Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_10086
• Subject: NM_001367413.1
• Aligned Length: 4023
• Identities: 3479
• Gaps: 519

Alignment

Query    1  ATGATGAACCGGACGACCCCCGACCAGGAGCTGGCGCCAGCGTCGGAGCCCGTGTGGGAGCGGCCGTGGTCGGT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGAGGAGATCCGCAGGAGCAGCCAGAGCTGGTCGCTGGCGGCCGACGCGGGCCTACTACAGTTTCTACAGGAAT  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TCTCACAGCAAACTATCTCTAGGACCCATGAAATCAAGAAACAAGTGGACGGACTAATTCGGGAAACCAAAGCC  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  ACAGATTGTCGCCTGCATAATGTCTTCAATGACTTCCTTATGCTCTCTAATACCCAGTTCATTGAGAATCGTGT  296
                                                   |||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct    1  ---------------------------------------ATGCTCTCTAATACCCAGTTCATAGAGAATCGTGT  35

Query  297  ATATGATGAAGAAGTGGAGGAGCCAGTACTCAAGGCTGAGGCAGAAAAAACAGAGCAGGAGAAGACACGAGAGC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   36  ATATGATGAAGAAGTGGAGGAGCCAGTACTCAAGGCTGAGGCAGAAAAAACAGAGCAGGAGAAGACACGAGAGC  109

Query  371  AGAAAGAAGTAGATCTCATTCCTAAAGTCCAGGAGGCTGTGAACTATGGCTTACAAGTATTGGACAGTGCCTTT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  110  AGAAAGAAGTAGATCTCATTCCTAAAGTCCAGGAGGCTGTGAACTATGGCTTACAAGTATTGGACAGTGCCTTT  183

Query  445  GAGCAACTTGATATCAAAGCAGGAAACTCAGACTCCGAGGAAGATGATGCTAATGGGCGGGTGGAACTGATCCT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  184  GAGCAACTTGATATCAAAGCAGGAAACTCAGACTCCGAGGAAGATGATGCTAATGGGCGGGTGGAACTGATCCT  257

Query  519  TGAACCAAAGGATCTATACATTGATCGTCCTTTACCATATCTCATTGGGTCAAAGCTGTTCATGGAACAAGAAG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  258  TGAACCAAAGGATCTATACATTGATCGTCCTTTACCATATCTCATTGGGTCAAAGCTGTTCATGGAACAAGAAG  331

Query  593  ATGTAGGTCTTGGAGAGCTGTCCAGTGAAGAAGGCTCTGTAGGCAGTGATCGTGGCAGTATTGTGGACACTGAG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  332  ATGTAGGTCTTGGAGAGCTGTCCAGTGAAGAAGGCTCTGTAGGCAGTGATCGTGGCAGTATTGTGGACACTGAG  405

Query  667  GAAGAGAAAGAAGAGGAGGAGTCAGATGAAGATTTTGCCCATCATAGTGACAATGAACAAAACCGGCACACCAC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct  406  GAAGAGAAAGAAGAGGAGGAGTCAGATGAAGATTTTGCCCATCACAGTGACAATGAACAAAACCAGCACACCAC  479

Query  741  ACAAATGAGTGATGAGGAAGAGGATGATGATGGCTGTGACCTTTTCGCTGACTCTGAGAAGGAGGAGGAAGATA  814
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  480  ACAAATGAGTGATGAGGAAGAGGATGATGATGGCTGTGACCTTTTTGCTGACTCTGAGAAGGAGGAGGAAGATA  553

Query  815  TTGAGGACATTGAAGAAAATACTAGACCTAAAAGAAGCAGACCTACATCGTTTGCAGATGAGCTGGCTGCCCGC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  554  TTGAGGACATTGAAGAAAATACTAGACCTAAAAGAAGCAGACCTACATCGTTTGCAGATGAGCTGGCTGCCCGC  627

Query  889  ATCAAGGGGGATGCCGTGGGTCGAGTGGACGAGGAGCCGACAACCTTACCCTCAGGAGAAGCAAAACCTCGGAA  962
            |||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||                               
Sbjct  628  ATCAAGGGGGATGCCATGGGTCGAGTGGACGAGGAGCCGACAA-------------------------------  670

Query  963  GACACTCAAAGAGAAGAAGGAAAGGAGAACTCCTTCAGACGATGAAGAGGATAACTTATTCGCACCCCCCAAGC  1036
                                                     |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  671  -----------------------------------------ATGAAGAGGATAACTTATTCGCACCCCCCAAGC  703

Query 1037  TGACCGACGAGGACTTCTCGCCATTTGGCTCTGGAGGTGGCCTGTTCAGTGGGGGCAAGGGGCTCTTTGATGAT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||
Sbjct  704  TGACCGACGAGGACTTCTCGCCATTTGGCTCTGGAGGTGGCCTGTTCAGTGGCGGCAAGGGGCTATTTGATGAT  777

Query 1111  GAGGACGAGGAGAGTGACCTCTTCACGGAAGCCCCCCAGGATCGGCAAGCTGGAGCCTCTGTTAAGGAGGAGTC  1184
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  778  GAGGACGAGGAGAGTGACCTCTTCACGGAAGCCTCCCAGGATCGGCAAGCTGGAGCCTCTGTTAAGGAGGAGTC  851

Query 1185  TTCATCATCCAAACCTGGAAAGAAAATCCCAGCAGGAGCTGTTTCTGTATTTTTAGGAGACACGGATGTGTTTG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  852  TTCATCATCCAAACCTGGAAAGAAAATCCCAGCAGGAGCTGTTTCTGTATTTTTAGGAGACACGGATGTGTTTG  925

Query 1259  GTGCTGCCTCCGTTCCATCAATGAAGGAGCCACAGAAGCCTGAGCAGCCCACTCCAAGGAAAAGCCCCTATGGT  1332
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  926  GTGCTGCCTCCGTTCCATCACTGAAGGAGCCACAGAAGCCTGAGCAGCCCACTCCAAGGAAAAGCCCCTATGGT  999

Query 1333  CCCCCTCCCACTGGCCTCTTTGATGATGATGATGGTGATGATGATGACGACTTTTTCTCGGCACCCCACAGCAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1000  CCCCCTCCCACTGGCCTCTTTGATGATGATGATGGTGATGATGATGACGACTTTTTCTCGGCACCCCACAGCAA  1073

Query 1407  ACCTTCTAAAACAGGCAAAGTCCAATCCACTGCCGATATCTTTGGTGACGAAGAAGGAGATCTGTTCAAAGAAA  1480
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1074  ACCTTCTAAAACACGCAAAGTCCAATCCACTGCCGATATCTTTGGTGACGAAGAAGGAGATCTGTTCAAAGAAA  1147

Query 1481  AAGCCGTAGCATCGCCAGAAGCCACTGTGAGTCAGACAGATGAAAATAAAGCAAGAGCAGAAAAAAAGGTTACC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1148  AAGCCGTAGCATCGCCAGAAGCCACTGTGAGTCAGACAGATGAAAATAAAGCAAGAGCAGAAAAAAAGGTTACC  1221

Query 1555  TTATCTTCCAGCAAAAATCTCAAGCCCTCATCAGAAACAAAGACTCAAAAAGGCTTATTTTCAGATGAGGAGGA  1628
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1222  TTATCTTACAGCAAAAATCTCAAGCCCTCATCAGAAACAAAGACTCAAAAAGGCTTATTTTCAGATGAGGAGGA  1295

Query 1629  CTCTGAGGATTTGTTTTCTTCTCAAAGTGCGAGTAAGTTAAAAGGTGCGTCTCTGCTGCCTGGCAAGCTCCCCA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1296  CTCTGAGGATTTGTTTTCTTCTCAAAGTGCGAGTAACTTAAAAGGTGCATCTCTGCTGCCTGGCAAGCTCCCCA  1369

Query 1703  CGTTGGTTTCCCTGTTTGATGATGAAGATGAAGAGGATAATCTTTTTGGGGGTACAGCTGCTAAGAAGCAGACA  1776
            |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1370  CGTCGGTTTCCCTGTTTGATGATGAAGATGAAGAGGATAATCTTTTTGGGGGTACAGCTGCTAAGAAGCAGACA  1443

Query 1777  TTGTGTCTACAAGCTCAGAGAGAAGAGAAAGCAAAAGCCTCCGAGCTCTCCAAAAAGAAAGCATCTGCCCTGTT  1850
            ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1444  TTGTCTCTACAAGCTCAGAGAGAAGAGAAAGCAAAAGCCTCCGAGCTCTCCAAAAAGAAAGCATCTGCCCTGTT  1517

Query 1851  GTTCAGCAGTGATGAGGAGGACCAGTGGAATATTCCTGCTTCACAGACCCACTTAGCATCTGACAGCAGGTCTA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1518  GTTCAGCAGTGATGAGGAGGACCAGTGGAATATTCCTGCTTCACAGACCCACTTAGCATCTGACAGCAGGTCTA  1591

Query 1925  AAGGAGAACCCAGGGATTCTGGGACCCTCCAGAGCCAGGAGGCCAAGGCTGTGAAAAAGACCAGTCTCTTTGAG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1592  AAGGAGAACCCAGGGATTCTGGGACCCTCCAGAGCCAGGAGGCCAAGGCTGTGAAAAAGACCAGTCTCTTTGAG  1665

Query 1999  GAAGACGAAGAAGATGATCTTTTTGCCATTGCCAAGGACAGCCAAAAGAAGACCCAGAGAGTGTCACTCCTCTT  2072
            ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1666  GAAGACAAAGAAGATGATCTTTTTGCCATTGCCAAGGACAGCCAAAAGAAGACCCAGAGAGTGTCACTCCTCTT  1739

Query 2073  TGAAGACGATGTTGATAGCGGAGGCTCTCTGTTTGGCTCTCCTCCCACATCTGTTCCTCCTGCAACAAAGAAAA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740  TGAAGACGATGTTGATAGCGGAGGCTCTCTGTTTGGCTCTCCTCCCACATCTGTTCCTCCTGCAACAAAGAAAA  1813

Query 2147  AAGAGACTGTCTCTGAGGCACCACCTTTGCTGTTCAGCGATGAAGAAGAGAAGGAGGCACAACTTGGAGTGAAG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1814  AAGAGACTGTCTCTGAGGCACCACCTTTGCTGTTCAGCGATGAAGAAGAGAAGGAGGCACAACTTGGAGTGAAG  1887

Query 2221  TCTGTGGATAAGAAGGTTGAGAGTGCCAAGGAGTCATTAAAATTTGGGAGAACTGATGTGGCTGAGTCAGAAAA  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1888  TCTGTGGATAAGAAGGTTGAGAGTGCCAAGGAGTCATTAAAATTTGGGAGAACTGATGTGGCTGAGTCAGAAAA  1961

Query 2295  GGAAGGACTTTTGACTAGATCTGCTCAGGAAACAGTCAAGCATTCTGATTTATTTTCTTCATCATCCCCATGGG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1962  GGAAGGACTTTTGACTAGATCTGCTCAGGAAACAGTCAAGCATTCTGATTTATTTTCTTCATCATCCCCATGGG  2035

Query 2369  ACAAAGGAACCAAGCCTAGAACCAAAACTGTTCTTAGCTTGTTTGATGAGGAAGAGGATAAAATGGAAGATCAA  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036  ACAAAGGAACCAAGCCTAGAACCAAAACTGTTCTTAGCTTGTTTGATGAGGAAGAGGATAAAATGGAAGATCAA  2109

Query 2443  AACATTATCCAGGCTCCACAGAAAGAAGTAGGAAAGGGCCGCGATCCTGATGCCCACCCCAAGAGCACAGGTGT  2516
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2110  AACATTATCCAGGCTCCACAGAAAGAAGTAGGAAAGGGCTGCGATCCTGATGCCCACCCCAAGAGCACAGGTGT  2183

Query 2517  CTTCCAGGATGAAGAGCTGCTTTTCAGCCACAAGCTCCAAAAGGACAATGACCCAGATGTTGACCTTTTTGCTG  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2184  CTTCCAGGATGAAGAGCTGCTTTTCAGCCACAAGCTCCAAAAGGACAATGACCCAGATGTTGACCTTTTTGCTG  2257

Query 2591  GCACCAAAAAAACCAAGCTGTTAGAGCCAAGTGTTGGGAGCCTGTTTGGGGATGATGAAGATGATGATCTTTTC  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2258  GCACCAAAAAAACCAAGCTGTTAGAGCCAAGTGTTGGGAGCCTGTTTGGGGATGATGAAGATGATGATCTTTTC  2331

Query 2665  AGCTCTGCCAAGTCCCAGCCTTTGGTACAAGAGAAAAAGAGAGTAGTGAAAAAAGACCACTCTGTTGACTCTTT  2738
            ||||||||||||||||||||||||                                                  
Sbjct 2332  AGCTCTGCCAAGTCCCAGCCTTTG--------------------------------------------------  2355

Query 2739  CAAAAACCAGAAACATCCTGAATCCATTCAAGGTAGTAAAGAAAAAGGCATATGGAAGCCGGAAACACCTCAGG  2812
                                                                                      
Sbjct 2356  --------------------------------------------------------------------------  2355

Query 2813  ACTCATCAGGTCTCGCTCCATTTAAAACCAAAGAACCATCCACTCGGATCGGGAAGATACAAGCAAATTTAGCG  2886
                                                                          ||||||||||||
Sbjct 2356  --------------------------------------------------------------GCAAATTTAGCG  2367

Query 2887  ATCAACCCAGCGGCCTTGCTGCCCACAGCGGCTTCCCAGATCTCTGAAGTAAAGCCTGTTTTGCCAGAATTGGC  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2368  ATCAACCCAGCGGCCTTGCTGCCCACAGCGGCTTCCCAGATCTCTGAAGTAAAGCCTGTTTTGCCAGAATTGGC  2441

Query 2961  TTTTCCTTCATCTGAACACAGAAGGAGCTACGGTCTGGAAAGTGTGCCTGTCCTTCCCGGGAGTGGGGAGGCCG  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2442  TTTTCCTTCATCTGAACACAGAAGGAGCCACGGTCTGGAAAGTGTGCCTGTCCTTCCCGGGAGTGGGGAGGCCG  2515

Query 3035  GTGTGAGTTTTGATCTTCCAGCTCAGGCAGACACCTTACACAGTGCAAACAAGAGCCGTGTCAAGATGAGAGGG  3108
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516  GTGTGAGTTTTGATCTTCCAGCTCAGGCAGACACCTTACACAGTGCAAACAAGAGCCGTGTCAAGATGAGAGGG  2589

Query 3109  AAGCGTAGACCGCAGACCCGTGCAGCTAGGCGGCTGGCTGCTCAGGAGTCCAGCGAGACTGAGGACATGAGCGT  3182
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 2590  AAGCGTAGACCGCAGACCCGTGCAGCTAGGCGGCTGGCTGCTCAGGAGTCCAGCGAGGCTGAGGACATGAGCGT  2663

Query 3183  CCCCAGAGGACCCATTGCACAGTGGGCTGATGGCGCCATTTCCCCAAATGGCCATCGGCCACAGCTCAGAGCAG  3256
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2664  CCCCAGAGGACCCATTGCACAGTGGGCTGATGGCGCCATTTCCCCAAATGGCCATCGGCCACAGCTCAGAGCAG  2737

Query 3257  CCAGTGGAGAAGACAGCACTGAGGAGGCCCTGGCAGCTGCCGCTGCACCTTGGGAAGGTGGTCCTGTGCCTGGA  3330
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2738  CCAGTGGAGAAGACAGCACTGAGGAGGCCCTGGCAGCTGCCGCTGCACCTTGGGAAGGTGGTCCTGTGCCTGGA  2811

Query 3331  GTGGACAGAAGCCCCTTTGCAAAGTCTCTGGGTCATTCCAGAGGGGAGGCTGACCTTTTTGATTCTGGGGACAT  3404
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2812  GTGGACACAAGCCCCTTTGCAAAGTCTCTGGGTCATTCCAGAGGGGAGGCTGACCTTTTTGATTCTGGGGACAT  2885

Query 3405  CTTTTCCACGGGCACTGGATCTCAGTCTGTGGAGAGAACAAAACCCAAGGCAAAGATAGCAGAGAATCCTGCCA  3478
            .||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2886  TTTTTCCACGGGCACTGGATCTCAGTCCGTGGAGAGAACAAAACCCAAGGCAAAGATAGCAGAGAATCCTGCCA  2959

Query 3479  ACCCACCAGTGGGTGGTAAAGCAAAGAGCCCCATGTTTCCTGCTCTAGGTGAGGCCAGCAGTGATGATGATCTC  3552
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2960  ACCCACCAGTGGGTGGTAAAGCAAAGAGCCCCATGTTTCCTGCTCTAGGCGAGGCCAGCAGTGATGATGATCTC  3033

Query 3553  TTTCAGTCTGCTAAACCAAAACCAGCAAAGAAAACAAATCCCTTTCCTCTCCTGGAAGATGAGGATGACCTCTT  3626
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3034  TTTCAGTCTGCTAAACCAAAACCAGCAAAGAAAACAAATCCCTTTCCTCTCCTGGAAGATGAGGATGACCTCTT  3107

Query 3627  TACAGATCAGAAAGTCAAGAAGAATGAGACAAAATCCAATAGTCAGCAGGATGTCATATTAACAACACAAGATA  3700
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3108  TACAGATCAGAAAGTCAAGAAGAATGAGACAAAATCCAGTAGTCAGCAGGATGTCATATTAACAACACAAGATA  3181

Query 3701  TTTTTGAGGATGATATATTTGCTACGGAAGCAATTAAACCCTCTCAGAAAACCAGAGAGAAGGAGAAAACATTG  3774
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3182  TTTTTGAGGATGATATATTTGCTACGGAAGCAATTAAACCCTCTCAGAAAACCAGAGAGAAGGAGAAAACATTG  3255

Query 3775  GAATCTAATTTATTTGATGATAACATTGATATCTTTGCTGACTTAACTGTAAAACCAAAAGAAAAGTCCAAAAA  3848
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3256  GAATCTAATTTATTTGATGATAACATTGATATCTTTGCTGACTTAACTGTAAAACCAAAAGAAAAGTCCAAAAA  3329

Query 3849  GAAAGTGGAAGCCAAGTCTATATTTGATGATGATATGGATGACATCTTCTCCTCTGGTATCCAGGCTAAGACAA  3922
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 3330  GAAAGTGGAAGCCAAGTCTATATTTGATGATGATATGGATGACATCTTCTCCACTGGTATCCAGGCTAAGACAA  3403

Query 3923  CCAAACCAAAAAGCCGATCTGCACAGGCCGCACCTGAACCAAGATTTGAACACAAGGTGTCCAACATCTTTGAT  3996
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3404  CCAAACCAAAAAGCCGATCTGCACAGGCCGCACCTGAACCAAGATTTGAACACAAGGTGTCCAACATCTTTGAT  3477

Query 3997  GATCCCCTGAATGCCTTTGGAGGCCAG  4023
            |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3478  GATCCCCTGAATGCCTTTGGAGGCCAG  3504