Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_11109
• Subject: NM_001369671.1
• Aligned Length: 1575
• Identities: 1110
• Gaps: 462

Alignment

Query    1  ATGAGGCGACGAAGGAGGCGGGACGGCTTTTACCCAGCCCCGGACTTCCGAGACAGGGAAGCTGAGGACATGGC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAGGCGACGAAGGAGGCGGGACGGCTTTTACCCAGCCCCGGACTTCCGAGACAGGGAAGCTGAGGACATGGC  74

Query   75  AGGAGTGTTTGACATAGACCTGGACCAGCCAGAGGACGCGGGCTCTGAGGATGAGCTGGAGGAGGGGGGTCAGT  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
Sbjct   75  AGGAGTGTTTGACATAGACCTGGACCAGCCAGAGGACGCGGGCTCTGAGGATGAGCTGGAGGAGGG--------  140

Query  149  TAAATGAAAGCATGGACCATGGGGGAGTTGGACCATATGAACTTGGCATGGAACATTGTGAGAAATTTGAAATC  222
                                                                                      
Sbjct  141  --------------------------------------------------------------------------  140

Query  223  TCAGAAACTAGTGTGAACAGAGGGCCAGAAAAAATCAGACCAGAATGTTTTGAGCTACTTCGGGTACTTGGTAA  296
                                                                                      
Sbjct  141  --------------------------------------------------------------------------  140

Query  297  AGGGGGCTATGGAAAGGTTTTTCAAGTACGAAAAGTAACAGGAGCAAATACTGGGAAAATATTTGCCATGAAGG  370
                                                                                      
Sbjct  141  --------------------------------------------------------------------------  140

Query  371  TGCTTAAAAAGGCAATGATAGTAAGAAATGCTAAAGATACAGCTCATACAAAAGCAGAACGGAATATTCTGGAG  444
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  141  ----------GGCAATGATAGTAAGAAATGCTAAAGATACAGCTCATACAAAAGCAGAACGGAATATTCTGGAG  204

Query  445  GAAGTAAAGCATCCCTTCATCGTGGATTTAATTTATGCCTTTCAGACTGGTGGAAAACTCTACCTCATCCTTGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  205  GAAGTAAAGCATCCCTTCATCGTGGATTTAATTTATGCCTTTCAGACTGGTGGAAAACTCTACCTCATCCTTGA  278

Query  519  GTATCTCAGTGGAGGAGAACTATTTATGCAGTTAGAAAGAGAGGGAATATTTATGGAAGACACTGCCTGCTTTT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  279  GTATCTCAGTGGAGGAGAACTATTTATGCAGTTAGAAAGAGAGGGAATATTTATGGAAGACACTGCCTGCTTTT  352

Query  593  ACTTGGCAGAAATCTCCATGGCTTTGGGGCATTTACATCAAAAGGGGATCATCTACAGAGACCTGAAGCCGGAG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  353  ACTTGGCAGAAATCTCCATGGCTTTGGGGCATTTACATCAAAAGGGGATCATCTACAGAGACCTGAAGCCGGAG  426

Query  667  AATATCATGCTTAATCACCAAGGTCATGTGAAACTAACAGACTTTGGACTATGCAAAGAATCTATTCATGATGG  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  427  AATATCATGCTTAATCACCAAGGTCATGTGAAACTAACAGACTTTGGACTATGCAAAGAATCTATTCATGATGG  500

Query  741  AACAGTCACACACACATTTTGTGGAACAATAGAATACATGGCCCCTGAAATCTTGATGAGAAGTGGCCACAATC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  501  AACAGTCACACACACATTTTGTGGAACAATAGAATACATGGCCCCTGAAATCTTGATGAGAAGTGGCCACAATC  574

Query  815  GTGCTGTGGATTGGTGGAGTTTGGGAGCATTAATGTATGACATGCTGACTGGAGCACCCCCATTCACTGGGGAG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  575  GTGCTGTGGATTGGTGGAGTTTGGGAGCATTAATGTATGACATGCTGACTGGAGCACCCCCATTCACTGGGGAG  648

Query  889  AATAGAAAGAAAACAATTGACAAAATCCTCAAATGTAAACTCAATTTGCCTCCCTACCTCACACAAGAAGCCAG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  649  AATAGAAAGAAAACAATTGACAAAATCCTCAAATGTAAACTCAATTTGCCTCCCTACCTCACACAAGAAGCCAG  722

Query  963  AGATCTGCTTAAAAAGCTGCTGAAAAGAAATGCTGCTTCTCGTCTGGGAGCTGGTCCTGGGGACGCTGGAGAAG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  723  AGATCTGCTTAAAAAGCTGCTGAAAAGAAATGCTGCTTCTCGTCTGGGAGCTGGTCCTGGGGACGCTGGAGAAG  796

Query 1037  TTCAAGCTCATCCATTCTTTAGACACATTAACTGGGAAGAACTTCTGGCTCGAAAGGTGGAGCCCCCCTTTAAA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  797  TTCAAGCTCATCCATTCTTTAGACACATTAACTGGGAAGAACTTCTGGCTCGAAAGGTGGAGCCCCCCTTTAAA  870

Query 1111  CCTCTGTTGCAATCTGAAGAGGATGTAAGTCAGTTTGATTCCAAGTTTACACGTCAGACACCTGTCGACAGCCC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  871  CCTCTGTTGCAATCTGAAGAGGATGTAAGTCAGTTTGATTCCAAGTTTACACGTCAGACACCTGTCGACAGCCC  944

Query 1185  AGATGACTCAACTCTCAGTGAAAGTGCCAATCAGGTCTTTCTGGGTTTTACATATGTGGCTCCATCTGTACTTG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  945  AGATGACTCAACTCTCAGTGAAAGTGCCAATCAGGTCTTTCTGGGTTTTACATATGTGGCTCCATCTGTACTTG  1018

Query 1259  AAAGTGTGAAAGAAAAGTTTTCCTTTGAACCAAAAATCCGATCACCTCGAAGATTTATTGGCAGCCCACGAACA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019  AAAGTGTGAAAGAAAAGTTTTCCTTTGAACCAAAAATCCGATCACCTCGAAGATTTATTGGCAGCCCACGAACA  1092

Query 1333  CCTGTCAG------------TACTGCT-----------------ATGTGC------------------------  1353
            ||||||||            |.||.||                 |.||||                        
Sbjct 1093  CCTGTCAGCCCAGTCAAATTTTCTCCTGGGGATTTCTGGGGAAGAGGTGCTTCGGCCAGCACAGCAAATCCTCA  1166

Query 1354  --------------------------------------------------------------------------  1353
                                                                                      
Sbjct 1167  GACACCTGTGGAATACCCAATGGAAACAAGTGGCATAGAGCAGATGGATGTGACAATGAGTGGGGAAGCATCGG  1240

Query 1354  --------------------------------------------------------------------------  1353
                                                                                      
Sbjct 1241  CACCACTTCCAATACGACAGCCGAACTCTGGGCCATACAAAAAACAAGCTTTTCCCATGATCTCCAAACGGCCA  1314

Query 1354  ---------------------  1353
                                 
Sbjct 1315  GAGCACCTGCGTATGAATCTA  1335