Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_10086
- Subject:
- XR_002956976.1
- Aligned Length:
- 4089
- Identities:
- 3605
- Gaps:
- 483
Alignment
Query 1 ------------------------------------------------------------------ATGATGAA 8
||||||||
Sbjct 1 TTCCGGGGCTCTGCAGTCCTCGGCGTGTGCTGGCAGCTTCGGAGCCCACCGAGCCGGGCGGCTAGGATGATGAA 74
Query 9 CCGGACGACCCCCGACCAGGAGCTGGCGCCAGCGTCGGAGCCCGTGTGGGAGCGGCCGTGGTCGGTGGAGGAGA 82
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 75 CCGGACGACCCCCGACCAGGAGCTGGCGCCAGCGTCGGAGCCCGTGTGGGAGCGGCCGTGGTCGGTGGAGGAGA 148
Query 83 TCCGCAGGAGCAGCCAGAGCTGGTCGCTGGCGGCCGACGCGGGCCTACTACAGTTTCTACAGGAATTCTCACAG 156
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 149 TCCGCAGGAGCAGCCAGAGCTGGTCGCTGGCGGCCGACGCGGGCCTACTACAGTTTCTACAGGAATTCTCACAG 222
Query 157 CAAACTATCTCTAGGACCCATGAAATCAAGAAACAAGTGGACGGACTAATTCGGGAAACCAAAGCCACAGATTG 230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 CAAACTATCTCTAGGACCCATGAAATCAAGAAACAAGTGGACGGACTAATTCGGGAAACCAAAGCCACAGATTG 296
Query 231 TCGCCTGCATAATGTCTTCAATGACTTCCTTATGCTCTCTAATACCCAGTTCATTGAGAATCGTGTATATGATG 304
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 TCGCCTGCATAATGTCTTCAATGACTTCCTTATGCTCTCTAATACCCAGTTCATTGAGAATCGTGTATATGATG 370
Query 305 AAGAAGTGGAGGAGCCAGTACTCAAGGCTGAGGCAGAAAAAACAGAGCAGGAGAAGACACGAGAGCAGAAAGAA 378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 AAGAAGTGGAGGAGCCAGTACTCAAGGCTGAGGCAGAAAAAACAGAGCAGGAGAAGACACGAGAGCAGAAAGAA 444
Query 379 GTAGATCTCATTCCTAAAGTCCAGGAGGCTGTGAACTATGGCTTACAAGTATTGGACAGTGCCTTTGAGCAACT 452
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 GTAGATCTCATTCCTAAAGTCCAGGAGGCTGTGAACTATGGCTTACAAGTATTGGACAGTGCCTTTGAGCAACT 518
Query 453 TGATATCAAAGCAGGAAACTCAGACTCCGAGGAAGATGATGCTAATGGGCGGGTGGAACTGATCCTTGAACCAA 526
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 TGATATCAAAGCAGGAAACTCAGACTCCGAGGAAGATGATGCTAATGGGCGGGTGGAACTGATCCTTGAACCAA 592
Query 527 AGGATCTATACATTGATCGTCCTTTACCATATCTCATTGGGTCAAAGCTGTTCATGGAACAAGAAGATGTAGGT 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 AGGATCTATACATTGATCGTCCTTTACCATATCTCATTGGGTCAAAGCTGTTCATGGAACAAGAAGATGTAGGT 666
Query 601 CTTGGAGAGCTGTCCAGTGAAGAAGGCTCTGTAGGCAGTGATCGTGGCAGTATTGTGGACACTGAGGAAGAGAA 674
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 CTTGGAGAGCTGTCCAGTGAAGAAGGCTCTGTAGGCAGTGATCGTGGCAGTATTGTGGACACTGAGGAAGAGAA 740
Query 675 AGAAGAGGAGGAGTCAGATGAAGATTTTGCCCATCATAGTGACAATGAACAAAACCGGCACACCACACAAATGA 748
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 AGAAGAGGAGGAGTCAGATGAAGATTTTGCCCATCATAGTGACAATGAACAAAACCGGCACACCACACAAATGA 814
Query 749 GTGATGAGGAAGAGGATGATGATGGCTGTGACCTTTTCGCTGACTCTGAGAAGGAGGAGGAAGATATTGAGGAC 822
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 GTGATGAGGAAGAGGATGATGATGGCTGTGACCTTTTCGCTGACTCTGAGAAGGAGGAGGAAGATATTGAGGAC 888
Query 823 ATTGAAGAAAATACTAGACCTAAAAGAAGCAGACCTACATCGTTTGCAGATGAGCTGGCTGCCCGCATCAAGGG 896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 ATTGAAGAAAATACTAGACCTAAAAGAAGCAGACCTACATCGTTTGCAGATGAGCTGGCTGCCCGCATCAAGGG 962
Query 897 GGATGCCGTGGGTCGAGTGGACGAGGAGCCGACAACCTTACCCTCAGGAGAAGCAAAACCTCGGAAGACACTCA 970
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 GGATGCCGTGGGTCGAGTGGACGAGGAGCCGACAACCTTACCCTCAGGAGAAGCAAAACCTCGGAAGACACTCA 1036
Query 971 AAGAGAAGAAGGAAAGGAGAACTCCTTCAGACGATGAAGAGGATAACTTATTCGCACCCCCCAAGCTGACCGAC 1044
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 AAGAGAAGAAGGAAAGGAGAACTCCTTCAGACGATGAAGAGGATAACTTATTCGCACCCCCCAAGCTGACCGAC 1110
Query 1045 GAGGACTTCTCGCCATTTGGCTCTGGAGGTGGCCTGTTCAGTGGGGGCAAGGGGCTCTTTGATGATGAGGACGA 1118
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 GAGGACTTCTCGCCATTTGGCTCTGGAGGTGGCCTGTTCAGTGGGGGCAAGGGGCTCTTTGATGATGAGGACGA 1184
Query 1119 GGAGAGTGACCTCTTCACGGAAGCCCCCCAGGATCGGCAAGCTGGAGCCTCTGTTAAGGAGGAGTCTTCATCAT 1192
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 GGAGAGTGACCTCTTCACGGAAGCCCCCCAGGATCGGCAAGCTGGAGCCTCTGTTAAGGAGGAGTCTTCATCAT 1258
Query 1193 CCAAACCTGGAAAGAAAATCCCAGCAGGAGCTGTTTCTGTATTTTTAGGAGACACGGATGTGTTTGGTGCTGCC 1266
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 CCAAACCTGGAAAGAAAATCCCAGCAGGAGCTGTTTCTGTATTTTTAGGAGACACGGATGTGTTTGGTGCTGCC 1332
Query 1267 TCCGTTCCATCAATGAAGGAGCCACAGAAGCCTGAGCAGCCCACTCCAAGGAAAAGCCCCTATGGTCCCCCTCC 1340
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 TCCGTTCCATCAATGAAGGAGCCACAGAAGCCTGAGCAGCCCACTCCAAGGAAAAGCCCCTATGGTCCCCCTCC 1406
Query 1341 CACTGGCCTCTTTGATGATGATGATGGTGATGATGATGACGACTTTTTCTCGGCACCCCACAGCAAACCTTCTA 1414
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 CACTGGCCTCTTTGATGATGATGATGGTGATGATGATGACGACTTTTTCTCGGCACCCCACAGCAAACCTTCTA 1480
Query 1415 AAACAGGCAAAGTCCAATCCACTGCCGATATCTTTGGTGACGAAGAAGGAGATCTGTTCAAAGAAAAAGCCGTA 1488
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 AAACAGGCAAAGTCCAATCCACTGCCGATATCTTTGGTGACGAAGAAGGAGATCTGTTCAAAGAAAAAGCCGTA 1554
Query 1489 GCATCGCCAGAAGCCACTGTGAGTCAGACAGATGAAAATAAAGCAAGAGCAGAAAAAAAGGTTACCTTATCTTC 1562
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 GCATCGCCAGAAGCCACTGTGAGTCAGACAGATGAAAATAAAGCAAGAGCAGAAAAAAAGGTTACCTTATCTTC 1628
Query 1563 CAGCAAAAATCTCAAGCCCTCATCAGAAACAAAGACTCAAAAAGGCTTATTTTCAGATGAGGAGGACTCTGAGG 1636
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 CAGCAAAAATCTCAAGCCCTCATCAGAAACAAAGACTCAAAAAGGCTTATTTTCAGATGAGGAGGACTCTGAGG 1702
Query 1637 ATTTGTTTTCTTCTCAAAGTGCGAGTAAGTTAAAAGGTGCGTCTCTGCTGCCTGGCAAGCTCCCCACGTTGGTT 1710
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 ATTTGTTTTCTTCTCAAAGTGCGAGTAAGTTAAAAGGTGCGTCTCTGCTGCCTGGCAAGCTCCCCACGTTGGTT 1776
Query 1711 TCCCTGTTTGATGATGAAGATGAAGAGGATAATCTTTTTGGGGGTACAGCTGCTAAGAAGCAGACATTGTGTCT 1784
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 TCCCTGTTTGATGATGAAGATGAAGAGGATAATCTTTTTGGGGGTACAGCTGCTAAGAAGCAGACATTGTGTCT 1850
Query 1785 ACAAGCTCAGAGAGAAGAGAAAGCAAAAGCCTCCGAGCTCTCCAAAAAGAAAGCATCTGCCCTGTTGTTCAGCA 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 ACAAGCTCAGAGAGAAGAGAAAGCAAAAGCCTCCGAGCTCTCCAAAAAGAAAGCATCTGCCCTGTTGTTCAGCA 1924
Query 1859 GTGATGAGGAGGACCAGTGGAATATTCCTGCTTCACAGACCCACTTAGCATCTGACAGCAGGTCTAAAGGAGAA 1932
|||||||||
Sbjct 1925 GTGATGAGG----------------------------------------------------------------- 1933
Query 1933 CCCAGGGATTCTGGGACCCTCCAGAGCCAGGAGGCCAAGGCTGTGAAAAAGACCAGTCTCTTTGAGGAAGACGA 2006
Sbjct 1934 -------------------------------------------------------------------------- 1933
Query 2007 AGAAGATGATCTTTTTGCCATTGCCAAGGACAGCCAAAAGAAGACCCAGAGAGTGTCACTCCTCTTTGAAGACG 2080
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1934 -------------------------------AGCCAAAAGAAGACCCAGAGAGTGTCACTCCTCTTTGAAGACG 1976
Query 2081 ATGTTGATAGCGGAGGCTCTCTGTTTGGCTCTCCTCCCACATCTGTTCCTCCTGCAACAAAGAAAAAAGAGACT 2154
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 ATGTTGATAGCGGAGGCTCTCTGTTTGGCTCTCCTCCCACATCTGTTCCTCCTGCAACAAAGAAAAAAGAGACT 2050
Query 2155 GTCTCTGAGGCACCACCTTTGCTGTTCAGCGATGAAGAAGAGAAGGAGGCACAACTTGGAGTGAAGTCTGTGGA 2228
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2051 GTCTCTGAGGCACCACCTTTGCTGTTCAGCGATGAAGAAGAGAAGGAGGCACAACTTGGAGTGAAGTCTGTGGA 2124
Query 2229 TAAGAAGGTTGAGAGTGCCAAGGAGTCATTAAAATTTGGGAGAACTGATGTGGCTGAGTCAGAAAAGGAAGGAC 2302
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2125 TAAGAAGGTTGAGAGTGCCAAGGAGTCATTAAAATTTGGGAGAACTGATGTGGCTGAGTCAGAAAAGGAAGGAC 2198
Query 2303 TTTTGACTAGATCTGCTCAGGAAACAGTCAAGCATTCTGATTTATTTTCTTCATCATCCCCATGGGACAAAGGA 2376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2199 TTTTGACTAGATCTGCTCAGGAAACAGTCAAGCATTCTGATTTATTTTCTTCATCATCCCCATGGGACAAAGGA 2272
Query 2377 ACCAAGCCTAGAACCAAAACTGTTCTTAGCTTGTTTGATGAGGAAGAGGATAAAATGGAAGATCAAAACATTAT 2450
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2273 ACCAAGCCTAGAACCAAAACTGTTCTTAGCTTGTTTGATGAGGAAGAGGATAAAATGGAAGATCAAAACATTAT 2346
Query 2451 CCAGGCTCCACAGAAAGAAGTAGGAAAGGGCCGCGATCCTGATGCCCACCCCAAGAGCACAGGTGTCTTCCAGG 2524
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2347 CCAGGCTCCACAGAAAGAAGTAGGAAAGGGCCGCGATCCTGATGCCCACCCCAAGAGCACAGGTGTCTTCCAGG 2420
Query 2525 ATGAAGAGCTGCTTTTCAGCCACAAGCTCCAAAAGGACAATGACCCAGATGTTGACCTTTTTGCTGGCACCAAA 2598
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2421 ATGAAGAGCTGCTTTTCAGCCACAAGCTCCAAAAGGACAATGACCCAGATGTTGACCTTTTTGCTGGCACCAAA 2494
Query 2599 AAAACCAAGCTGTTAGAGCCAAGTGTTGGGAGCCTGTTTGGGGATGATGAAGATGATGATCTTTTCAGCTCTGC 2672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2495 AAAACCAAGCTGTTAGAGCCAAGTGTTGGGAGCCTGTTTGGGGATGATGAAGATGATGATCTTTTCAGCTCTGC 2568
Query 2673 CAAGTCCCAGCCTTTGGTACAAGAGAAAAAGAGAGTAGTGAAAAAAGACCACTCTGTTGACTCTTTCAAAAACC 2746
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2569 CAAGTCCCAGCCTTTGGTACAAGAGAAAAAGAGAGTAGTGAAAAAAGACCACTCTGTTGACTCTTTCAAAAACC 2642
Query 2747 AGAAACATCCTGAATCCATTCAAGGTAGTAAAGAAAAAGGCATATGGAAGCCGGAAACACCTCAGGACTCATCA 2820
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2643 AGAAACATCCTGAATCCATTCAAGGTAGTAAAGAAAAAGGCATATGGAAGCCGGAAACACCTCAG--------- 2707
Query 2821 GGTCTCGCTCCATTTAAAACCAAAGAACCATCCACTCGGATCGGGAAGATACAAGCAAATTTAGCGATCAACCC 2894
||||||||||||||||||||
Sbjct 2708 ------------------------------------------------------GCAAATTTAGCGATCAACCC 2727
Query 2895 AGCGGCCTTGCTGCCCACAGCGGCTTCCCAGATCTCTGAAGTAAAGCCTGTTTTGCCAGAATTGGCTTTTCCTT 2968
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2728 AGCGGCCTTGCTGCCCACAGCGGCTTCCCAGATCTCTGAAGTAAAGCCTGTTTTGCCAGAATTGGCTTTTCCTT 2801
Query 2969 CATCTGAACACAGAAGGAGCTACGGTCTGGAAAGTGTGCCTGTCCTTCCCGGGAGTGGGGAGGCCGGTGTGAGT 3042
||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2802 CATCTGAACACAGAAGGAGCCACGGTCTGGAAAGTGTGCCTGTCCTTCCCGGGAGTGGGGAGGCCGGTGTGAGT 2875
Query 3043 TTTGATCTTCCAGCTCAGGCAGACACCTTACACAGTGCAAACAAGAGCCGTGTCAAGATGAGAGGGAAGCGTAG 3116
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2876 TTTGATCTTCCAGCTCAGGCAGACACCTTACACAGTGCAAACAAGAGCCGTGTCAAGATGAGAGGGAAGCGTAG 2949
Query 3117 ACCGCAGACCCGTGCAGCTAGGCGGCTGGCTGCTCAGGAGTCCAGCGAGACTGAGGACATGAGCGTCCCCAGAG 3190
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2950 ACCGCAGACCCGTGCAGCTAGGCGGCTGGCTGCTCAGGAGTCCAGCGAGACTGAGGACATGAGCGTCCCCAGAG 3023
Query 3191 GACCCATTGCACAGTGGGCTGATGGCGCCATTTCCCCAAATGGCCATCGGCCACAGCTCAGAGCAGCCAGTGGA 3264
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3024 GACCCATTGCACAGTGGGCTGATGGCGCCATTTCCCCAAATGGCCATCGGCCACAGCTCAGAGCAGCCAGTGGA 3097
Query 3265 GAAGACAGCACTGAGGAGGCCCTGGCAGCTGCCGCTGCACCTTGGGAAGGTGGTCCTGTGCCTGGAGTGGACAG 3338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3098 GAAGACAGCACTGAGGAGGCCCTGGCAGCTGCCGCTGCACCTTGGGAAGGTGGTCCTGTGCCTGGAGTGGACAG 3171
Query 3339 AAGCCCCTTTGCAAAGTCTCTGGGTCATTCCAGAGGGGAGGCTGACCTTTTTGATTCTGGGGACATCTTTTCCA 3412
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3172 AAGCCCCTTTGCAAAGTCTCTGGGTCATTCCAGAGGGGAGGCTGACCTTTTTGATTCTGGGGACATCTTTTCCA 3245
Query 3413 CGGGCACTGGATCTCAGTCTGTGGAGAGAACAAAACCCAAGGCAAAGATAGCAGAGAATCCTGCCAACCCACCA 3486
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3246 CGGGCACTGGATCTCAGTCTGTGGAGAGAACAAAACCCAAGGCAAAGATAGCAGAGAATCCTGCCAACCCACCA 3319
Query 3487 GTGGGTGGTAAAGCAAAGAGCCCCATGTTTCCTGCTCTAGGTGAGGCCAGCAGTGATGATGATCTCTTTCAGTC 3560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3320 GTGGGTGGTAAAGCAAAGAGCCCCATGTTTCCTGCTCTAGGTGAGGCCAGCAGTGATGATGATCTCTTTCAGTC 3393
Query 3561 TGCTAAACCAAAACCAGCAAAGAAAACAAATCCCTTTCCTCTCCTGGAAGATGAGGATGACCTCTTTACAGATC 3634
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3394 TGCTAAACCAAAACCAGCAAAGAAAACAAATCCCTTTCCTCTCCTGGAAGATGAGGATGACCTCTTTACAGATC 3467
Query 3635 AGAAAGTCAAGAAGAATGAGACAAAATCCAATAGTCAGCAGGATGTCATATTAACAACACAAGATATTTTTGAG 3708
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3468 AGAAAGTCAAGAAGAATGAGACAAAATCCAATAGTCAGCAGGATGTCATATTAACAACACAAGATATTTTTGAG 3541
Query 3709 GATGATATATTTGCTACGGAAGCAATTAAACCCTCTCAGAAAACCAGAGAGAAGGAGAAAACATTGGAATCTAA 3782
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3542 GATGATATATTTGCTACGGAAGCAATTAAACCCTCTCAGAAAACCAGAGAGAAGGAGAAAACATTGGAATCTAA 3615
Query 3783 TTTATTTGATGATAACATTGATATCTTTGCTGACTTAACTGTAAAACCAAAAGAAAAGTCCAAAAAGAAAGTGG 3856
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3616 TTTATTTGATGATAACATTGATATCTTTGCTGACTTAACTGTAAAACCAAAAGAAAA----------------- 3672
Query 3857 AAGCCAAGTCTATATTTGATGATGATATGGATGACATCTTCTCCTCTGGTATCCAGGCTAAGACAACCAAACCA 3930
Sbjct 3673 -------------------------------------------------------------------------- 3672
Query 3931 AAAAGCCGATCTGCACAGGCCGCACCTGAACCAAGATTTGAACACAAGGTGTCCAACATCTTTGATGATCCCCT 4004
Sbjct 3673 -------------------------------------------------------------------------- 3672
Query 4005 GAATGCCTTTGGAGGCCAG 4023
Sbjct 3673 ------------------- 3672