Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_10801
• Subject: NM_203343.3
• Aligned Length: 2493
• Identities: 1698
• Gaps: 795

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGACAACAGAGAAGAGTTTAGTGACTGAGGCCGAAAATTCACAGCACCAACAGAAGGAAGAGGGTGAGGAAGC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  CATAAACTCAGGCCAACAAGAACCTCAGCAGGAGGAATCTTGTCAAACAGCAGCTGAAGGAGATAATTGGTGTG  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  AACAGAAGCTGAAAGCTTCTAATGGAGACACTCCTACACATGAAGACTTGACCAAGAACAAGGAGCGGACATCA  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  GAAAGCAGAGGACTTTCACGACTATTCTCCTCGTTTCTCAAAAGGCCCAAATCTCAGGTGTCCGAGGAAGAAGG  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  CAAAGAAGTAGAGTCAGATAAAGAAAAAGGTGAAGGAGGTCAGAAAGAGATAGAATTTGGAACCAGTCTTGATG  370

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  371  AAGAGATCATTTTAAAGGCCCCAATTGCAGCTCCTGAACCGGAACTCAAAACAGACCCATCTTTGGATCTTCAT  444

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  445  TCATTAAGCAGTGCAGAAACACAGCCTGCTCAGGAAGAACTCAGAGAAGATCCAGATTTTGAAATTAAGGAAGG  518

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  519  AGAAGGACTTGAAGAGTGCTCCAAAATAGAAGTAAAAGAAGAAAGCCCTCAATCAAAAGCAGAAACAGAATTAA  592

Query    1  -----------------------------------ATGCACTGCAAGGTTTCTTTGTTGGATGACACAGTTTAT  39
                                               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AAGCTTCCCAAAAACCAATCAGAAAACACAGGAACATGCACTGCAAGGTTTCTTTGTTGGATGACACAGTTTAT  666

Query   40  GAATGTGTTGTGGAGAAACATGCTAAGGGACAAGATTTGCTTAAACGAGTATGTGAGCATCTCAATCTTTTGGA  113
            |||||||||||||                                                             
Sbjct  667  GAATGTGTTGTGG-------------------------------------------------------------  679

Query  114  AGAAGACTATTTTGGTCTAGCCATTTGGGATAACGCAACCTCTAAGACATGGCTGGATTCCGCCAAAGAAATAA  187
                                                        ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  680  --------------------------------------------AGACATGGCTGGATTCCGCCAAAGAAATAA  709

Query  188  AAAAGCAGGTTCGTGGTGTCCCTTGGAATTTTACATTTAATGTAAAGTTTTATCCACCTGACCCAGCACAGTTA  261
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  710  AAAAGCAGGTTCGTGGTGTCCCTTGGAATTTTACATTTAATGTAAAGTTTTATCCACCTGACCCAGCACAGTTA  783

Query  262  ACAGAAGACATAACAAGATATTATTTATGTCTTCAGCTTCGGCAGGACATAGTTGCAGGACGTCTGCCCTGTTC  335
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  784  ACAGAAGACATAACAAGATATTATTTATGTCTTCAGCTTCGGCAGGACATAGTTGCAGGACGTCTGCCCTGTTC  857

Query  336  CTTTGCAACCTTAGCATTATTAGGTTCTTACACCATCCAGTCTGAACTGGGAGACTACGACCCAGAACTCCATG  409
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  858  CTTTGCAACCTTAGCATTATTAGGTTCTTACACCATCCAGTCTGAACTGGGAGACTACGACCCAGAACTCCATG  931

Query  410  GCGTGGATTATGTTAGTGATTTTAAACTGGCCCCGAATCAGACCAAGGAACTTGAAGAGAAGGTCATGGAACTG  483
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  932  GCGTGGATTATGTTAGTGATTTTAAACTGGCCCCGAATCAGACCAAGGAACTTGAAGAGAAGGTCATGGAACTG  1005

Query  484  CATAAGTCATACAGGTCCATGACTCCAGCTCAGGCTGACTTGGAGTTTCTTGAGAATGCCAAAAAGTTGTCTAT  557
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1006  CATAAGTCATACAGGTCCATGACTCCAGCTCAGGCTGACTTGGAGTTTCTTGAGAATGCCAAAAAGTTGTCTAT  1079

Query  558  GTATGGAGTTGATCTTCATAAAGCAAAGGACTTGGAAGGAGTAGATATCATCCTAGGTGTCTGCTCTAGTGGCC  631
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080  GTATGGAGTTGATCTTCATAAAGCAAAGGACTTGGAAGGAGTAGATATCATCCTAGGTGTCTGCTCTAGTGGCC  1153

Query  632  TTCTGGTTTACAAAGATAAGCTGAGAATTAACCGCTTCCCTTGGCCCAAAGTGCTGAAGATTTCTTATAAACGT  705
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1154  TTCTGGTTTACAAAGATAAGCTGAGAATTAACCGCTTCCCTTGGCCCAAAGTGCTGAAGATTTCTTATAAACGT  1227

Query  706  AGTAGCTTTTTCATCAAGATTCGGCCTGGAGAGCAAGAGCAGTATGAAAGTACCATCGGATTCAAACTTCCCAG  779
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1228  AGTAGCTTTTTCATCAAGATTCGGCCTGGAGAGCAAGAGCAGTATGAAAGTACCATCGGATTCAAACTTCCCAG  1301

Query  780  TTACCGAGCAGCTAAGAAATTATGGAAAGTCTGTGTAGAACATCACACGTTTTTCAGATTGACATCTACAGACA  853
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1302  TTACCGAGCAGCTAAGAAATTATGGAAAGTCTGTGTAGAACATCACACGTTTTTCAGATTGACATCTACAGACA  1375

Query  854  CCATTCCCAAAAGCAAATTTCTTGCGCTAGGATCCAAATTTCGATACAGTGGCCGGACTCAAGCTCAGACCAGG  927
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376  CCATTCCCAAAAGCAAATTTCTTGCGCTAGGATCCAAATTTCGATACAGTGGCCGGACTCAAGCTCAGACCAGG  1449

Query  928  CAAGCTAGTGCTCTAATTGACAGGCCTGCCCCACACTTCGAGCGTACAGCAAGTAAACGGGCGTCCCGGAGCCT  1001
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1450  CAAGCTAGTGCTCTAATTGACAGGCCTGCCCCACACTTCGAGCGTACAGCAAGTAAACGGGCGTCCCGGAGCCT  1523

Query 1002  CGATGGAGCAGCAGCTGTCGATTCGGCAGACCGAAGTCCTCGGCCCACTTCTGCACCTGCCATTACTCAGGGTC  1075
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1524  CGATGGAGCAGCAGCTGTCGATTCGGCAGACCGAAGTCCTCGGCCCACTTCTGCACCTGCCATTACTCAGGGTC  1597

Query 1076  AGGTTGCAGAAGGTGGCGTCCTAGATGCCTCTGCTAAAAAAACAGTGGTCCCTAAAGCACAGAAGGAAACAGTG  1149
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1598  AGGTTGCAGAAGGTGGCGTCCTAGATGCCTCTGCTAAAAAAACAGTGGTCCCTAAAGCACAGAAGGAAACAGTG  1671

Query 1150  AAGGCTGAAGTGAAAAAGGAAGACGAGCCACCTGAGCAAGCTGAGCCAGAGCCCACAGAAGCATGGAAGAAAAA  1223
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
Sbjct 1672  AAGGCTGAAGTGAAAAAGGAAGACGAGCCACCTGAGCAAGCTGAGCCAGAGCCCACAGAAGCATGGA-------  1738

Query 1224  GAGAGAAAGACTAGATGGTGAAAACATTTATATCAGACATAGCAATTTAATGTTGGAGGATTTAGACAAGAGTC  1297
                                                                    ||||||||||||||||||
Sbjct 1739  --------------------------------------------------------AGGATTTAGACAAGAGTC  1756

Query 1298  AAGAGGAGATCAAAAAACATCATGCCAGCATCAGTGAGCTGAAAAAGAACTTCATGGAGTCTGTACCAGAACCA  1371
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1757  AAGAGGAGATCAAAAAACATCATGCCAGCATCAGTGAGCTGAAAAAGAACTTCATGGAGTCTGTACCAGAACCA  1830

Query 1372  CGGCCTAGTGAATGGGATAAACGCTTATCCACTCACTCACCCTTCCGAACTCTTAACATCAATGGGCAAATCCC  1445
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1831  CGGCCTAGTGAATGGGATAAACGCTTATCCACTCACTCACCCTTCCGAACTCTTAACATCAATGGGCAAATCCC  1904

Query 1446  CACAGGAGAAGGACCTCCCCTGGTGAAGACACAAACTGTCACCATCTCAGATAATGCCAATGCTGTGAAAAGTG  1519
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1905  CACAGGAGAAGGACCTCCCCTGGTGAAGACACAAACTGTCACCATCTCAGATAATGCCAATGCTGTGAAAAGTG  1978

Query 1520  AAATCCCAACCAAAGACGTCCCTATTGTCCACACTGAGACCAAGACCATCACTTATGAGGCTGCCCAGACTGAC  1593
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979  AAATCCCAACCAAAGACGTCCCTATTGTCCACACTGAGACCAAGACCATCACTTATGAGGCTGCCCAGACTGAC  2052

Query 1594  GACAACAGTGGAGACTTGGACCCAGGAGTCTTGCTGACAGCTCAAACTATCACATCTGAGACCCCAAGCAGCAC  1667
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2053  GACAACAGTGGAGACTTGGACCCAGGAGTCTTGCTGACAGCTCAAACTATCACATCTGAGACCCCAAGCAGCAC  2126

Query 1668  CACCACAACTCAAATTACCAAGACTGTAAAAGGTGGGATTTCAGAGACACGTATTGAAAAGAGAATTGTGATCA  1741
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2127  CACCACAACTCAAATTACCAAGACTGTAAAAGGTGGGATTTCAGAGACACGTATTGAAAAGAGAATTGTGATCA  2200

Query 1742  CAGGAGATGCTGATATTGACCATGATCAGGTCCTTGTACAAGCCATCAAGGAGGCAAAGGAGCAGCACCCAGAC  1815
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2201  CAGGAGATGCTGATATTGACCATGATCAGGTCCTTGTACAAGCCATCAAGGAGGCAAAGGAGCAGCACCCAGAC  2274

Query 1816  ATGTCAGTGACCAAGGTGGTCGTCCACCAGGAGACCGAGATTGCTGATGAG  1866
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275  ATGTCAGTGACCAAGGTGGTCGTCCACCAGGAGACCGAGATTGCTGATGAG  2325