Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_11039
• Subject: XR_001738779.1
• Aligned Length: 3222
• Identities: 2006
• Gaps: 1216

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  GTGCGTGCTGGGTGCGGGTGCGGGTGCGGGGTTGGGCCTGCGCATCGGGTGAGACGCTGGCTGCTTGCGGCTAG  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  TGGATGGTAATTGCCTGCCTCGCGCTAGCAGGAAGGCACACCTGTTGTCCTTAACTGACTTTCCGGGTCATCAG  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  CACTTCTTCAGAAGTGTTCCTTTTCCCTCCCAGCAAATATGGAAGACTGACTATCCTGATATTCCCAGACATTC  222

Query    1  ---------------------------------ATGAAACAATTGCCTGCGGCAACAGTTCGACTCCTTTCAAG  41
                                             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TTTGCTGTGATTTCTGCTCTGTTAAAAGCGAAAATGAAACAATTGCCTGCGGCAACAGTTCGACTCCTTTCAAG  296

Query   42  TTCTCAGATCATCACTTCGGTGGTCAGTGTTGTAAAAGAGCTTATTGAAAACTCCTTGGATGCTGGTGCCACAA  115
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TTCTCAGATCATCACTTCGGTGGTCAGTGTTGTAAAAGAGCTTATTGAAAACTCCTTGGATGCTGGTGCCACAA  370

Query  116  GCGTAGATGTTAAACTGGAGAACTATGGATTTGATAAAATTGAGGTGCGAGATAACGGGGAGGGTATCAAGGCT  189
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GCGTAGATGTTAAACTGGAGAACTATGGATTTGATAAAATTGAGGTGCGAGATAACGGGGAGGGTATCAAGGCT  444

Query  190  GTTGATGCACCTGTAATGGCAATGAAGTACTACACCTCAAAAATAAATAGTCATGAAGATCTTGAAAATTTGAC  263
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GTTGATGCACCTGTAATGGCAATGAAGTACTACACCTCAAAAATAAATAGTCATGAAGATCTTGAAAATTTGAC  518

Query  264  AACTTACGGTTTTCGTGGAGAAGCCTTGGGGTCAATTTGTTGTATAGCTGAGGTTTTAATTACAACAAGAACGG  337
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AACTTACGGTTTTCGTGGAGAAGCCTTGGGGTCAATTTGTTGTATAGCTGAGGTTTTAATTACAACAAGAACGG  592

Query  338  CTGCTGATAATTTTAGCACCCAGTATGTTTTAGATGGCAGTGGCCACATACTTTCTCAGAAACCTTCACATCTT  411
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CTGCTGATAATTTTAGCACCCAGTATGTTTTAGATGGCAGTGGCCACATACTTTCTCAGAAACCTTCACATCTT  666

Query  412  GGTCAAGGTACAACTGTAACTGCTTTAAGATTATTTAAGAATCTACCTGTAAGAAAGCAGTTTTACTCAACTGC  485
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GGTCAAGGTACAACTGTAACTGCTTTAAGATTATTTAAGAATCTACCTGTAAGAAAGCAGTTTTACTCAACTGC  740

Query  486  AAAAAAATGTAAAGATGAAATAAAAAAGATCCAAGATCTCCTCATGAGCTTTGGTATCCTTAAACCTGACTTAA  559
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AAAAAAATGTAAAGATGAAATAAAAAAGATCCAAGATCTCCTCATGAGCTTTGGTATCCTTAAACCTGACTTAA  814

Query  560  GGATTGTCTTTGTACATAACAAGGCAGTTATTTGGCAGAAAAGCAGAGTATCAGATCACAAGATGGCTCTCATG  633
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GGATTGTCTTTGTACATAACAAGGCAGTTATTTGGCAGAAAAGCAGAGTATCAGATCACAAGATGGCTCTCATG  888

Query  634  TCAGTTCTGGGGACTGCTGTTATGAACAATATGGAATCCTTTCAGTACCACTCTGAAGAATCTCAGATTTATCT  707
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TCAGTTCTGGGGACTGCTGTTATGAACAATATGGAATCCTTTCAGTACCACTCTGAAGAATCTCAGATTTATCT  962

Query  708  CAGTGGATTTCTTCCAAAGTGTGATGCAGACCACTCTTTCACTAGTCTTTCAACACCAGAAAGAAGTTTCATCT  781
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CAGTGGATTTCTTCCAAAGTGTGATGCAGACCACTCTTTCACTAGTCTTTCAACACCAGAAAGAAGTTTCATCT  1036

Query  782  TCATAAACAGTCGACCAGTACATCAAAAAGATATCTTAAAGTTAATCCGACATCATTACAATCTGAAATGCCTA  855
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TCATAAACAGTCGACCAGTACATCAAAAAGATATCTTAAAGTTAATCCGACATCATTACAATCTGAAATGCCTA  1110

Query  856  AAGGAATCTACTCGTTTGTATCCTGTTTTCTTTCTGAAAATCGATGTTCCTACAGCTGATGTTGATGTAAATTT  929
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AAGGAATCTACTCGTTTGTATCCTGTTTTCTTTCTGAAAATCGATGTTCCTACAGCTGATGTTGATGTAAATTT  1184

Query  930  AACACCAGATAAAAGCCAAGTATTATTACAAAATAAGGAATCTGTTTTAATTGCTCTTGAAAATCTGATGACGA  1003
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  AACACCAGATAAAAGCCAAGTATTATTACAAAATAAGGAATCTGTTTTAATTGCTCTTGAAAATCTGATGACGA  1258

Query 1004  CTTGTTATGGACCATTACCTAGTACAAATTCTTATGAAAATAATAAAACAGATGTTTCCGCAGCTGACATCGTT  1077
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CTTGTTATGGACCATTACCTAGTACAAATTCTTATGAAAATAATAAAACAGATGTTTCCGCAGCTGACATCGTT  1332

Query 1078  CTTAGTAAAACAGCAGAAACAGATGTGCTTTTTAATAAAGTGGAATCATCTGGAAAGAATTATTCAAATGTTGA  1151
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CTTAGTAAAACAGCAGAAACAGATGTGCTTTTTAATAAAGTGGAATCATCTGGAAAGAATTATTCAAATGTTGA  1406

Query 1152  TACTTCAGTCATTCCATTCCAAAATGATATGCATAATGATGAATCTGGAAAAAACACTGATGATTGTTTAAATC  1225
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TACTTCAGTCATTCCATTCCAAAATGATATGCATAATGATGAATCTGGAAAAAACACTGATGATTGTTTAAATC  1480

Query 1226  ACCAGATAAGTATTGGTGACTTTGGTTATGGTCATTGTAGTAGTGAAATTTCTAACATTGATAAAAACACTAAG  1299
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  ACCAGATAAGTATTGGTGACTTTGGTTATGGTCATTGTAGTAGTGAAATTTCTAACATTGATAAAAACACTAAG  1554

Query 1300  AATGCATTTCAGGACATTTCAATGAGTAATGTATCATGGGAGAACTCTCAGACGGAATATAGTAAAACTTGTTT  1373
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AATGCATTTCAGGACATTTCAATGAGTAATGTATCATGGGAGAACTCTCAGACGGAATATAGTAAAACTTGTTT  1628

Query 1374  TATAAGTTCCGTTAAGCACACCCAGTCAGAAAATGGCAATAAAGACCATATAGATGAGAGTGGGGAAAATGAGG  1447
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  TATAAGTTCCGTTAAGCACACCCAGTCAGAAAATGGCAATAAAGACCATATAGATGAGAGTGGGGAAAATGAGG  1702

Query 1448  AAGAAGCAGGTCTTGAAAACTCTTCGGAAATTTCTGCAGATGAGTGGAGCAGGGGAAATATACTTAAAAATTCA  1521
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AAGAAGCAGGTCTTGAAAACTCTTCGGAAATTTCTGCAGATGAGTGGAGCAGGGGAAATATACTTAAAAATTCA  1776

Query 1522  GTGGGAGAGAATATTGAACCTGTGAAAATTTTAGTGCCTGAAAAAAGTTTACCATGTAAAGTAAGTAATAATAA  1595
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GTGGGAGAGAATATTGAACCTGTGAAAATTTTAGTGCCTGAAAAAAGTTTACCATGTAAAGTAAGTAATAATAA  1850

Query 1596  TTATCCAATCCCTGAACAAATGAATCTTAATGAAGATTCATGTAACAAAAAATCAAATGTAATAGATAATAAAT  1669
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  TTATCCAATCCCTGAACAAATGAATCTTAATGAAGATTCATGTAACAAAAAATCAAATGTAATAGATAATAAAT  1924

Query 1670  CTGGAAAAGTTACAGCTTATGATTTACTTAGCAATCGAGTAATCAAGAAACCCATGTCAGCAAGTGCTCTTTTT  1743
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  CTGGAAAAGTTACAGCTTATGATTTACTTAGCAATCGAGTAATCAAGAAACCCATGTCAGCAAGTGCTCTTTTT  1998

Query 1744  GTTCAAGATCATCGTCCTCAGTTTCTCATAGAAAATCCTAAGACTAGTTTAGAGGATGCAACACTACAAATTGA  1817
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  GTTCAAGATCATCGTCCTCAGTTTCTCATAGAAAATCCTAAGACTAGTTTAGAGGATGCAACACTACAAATTGA  2072

Query 1818  AGAACTGTGGAAGACATTGAGTGAAGAGGAAAAACTGA------------------------------------  1855
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                    
Sbjct 2073  AGAACTGTGGAAGACATTGAGTGAAGAGGAAAAACTGAAATATGAAGAGAAGGCTACTAAAGACTTGGAACGAT  2146

Query 1856  --------------------------------------------------------------------------  1855
                                                                                      
Sbjct 2147  ACAATAGTCAAATGAAGAGAGCCATTGAACAGGAGTCACAAATGTCACTAAAAGATGGCAGAAAAAAGATAAAA  2220

Query 1856  --------------------------------------------------ATCT--------------------  1859
                                                              ||||                    
Sbjct 2221  CCCACCAGCGCATGGAATTTGGCCCAGAAGCACAAGTTAAAAACCTCATTATCTAATCAACCAAAACTTGATGA  2294

Query 1860  --------------------------------------------------------------------------  1859
                                                                                      
Sbjct 2295  ACTCCTTCAGTCCCAAATTGAAAAAAGAAGGAGTCAAAATATTAAAATGGTACAGATCCCCTTTTCTATGAAAA  2368

Query 1860  -------------TTTTA--------------------------------------------------------  1864
                         |||||                                                        
Sbjct 2369  ACTTAAAAATAAATTTTAAGAAACAAAACAAAGTTGACTTAGAAGAGAAGGATGAACCTTGCTTGATCCACAAT  2442

Query 1865  -----------------ATGG----------------------------------ATCTCAT------------  1875
                             ||||                                  ||| |||            
Sbjct 2443  CTCAGGTTTCCTGATGCATGGCTAATGACATCCAAAACAGAGGTAATGTTATTAAATC-CATATAGAGTAGAAG  2515

Query 1876  ---------TATTT------------------------------------------------------------  1880
                     |||||                                                            
Sbjct 2516  AAGCCCTGCTATTTAAAAGACTTCTTGAGAATCATAAACTTCCTGCAGAGCCACTGGAAAAGCCAATTATGTTA  2589

Query 1881  ------AGACGTTTTATATAAAATGACAGCAGATGACCAAAGATACAGTGGATCAACTTACCTGTCTGATCCTC  1948
                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2590  ACAGAGAGACGTTTTATATAAAATGACAGCAGATGACCAAAGATACAGTGGATCAACTTACCTGTCTGATCCTC  2663

Query 1949  GTCTTACAGCGAATGGTTTCAAGATAAAATTGATACCAGGAGTTTCAATTACTGAAAAT---------------  2007
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               
Sbjct 2664  GTCTTACAGCGAATGGTTTCAAGATAAAATTGATACCAGGAGTTTCAATTACTGAAAATTACTTGGAAATAGAA  2737

Query 2008  --------------------------------------------------------------------------  2007
                                                                                      
Sbjct 2738  GGAATGGCTAATTGTCTCCCATTCTATGGAGTAGCAGATTTAAAAGAAATTCTTAATGCTATATTAAACAGAAA  2811

Query 2008  --------------------------------------------------------------------------  2007
                                                                                      
Sbjct 2812  TGCAAAGGAAGTTTATGAATGTAGACCTCGCAAAGTGATAAGTTATTTAGAGGGAGAAGCAGTGCGTCTATCCA  2885

Query 2008  --------------------------------------------------------------------------  2007
                                                                                      
Sbjct 2886  GACAATTACCCATGTACTTATCAAAAGAGGACATCCAAGACATTATCTACAGAATGAAGCACCAGTTTGGAAAT  2959

Query 2008  --------------------------------------------------------------------------  2007
                                                                                      
Sbjct 2960  GAAATTAAAGAGTGTGTTCATGGTCGCCCATTTTTTCATCATTTAACCTATCTTCCAGAAACTACATGATTAAA  3033

Query 2008  --------------------------------------------------------------------------  2007
                                                                                      
Sbjct 3034  TATGTTTAAGAAGATTAGTTACCATTGAAATTGGTTCTGTCATAAAACAGCATGAGTCTGGTTTTAAATTATCT  3107

Query 2008  --------------------------------------------------------------------------  2007
                                                                                      
Sbjct 3108  TTGTATTATGTGTCACATGGTTATTTTTTAAATGAGGATTCACTGACTTGTTTTTATATTGAAAAAAGTTCCAC  3181

Query 2008  ----------------------------------------  2007
                                                    
Sbjct 3182  GTATTGTAGAAAACGTAAATAAACTAATATAGACTATTCA  3221