Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_10853
• Subject: NM_001366244.1
• Aligned Length: 3051
• Identities: 2970
• Gaps: 81

Alignment

Query    1  ATGTCGGAAGAAACCCGACAGAGCAAATTGGCCGCAGCGAAGAAAAAGTTGAGAGAATATCAGCAGAGGAATAG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGTCGGAAGAAACCCGACAGAGCAAATTGGCCGCAGCGAAGAAAAAGTTGAGAGAATATCAGCAGAGGAATAG  74

Query   75  CCCTGGTGTTCCTACAGGAGCGAAAAAGAAGAAGAAAATAAAAAATGGCAGTAACCCTGAGACAACCACTTCTG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CCCTGGTGTTCCTACAGGAGCGAAAAAGAAGAAGAAAATAAAAAATGGCAGTAACCCTGAGACAACCACTTCTG  148

Query  149  GTGGTTGCCACTCACCTGAGGAT---------------------------------------------------  171
            |||||||||||||||||||||||                                                   
Sbjct  149  GTGGTTGCCACTCACCTGAGGATATTCAGGACATTCTGAAGGTGCTGGTGTCCGACCTTAACCGTTCCAATGGG  222

Query  172  ------------------------------ACACCCAAGGACAATGCTGCTACTCTACAACCATCTGATGACAC  215
                                          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GTAGCGCTCCCCCCATTGGACAAGTGGAAGACACCCAAGGACAATGCTGCTACTCTACAACCATCTGATGACAC  296

Query  216  CGTGTTACCTGGCGGTGTCCCTTCCCCTGGTGCCAGTCTCACTAGCATGGCGGCATCTCAGAATCATGATGCTG  289
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CGTGTTACCTGGCGGTGTCCCTTCCCCTGGTGCCAGTCTCACTAGCATGGCGGCATCTCAGAATCATGATGCTG  370

Query  290  ACAATGTCCCTAATCTCATGGATGAAACCAAGACTTTCTCATCAACCGAGAGCCTGCGACAACTCTCCCAACAG  363
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  ACAATGTCCCTAATCTCATGGATGAAACCAAGACTTTCTCATCAACCGAGAGCCTGCGACAACTCTCCCAACAG  444

Query  364  CTCAATGGTCTTGTTTGTGAGTCTGCGACATGTGTCAATGGGGAGGGCCCTGCATCGTCTGCTAACCTGAAGGA  437
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CTCAATGGTCTTGTTTGTGAGTCTGCGACATGTGTCAATGGGGAGGGCCCTGCATCGTCTGCTAACCTGAAGGA  518

Query  438  TCTGGAGAGCCGGTACCAACAGCTAGCGGTAGCCCTGGACTCCAGCTATGTAACAAACAAACAACTCAATATCA  511
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TCTGGAGAGCCGGTACCAACAGCTAGCGGTAGCCCTGGACTCCAGCTATGTAACAAACAAACAACTCAATATCA  592

Query  512  CGATAGAGAAATTGAAACAACAGAACCAAGAAATTACGGATCAGTTGGAAGAAGAAAAGAAAGAATGCCACCAA  585
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CGATAGAGAAATTGAAACAACAGAACCAAGAAATTACGGATCAGTTGGAAGAAGAAAAGAAAGAATGCCACCAA  666

Query  586  AAGCAGGGAGCCCTAAGGGAGCAGTTACAGGTTCACATTCAGACCATAGGGATCCTCGTATCAGAGAAAGCTGA  659
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AAGCAGGGAGCCCTAAGGGAGCAGTTACAGGTTCACATTCAGACCATAGGGATCCTCGTATCAGAGAAAGCTGA  740

Query  660  GTTACAGACAGCCCTGGCTCACACTCAGCATGCTGCCAGGCAGAAAGAAGGAGAGTCTGAAGATCTGGCCAGCC  733
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GTTACAGACAGCCCTGGCTCACACTCAGCATGCTGCCAGGCAGAAAGAAGGAGAGTCTGAAGATCTGGCCAGCC  814

Query  734  GCCTGCAGTATTCCCGGCGGCGTGTGGGAGAGTTGGAGCGGGCTCTCTCTGCTGTCTCCACGCAGCAGAAGAAG  807
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GCCTGCAGTATTCCCGGCGGCGTGTGGGAGAGTTGGAGCGGGCTCTCTCTGCTGTCTCCACGCAGCAGAAGAAG  888

Query  808  GCAGACAGGTACAACAAGGAGTTAACCAAAGAGAGAGACGCCCTCAGGCTGGAGTTATACAAGAACACCCAAAG  881
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GCAGACAGGTACAACAAGGAGTTAACCAAAGAGAGAGACGCCCTCAGGCTGGAGTTATACAAGAACACCCAAAG  962

Query  882  CAATGAGGACCTGAAGCAAGAGAAATCAGAATTGGAAGAGAAGCTTCGGGTCCTAGTGACTGAGAAGGCTGGCA  955
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CAATGAGGACCTGAAGCAAGAGAAATCAGAATTGGAAGAGAAGCTTCGGGTCCTAGTGACTGAGAAGGCTGGCA  1036

Query  956  TGCAGCTTAACTTGGAAGAATTGCAAAAGAAGTTAGAGATGACGGAACTCCTGCTTCAACAGTTTTCAAGCCGG  1029
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TGCAGCTTAACTTGGAAGAATTGCAAAAGAAGTTAGAGATGACGGAACTCCTGCTTCAACAGTTTTCAAGCCGG  1110

Query 1030  TGTGAAGCCCCTGATGCTAACCAGCAGTTACAGCAGGCCATGGAGGAGCGGGCACAGCTGGAAGCACACCTGGG  1103
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TGTGAAGCCCCTGATGCTAACCAGCAGTTACAGCAGGCCATGGAGGAGCGGGCACAGCTGGAAGCACACCTGGG  1184

Query 1104  GCAGGTAATGGAGTCGGTTAGACAACTACAAATGGAGAGAGATAAATATGCGGAGAATCTCAAAGGAGAGAGCG  1177
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GCAGGTAATGGAGTCGGTTAGACAACTACAAATGGAGAGAGATAAATATGCGGAGAATCTCAAAGGAGAGAGCG  1258

Query 1178  CCATGTGGCGGCAGAGGATGCAGCAGATGTCAGAGCAGGTGCACACATTGAGAGAGGAGAAGGAATGTAGCATG  1251
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CCATGTGGCGGCAGAGGATGCAGCAGATGTCAGAGCAGGTGCACACATTGAGAGAGGAGAAGGAATGTAGCATG  1332

Query 1252  AGTCGGGTACAGGAGCTGGAGACGAGCTTGGCTGAACTGAGGAACCAGATGGCTGAACCCCCGCCCCCAGAGCC  1325
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AGTCGGGTACAGGAGCTGGAGACGAGCTTGGCTGAACTGAGGAACCAGATGGCTGAACCCCCGCCCCCAGAGCC  1406

Query 1326  CCCAGCAGGGCCCTCCGAGGTGGAGCAGCAGCTACAAGCGGAGGCTGAGCACCTGCGGAAGGAGCTGGAGGGTC  1399
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CCCAGCAGGGCCCTCCGAGGTGGAGCAGCAGCTACAAGCGGAGGCTGAGCACCTGCGGAAGGAGCTGGAGGGTC  1480

Query 1400  TGGCAGGACAGCTTCAAGCCCAGGTGCAAGACAATGAGGGCTTGAGTCGCCTGAACCGGGAGCAGGAGGAGAGG  1473
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TGGCAGGACAGCTTCAAGCCCAGGTGCAAGACAATGAGGGCTTGAGTCGCCTGAACCGGGAGCAGGAGGAGAGG  1554

Query 1474  CTGCTGGAGCTGGAGCGGGCGGCCGAGCTCTGGGGGGAGCAGGCGGAGGCGCGCAGGCAAATCCTGGAGACCAT  1547
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CTGCTGGAGCTGGAGCGGGCGGCCGAGCTCTGGGGGGAGCAGGCGGAGGCGCGCAGGCAAATCCTGGAGACCAT  1628

Query 1548  GCAGAACGACCGCACTACCATCAGCCGCGCACTCTCCCAGAACCGGGAGCTCAAGGAGCAGCTGGCTGAGCTGC  1621
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GCAGAACGACCGCACTACCATCAGCCGCGCACTCTCCCAGAACCGGGAGCTCAAGGAGCAGCTGGCTGAGCTGC  1702

Query 1622  AGAGCGGATTTGTAAAGCTGACTAATGAGAACATGGAGATCACCAGCGCACTGCAGTCGGAGCAGCACGTCAAG  1695
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AGAGCGGATTTGTAAAGCTGACTAATGAGAACATGGAGATCACCAGCGCACTGCAGTCGGAGCAGCACGTCAAG  1776

Query 1696  AGGGAGCTGGGAAAGAAGCTGGGCGAGCTGCAGGAGAAGCTGAGCGAGCTGAAGGAAACGGTGGAGCTGAAGAG  1769
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  AGGGAGCTGGGAAAGAAGCTGGGCGAGCTGCAGGAGAAGCTGAGCGAGCTGAAGGAAACGGTGGAGCTGAAGAG  1850

Query 1770  CCAAGAGGCTCAAAGTCTGCAGCAGCAGCGAGACCAGTACCTGGGACACCTGCAGCAGTATGTGGCCGCCTATC  1843
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  CCAAGAGGCTCAAAGTCTGCAGCAGCAGCGAGACCAGTACCTGGGACACCTGCAGCAGTATGTGGCCGCCTATC  1924

Query 1844  AGCAGCTGACCTCTGAGAAGGAGGTGCTGCATAATCAGCTACTGCTGCAGACCCAGCTCGTGGACCAGCTGCAG  1917
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  AGCAGCTGACCTCTGAGAAGGAGGTGCTGCATAATCAGCTACTGCTGCAGACCCAGCTCGTGGACCAGCTGCAG  1998

Query 1918  CAGCAGGAAGCTCAGGGCAAAGCGGTGGCCGAGATGGCCCGCCAAGAGTTGCAGGAAACCCAGGAGCGCCTGGA  1991
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CAGCAGGAAGCTCAGGGCAAAGCGGTGGCCGAGATGGCCCGCCAAGAGTTGCAGGAAACCCAGGAGCGCCTGGA  2072

Query 1992  AGCTGCCACCCAGCAGAATCAGCAGCTACGGGCCCAGTTGAGCCTCATGGCTCACCCTGGGGAAGGAGATGGAC  2065
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  AGCTGCCACCCAGCAGAATCAGCAGCTACGGGCCCAGTTGAGCCTCATGGCTCACCCTGGGGAAGGAGATGGAC  2146

Query 2066  TGGACCGGGAGGAGGAGGAGGATGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGCGGTGGCAGTACCTCAGCCCATGCCAAGC  2139
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  TGGACCGGGAGGAGGAGGAGGATGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGCGGTGGCAGTACCTCAGCCCATGCCAAGC  2220

Query 2140  ATCCCGGAGGACCTGGAGAGCCGGGAAGCCATGGTGGCATTTTTCAACTCAGCTGTAGCCAGTGCCGAGGAGGA  2213
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  ATCCCGGAGGACCTGGAGAGCCGGGAAGCCATGGTGGCATTTTTCAACTCAGCTGTAGCCAGTGCCGAGGAGGA  2294

Query 2214  GCAGGCAAGGCTACGTGGGCAGCTGAAGGAGCAAAGGGTGCGCTGCCGGCGCCTGGCTCACCTGCTGGCCTCGG  2287
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  GCAGGCAAGGCTACGTGGGCAGCTGAAGGAGCAAAGGGTGCGCTGCCGGCGCCTGGCTCACCTGCTGGCCTCGG  2368

Query 2288  CCCAGAAGGAGCCTGAGGCAGCAGCCCCAGCCCCAGGGACCGGGGGTGATTCTGTGTGTGGGGAGACCCACCGG  2361
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  CCCAGAAGGAGCCTGAGGCAGCAGCCCCAGCCCCAGGGACCGGGGGTGATTCTGTGTGTGGGGAGACCCACCGG  2442

Query 2362  GCCCTGCAGGGGGCCATGGAGAAGCTGCAGAGCCGCTTTATGGAGCTCATGCAGGAGAAGGCAGACCTGAAGGA  2435
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  GCCCTGCAGGGGGCCATGGAGAAGCTGCAGAGCCGCTTTATGGAGCTCATGCAGGAGAAGGCAGACCTGAAGGA  2516

Query 2436  GAGGGTAGAGGAACTGGAACATCGCTGCATCCAGCTTTCTGGAGAGACAGACACCATTGGAGAGTACATTGCAC  2509
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  GAGGGTAGAGGAACTGGAACATCGCTGCATCCAGCTTTCTGGAGAGACAGACACCATTGGAGAGTACATTGCAC  2590

Query 2510  TGTACCAGAGCCAGAGGGCAGTGCTGAAGGAGCGGCACCGGGAGAAGGAGGAGTACATCAGCAGGCTGGCCCAA  2583
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  TGTACCAGAGCCAGAGGGCAGTGCTGAAGGAGCGGCACCGGGAGAAGGAGGAGTACATCAGCAGGCTGGCCCAA  2664

Query 2584  GACAAGGAGGAGATGAAGGTGAAGCTGCTGGAGCTGCAGGAGCTGGTCTTACGGCTTGTGGGCGACCGCAACGA  2657
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  GACAAGGAGGAGATGAAGGTGAAGCTGCTGGAGCTGCAGGAGCTGGTCTTACGGCTTGTGGGCGACCGCAACGA  2738

Query 2658  GTGGCATGGCAGATTCCTGGCAGCTGCCCAGAACCCTGCTGATGAGCCCACTTCAGGGGCCCCAGCCCCCCAGG  2731
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  GTGGCATGGCAGATTCCTGGCAGCTGCCCAGAACCCTGCTGATGAGCCCACTTCAGGGGCCCCAGCCCCCCAGG  2812

Query 2732  AACTTGGGGCTGCCAACCAGCAGGGTGATCTTTGCGAGGTGAGCCTCGCCGGCAGTGTGGAGCCTGCCCAAGGA  2805
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  AACTTGGGGCTGCCAACCAGCAGGGTGATCTTTGCGAGGTGAGCCTCGCCGGCAGTGTGGAGCCTGCCCAAGGA  2886

Query 2806  GAGGCCAGGGAGGGTTCTCCCCGTGACAACCCCACTGCACAGCAGATCATGCAGCTGCTTCGTGAGATGCAGAA  2879
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  GAGGCCAGGGAGGGTTCTCCCCGTGACAACCCCACTGCACAGCAGATCATGCAGCTGCTTCGTGAGATGCAGAA  2960

Query 2880  CCCCCGGGAGCGCCCAGGCTTGGGCAGCAACCCCTGCATTCCTTTTTTTTACCGGGCTGACGAGAATGATGAGG  2953
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  CCCCCGGGAGCGCCCAGGCTTGGGCAGCAACCCCTGCATTCCTTTTTTTTACCGGGCTGACGAGAATGATGAGG  3034

Query 2954  TGAAGATCACTGTCATC  2970
            |||||||||||||||||
Sbjct 3035  TGAAGATCACTGTCATC  3051