Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_11547
- Subject:
- NM_001370114.1
- Aligned Length:
- 1806
- Identities:
- 1481
- Gaps:
- 318
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGGCACGTTTAACAAAAAGACGACAGGCGGATACAAAAGCTATCCAGCATCTTTGGGCAGCCATTGAGATTAT 74
Query 1 ----------------------------------------------ATGTCTCGAGTCCACGGTATGCACCCTA 28
||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 75 ACGGAACCAGAAGCAGATTGCCAACATTGACCGTATTACAAAGTATATGTCTCGAGTCCACGGTATGCACCCTA 148
Query 29 AAGAGACCACCCGTCAGCTGAGCTTAGCTGTGAAAGATGGTCTTATTGTCGAAACTCTAACAGTGGGCTGCAAA 102
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 149 AAGAGACCACCCGTCAGCTGAGCTTAGCTGTGAAAGATGGTCTTATTGTCGAAACTCTAACAGTGGGCTGCAAA 222
Query 103 GGTTCAAAAGCTGGTATTGAACAAGAAGGATATTGGTTGCCAGGAGATGAGATTGACTGGGAAACAGAAAATCA 176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 GGTTCAAAAGCTGGTATTGAACAAGAAGGATATTGGTTGCCAGGAGATGAGATTGACTGGGAAACAGAAAATCA 296
Query 177 TGACTGGTATTGTTTTGAATGCCATTTGCCTGGAGAGGTGTTGATATGTGACCTGTGTTTTCGTGTGTATCATT 250
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 TGACTGGTATTGTTTTGAATGCCATTTGCCTGGAGAGGTGTTGATATGTGACCTGTGTTTTCGTGTGTATCATT 370
Query 251 CCAAGTGTTTGTCTGATGAGTTCAGGCTTAGAGACAGCAGTAGTCCCTGGCAGTGCCCAGTTTGCAGGAGCATT 324
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 CCAAGTGTTTGTCTGATGAGTTCAGGCTTAGAGACAGCAGTAGTCCCTGGCAGTGCCCAGTTTGCAGGAGCATT 444
Query 325 AAGAAGAAGAATACAAACAAACAGGAGATGGGCACATACCTCAGATTCATTGTCTCCCGCATGAAGGAGAGGGC 398
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 AAGAAGAAGAATACAAACAAACAGGAGATGGGCACATACCTCAGATTCATTGTCTCCCGCATGAAGGAGAG--- 515
Query 399 TATAGATCTTAATAAAAAGGGGAAGGACAATAAACACCCGATGTACAGGAGGCTGGTGCACTCAGCTGTGGACG 472
Sbjct 516 -------------------------------------------------------------------------- 515
Query 473 TTCCCACCATTCAAGAGAAAGTGAATGAAGGGAAATACCGAAGTTATGAAGAGTTCAAAGCTGATGCCCAATTG 546
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 516 ----------------GAAAGTGAATGAAGGGAAATACCGAAGTTATGAAGAGTTCAAAGCTGATGCCCAATTG 573
Query 547 CTTCTCCACAATACCGTGATTTTCTATGG---AGACAGTGAGCAAGCTGACATTGCGAGGATGCTATATAAAGA 617
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 574 CTTCTCCACAATACCGTGATTTTCTATGGAGCAGACAGTGAGCAAGCTGACATTGCGAGGATGCTATATAAAGA 647
Query 618 CACATGTCATGAGCTGGATGAACTGCAGCTTTGCAAGAATTGCTTTTACTTGTCAAATGCTCGTCCTGACAACT 691
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 648 CACATGTCATGAGCTGGATGAACTGCAGCTTTGCAAGAATTGCTTTTACTTGTCAAATGCTCGTCCTGACAACT 721
Query 692 GGTTCTGTTATCCTTGTATACCTAATCATGAGCTGGTTTGGGCTAAAATGAAAGGTTTTGGGTTTTGGCCAGCC 765
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 722 GGTTCTGTTATCCTTGTATACCTAATCATGAGCTGGTTTGGGCTAAAATGAAAGGTTTTGGGTTTTGGCCAGCC 795
Query 766 AAAGTCATGCAGAAAGAAGACAATCAAGTCGACGTTCGCTTCTTTGGCCACCACCACCAGAGGGCCTGGATTCC 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 796 AAAGTCATGCAGAAAGAAGACAATCAAGTCGACGTTCGCTTCTTTGGCCACCACCACCAGAGGGCCTGGATTCC 869
Query 840 TTCTGAAAACATTCAAGATATCACAGTCAACATTCATCGGCTGCACGTGAAGCGCAGTATGGGTTGGAAAAAGG 913
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 870 TTCTGAAAACATTCAAGATATCACAGTCAACATTCATCGGCTGCACGTGAAGCGCAGTATGGGTTGGAAAAAGG 943
Query 914 CCTGTGATGAGCTGGAGCTGCATCAGCGTTTCCTACGAGAAGGGAGATTTTGGAAATCTAAGAATGAGGACCGA 987
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 944 CCTGTGATGAGCTGGAGCTGCATCAGCGTTTCCTACGAGAAGGGAGATTTTGGAAATCTAAGAATGAGGACCGA 1017
Query 988 GGTGAGGAAGAGGCAGAATCCAGTATCTCCTCCACCAGTAATGAGCAGCTAAAGGTCACTCAAGAACCAAGAGC 1061
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 GGTGAGGAAGAGGCAGAATCCAGTATCTCCTCCACCAGTAATGAGCAGCTAAAGGTCACTCAAGAACCAAGAGC 1091
Query 1062 AAAGAAAGGACGACGTAATCAAAGTGTGGAGCCCAAAAAGGAAGAACCAGAGCCTGAAACAGAAGCAGTAAGTT 1135
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1092 AAAGAAAGGACGACGTAATCAAAGTGTGGAGCCCAAAAAGGAAGAACCAGAGCCTGAAACAGAAGCAGTAAGTT 1165
Query 1136 CTAGCCAGGAAATACCCACGATGCCTCAGCCCATCGAAAAAGTCTCCGTGTCAACTCAGACAAAGAAGTTAAGT 1209
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166 CTAGCCAGGAAATACCCACGATGCCTCAGCCCATCGAAAAAGTCTCCGTGTCAACTCAGACAAAGAAGTTAAGT 1239
Query 1210 GCCTCTTCACCAAGAATGCTGCATCGGAGCACCCAGACCACAAACGACGGCGTGTGTCAGAGCATGTGCCATGA 1283
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1240 GCCTCTTCACCAAGAATGCTGCATCGGAGCACCCAGACCACAAACGACGGCGTGTGTCAGAGCATGTGCCATGA 1313
Query 1284 CAAATACACCAAGATCTTCAATGACTTCAAAGACCGGATGAAGTCGGACCACAAGCGGGAGACAGAGCGTGTTG 1357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314 CAAATACACCAAGATCTTCAATGACTTCAAAGACCGGATGAAGTCGGACCACAAGCGGGAGACAGAGCGTGTTG 1387
Query 1358 TCCGAGAAGCTCTGGAGAAGCTGCGTTCTGAAATGGAAGAAGAAAAGAGACAAGCTGTAAATAAAGCTGTAGCC 1431
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1388 TCCGAGAAGCTCTGGAGAAGCTGCGTTCTGAAATGGAAGAAGAAAAGAGACAAGCTGTAAATAAAGCTGTAGCC 1461
Query 1432 AACATGCAGGGTGAGATGGACAGAAAATGTAAGCAAGTAAAGGAAAAGTGTAAGGAAGAATTTGTAGAAGAAAT 1505
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1462 AACATGCAGGGTGAGATGGACAGAAAATGTAAGCAAGTAAAGGAAAAGTGTAAGGAAGAATTTGTAGAAGAAAT 1535
Query 1506 CAAGAAGCTGGCAACACAGCACAAGCAACTGATTTCTCAGACCAAGAAGAAGCAGTGG----------GT---- 1565
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1536 CAAGAAGCTGGCAACACAGCACAAGCAACTGATTTCTCAGACCAAGAAGAAGCAGTGGTGCTACAACTGTGAGG 1609
Query 1566 --------AAATACCAGTCTTTTT-------------------------------------------------- 1581
|..|||||.|..|..|
Sbjct 1610 AGGAGGCCATGTACCACTGCTGCTGGAACACATCCTACTGCTCCATCAAGTGCCAGCAGGAGCACTGGCACGCG 1683
Query 1582 ------------------------------ 1581
Sbjct 1684 GAGCACAAGCGCACCTGCCGCCGGAAAAGA 1713