Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_10801
• Subject: XM_017000598.1
• Aligned Length: 2030
• Identities: 1647
• Gaps: 337

Alignment

Query    1  ATGCACTGCAAGGTTTCTTTGTTGGATGACACAGTTTATGAATGTGTTGTGGAGAAACATGCTAAGGGACAAGA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCACTGCAAGGTTTCTTTGTTGGATGACACAGTTTATGAATGTGTTGTGGAGAAACATGCTAAGGGACAAGA  74

Query   75  TTTGCTTAAACGAGTATGTGAGCATCTCAATCTTTTGGAAGAAGACTATTTTGGTCTAGCCATTTGGGATAACG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TTTGCTTAAACGAGTATGTGAGCATCTCAATCTTTTGGAAGAAGACTATTTTGGTCTAGCCATTTGGGATAACG  148

Query  149  CAACCTCTAAGACATGGCTGGATTCCGCCAAAGAAATAAAAAAGCAGGTTCGTGGTGTCCCTTGGAATTTTACA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CAACCTCTAAGACATGGCTGGATTCCGCCAAAGAAATAAAAAAGCAGGTTCGTGGTGTCCCTTGGAATTTTACA  222

Query  223  TTTAATGTAAAGTTTTATCCACCTGACCCAGCACAGTTAACAGAAGACATAACAAGATATTATTTATGTCTTCA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TTTAATGTAAAGTTTTATCCACCTGACCCAGCACAGTTAACAGAAGACATAACAAGATATTATTTATGTCTTCA  296

Query  297  GCTTCGGCAGGACATAGTTGCAGGACGTCTGCCCTGTTCCTTTGCAACCTTAGCATTATTAGGTTCTTACACCA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GCTTCGGCAGGACATAGTTGCAGGACGTCTGCCCTGTTCCTTTGCAACCTTAGCATTATTAGGTTCTTACACCA  370

Query  371  TCCAGTCTGAACTGGGAGACTACGACCCAGAACTCCATGGCGTGGATTATGTTAGTGATTTTAAACTGGCCCCG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TCCAGTCTGAACTGGGAGACTACGACCCAGAACTCCATGGCGTGGATTATGTTAGTGATTTTAAACTGGCCCCG  444

Query  445  AATCAGACCAAGGAACTTGAAGAGAAGGTCATGGAACTGCATAAGTCATACAGGTCCATGACTCCAGCTCAGGC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AATCAGACCAAGGAACTTGAAGAGAAGGTCATGGAACTGCATAAGTCATACAGGTCCATGACTCCAGCTCAGGC  518

Query  519  TGACTTGGAGTTTCTTGAGAATGCCAAAAAGTTGTCTATGTATGGAGTTGATCTTCATAAAGCAAAGGACTTGG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGACTTGGAGTTTCTTGAGAATGCCAAAAAGTTGTCTATGTATGGAGTTGATCTTCATAAAGCAAAGGACTTGG  592

Query  593  AAGGAGTAGATATCATCCTAGGTGTCTGCTCTAGTGGCCTTCTGGTTTACAAAGATAAGCTGAGAATTAACCGC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AAGGAGTAGATATCATCCTAGGTGTCTGCTCTAGTGGCCTTCTGGTTTACAAAGATAAGCTGAGAATTAACCGC  666

Query  667  TTCCCTTGGCCCAAAGTGCTGAAGATTTCTTATAAACGTAGTAGCTTTTTCATCAAGATTCGGCCTGGAGAGCA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TTCCCTTGGCCCAAAGTGCTGAAGATTTCTTATAAACGTAGTAGCTTTTTCATCAAGATTCGGCCTGGAGAGCA  740

Query  741  AGAGCAGTATGAAAGTACCATCGGATTCAAACTTCCCAGTTACCGAGCAGCTAAGAAATTATGGAAAGTCTGTG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AGAGCAGTATGAAAGTACCATCGGATTCAAACTTCCCAGTTACCGAGCAGCTAAGAAATTATGGAAAGTCTGTG  814

Query  815  TAGAACATCACACGTTTTTCAGATTGACATCTACAGACACCATTCCCAAAAGCAAATTTCTTGCGCTAGGATCC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TAGAACATCACACGTTTTTCAGATTGACATCTACAGACACCATTCCCAAAAGCAAATTTCTTGCGCTAGGATCC  888

Query  889  AAATTTCGATACAGTGGCCGGACTCAAGCTCAGACCAGGCAAGCTAGTGCTCTAATTGACAGGCCTGCCCCACA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AAATTTCGATACAGTGGCCGGACTCAAGCTCAGACCAGGCAAGCTAGTGCTCTAATTGACAGGCCTGCCCCACA  962

Query  963  CTTCGAGCGTACAGCAAGTAAACGGGCGTCCCGGAGCCTCGATGGAGCAGCAGCTGTCGATTCGGCAGACCGAA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CTTCGAGCGTACAGCAAGTAAACGGGCGTCCCGGAGCCTCGATGGAGCAGCAGCTGTCGATTCGGCAGACCGAA  1036

Query 1037  GTCCTCGGCCCACTTCTGCACCTGCCATTACTCAGGGTCAGGTTGCAGAAGGTGGCGTCCTAGATGCCTCTGCT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GTCCTCGGCCCACTTCTGCACCTGCCATTACTCAGGGTCAGGTTGCAGAAGGTGGCGTCCTAGATGCCTCTGCT  1110

Query 1111  AAAAAAACAGTGGTCCCTAAAGCACAGAAGGAAACAGTGAAGGCTGAAGTGAAAAAGGAAGACGAGCCACCTGA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AAAAAAACAGTGGTCCCTAAAGCACAGAAGGAAACAGTGAAGGCTGAAGTGAAAAAGGAAGACGAGCCACCTGA  1184

Query 1185  GCAAGCTGAGCCAGAGCCCACAGAAGCAT---------------------------------------------  1213
            |||||||||||||||||||||||||||||                                             
Sbjct 1185  GCAAGCTGAGCCAGAGCCCACAGAAGCATGGAAGGTGGAAAAAACCCACATCGAGGTGACAGTACCCACCTCAA  1258

Query 1214  ------------------------------------------------------GGAAGAAAAAGAGAGAAAGA  1233
                                                                  ||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ATGGTGACCAAACACAGAAGCTTGCAGAAAAAACTGAAGATCTGATAAGAATGAGGAAGAAAAAGAGAGAAAGA  1332

Query 1234  CTAGATGGTGAAAACATTTATATCAGACATAGCAATTTAATGTTGGAGGATTTAGACAAGAGTCAAGAGGAGAT  1307
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CTAGATGGTGAAAACATTTATATCAGACATAGCAATTTAATGTTGGAGGATTTAGACAAGAGTCAAGAGGAGAT  1406

Query 1308  CAAAAAACATCATGCCAGCATCAGTGAGCTGAAAAAGAACTTCATGGAGTCTGTACCAGAACCACGGCCTAGTG  1381
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CAAAAAACATCATGCCAGCATCAGTGAGCTGAAAAAGAACTTCATGGAGTCTGTACCAGAACCACGGCCTAGTG  1480

Query 1382  AATGGGATAAACGCTTATCCACTCACTCACCCTTCCGAACTCTTAACATCAATGGGCAAATCCCCACAGGAGAA  1455
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AATGGGATAAACGCTTATCCACTCACTCACCCTTCCGAACTCTTAACATCAATGGGCAAATCCCCACAGGAGAA  1554

Query 1456  GGA-----------------CCTCCCC--------------TGGTG-----AAGACACA--AAC-TGTCACCAT  1490
            |||                 |||.|||              |||||     .|||||||  ||| ||       
Sbjct 1555  GGAGTGAAGAAAACTTCTGTCCTACCCTCGGAAAGAAAGGTTGGTGGGCCAGAGACACAGGAACGTG-------  1621

Query 1491  CTCAGATAATGCCA--ATGCTGTGAAAAGTGAAATCCCAACCAAAGACGTCCCTATTGTCCACACTGAGACCAA  1562
            |||.|.||.| .||  |||..|.|||||.|.|||..|  |..|||||..|             |||||    ||
Sbjct 1622  CTCTGTTAGT-ACAGGATGAAGAGAAAATTAAAAGGC--AAGAAAGATCT-------------ACTGA----AA  1675

Query 1563  GACCATCACTTATGAGGCTGCCCAGACTGACGACAACAGTGGAGA----CTTGGACCC-AGGAGTCT-TGCTGA  1630
            ||.|    |||     ||  |||||     |.|.|| |.||.|||    |||   ||| |||..||| |     
Sbjct 1676  GAGC----CTT-----GC--CCCAG-----CAAGAA-AATGAAGAAATTCTT---CCCAAGGTTTCTAT-----  1724

Query 1631  CAGCTCAAA---CT----ATCACA--TCTGAGACCCCAAGCAGCACCACCACAACTCAAATTACCAAG-ACTGT  1694
                ||.||   ||    ||||||  |||     |.|||..||..|||||.|.|||    ||    || |||  
Sbjct 1725  ----TCCAATCCCTGAGGATCACAAGTCT-----CTCAAAAAGTGCCACCTCTACT----TT----AGTACT--  1779

Query 1695  AAAAGGTGGGATTTCAGAGACA------CGTATTGAAAAGAGAATTGTGATCACAGGAGATG-CTGATATTGAC  1761
                       ||||     ||      ||||||         ..|.|.||       |||| ||    ||...
Sbjct 1780  -----------TTTC-----CATCTCCTCGTATT---------CCTTTCAT-------GATGTCT----TTTCT  1817

Query 1762  CATGATCAGGTCCTTGTACAAGCCATCAAGGAGGCAAAGGAGCAGCACCCAGACATG-TCAGTGACCAAGGTGG  1834
            |.|||     |||||||            |..|||                    || |..|||     |.|||
Sbjct 1818  CGTGA-----TCCTTGT------------GTTGGC--------------------TGTTTGGTG-----GTTGG  1849

Query 1835  TCGTCCACCAGGAGACCGAGATTGCTGATGAG  1866
            ||                   ||.|||     
Sbjct 1850  TC-------------------TTTCTG-----  1857