Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_10801
• Subject: XM_017000602.1
• Aligned Length: 1915
• Identities: 1545
• Gaps: 338

Alignment

Query    1  ATGCACTGCAAGGTTTCTTTGTTGGATGACACAGTTTATGAATGTGTTGTGGAGAAACATGCTAAGGGACAAGA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCACTGCAAGGTTTCTTTGTTGGATGACACAGTTTATGAATGTGTTGTGGAGAAACATGCTAAGGGACAAGA  74

Query   75  TTTGCTTAAACGAGTATGTGAGCATCTCAATCTTTTGGAAGAAGACTATTTTGGTCTAGCCATTTGGGATAACG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TTTGCTTAAACGAGTATGTGAGCATCTCAATCTTTTGGAAGAAGACTATTTTGGTCTAGCCATTTGGGATAACG  148

Query  149  CAACCTCTAAGACATGGCTGGATTCCGCCAAAGAAATAAAAAAGCAGGTTCGTGGTGTCCCTTGGAATTTTACA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CAACCTCTAAGACATGGCTGGATTCCGCCAAAGAAATAAAAAAGCAGGTTCGTGGTGTCCCTTGGAATTTTACA  222

Query  223  TTTAATGTAAAGTTTTATCCACCTGACCCAGCACAGTTAACAGAAGACATAACAAGATATTATTTATGTCTTCA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TTTAATGTAAAGTTTTATCCACCTGACCCAGCACAGTTAACAGAAGACATAACAAGATATTATTTATGTCTTCA  296

Query  297  GCTTCGGCAGGACATAGTTGCAGGACGTCTGCCCTGTTCCTTTGCAACCTTAGCATTATTAGGTTCTTACACCA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GCTTCGGCAGGACATAGTTGCAGGACGTCTGCCCTGTTCCTTTGCAACCTTAGCATTATTAGGTTCTTACACCA  370

Query  371  TCCAGTCTGAACTGGGAGACTACGACCCAGAACTCCATGGCGTGGATTATGTTAGTGATTTTAAACTGGCCCCG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TCCAGTCTGAACTGGGAGACTACGACCCAGAACTCCATGGCGTGGATTATGTTAGTGATTTTAAACTGGCCCCG  444

Query  445  AATCAGACCAAGGAACTTGAAGAGAAGGTCATGGAACTGCATAAGTCATACAGGTCCATGACTCCAGCTCAGGC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AATCAGACCAAGGAACTTGAAGAGAAGGTCATGGAACTGCATAAGTCATACAGGTCCATGACTCCAGCTCAGGC  518

Query  519  TGACTTGGAGTTTCTTGAGAATGCCAAAAAGTTGTCTATGTATGGAGTTGATCTTCATAAAGCAAAGGACTTGG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGACTTGGAGTTTCTTGAGAATGCCAAAAAGTTGTCTATGTATGGAGTTGATCTTCATAAAGCAAAGGACTTGG  592

Query  593  AAGGAGTAGATATCATCCTAGGTGTCTGCTCTAGTGGCCTTCTGGTTTACAAAGATAAGCTGAGAATTAACCGC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AAGGAGTAGATATCATCCTAGGTGTCTGCTCTAGTGGCCTTCTGGTTTACAAAGATAAGCTGAGAATTAACCGC  666

Query  667  TTCCCTTGGCCCAAAGTGCTGAAGATTTCTTATAAACGTAGTAGCTTTTTCATCAAGATTCGGCCTGGAGAGCA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TTCCCTTGGCCCAAAGTGCTGAAGATTTCTTATAAACGTAGTAGCTTTTTCATCAAGATTCGGCCTGGAGAGCA  740

Query  741  AGAGCAGTATGAAAGTACCATCGGATTCAAACTTCCCAGTTACCGAGCAGCTAAGAAATTATGGAAAGTCTGTG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AGAGCAGTATGAAAGTACCATCGGATTCAAACTTCCCAGTTACCGAGCAGCTAAGAAATTATGGAAAGTCTGTG  814

Query  815  TAGAACATCACACGTTTTTCAGATTGACATCTACAGACACCATTCCCAAAAGCAAATTTCTTGCGCTAGGATCC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TAGAACATCACACGTTTTTCAGATTGACATCTACAGACACCATTCCCAAAAGCAAATTTCTTGCGCTAGGATCC  888

Query  889  AAATTTCGATACAGTGGCCGGACTCAAGCTCAGACCAGGCAAGCTAGTGCTCTAATTGACAGGCCTGCCCCACA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AAATTTCGATACAGTGGCCGGACTCAAGCTCAGACCAGGCAAGCTAGTGCTCTAATTGACAGGCCTGCCCCACA  962

Query  963  CTTCGAGCGTACAGCAAGTAAACGGGCGTCCCGGAGCCTCGATGGAGCAGCAGCTGTCGATTCGGCAGACCGAA  1036
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CTTCGAGCGTACAGCAAGTAAACGGGCGTCCCGGAGCCTCGATGG---AGCAGCTGTCGATTCGGCAGACCGAA  1033

Query 1037  GTCCTCGGCCCACTTCTGCACCTGCCATTACTCAGGGTCAGGTTGCAGAAGGTGGCGTCCTAGATGCCTCTGCT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1034  GTCCTCGGCCCACTTCTGCACCTGCCATTACTCAGGGTCAGGTTGCAGAAGGTGGCGTCCTAGATGCCTCTGCT  1107

Query 1111  AAAAAAACAGTGGTCCCTAAAGCACAGAAGGAAACAGTGAAGGCTGAAGTGAAAAAGGAAGACGAGCCACCTGA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1108  AAAAAAACAGTGGTCCCTAAAGCACAGAAGGAAACAGTGAAGGCTGAAGTGAAAAAGGAAGACGAGCCACCTGA  1181

Query 1185  GCAAGCTGAGCCAGAGCCCACAGAAGCATGGAA----GAAAAA---------GA-GAGAAAG-AC------TAG  1237
            |||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||         || |.||.|| ||      .|.
Sbjct 1182  GCAAGCTGAGCCAGAGCCCACAGAAGCATGGAAGGTGGAAAAAACCCACATCGAGGTGACAGTACCCACCTCAA  1255

Query 1238  ATGGTGA--AAACATTTATATCAGACATAGCAATTTAATGTTGGAGGATTTAGACAAGAGTCAAGAGGAGATCA  1309
            |||||||  |||||                             .||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256  ATGGTGACCAAACA-----------------------------CAGGATTTAGACAAGAGTCAAGAGGAGATCA  1300

Query 1310  AAAAACATCATGCCAGCATCAGTGAGCTGAAAAAGAACTTCATGGAGTCTGTACCAGAACCACGGCCTAGTGAA  1383
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1301  AAAAACATCATGCCAGCATCAGTGAGCTGAAAAAGAACTTCATGGAGTCTGTACCAGAACCACGGCCTAGTGAA  1374

Query 1384  TGGGATAAACGCTTATCCACTCACTCACCCTTCCGAACTCTTAACATCAATGGGCAAATCCCCACAGGAGAAGG  1457
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375  TGGGATAAACGCTTATCCACTCACTCACCCTTCCGAACTCTTAACATCAATGGGCAAATCCCCACAGGAGAAGG  1448

Query 1458  ACCTCCCCTGGTGAAGACACAAA---CTGTC--ACCATCTCAGATAATGCCAATGCTGTGAAAAGT------GA  1520
            |         |||||||   |||   |||||  |||  |||.||.|             ||||.||      | 
Sbjct 1449  A---------GTGAAGA---AAACTTCTGTCCTACC--CTCGGAAA-------------GAAAGGTTGGTGGG-  1494

Query 1521  AATCCCAACCAAAGACGTCCCTA------TTGTCCACACTGAGACCAAGACCATCACTTATGAGGCTGCCCAGA  1588
                    |||.||.|  |||||      ||.|||   ||||.||     ..||||||||.|.|..|||..|||
Sbjct 1495  --------CCAGAGTC--CCCTAGCTACTTTCTCC---CTGATAC-----ATATCACTTAGGGGTGTGCAAAGA  1550

Query 1589  CTGACGACAACAGTGGAGACTTGGACCCAGGAGTCTTGCTGACAGCTCAAACT-ATCACATCTGAGACCCCAAG  1661
                    |.|||||     |||.|         |||         .|||||| ||||     ||||    |.|
Sbjct 1551  --------ACCAGTG-----TTGAA---------CTT---------CCAAACTGATCA-----GAGA----AGG  1584

Query 1662  C-AGCACCACCACAACT----CAAATTA---CCAAGACTGTAAAAGGTGGGATTTCAGAGACACGTATTGAAAA  1727
            | ||      |.|||||    .||.|||   |||||..|.|         ..|||||                 
Sbjct 1585  CTAG------CTCAACTGAGAGAACTTAGAGCCAAGTTTTT---------CCTTTCA-----------------  1626

Query 1728  GAGAATTGTGATCACAGGAGATGCTGATATTGACCATGATCAGGTCCTTGTACAAGCCATCAAGGAGGCAAAGG  1801
                                                                                      
Sbjct 1627  --------------------------------------------------------------------------  1626

Query 1802  AGCAGCACCCAGACATGTCAGTGACCAAGGTGGTCGTCCACCAGGAGACCGAGATTGCTGATGAG  1866
                                                                             
Sbjct 1627  -----------------------------------------------------------------  1626