Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_11039
• Subject: NM_001321044.2
• Aligned Length: 2310
• Identities: 1890
• Gaps: 420

Alignment

Query    1  ATGAAACAATTGCCTGCGGCAACAGTTCGACTCCTTTCAAGTTCTCAGATCATCACTTCGGTGGTCAGTGTTGT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAAACAATTGCCTGCGGCAACAGTTCGACTCCTTTCAAGTTCTCAGATCATCACTTCGGTGGTCAGTGTTGT  74

Query   75  AAAAGAGCTTATTGAAAACTCCTTGGATGCTGGTGCCACAAGCGTAGATGTTAAACTGGAGAACTATGGATTTG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AAAAGAGCTTATTGAAAACTCCTTGGATGCTGGTGCCACAAGCGTAGATGTTAAACTGGAGAACTATGGATTTG  148

Query  149  ATAAAATTGAGGTGCGAGATAACGGGGAGGGTATCAAGGCTGTTGATGCACCTGTAATGGCAATGAAGTACTAC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ATAAAATTGAGGTGCGAGATAACGGGGAGGGTATCAAGGCTGTTGATGCACCTGTAATGGCAATGAAGTACTAC  222

Query  223  ACCTCAAAAATAAATAGTCATGAAGATCTTGAAAATTTGACAACTTACGGTTTTCGTGGAGAAGCCTTGGGGTC  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  ACCTCAAAAATAAATAGTCATGAAGATCTTGAAAATTTGACAACTTACGGTTTTCGTGGAGAAGCCTTGGGGTC  296

Query  297  AATTTGTTGTATAGCTGAGGTTTTAATTACAACAAGAACGGCTGCTGATAATTTTAGCACCCAGTATGTTTTAG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AATTTGTTGTATAGCTGAGGTTTTAATTACAACAAGAACGGCTGCTGATAATTTTAGCACCCAGTATGTTTTAG  370

Query  371  ATGGCAGTGGCCACATACTTTCTCAGAAACCTTCACATCTTGGTCAAGGTACAACTGTAACTGCTTTAAGATTA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  ATGGCAGTGGCCACATACTTTCTCAGAAACCTTCACATCTTGGTCAAGGTACAACTGTAACTGCTTTAAGATTA  444

Query  445  TTTAAGAATCTACCTGTAAGAAAGCAGTTTTACTCAACTGCAAAAAAATGTAAAGATGAAATAAAAAAGATCCA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TTTAAGAATCTACCTGTAAGAAAGCAGTTTTACTCAACTGCAAAAAAATGTAAAGATGAAATAAAAAAGATCCA  518

Query  519  AGATCTCCTCATGAGCTTTGGTATCCTTAAACCTGACTTAAGGATTGTCTTTGTACATAACAAGGCAGTTATTT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            
Sbjct  519  AGATCTCCTCATGAGCTTTGGTATCCTTAAACCTGACTTAAGGATTGTCTTTGTACATAACA------------  580

Query  593  GGCAGAAAAGCAGAGTATCAGATCACAAGATGGCTCTCATGTCAGTTCTGGGGACTGCTGTTATGAACAATATG  666
                                                                                      
Sbjct  581  --------------------------------------------------------------------------  580

Query  667  GAATCCTTTCAGTACCACTCTGAAGAATCTCAGATTTATCTCAGTGGATTTCTTCCAAAGTGTGATGCAGACCA  740
                                           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  581  -------------------------------AGATTTATCTCAGTGGATTTCTTCCAAAGTGTGATGCAGACCA  623

Query  741  CTCTTTCACTAGTCTTTCAACACCAGAAAGAAGTTTCATCTTCATAAACAGTCGACCAGTACATCAAAAAGATA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  624  CTCTTTCACTAGTCTTTCAACACCAGAAAGAAGTTTCATCTTCATAAACAGTCGACCAGTACATCAAAAAGATA  697

Query  815  TCTTAAAGTTAATCCGACATCATTACAATCTGAAATGCCTAAAGGAATCTACTCGTTTGTATCCTGTTTTCTTT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  698  TCTTAAAGTTAATCCGACATCATTACAATCTGAAATGCCTAAAGGAATCTACTCGTTTGTATCCTGTTTTCTTT  771

Query  889  CTGAAAATCGATGTTCCTACAGCTGATGTTGATGTAAATTTAACACCAGATAAAAGCCAAGTATTATTACAAAA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  772  CTGAAAATCGATGTTCCTACAGCTGATGTTGATGTAAATTTAACACCAGATAAAAGCCAAGTATTATTACAAAA  845

Query  963  TAAGGAATCTGTTTTAATTGCTCTTGAAAATCTGATGACGACTTGTTATGGACCATTACCTAGTACAAATTCTT  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  846  TAAGGAATCTGTTTTAATTGCTCTTGAAAATCTGATGACGACTTGTTATGGACCATTACCTAGTACAAATTCTT  919

Query 1037  ATGAAAATAATAAAACAGATGTTTCCGCAGCTGACATCGTTCTTAGTAAAACAGCAGAAACAGATGTGCTTTTT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  920  ATGAAAATAATAAAACAGATGTTTCCGCAGCTGACATCGTTCTTAGTAAAACAGCAGAAACAGATGTGCTTTTT  993

Query 1111  AATAAAGTGGAATCATCTGGAAAGAATTATTCAAATGTTGATACTTCAGTCATTCCATTCCAAAATGATATGCA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  994  AATAAAGTGGAATCATCTGGAAAGAATTATTCAAATGTTGATACTTCAGTCATTCCATTCCAAAATGATATGCA  1067

Query 1185  TAATGATGAATCTGGAAAAAACACTGATGATTGTTTAAATCACCAGATAAGTATTGGTGACTTTGGTTATGGTC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1068  TAATGATGAATCTGGAAAAAACACTGATGATTGTTTAAATCACCAGATAAGTATTGGTGACTTTGGTTATGGTC  1141

Query 1259  ATTGTAGTAGTGAAATTTCTAACATTGATAAAAACACTAAGAATGCATTTCAGGACATTTCAATGAGTAATGTA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1142  ATTGTAGTAGTGAAATTTCTAACATTGATAAAAACACTAAGAATGCATTTCAGGACATTTCAATGAGTAATGTA  1215

Query 1333  TCATGGGAGAACTCTCAGACGGAATATAGTAAAACTTGTTTTATAAGTTCCGTTAAGCACACCCAGTCAGAAAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1216  TCATGGGAGAACTCTCAGACGGAATATAGTAAAACTTGTTTTATAAGTTCCGTTAAGCACACCCAGTCAGAAAA  1289

Query 1407  TGGCAATAAAGACCATATAGATGAGAGTGGGGAAAATGAGGAAGAAGCAGGTCTTGAAAACTCTTCGGAAATTT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1290  TGGCAATAAAGACCATATAGATGAGAGTGGGGAAAATGAGGAAGAAGCAGGTCTTGAAAACTCTTCGGAAATTT  1363

Query 1481  CTGCAGATGAGTGGAGCAGGGGAAATATACTTAAAAATTCAGTGGGAGAGAATATTGAACCTGTGAAAATTTTA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1364  CTGCAGATGAGTGGAGCAGGGGAAATATACTTAAAAATTCAGTGGGAGAGAATATTGAACCTGTGAAAATTTTA  1437

Query 1555  GTGCCTGAAAAAAGTTTACCATGTAAAGTAAGTAATAATAATTATCCAATCCCTGAACAAATGAATCTTAATGA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438  GTGCCTGAAAAAAGTTTACCATGTAAAGTAAGTAATAATAATTATCCAATCCCTGAACAAATGAATCTTAATGA  1511

Query 1629  AGATTCATGTAACAAAAAATCAAATGTAATAGATAATAAATCTGGAAAAGTTACAGCTTATGATTTACTTAGCA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1512  AGATTCATGTAACAAAAAATCAAATGTAATAGATAATAAATCTGGAAAAGTTACAGCTTATGATTTACTTAGCA  1585

Query 1703  ATCGAGTAATCAAGAAACCCATGTCAGCAAGTGCTCTTTTTGTTCAAGATCATCGTCCTCAGTTTCTCATAGAA  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1586  ATCGAGTAATCAAGAAACCCATGTCAGCAAGTGCTCTTTTTGTTCAAGATCATCGTCCTCAGTTTCTCATAGAA  1659

Query 1777  AATCCTAAGACTAGTTTAGAGGATGCAACACTACAAATTGAAGAACTGTGGAAGACATTGAGTGAAGAGGAAAA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1660  AATCCTAAGACTAGTTTAGAGGATGCAACACTACAAATTGAAGAACTGTGGAAGACATTGAGTGAAGAGGAAAA  1733

Query 1851  ACTGAATCTTTTTAATGGATCTCATTATTTAGACGTTTTATATAAAATGACAGCAGATGACCAAAGATACAGTG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1734  ACTGAATCTTTTTAATGGATCTCATTATTTAGACGTTTTATATAAAATGACAGCAGATGACCAAAGATACAGTG  1807

Query 1925  GATCAACTTACCTGTCTGATCCTCGTCTTACAGCGAATGGTTTCAAGATAAAATTGATACCAGGAGTTTCAATT  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1808  GATCAACTTACCTGTCTGATCCTCGTCTTACAGCGAATGGTTTCAAGATAAAATTGATACCAGGAGTTTCAATT  1881

Query 1999  ACTGAAAAT-----------------------------------------------------------------  2007
            |||||||||                                                                 
Sbjct 1882  ACTGAAAATTACTTGGAAATAGAAGGAATGGCTAATTGTCTCCCATTCTATGGAGTAGCAGATTTAAAAGAAAT  1955

Query 2008  --------------------------------------------------------------------------  2007
                                                                                      
Sbjct 1956  TCTTAATGCTATATTAAACAGAAATGCAAAGGAAGTTTATGAATGTAGACCTCGCAAAGTGATAAGTTATTTAG  2029

Query 2008  --------------------------------------------------------------------------  2007
                                                                                      
Sbjct 2030  AGGGAGAAGCAGTGCGTCTATCCAGACAATTACCCATGTACTTATCAAAAGAGGACATCCAAGACATTATCTAC  2103

Query 2008  --------------------------------------------------------------------------  2007
                                                                                      
Sbjct 2104  AGAATGAAGCACCAGTTTGGAAATGAAATTAAAGAGTGTGTTCATGGTCGCCCATTTTTTCATCATTTAACCTA  2177

Query 2008  ----------------  2007
                            
Sbjct 2178  TCTTCCAGAAACTACA  2193