Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_10086
• Subject: XM_017016233.1
• Aligned Length: 4023
• Identities: 3443
• Gaps: 579

Alignment

Query    1  ATGATGAACCGGACGACCCCCGACCAGGAGCTGGCGCCAGCGTCGGAGCCCGTGTGGGAGCGGCCGTGGTCGGT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGAGGAGATCCGCAGGAGCAGCCAGAGCTGGTCGCTGGCGGCCGACGCGGGCCTACTACAGTTTCTACAGGAAT  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TCTCACAGCAAACTATCTCTAGGACCCATGAAATCAAGAAACAAGTGGACGGACTAATTCGGGAAACCAAAGCC  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  ACAGATTGTCGCCTGCATAATGTCTTCAATGACTTCCTTATGCTCTCTAATACCCAGTTCATTGAGAATCGTGT  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  ATATGATGAAGAAGTGGAGGAGCCAGTACTCAAGGCTGAGGCAGAAAAAACAGAGCAGGAGAAGACACGAGAGC  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  AGAAAGAAGTAGATCTCATTCCTAAAGTCCAGGAGGCTGTGAACTATGGCTTACAAGTATTGGACAGTGCCTTT  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  GAGCAACTTGATATCAAAGCAGGAAACTCAGACTCCGAGGAAGATGATGCTAATGGGCGGGTGGAACTGATCCT  518
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  519  TGAACCAAAGGATCTATACATTGATCGTCCTTTACCATATCTCATTGGGTCAAAGCTGTTCATGGAACAAGAAG  592
                                                                         |||||||||||||
Sbjct    1  -------------------------------------------------------------ATGGAACAAGAAG  13

Query  593  ATGTAGGTCTTGGAGAGCTGTCCAGTGAAGAAGGCTCTGTAGGCAGTGATCGTGGCAGTATTGTGGACACTGAG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   14  ATGTAGGTCTTGGAGAGCTGTCCAGTGAAGAAGGCTCTGTAGGCAGTGATCGTGGCAGTATTGTGGACACTGAG  87

Query  667  GAAGAGAAAGAAGAGGAGGAGTCAGATGAAGATTTTGCCCATCATAGTGACAATGAACAAAACCGGCACACCAC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   88  GAAGAGAAAGAAGAGGAGGAGTCAGATGAAGATTTTGCCCATCATAGTGACAATGAACAAAACCGGCACACCAC  161

Query  741  ACAAATGAGTGATGAGGAAGAGGATGATGATGGCTGTGACCTTTTCGCTGACTCTGAGAAGGAGGAGGAAGATA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  162  ACAAATGAGTGATGAGGAAGAGGATGATGATGGCTGTGACCTTTTCGCTGACTCTGAGAAGGAGGAGGAAGATA  235

Query  815  TTGAGGACATTGAAGAAAATACTAGACCTAAAAGAAGCAGACCTACATCGTTTGCAGATGAGCTGGCTGCCCGC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  236  TTGAGGACATTGAAGAAAATACTAGACCTAAAAGAAGCAGACCTACATCGTTTGCAGATGAGCTGGCTGCCCGC  309

Query  889  ATCAAGGGGGATGCCGTGGGTCGAGTGGACGAGGAGCCGACAACCTTACCCTCAGGAGAAGCAAAACCTCGGAA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  310  ATCAAGGGGGATGCCGTGGGTCGAGTGGACGAGGAGCCGACAACCTTACCCTCAGGAGAAGCAAAACCTCGGAA  383

Query  963  GACACTCAAAGAGAAGAAGGAAAGGAGAACTCCTTCAGACGATGAAGAGGATAACTTATTCGCACCCCCCAAGC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  384  GACACTCAAAGAGAAGAAGGAAAGGAGAACTCCTTCAGACGATGAAGAGGATAACTTATTCGCACCCCCCAAGC  457

Query 1037  TGACCGACGAGGACTTCTCGCCATTTGGCTCTGGAGGTGGCCTGTTCAGTGGGGGCAAGGGGCTCTTTGATGAT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  458  TGACCGACGAGGACTTCTCGCCATTTGGCTCTGGAGGTGGCCTGTTCAGTGGGGGCAAGGGGCTCTTTGATGAT  531

Query 1111  GAGGACGAGGAGAGTGACCTCTTCACGGAAGCCCCCCAGGATCGGCAAGCTGGAGCCTCTGTTAAGGAGGAGTC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  532  GAGGACGAGGAGAGTGACCTCTTCACGGAAGCCCCCCAGGATCGGCAAGCTGGAGCCTCTGTTAAGGAGGAGTC  605

Query 1185  TTCATCATCCAAACCTGGAAAGAAAATCCCAGCAGGAGCTGTTTCTGTATTTTTAGGAGACACGGATGTGTTTG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  606  TTCATCATCCAAACCTGGAAAGAAAATCCCAGCAGGAGCTGTTTCTGTATTTTTAGGAGACACGGATGTGTTTG  679

Query 1259  GTGCTGCCTCCGTTCCATCAATGAAGGAGCCACAGAAGCCTGAGCAGCCCACTCCAAGGAAAAGCCCCTATGGT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  680  GTGCTGCCTCCGTTCCATCAATGAAGGAGCCACAGAAGCCTGAGCAGCCCACTCCAAGGAAAAGCCCCTATGGT  753

Query 1333  CCCCCTCCCACTGGCCTCTTTGATGATGATGATGGTGATGATGATGACGACTTTTTCTCGGCACCCCACAGCAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  754  CCCCCTCCCACTGGCCTCTTTGATGATGATGATGGTGATGATGATGACGACTTTTTCTCGGCACCCCACAGCAA  827

Query 1407  ACCTTCTAAAACAGGCAAAGTCCAATCCACTGCCGATATCTTTGGTGACGAAGAAGGAGATCTGTTCAAAGAAA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  828  ACCTTCTAAAACAGGCAAAGTCCAATCCACTGCCGATATCTTTGGTGACGAAGAAGGAGATCTGTTCAAAGAAA  901

Query 1481  AAGCCGTAGCATCGCCAGAAGCCACTGTGAGTCAGACAGATGAAAATAAAGCAAGAGCAGAAAAAAAGGTTACC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  902  AAGCCGTAGCATCGCCAGAAGCCACTGTGAGTCAGACAGATGAAAATAAAGCAAGAGCAGAAAAAAAGGTTACC  975

Query 1555  TTATCTTCCAGCAAAAATCTCAAGCCCTCATCAGAAACAAAGACTCAAAAAGGCTTATTTTCAGATGAGGAGGA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  976  TTATCTTCCAGCAAAAATCTCAAGCCCTCATCAGAAACAAAGACTCAAAAAGGCTTATTTTCAGATGAGGAGGA  1049

Query 1629  CTCTGAGGATTTGTTTTCTTCTCAAAGTGCGAGTAAGTTAAAAGGTGCGTCTCTGCTGCCTGGCAAGCTCCCCA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1050  CTCTGAGGATTTGTTTTCTTCTCAAAGTGCGAGTAAGTTAAAAGGTGCGTCTCTGCTGCCTGGCAAGCTCCCCA  1123

Query 1703  CGTTGGTTTCCCTGTTTGATGATGAAGATGAAGAGGATAATCTTTTTGGGGGTACAGCTGCTAAGAAGCAGACA  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1124  CGTTGGTTTCCCTGTTTGATGATGAAGATGAAGAGGATAATCTTTTTGGGGGTACAGCTGCTAAGAAGCAGACA  1197

Query 1777  TTGTGTCTACAAGCTCAGAGAGAAGAGAAAGCAAAAGCCTCCGAGCTCTCCAAAAAGAAAGCATCTGCCCTGTT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198  TTGTGTCTACAAGCTCAGAGAGAAGAGAAAGCAAAAGCCTCCGAGCTCTCCAAAAAGAAAGCATCTGCCCTGTT  1271

Query 1851  GTTCAGCAGTGATGAGGAGGACCAGTGGAATATTCCTGCTTCACAGACCCACTTAGCATCTGACAGCAGGTCTA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1272  GTTCAGCAGTGATGAGGAGGACCAGTGGAATATTCCTGCTTCACAGACCCACTTAGCATCTGACAGCAGGTCTA  1345

Query 1925  AAGGAGAACCCAGGGATTCTGGGACCCTCCAGAGCCAGGAGGCCAAGGCTGTGAAAAAGACCAGTCTCTTTGAG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1346  AAGGAGAACCCAGGGATTCTGGGACCCTCCAGAGCCAGGAGGCCAAGGCTGTGAAAAAGACCAGTCTCTTTGAG  1419

Query 1999  GAAGACGAAGAAGATGATCTTTTTGCCATTGCCAAGGACAGCCAAAAGAAGACCCAGAGAGTGTCACTCCTCTT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1420  GAAGACGAAGAAGATGATCTTTTTGCCATTGCCAAGGACAGCCAAAAGAAGACCCAGAGAGTGTCACTCCTCTT  1493

Query 2073  TGAAGACGATGTTGATAGCGGAGGCTCTCTGTTTGGCTCTCCTCCCACATCTGTTCCTCCTGCAACAAAGAAAA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494  TGAAGACGATGTTGATAGCGGAGGCTCTCTGTTTGGCTCTCCTCCCACATCTGTTCCTCCTGCAACAAAGAAAA  1567

Query 2147  AAGAGACTGTCTCTGAGGCACCACCTTTGCTGTTCAGCGATGAAGAAGAGAAGGAGGCACAACTTGGAGTGAAG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1568  AAGAGACTGTCTCTGAGGCACCACCTTTGCTGTTCAGCGATGAAGAAGAGAAGGAGGCACAACTTGGAGTGAAG  1641

Query 2221  TCTGTGGATAAGAAGGTTGAGAGTGCCAAGGAGTCATTAAAATTTGGGAGAACTGATGTGGCTGAGTCAGAAAA  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1642  TCTGTGGATAAGAAGGTTGAGAGTGCCAAGGAGTCATTAAAATTTGGGAGAACTGATGTGGCTGAGTCAGAAAA  1715

Query 2295  GGAAGGACTTTTGACTAGATCTGCTCAGGAAACAGTCAAGCATTCTGATTTATTTTCTTCATCATCCCCATGGG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1716  GGAAGGACTTTTGACTAGATCTGCTCAGGAAACAGTCAAGCATTCTGATTTATTTTCTTCATCATCCCCATGGG  1789

Query 2369  ACAAAGGAACCAAGCCTAGAACCAAAACTGTTCTTAGCTTGTTTGATGAGGAAGAGGATAAAATGGAAGATCAA  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1790  ACAAAGGAACCAAGCCTAGAACCAAAACTGTTCTTAGCTTGTTTGATGAGGAAGAGGATAAAATGGAAGATCAA  1863

Query 2443  AACATTATCCAGGCTCCACAGAAAGAAGTAGGAAAGGGCCGCGATCCTGATGCCCACCCCAAGAGCACAGGTGT  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1864  AACATTATCCAGGCTCCACAGAAAGAAGTAGGAAAGGGCCGCGATCCTGATGCCCACCCCAAGAGCACAGGTGT  1937

Query 2517  CTTCCAGGATGAAGAGCTGCTTTTCAGCCACAAGCTCCAAAAGGACAATGACCCAGATGTTGACCTTTTTGCTG  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1938  CTTCCAGGATGAAGAGCTGCTTTTCAGCCACAAGCTCCAAAAGGACAATGACCCAGATGTTGACCTTTTTGCTG  2011

Query 2591  GCACCAAAAAAACCAAGCTGTTAGAGCCAAGTGTTGGGAGCCTGTTTGGGGATGATGAAGATGATGATCTTTTC  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2012  GCACCAAAAAAACCAAGCTGTTAGAGCCAAGTGTTGGGAGCCTGTTTGGGGATGATGAAGATGATGATCTTTTC  2085

Query 2665  AGCTCTGCCAAGTCCCAGCCTTTGGTACAAGAGAAAAAGAGAGTAGTGAAAAAAGACCACTCTGTTGACTCTTT  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2086  AGCTCTGCCAAGTCCCAGCCTTTGGTACAAGAGAAAAAGAGAGTAGTGAAAAAAGACCACTCTGTTGACTCTTT  2159

Query 2739  CAAAAACCAGAAACATCCTGAATCCATTCAAGGTAGTAAAGAAAAAGGCATATGGAAGCCGGAAACACCTCAGG  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160  CAAAAACCAGAAACATCCTGAATCCATTCAAGGTAGTAAAGAAAAAGGCATATGGAAGCCGGAAACACCTCAGG  2233

Query 2813  ACTCATCAGGTCTCGCTCCATTTAAAACCAAAGAACCATCCACTCGGATCGGGAAGATACAAGCAAATTTAGCG  2886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2234  ACTCATCAGGTCTCGCTCCATTTAAAACCAAAGAACCATCCACTCGGATCGGGAAGATACAAGCAAATTTAGCG  2307

Query 2887  ATCAACCCAGCGGCCTTGCTGCCCACAGCGGCTTCCCAGATCTCTGAAGTAAAGCCTGTTTTGCCAGAATTGGC  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2308  ATCAACCCAGCGGCCTTGCTGCCCACAGCGGCTTCCCAGATCTCTGAAGTAAAGCCTGTTTTGCCAGAATTGGC  2381

Query 2961  TTTTCCTTCATCTGAACACAGAAGGAGCTACGGTCTGGAAAGTGTGCCTGTCCTTCCCGGGAGTGGGGAGGCCG  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2382  TTTTCCTTCATCTGAACACAGAAGGAGCCACGGTCTGGAAAGTGTGCCTGTCCTTCCCGGGAGTGGGGAGGCCG  2455

Query 3035  GTGTGAGTTTTGATCTTCCAGCTCAGGCAGACACCTTACACAGTGCAAACAAGAGCCGTGTCAAGATGAGAGGG  3108
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456  GTGTGAGTTTTGATCTTCCAGCTCAGGCAGACACCTTACACAGTGCAAACAAGAGCCGTGTCAAGATGAGAGGG  2529

Query 3109  AAGCGTAGACCGCAGACCCGTGCAGCTAGGCGGCTGGCTGCTCAGGAGTCCAGCGAGACTGAGGACATGAGCGT  3182
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2530  AAGCGTAGACCGCAGACCCGTGCAGCTAGGCGGCTGGCTGCTCAGGAGTCCAGCGAGACTGAGGACATGAGCGT  2603

Query 3183  CCCCAGAGGACCCATTGCACAGTGGGCTGATGGCGCCATTTCCCCAAATGGCCATCGGCCACAGCTCAGAGCAG  3256
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2604  CCCCAGAGGACCCATTGCACAGTGGGCTGATGGCGCCATTTCCCCAAATGGCCATCGGCCACAGCTCAGAGCAG  2677

Query 3257  CCAGTGGAGAAGACAGCACTGAGGAGGCCCTGGCAGCTGCCGCTGCACCTTGGGAAGGTGGTCCTGTGCCTGGA  3330
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2678  CCAGTGGAGAAGACAGCACTGAGGAGGCCCTGGCAGCTGCCGCTGCACCTTGGGAAGGTGGTCCTGTGCCTGGA  2751

Query 3331  GTGGACAGAAGCCCCTTTGCAAAGTCTCTGGGTCATTCCAGAGGGGAGGCTGACCTTTTTGATTCTGGGGACAT  3404
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2752  GTGGACAGAAGCCCCTTTGCAAAGTCTCTGGGTCATTCCAGAGGGGAGGCTGACCTTTTTGATTCTGGGGACAT  2825

Query 3405  CTTTTCCACGGGCACTGGATCTCAGTCTGTGGAGAGAACAAAACCCAAGGCAAAGATAGCAGAGAATCCTGCCA  3478
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2826  CTTTTCCACGGGCACTGGATCTCAGTCTGTGGAGAGAACAAAACCCAAGGCAAAGATAGCAGAGAATCCTGCCA  2899

Query 3479  ACCCACCAGTGGGTGGTAAAGCAAAGAGCCCCATGTTTCCTGCTCTAGGTGAGGCCAGCAGTGATGATGATCTC  3552
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2900  ACCCACCAGTGGGTGGTAAAGCAAAGAGCCCCATGTTTCCTGCTCTAGGTGAGGCCAGCAGTGATGATGATCTC  2973

Query 3553  TTTCAGTCTGCTAAACCAAAACCAGCAAAGAAAACAAATCCCTTTCCTCTCCTGGAAGATGAGGATGACCTCTT  3626
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2974  TTTCAGTCTGCTAAACCAAAACCAGCAAAGAAAACAAATCCCTTTCCTCTCCTGGAAGATGAGGATGACCTCTT  3047

Query 3627  TACAGATCAGAAAGTCAAGAAGAATGAGACAAAATCCAATAGTCAGCAGGATGTCATATTAACAACACAAGATA  3700
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3048  TACAGATCAGAAAGTCAAGAAGAATGAGACAAAATCCAATAGTCAGCAGGATGTCATATTAACAACACAAGATA  3121

Query 3701  TTTTTGAGGATGATATATTTGCTACGGAAGCAATTAAACCCTCTCAGAAAACCAGAGAGAAGGAGAAAACATTG  3774
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3122  TTTTTGAGGATGATATATTTGCTACGGAAGCAATTAAACCCTCTCAGAAAACCAGAGAGAAGGAGAAAACATTG  3195

Query 3775  GAATCTAATTTATTTGATGATAACATTGATATCTTTGCTGACTTAACTGTAAAACCAAAAGAAAAGTCCAAAAA  3848
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3196  GAATCTAATTTATTTGATGATAACATTGATATCTTTGCTGACTTAACTGTAAAACCAAAAGAAAAGTCCAAAAA  3269

Query 3849  GAAAGTGGAAGCCAAGTCTATATTTGATGATGATATGGATGACATCTTCTCCTCTGGTATCCAGGCTAAGACAA  3922
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3270  GAAAGTGGAAGCCAAGTCTATATTTGATGATGATATGGATGACATCTTCTCCTCTGGTATCCAGGCTAAGACAA  3343

Query 3923  CCAAACCAAAAAGCCGATCTGCACAGGCCGCACCTGAACCAAGATTTGAACACAAGGTGTCCAACATCTTTGAT  3996
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3344  CCAAACCAAAAAGCCGATCTGCACAGGCCGCACCTGAACCAAGATTTGAACACAAGGTGTCCAACATCTTTGAT  3417

Query 3997  GATCCCCTGAATGCCTTTGGAGGCCAG  4023
            |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3418  GATCCCCTGAATGCCTTTGGAGGCCAG  3444