGGGGGATGCCGTGGGTCGAGTGGACGAGGAGCCGACAACCTTACCCTCAGGAGAAGCAAAACCTCGGAA  962
            |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  625  ATCAAGGGGGATGCCATGGGTCGAGTGGACGAGGAGCCGACAACCTTACCCTCAGGAGAAGCAAAACCTCGGAA  698

Query  963  GACACTCAAAGAGAAGAAGGAAAGGAGAACTCCTTCAGACGATGAAGAGGATAACTTATTCGCACCCCCCAAGC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  699  GACACTCAAAGAGAAGAAGGAAAGGAGAACTCCTTCAGACGATGAAGAGGATAACTTATTCGCACCCCCCAAGC  772

Query 1037  TGACCGACGAGGACTTCTCGCCATTTGGCTCTGGAGGTGGCCTGTTCAGTGGGGGCAAGGGGCTCTTTGATGAT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||
Sbjct  773  TGACCGACGAGGACTTCTCGCCATTTGGCTCTGGAGGTGGCCTGTTCAGTGGCGGCAAGGGGCTATTTGATGAT  846

Query 1111  GAGGACGAGGAGAGTGACCTCTTCACGGAAGCCCCCCAGGATCGGCAAGCTGGAGCCTCTGTTAAGGAGGAGTC  1184
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  847  GAGGACGAGGAGAGTGACCTCTTCACGGAAGCCTCCCAGGATCGGCAAGCTGGAGCCTCTGTTAAGGAGGAGTC  920

Query 1185  TTCATCATCCAAACCTGGAAAGAAAATCCCAGCAGGAGCTGTTTCTGTATTTTTAGGAGACACGGATGTGTTTG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  921  TTCATCATCCAAACCTGGAAAGAAAATCCCAGCAGGAGCTGTTTCTGTATTTTTAGGAGACACGGATGTGTTTG  994

Query 1259  GTGCTGCCTCCGTTCCATCAATGAAGGAGCCACAGAAGCCTGAGCAGCCCACTCCAAGGAAAAGCCCCTATGGT  1332
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  995  GTGCTGCCTCCGTTCCATCACTGAAGGAGCCACAGAAGCCTGAGCAGCCCACTCCAAGGAAAAGCCCCTATGGT  1068

Query 1333  CCCCCTCCCACTGGCCTCTTTGATGATGATGATGGTGATGATGATGACGACTTTTTCTCGGCACCCCACAGCAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1069  CCCCCTCCCACTGGCCTCTTTGATGATGATGATGGTGATGATGATGACGACTTTTTCTCGGCACCCCACAGCAA  1142

Query 1407  ACCTTCTAAAACAGGCAAAGTCCAATCCACTGCCGATATCTTTGGTGACGAAGAAGGAGATCTGTTCAAAGAAA  1480
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1143  ACCTTCTAAAACACGCAAAGTCCAATCCACTGCCGATATCTTTGGTGACGAAGAAGGAGATCTGTTCAAAGAAA  1216

Query 1481  AAGCCGTAGCATCGCCAGAAGCCACTGTGAGTCAGACAGATGAAAATAAAGCAAGAGCAGAAAAAAAGGTTACC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1217  AAGCCGTAGCATCGCCAGAAGCCACTGTGAGTCAGACAGATGAAAATAAAGCAAGAGCAGAAAAAAAGGTTACC  1290

Query 1555  TTATCTTCCAGCAAAAATCTCAAGCCCTCATCAGAAACAAAGACTCAAAAAGGCTTATTTTCAGATGAGGAGGA  1628
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1291  TTATCTTACAGCAAAAATCTCAAGCCCTCATCAGAAACAAAGACTCAAAAAGGCTTATTTTCAGATGAGGAGGA  1364

Query 1629  CTCTGAGGATTTGTTTTCTTCTCAAAGTGCGAGTAAGTTAAAAGGTGCGTCTCTGCTGCCTGGCAAGCTCCCCA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1365  CTCTGAGGATTTGTTTTCTTCTCAAAGTGCGAGTAACTTAAAAGGTGCATCTCTGCTGCCTGGCAAGCTCCCCA  1438

Query 1703  CGTTGGTTTCCCTGTTTGATGATGAAGATGAAGAGGATAATCTTTTTGGGGGTACAGCTGCTAAGAAGCAGACA  1776
            |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439  CGTCGGTTTCCCTGTTTGATGATGAAGATGAAGAGGATAATCTTTTTGGGGGTACAGCTGCTAAGAAGCAGACA  1512

Query 1777  TTGTGTCTACAAGCTCAGAGAGAAGAGAAAGCAAAAGCCTCCGAGCTCTCCAAAAAGAAAGCATCTGCCCTGTT  1850
            ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1513  TTGTCTCTACAAGCTCAGAGAGAAGAGAAAGCAAAAGCCTCCGAGCTCTCCAAAAAGAAAGCATCTGCCCTGTT  1586

Query 1851  GTTCAGCAGTGATGAGGAGGACCAGTGGAATATTCCTGCTTCACAGACCCACTTAGCATCTGACAGCAGGTCTA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1587  GTTCAGCAGTGATGAGGAGGACCAGTGGAATATTCCTGCTTCACAGACCCACTTAGCATCTGACAGCAGGTCTA  1660

Query 1925  AAGGAGAACCCAGGGATTCTGGGACCCTCCAGAGCCAGGAGGCCAAGGCTGTGAAAAAGACCAGTCTCTTTGAG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1661  AAGGAGAACCCAGGGATTCTGGGACCCTCCAGAGCCAGGAGGCCAAGGCTGTGAAAAAGACCAGTCTCTTTGAG  1734

Query 1999  GAAGACGAAGAAGATGATCTTTTTGCCATTGCCAAGGACAGCCAAAAGAAGACCCAGAGAGTGTCACTCCTCTT  2072
            ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735  GAAGACAAAGAAGATGATCTTTTTGCCATTGCCAAGGACAGCCAAAAGAAGACCCAGAGAGTGTCACTCCTCTT  1808

Query 2073  TGAAGACGATGTTGATAGCGGAGGCTCTCTGTTTGGCTCTCCTCCCACATCTGTTCCTCCTGCAACAAAGAAAA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1809  TGAAGACGATGTTGATAGCGGAGGCTCTCTGTTTGGCTCTCCTCCCACATCTGTTCCTCCTGCAACAAAGAAAA  1882

Query 2147  AAGAGACTGTCTCTGAGGCACCACCTTTGCTGTTCAGCGATGAAGAAGAGAAGGAGGCACAACTTGGAGTGAAG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1883  AAGAGACTGTCTCTGAGGCACCACCTTTGCTGTTCAGCGATGAAGAAGAGAAGGAGGCACAACTTGGAGTGAAG  1956

Query 2221  TCTGTGGATAAGAAGGTTGAGAGTGCCAAGGAGTCATTAAAATTTGGGAGAACTGATGTGGCTGAGTCAGAAAA  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1957  TCTGTGGATAAGAAGGTTGAGAGTGCCAAGGAGTCATTAAAATTTGGGAGAACTGATGTGGCTGAGTCAGAAAA  2030

Query 2295  GGAAGGACTTTTGACTAGATCTGCTCAGGAAACAGTCAAGCATTCTGATTTATTTTCTTCATCATCCCCATGGG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2031  GGAAGGACTTTTGACTAGATCTGCTCAGGAAACAGTCAAGCATTCTGATTTATTTTCTTCATCATCCCCATGGG  2104

Query 2369  ACAAAGGAACCAAGCCTAGAACCAAAACTGTTCTTAGCTTGTTTGATGAGGAAGAGGATAAAATGGAAGATCAA  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2105  ACAAAGGAACCAAGCCTAGAACCAAAACTGTTCTTAGCTTGTTTGATGAGGAAGAGGATAAAATGGAAGATCAA  2178

Query 2443  AACATTATCCAGGCTCCACAGAAAGAAGTAGGAAAGGGCCGCGATCCTGATGCCCACCCCAAGAGCACAGGTGT  2516
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2179  AACATTATCCAGGCTCCACAGAAAGAAGTAGGAAAGGGCTGCGATCCTGATGCCCACCCCAAGAGCACAGGTGT  2252

Query 2517  CTTCCAGGATGAAGAGCTGCTTTTCAGCCACAAGCTCCAAAAGGACAATGACCCAGATGTTGACCTTTTTGCTG  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2253  CTTCCAGGATGAAGAGCTGCTTTTCAGCCACAAGCTCCAAAAGGACAATGACCCAGATGTTGACCTTTTTGCTG  2326

Query 2591  GCACCAAAAAAACCAAGCTGTTAGAGCCAAGTGTTGGGAGCCTGTTTGGGGATGATGAAGATGATGATCTTTTC  2664
            |||||||||||||||||                                                         
Sbjct 2327  GCACCAAAAAAACCAAG---------------------------------------------------------  2343

Query 2665  AGCTCTGCCAAGTCCCAGCCTTTGGTACAAGAGAAAAAGAGAGTAGTGAAAAAAGACCACTCTGTTGACTCTTT  2738
                                                                                      
Sbjct 2344  --------------------------------------------------------------------------  2343

Query 2739  CAAAAACCAGAAACATCCTGAATCCATTCAAGGTAGTAAAGAAAAAGGCATATGGAAGCCGGAAACACCTCAGG  2812
                                                                                      
Sbjct 2344  --------------------------------------------------------------------------  2343

Query 2813  ACTCATCAGGTCTCGCTCCATTTAAAACCAAAGAACCATCCACTCGGATCGGGAAGATACAAGCAAATTTAGCG  2886
                                                                          ||||||||||||
Sbjct 2344  --------------------------------------------------------------GCAAATTTAGCG  2355

Query 2887  ATCAACCCAGCGGCCTTGCTGCCCACAGCGGCTTCCCAGATCTCTGAAGTAAAGCCTGTTTTGCCAGAATTGGC  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2356  ATCAACCCAGCGGCCTTGCTGCCCACAGCGGCTTCCCAGATCTCTGAAGTAAAGCCTGTTTTGCCAGAATTGGC  2429

Query 2961  TTTTCCTTCATCTGAACACAGAAGGAGCTACGGTCTGGAAAGTGTGCCTGTCCTTCCCGGGAGTGGGGAGGCCG  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2430  TTTTCCTTCATCTGAACACAGAAGGAGCCACGGTCTGGAAAGTGTGCCTGTCCTTCCCGGGAGTGGGGAGGCCG  2503

Query 3035  GTGTGAGTTTTGATCTTCCAGCTCAGGCAGACACCTTACACAGTGCAAACAAGAGCCGTGTCAAGATGAGAGGG  3108
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2504  GTGTGAGTTTTGATCTTCCAGCTCAGGCAGACACCTTACACAGTGCAAACAAGAGCCGTGTCAAGATGAGAGGG  2577

Query 3109  AAGCGTAGACCGCAGACCCGTGCAGCTAGGCGGCTGGCTGCTCAGGAGTCCAGCGAGACTGAGGACATGAGCGT  3182
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 2578  AAGCGTAGACCGCAGACCCGTGCAGCTAGGCGGCTGGCTGCTCAGGAGTCCAGCGAGGCTGAGGACATGAGCGT  2651

Query 3183  CCCCAGAGGACCCATTGCACAGTGGGCTGATGGCGCCATTTCCCCAAATGGCCATCGGCCACAGCTCAGAGCAG  3256
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2652  CCCCAGAGGACCCATTGCACAGTGGGCTGATGGCGCCATTTCCCCAAATGGCCATCGGCCACAGCTCAGAGCAG  2725

Query 3257  CCAGTGGAGAAGACAGCACTGAGGAGGCCCTGGCAGCTGCCGCTGCACCTTGGGAAGGTGGTCCTGTGCCTGGA  3330
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2726  CCAGTGGAGAAGACAGCACTGAGGAGGCCCTGGCAGCTGCCGCTGCACCTTGGGAAGGTGGTCCTGTGCCTGGA  2799

Query 3331  GTGGACAGAAGCCCCTTTGCAAAGTCTCTGGGTCATTCCAGAGGGGAGGCTGACCTTTTTGATTCTGGGGACAT  3404
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2800  GTGGACACAAGCCCCTTTGCAAAGTCTCTGGGTCATTCCAGAGGGGAGGCTGACCTTTTTGATTCTGGGGACAT  2873

Query 3405  CTTTTCCACGGGCACTGGATCTCAGTCTGTGGAGAGAACAAAACCCAAGGCAAAGATAGCAGAGAATCCTGCCA  3478
            .||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2874  TTTTTCCACGGGCACTGGATCTCAGTCCGTGGAGAGAACAAAACCCAAGGCAAAGATAGCAGAGAATCCTGCCA  2947

Query 3479  ACCCACCAGTGGGTGGTAAAGCAAAGAGCCCCATGTTTCCTGCTCTAGGTGAGGCCAGCAGTGATGATGATCTC  3552
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2948  ACCCACCAGTGGGTGGTAAAGCAAAGAGCCCCATGTTTCCTGCTCTAGGCGAGGCCAGCAGTGATGATGATCTC  3021

Query 3553  TTTCAGTCTGCTAAACCAAAACCAGCAAAGAAAACAAATCCCTTTCCTCTCCTGGAAGATGAGGATGACCTCTT  3626
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3022  TTTCAGTCTGCTAAACCAAAACCAGCAAAGAAAACAAATCCCTTTCCTCTCCTGGAAGATGAGGATGACCTCTT  3095

Query 3627  TACAGATCAGAAAGTCAAGAAGAATGAGACAAAATCCAATAGTCAGCAGGATGTCATATTAACAACACAAGATA  3700
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3096  TACAGATCAGAAAGTCAAGAAGAATGAGACAAAATCCAGTAGTCAGCAGGATGTCATATTAACAACACAAGATA  3169

Query 3701  TTTTTGAGGATGATATATTTGCTACGGAAGCAATTAAACCCTCTCAGAAAACCAGAGAGAAGGAGAAAACATTG  3774
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3170  TTTTTGAGGATGATATATTTGCTACGGAAGCAATTAAACCCTCTCAGAAAACCAGAGAGAAGGAGAAAACATTG  3243

Query 3775  GAATCTAATTTATTTGATGATAACATTGATATCTTTGCTGACTTAACTGTAAAACCAAAAGAAAAGTCCAAAAA  3848
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3244  GAATCTAATTTATTTGATGATAACATTGATATCTTTGCTGACTTAACTGTAAAACCAAAAGAAAAGTCCAAAAA  3317

Query 3849  GAAAGTGGAAGCCAAGTCTATATTTGATGATGATATGGATGACATCTTCTCCTCTGGTATCCAGGCTAAGACAA  3922
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 3318  GAAAGTGGAAGCCAAGTCTATATTTGATGATGATATGGATGACATCTTCTCCACTGGTATCCAGGCTAAGACAA  3391

Query 3923  CCAAACCAAAAAGCCGATCTGCACAGGCCGCACCTGAACCAAGATTTGAACACAAGGTGTCCAACATCTTTGAT  3996
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3392  CCAAACCAAAAAGCCGATCTGCACAGGCCGCACCTGAACCAAGATTTGAACACAAGGTGTCCAACATCTTTGAT  3465

Query 3997  GATCCCCTGAATGCCTTTGGAGGCCAG  4023
            |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3466  GATCCCCTGAATGCCTTTGGAGGCCAG  3492