Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_11342
• Subject: XM_017028123.1
• Aligned Length: 1850
• Identities: 1347
• Gaps: 472

Alignment

Query    1  ATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTCGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCTGCATTGGCCTCCCA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  ACGTGCTGGGATTACAGTTGGTCCTGAGAAAAGGGTGCCAGCGATGCCTGGATCGCCTGTGGAAGTGAAGATAC  148
                                                       |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  -------------------------------------------ATGCCTGGATCGCCTGTGGAAGTGAAGATAC  31

Query  149  AGTCCAGATCCTCACCTCCCACCATGCCACCCCTCCCACCAATAAATCCTGGAGGACCGAGGCCAGTGTCCTTC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   32  AGTCCAGATCCTCACCTCCCACCATGCCACCCCTCCCACCAATAAATCCTGGAGGACCGAGGCCAGTGTCCTTC  105

Query  223  ACTCCTACTGCATTAAGCAATGGCATCAACCATTCTCCTCCTACCCTGAATGGTGCCCCATCACCGCCACAGAG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  106  ACTCCTACTGCATTAAGCAATGGCATCAACCATTCTCCTCCTACCCTGAATGGTGCCCCATCACCGCCACAGAG  179

Query  297  ATTCAGCAATGGTCCTGCCTCCTCCACATCATCTGCACTCACAAATCAGCAATTGCCAGCCACTTGTGGTGCTC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  180  ATTCAGCAATGGTCCTGCCTCCTCCACATCATCTGCACTCACAAATCAGCAATTGCCAGCCACTTGTGGTGCTC  253

Query  371  GACAACTCAGCAAGTTGAAACGCTTTCTTACCACTCTGCAACAGTTTGGCAATGACATCTCCCCTGAGATTGGG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  254  GACAACTCAGCAAGTTGAAACGCTTTCTTACCACTCTGCAACAGTTTGGCAATGACATCTCCCCTGAGATTGGG  327

Query  445  GAGAAGGTGCGGACTCTTGTTCTTGCACTGGTGAACTCAACAGTGACAATTGAGGAATTCCACTGTAAGCTCCA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  328  GAGAAGGTGCGGACTCTTGTTCTTGCACTGGTGAACTCAACAGTGACAATTGAGGAATTCCACTGTAAGCTCCA  401

Query  519  AGAAGCCACAAACTTTCCCCTTCGTCCTTTTGTGATTCCATTTCTCAAGGCCAACCTGCCCCTGCTGCAGCGGG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  402  AGAAGCCACAAACTTTCCCCTTCGTCCTTTTGTGATTCCATTTCTCAAGGCCAACCTGCCCCTGCTGCAGCGGG  475

Query  593  AACTGCTGCACTGCGCTCGGGCGGCCAAGCAGACCCCATCCCAGTACCTGGCTCAGCACGAACACCTTCTGCTC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  476  AACTGCTGCACTGCGCTCGGGCGGCCAAGCAGACCCCATCCCAGTACCTGGCTCAGCACGAACACCTTCTGCTC  549

Query  667  AACACAAGCATTGCATCGCCTGCTGACTCGTCAGAGTTGCTCATGGAGGTGCACGGAAATGGGAAGAGGCCCAG  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  550  AACACAAGCATTGCATCGCCTGCTGACTCGTCAGAGTTGCTCATGGAGGTGCACGGAAATGGGAAGAGGCCCAG  623

Query  741  TCCAGAGAGGAGAGAAGAGAATAGTTTTGATAGAGACACAATTGCTCCTGAGCCTCCTGCCAAGAGAGTATGTA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  624  TCCAGAGAGGAGAGAAGAGAATAGTTTTGATAGAGACACAATTGCTCCTGAGCCTCCTGCCAAGAGAGTATGTA  697

Query  815  CCATCAGCCCTGCTCCTCGGCACAGTCCTGCTCTCACTGTGCCCCTCATGAATCCTGGGGGCCAATTCCATCCT  888
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  698  CCATCAGCCCTGCTCCTCGGCACAGTCCTGCTCTCACTGTGCCCCTCATGAATCCCGGGGGCCAATTCCATCCT  771

Query  889  ACCCCTCCACCTCTTCAGCATTACACCTTAGAGGATATTGCAACTTCTCACCTGTATCGGGAACCCAACAAGAT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  772  ACCCCTCCACCTCTTCAGCATTACACCTTAGAGGATATTGCAACTTCTCACCTGTATCGGGAACCCAACAAGAT  845

Query  963  GCTAGAGCATCGAGAAGTTCGTGATAGACACCACAGTCTTGGTCTAAATGGAGGCTATCAAGATGAGTTGGTAG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  846  GCTAGAGCATCGAGAAGTTCGTGATAGACACCACAGTCTTGGTCTAAATGGAGGCTATCAAGATGAGTTGGTAG  919

Query 1037  ATCATCGTTTGACAGAAAGGGAATGGGCTGATGAATGGAAACATCTTGACCATGCGCTGAATTGCATTATGGAA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  920  ATCATCGTTTGACAGAAAGGGAATGGGCTGATGAATGGAAACATCTTGACCATGCGCTGAATTGCATTATGGAA  993

Query 1111  ATGGTAGAGAAAACAAGGCGCTCTATGGCAGTTCTGCGGCGCTGTCAGGAATCAGATCGTGAAGAACTCAACTA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  994  ATGGTAGAGAAAACAAGGCGCTCTATGGCAGTTCTGCGGCGCTGTCAGGAATCAGATCGTGAAGAACTCAACTA  1067

Query 1185  CTGGAAAAGACGGTACAATGAAAACACAGAGCTGAGGAAAACGGGGACCGAGTTGGTCTCCAGGCAGCACAGCC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1068  CTGGAAAAGACGGTACAATGAAAACACAGAGCTGAGGAAAACGGGGACCGAGTTGGTCTCCAGGCAGCACAGCC  1141

Query 1259  CTGGGAGTGCAGATTCTCTCAGCAATGATTCTCAGAGAGAGTTCAACAGCAGGCCAGGTACAGGATACGTACCT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1142  CTGGGAGTGCAGATTCTCTCAGCAATGATTCTCAGAGAGAGTTCAACAGCAGGCCAGGTACAGGATACGTACCT  1215

Query 1333  GTGGAGTTTTGGAAAAAAACAGAAGAAGC-TGTGAATAAGGTGAAAATTCAGGCCATGTCAGAAGTACAGAAGG  1405
            ||||||||||||||||||||      ||| |.|..||.||| ||||  |||                 ||.|||
Sbjct 1216  GTGGAGTTTTGGAAAAAAAC------AGCGTCTACATTAGG-GAAA--TCA-----------------AGCAGG  1263

Query 1406  CCGTCGCTGA-GGCAGAGCAGAAAGCCTTTGAAGTGATTGCAACAGAGAGAGCACGAATGGAGCAAACCATAGC  1478
            .|.|.|.||| ||.||              ||||||     |||||                  .|||||    
Sbjct 1264  GCATTGGTGATGGGAG--------------GAAGTG-----AACAG------------------GAACCA----  1296

Query 1479  GGATGTCAAGCGGCAGGCCGCAGAGGATGCTTTCCTCGTCATCAATGAGCAAGAGGAGTCCACGGAGAACTGCT  1552
                       ||.||      ||.||||                   |.|||.|||   ||.||        |
Sbjct 1297  -----------GGTAG------GATGATG-------------------GTAAGTGGA---CAGGG--------T  1323

Query 1553  GGAACTGTGGCCGCAAAGCCAGCGAGACAT---GCAGTGGCTGC---AATATCGCGCGATACTGTGGCTCTTTC  1620
            ..||          |||.||||   |.|.|   |||||  ||||   |||           ||.||  ||||| 
Sbjct 1324  TTAA----------AAACCCAG---GGCTTTTGGCAGT--CTGCCCAAAT-----------CTATG--TCTTT-  1368

Query 1621  TGCCAGCACAAGGACTGGGAGCGGCACCACCGCCTCTGTGGTCAGAACCTGCATGGCCAGAGCCCCCACGGCCA  1694
                      ||..||.|.....|||||                                              
Sbjct 1369  ----------AGCCCTTGTTTGTGCACC----------------------------------------------  1386

Query 1695  GGGCCGGCCGCTGCTTCCTGTAGGCAGGGGCTCCTCTGCCAGGTCCGCCGACTGCAGCGTGCCCAGCCCAGCCC  1768
                                                                                      
Sbjct 1387  --------------------------------------------------------------------------  1386

Query 1769  TCGACAAGACCTCGGCAACCACATCGCGTTCCTCAACACCTGCTTCTGTGACAGCTATCGACACCAACGGACTC  1842
                                                                                      
Sbjct 1387  --------------------------------------------------------------------------  1386