Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_10801
• Subject: XM_017000599.1
• Aligned Length: 1991
• Identities: 1582
• Gaps: 382

Alignment

Query    1  ATGCACTGCAAGGTTTCTTTGTTGGATGACACAGTTTATGAATGTGTTGTGGAGAAACATGCTAAGGGACAAGA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCACTGCAAGGTTTCTTTGTTGGATGACACAGTTTATGAATGTGTTGTGGAGAAACATGCTAAGGGACAAGA  74

Query   75  TTTGCTTAAACGAGTATGTGAGCATCTCAATCTTTTGGAAGAAGACTATTTTGGTCTAGCCATTTGGGATAACG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TTTGCTTAAACGAGTATGTGAGCATCTCAATCTTTTGGAAGAAGACTATTTTGGTCTAGCCATTTGGGATAACG  148

Query  149  CAACCTCTAAGACATGGCTGGATTCCGCCAAAGAAATAAAAAAGCAGGTTCGTGGTGTCCCTTGGAATTTTACA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CAACCTCTAAGACATGGCTGGATTCCGCCAAAGAAATAAAAAAGCAGGTTCGTGGTGTCCCTTGGAATTTTACA  222

Query  223  TTTAATGTAAAGTTTTATCCACCTGACCCAGCACAGTTAACAGAAGACATAACAAGATATTATTTATGTCTTCA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TTTAATGTAAAGTTTTATCCACCTGACCCAGCACAGTTAACAGAAGACATAACAAGATATTATTTATGTCTTCA  296

Query  297  GCTTCGGCAGGACATAGTTGCAGGACGTCTGCCCTGTTCCTTTGCAACCTTAGCATTATTAGGTTCTTACACCA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GCTTCGGCAGGACATAGTTGCAGGACGTCTGCCCTGTTCCTTTGCAACCTTAGCATTATTAGGTTCTTACACCA  370

Query  371  TCCAGTCTGAACTGGGAGACTACGACCCAGAACTCCATGGCGTGGATTATGTTAGTGATTTTAAACTGGCCCCG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TCCAGTCTGAACTGGGAGACTACGACCCAGAACTCCATGGCGTGGATTATGTTAGTGATTTTAAACTGGCCCCG  444

Query  445  AATCAGACCAAGGAACTTGAAGAGAAGGTCATGGAACTGCATAAGTCATACAGGTCCATGACTCCAGCTCAGGC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AATCAGACCAAGGAACTTGAAGAGAAGGTCATGGAACTGCATAAGTCATACAGGTCCATGACTCCAGCTCAGGC  518

Query  519  TGACTTGGAGTTTCTTGAGAATGCCAAAAAGTTGTCTATGTATGGAGTTGATCTTCATAAAGCAAAGGACTTGG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGACTTGGAGTTTCTTGAGAATGCCAAAAAGTTGTCTATGTATGGAGTTGATCTTCATAAAGCAAAGGACTTGG  592

Query  593  AAGGAGTAGATATCATCCTAGGTGTCTGCTCTAGTGGCCTTCTGGTTTACAAAGATAAGCTGAGAATTAACCGC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AAGGAGTAGATATCATCCTAGGTGTCTGCTCTAGTGGCCTTCTGGTTTACAAAGATAAGCTGAGAATTAACCGC  666

Query  667  TTCCCTTGGCCCAAAGTGCTGAAGATTTCTTATAAACGTAGTAGCTTTTTCATCAAGATTCGGCCTGGAGAGCA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TTCCCTTGGCCCAAAGTGCTGAAGATTTCTTATAAACGTAGTAGCTTTTTCATCAAGATTCGGCCTGGAGAGCA  740

Query  741  AGAGCAGTATGAAAGTACCATCGGATTCAAACTTCCCAGTTACCGAGCAGCTAAGAAATTATGGAAAGTCTGTG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AGAGCAGTATGAAAGTACCATCGGATTCAAACTTCCCAGTTACCGAGCAGCTAAGAAATTATGGAAAGTCTGTG  814

Query  815  TAGAACATCACACGTTTTTCAGATTGACATCTACAGACACCATTCCCAAAAGCAAATTTCTTGCGCTAGGATCC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TAGAACATCACACGTTTTTCAGATTGACATCTACAGACACCATTCCCAAAAGCAAATTTCTTGCGCTAGGATCC  888

Query  889  AAATTTCGATACAGTGGCCGGACTCAAGCTCAGACCAGGCAAGCTAGTGCTCTAATTGACAGGCCTGCCCCACA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AAATTTCGATACAGTGGCCGGACTCAAGCTCAGACCAGGCAAGCTAGTGCTCTAATTGACAGGCCTGCCCCACA  962

Query  963  CTTCGAGCGTACAGCAAGTAAACGGGCGTCCCGGAGCCTCGATGGAGCAGCAGCTGTCGATTCGGCAGACCGAA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CTTCGAGCGTACAGCAAGTAAACGGGCGTCCCGGAGCCTCGATGGAGCAGCAGCTGTCGATTCGGCAGACCGAA  1036

Query 1037  GTCCTCGGCCCACTTCTGCACCTGCCATTACTCAGGGTCAGGTTGCAGAAGGTGGCGTCCTAGATGCCTCTGCT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GTCCTCGGCCCACTTCTGCACCTGCCATTACTCAGGGTCAGGTTGCAGAAGGTGGCGTCCTAGATGCCTCTGCT  1110

Query 1111  AAAAAAACAGTGGTCCCTAAAGCACAGAAGGAAACAGTGAAGGCTGAAGTGAAAAAGGAAGACGAGCCACCTGA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AAAAAAACAGTGGTCCCTAAAGCACAGAAGGAAACAGTGAAGGCTGAAGTGAAAAAGGAAGACGAGCCACCTGA  1184

Query 1185  GCAAGCTGAGCCAGAGCCCACAGAAGCAT---------------------------------------------  1213
            |||||||||||||||||||||||||||||                                             
Sbjct 1185  GCAAGCTGAGCCAGAGCCCACAGAAGCATGGAAGGTGGAAAAAACCCACATCGAGGTGACAGTACCCACCTCAA  1258

Query 1214  ------------------------------------------------------GGAAGAAAAAGAGAGAAAGA  1233
                                                                  ||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ATGGTGACCAAACACAGAAGCTTGCAGAAAAAACTGAAGATCTGATAAGAATGAGGAAGAAAAAGAGAGAAAGA  1332

Query 1234  CTAGATGGTGAAAACATTTATATCAGACATAGCAATTTAATGTTGGAGGATTTAGACAAGAGTCAAGAGGAGAT  1307
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CTAGATGGTGAAAACATTTATATCAGACATAGCAATTTAATGTTGGAGGATTTAGACAAGAGTCAAGAGGAGAT  1406

Query 1308  CAAAAAACATCATGCCAGCATCAGTGAGCTGAAAAAGAACTTCATGGAGTCTGTACCAGAACCACGGCCTAGTG  1381
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CAAAAAACATCATGCCAGCATCAGTGAGCTGAAAAAGAACTTCATGGAGTCTGTACCAGAACCACGGCCTAGTG  1480

Query 1382  AATGGGATAAACGCTTATCCACTCACTCACCCTTCCGAACTCTTAACATCAATGGGCAAATCCCCACAGGAGAA  1455
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AATGGGATAAACGCTTATCCACTCACTCACCCTTCCGAACTCTTAACATCAATGGGCAAATCCCCACAGGAGAA  1554

Query 1456  GGACCTCCCCTGGTGAAGACACAAA---CTGTC--ACCATCTCAGATAATGCCAATGCTGTGAAAAGT------  1518
            |||         |||||||   |||   |||||  |||  |||.||.|             ||||.||      
Sbjct 1555  GGA---------GTGAAGA---AAACTTCTGTCCTACC--CTCGGAAA-------------GAAAGGTTGGTGG  1601

Query 1519  GAAATCCCAACCAAAGACGTCCCTA------TTGTCCACACTGAGACCAAGACCATCACTTATGAGGCTGCCCA  1586
            |         |||.||.|  |||||      ||.|||   ||||.||     ..||||||||.|.|..|||..|
Sbjct 1602  G---------CCAGAGTC--CCCTAGCTACTTTCTCC---CTGATAC-----ATATCACTTAGGGGTGTGCAAA  1656

Query 1587  GACTGACGACAACAGTGGAGACTTGGACCCAGGAGTCTTGCTGACAGCTCAAACT-ATCACATCTGAGACCCCA  1659
            ||        |.|||||     |||.|         |||         .|||||| ||||     ||||    |
Sbjct 1657  GA--------ACCAGTG-----TTGAA---------CTT---------CCAAACTGATCA-----GAGA----A  1690

Query 1660  AGC-AGCACCACCACAACT----CAAATTA---CCAAGACTGTAAAAGGTGGGATTTCAGAGACACGTATTGAA  1725
            .|| ||      |.|||||    .||.|||   |||||..|.|         ..|||||               
Sbjct 1691  GGCTAG------CTCAACTGAGAGAACTTAGAGCCAAGTTTTT---------CCTTTCA---------------  1734

Query 1726  AAGAGAATTGTGATCACAGGAGATGCTGATATTGACCATGATCAGGTCCTTGTACAAGCCATCAAGGAGGCAAA  1799
                                                                                      
Sbjct 1735  --------------------------------------------------------------------------  1734

Query 1800  GGAGCAGCACCCAGACATGTCAGTGACCAAGGTGGTCGTCCACCAGGAGACCGAGATTGCTGATGAG  1866
                                                                               
Sbjct 1735  -------------------------------------------------------------------  1734