Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_11567
• Subject: NM_001300961.2
• Aligned Length: 2805
• Identities: 2541
• Gaps: 264

Alignment

Query    1  ----------------------------------------ATGAGAAGTGGCGATCAAAATT-----GGGTATC  29
                                                    ||||||||||||||||||||||     |||||||
Sbjct    1  ATGGTCCATCCGAGAGAAGCTATGTTTAGCATCTTCTGTCATGAGAAGTGGCGATCAAAATTGGTAAGGGTATC  74

Query   30  AGTTAGCAGAGCAATCAAGCCCTTTGCAGAACCTGGCCGCCCTCCAGACTGGTTCTCTCAAAAACATTGTGCTT  103
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AGTTAGCAGAGCAATCAAGCCCTTTGCAGAACCTGGCCGCCCTCCAGACTGGTTCTCTCAAAAACATTGTGCTT  148

Query  104  CCCAGTACTCGGAGCTTTTAGAGACCACTGAGACACCAAAACGGAAACGAGGTGAAAAGGGAGAAGTGGTGGAA  177
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CCCAGTACTCGGAGCTTTTAGAGACCACTGAGACACCAAAACGGAAACGAGGTGAAAAGGGAGAAGTGGTGGAA  222

Query  178  ACTGTTGAAGATGTTATTGTTCGGAAATTGACTGCTGAGCGAGTTGAAGAACTAAAGAAAGTGATAAAGGAAAC  251
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  ACTGTTGAAGATGTTATTGTTCGGAAATTGACTGCTGAGCGAGTTGAAGAACTAAAGAAAGTGATAAAGGAAAC  296

Query  252  CCAGGAGAGATATAGACGGCTAAAGAGAGATGCAGAACTAATTCAAGCTGGACACATGGACAGCAGACTGGATG  325
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CCAGGAGAGATATAGACGGCTAAAGAGAGATGCAGAACTAATTCAAGCTGGACACATGGACAGCAGACTGGATG  370

Query  326  AGCTTTGCAATGACATTGCAACGAAAAAGAAATTGGAAGAAGAGGAGGCTGAAGTAAAGAGGAAGGCTACAGAT  399
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AGCTTTGCAATGACATTGCAACGAAAAAGAAATTGGAAGAAGAGGAGGCTGAAGTAAAGAGGAAGGCTACAGAT  444

Query  400  GCTGCATACCAGGCTCGTCAAGCAGTAAAAACACCCCCCCGGAGGTTACCCACTGTGATGGTTCGCTCTCCTAT  473
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GCTGCATACCAGGCTCGTCAAGCAGTAAAAACACCCCCCCGGAGGTTACCCACTGTGATGGTTCGCTCTCCTAT  518

Query  474  AGATTCTGCCTCCCCAGGAGGTGATTATCCACTTGGGGACTTGACTCCAACCACTATGGAAGAGGCTACCTCTG  547
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AGATTCTGCCTCCCCAGGAGGTGATTATCCACTTGGGGACTTGACTCCAACCACTATGGAAGAGGCTACCTCTG  592

Query  548  GGGTAACCCCCGGGACTTTGCCGAGTACCCCAGTCACCTCGTTTCCTGGGATTCCTGACACCCTTCCTCCAGGC  621
            |                                                                         
Sbjct  593  G-------------------------------------------------------------------------  593

Query  622  TCTGCACCCTTAGAAGCCCCCATGACCCCAGTAACAGATGATTCACCCCAGAAAAAGATGCTTGGACAGAAAGC  695
                                                                                      
Sbjct  594  --------------------------------------------------------------------------  593

Query  696  AACTCCACCCCCCTCCCCTCTGCTGTCAGAGCTCTTGAAGAAGGGCAGCCTCCTGCCTACTAGCCCCAGACTGG  769
                                                                                    ||
Sbjct  594  ------------------------------------------------------------------------GG  595

Query  770  TCAATGAGAGTGAAATGGCTGTGGCTTCTGGCCACCTGAACAGTACAGGTGTCCTCCTGGAGGTAGGCGGGGTC  843
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  596  TCAATGAGAGTGAAATGGCTGTGGCTTCTGGCCACCTGAACAGTACAGGTGTCCTCCTGGAGGTAGGCGGGGTC  669

Query  844  CTTCCCATGATACATGGTGGGGAGATACAGCAAACACCCAATACTGTTGCAGCCTCCCCTGCTGCATCAGGTGC  917
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  670  CTTCCCATGATACATGGTGGGGAGATACAGCAAACACCCAATACTGTTGCAGCCTCCCCTGCTGCATCAGGTGC  743

Query  918  TCCCACTCTTTCCCGGCTTTTAGAAGCTGGTCCTACACAGTTCACCACACCTCTTGCTTCCTTCACTACTGTTG  991
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  744  TCCCACTCTTTCCCGGCTTTTAGAAGCTGGTCCTACACAGTTCACCACACCTCTTGCTTCCTTCACTACTGTTG  817

Query  992  CCAGTGAGCCTCCAGTTAAACTTGTGCCACCCCCTGTAGAGTCTGTGTCCCAAGCTACCATTGTCATGATGCCT  1065
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  818  CCAGTGAGCCTCCAGTTAAACTTGTGCCACCCCCTGTAGAGTCTGTGTCCCAAGCTACCATTGTCATGATGCCT  891

Query 1066  GCGCTGCCAGCACCATCCTCTGCTCCGGCTGTCTCCACTACTGAAAGTGTAGCTCCAGTGAGTCAACCCGACAA  1139
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  892  GCGCTGCCAGCACCATCCTCTGCTCCGGCTGTCTCCACTACTGAAAGTGTAGCTCCAGTGAGTCAACCCGACAA  965

Query 1140  CTGTGTTCCCATGGAGGCTGTGGGGGATCCACATACTGTGACTGTTTCCATGGACAGCAGTGAAATATCCATGA  1213
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  966  CTGTGTTCCCATGGAGGCTGTGGGGGATCCACATACTGTGACTGTTTCCATGGACAGCAGTGAAATATCCATGA  1039

Query 1214  TCATCAATTCTATCAAAGAAGAGTGTTTTCGATCAGGGGTAGCAGAGGCTCCTGTTGGATCAAAGGCTCCCAGC  1287
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1040  TCATCAATTCTATCAAAGAAGAGTGTTTTCGATCAGGGGTAGCAGAGGCTCCTGTTGGATCAAAGGCTCCCAGC  1113

Query 1288  ATAGATGGGAAGGAAGAATTAGATCTGGCTGAGAAGATGGATATTGCTGTGTCTTACACAGGTGAAGAGCTGGA  1361
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1114  ATAGATGGGAAGGAAGAATTAGATCTGGCTGAGAAGATGGATATTGCTGTGTCTTACACAGGTGAAGAGCTGGA  1187

Query 1362  TTTTGAGACTGTTGGAGACATCATTGCCATCATTGAGGACAAGGTAGATGATCATCCTGAAGTGCTGGATGTGG  1435
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1188  TTTTGAGACTGTTGGAGACATCATTGCCATCATTGAGGACAAGGTAGATGATCATCCTGAAGTGCTGGATGTGG  1261

Query 1436  CAGCAGTGGAAGCAGCACTGTCATTTTGTGAAGAAAATGATGATCCTCAGTCCCTGCCTGGCCCCTGGGAGCAT  1509
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1262  CAGCAGTGGAAGCAGCACTGTCATTTTGTGAAGAAAATGATGATCCTCAGTCCCTGCCTGGCCCCTGGGAGCAT  1335

Query 1510  CCTATCCAGCAGGAGCGGGACAAGCCAGTACCTCTCCCTGCACCAGAAATGACGGTCAAGCAAGAGAGACTGGA  1583
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1336  CCTATCCAGCAGGAGCGGGACAAGCCAGTACCTCTCCCTGCACCAGAAATGACGGTCAAGCAAGAGAGACTGGA  1409

Query 1584  CTTTGAGGAAACGGAAAACAAGGGAATACATGAACTGGTGGACATCAGGGAGCCCAGTGCAGAGATCAAGGTGG  1657
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1410  CTTTGAGGAAACGGAAAACAAGGGAATACATGAACTGGTGGACATCAGGGAGCCCAGTGCAGAGATCAAGGTGG  1483

Query 1658  AACCTGCAGAACCAGAGCCAGTCATTTCAGGAGCCGAAATAGTAGCTGGAGTTGTTCCAGCCACAAGTATGGAG  1731
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1484  AACCTGCAGAACCAGAGCCAGTCATTTCAGGAGCCGAAATAGTAGCTGGAGTTGTTCCAGCCACAAGTATGGAG  1557

Query 1732  CCACCAGAACTCAGGAGTCAGGACTTAGATGAGGAACTGGGAAGTACTGCAGCTGGAGAGATTGTTGAAGCAGA  1805
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558  CCACCAGAACTCAGGAGTCAGGACTTAGATGAGGAACTGGGAAGTACTGCAGCTGGAGAGATTGTTGAAGCAGA  1631

Query 1806  TGTTGCCATTGGGAAAGGCGATGAGACTCCACTTACAAATGTGAAGACAGAGGCATCCCCTGAAAGCATGTTGT  1879
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1632  TGTTGCCATTGGGAAAGGCGATGAGACTCCACTTACAAATGTGAAGACAGAGGCATCCCCTGAAAGCATGTTGT  1705

Query 1880  CTCCATCACATGGCTCAAATCCCATTGAAGATCCTTTAGAGGCAGAGACTCAGCACAAGTTTGAAATGTCAGAC  1953
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1706  CTCCATCACATGGCTCAAATCCCATTGAAGATCCTTTAGAGGCAGAGACTCAGCACAAGTTTGAAATGTCAGAC  1779

Query 1954  TCATTGAAAGAAGAATCAGGGACTATTTTTGGAAGCCAGATAAAGGATGCCCCAGGTGAGGATGAGGAGGAAGA  2027
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1780  TCATTGAAAGAAGAATCAGGGACTATTTTTGGAAGCCAGATAAAGGATGCCCCAGGTGAGGATGAGGAGGAAGA  1853

Query 2028  TGGTGTCAGTGAAGCGGCCAGCCTAGAGGAGCCTAAGGAAGAGGATCAAGGAGAAGGCTACTTGTCAGAAATGG  2101
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1854  TGGTGTCAGTGAAGCGGCCAGCCTAGAGGAGCCTAAGGAAGAGGATCAAGGAGAAGGCTACTTGTCAGAAATGG  1927

Query 2102  ATAATGAACCTCCTGTGAGCGAGAGTGATGATGGCTTCAGCATACACAATGCTACACTGCAGTCACACACACTG  2175
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1928  ATAATGAACCTCCTGTGAGCGAGAGTGATGATGGCTTCAGCATACACAATGCTACACTGCAGTCACACACACTG  2001

Query 2176  GCAGACTCCATCCCCAGCAGCCCTGCTTCTTCACAGTTCTCTGTCTGTAGTGAGGATCAGGAAGCTATTCAGGC  2249
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2002  GCAGACTCCATCCCCAGCAGCCCTGCTTCTTCACAGTTCTCTGTCTGTAGTGAGGATCAGGAAGCTATTCAGGC  2075

Query 2250  ACAGAAAATTTGGAAGAAAGCCATCATGCTTGTATGGAGAGCTGCAGCTAATCATAGGTATGCCAATGTCTTCC  2323
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2076  ACAGAAAATTTGGAAGAAAGCCATCATGCTTGTATGGAGAGCTGCAGCTAATCATAGGTATGCCAATGTCTTCC  2149

Query 2324  TGCAGCCTGTTACAGATGACATAGCACCTGGCTACCACAGCATTGTGCAGAGGCCTATGGATTTGTCAACTATT  2397
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2150  TGCAGCCTGTTACAGATGACATAGCACCTGGCTACCACAGCATTGTGCAGAGGCCTATGGATTTGTCAACTATT  2223

Query 2398  AAGAAAAACATAGAAAATGGACTGATCCGAAGCACAGCTGAATTTCAGCGTGACATTATGCTGATGTTTCAGAA  2471
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2224  AAGAAAAACATAGAAAATGGACTGATCCGAAGCACAGCTGAATTTCAGCGTGACATTATGCTGATGTTTCAGAA  2297

Query 2472  TGCTGTAATGTACAATAGCTCAGACCATGATGTCTATCACATGGCAGTGGAGATGCAGCGAGATGTCTTGGAAC  2545
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2298  TGCTGTAATGTACAATAGCTCAGACCATGATGTCTATCACATGGCAGTGGAGATGCAGCGAGATGTCTTGGAAC  2371

Query 2546  AGATCCAGCAATTCTTGGCCACGCAGTTGATTATGCAAACATCCGAGTCTGGGATCAGTGCTAAAAGTCTTCGA  2619
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2372  AGATCCAGCAATTCTTGGCCACGCAGTTGATTATGCAAACATCCGAGTCTGGGATCAGTGCTAAAAGTCTTCGA  2445

Query 2620  GGGAGAGATTCTACCCGCAAACAGGATGCTTCAGAGAAGGACAGTGTCCCAATGGGCTCTCCTGCCTTCCTTCT  2693
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2446  GGGAGAGATTCTACCCGCAAACAGGATGCTTCAGAGAAGGACAGTGTCCCAATGGGCTCTCCTGCCTTCCTTCT  2519

Query 2694  CTCTCTCTTTGATGGAGGAACCAGGGGACGCCGCTGTGCCATTGAAGCAGATATGAAGATGAAAAAG  2760
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2520  CTCTCTCTTTGATGGAGGAACCAGGGGACGCCGCTGTGCCATTGAAGCAGATATGAAGATGAAAAAG  2586